万历二十一年（1593）正月，巡抚都御史王继光到重庆，对杨应龙严加审讯，杨抗命不出而不再接受审讯。王继光一意主剿，与总兵刘承嗣、参将郭成等议分三军并进。在娄山关一带地方，明军战败，都司王之翰所部被杀伤大半，只得撤兵。次年三月，明廷以兵部侍郎邢玠总督贵州。万历二十三年（1595）邢玠到四川招抚，准杨应龙输四万金赎罪，又以重庆太守王士琦为川东兵备使，防备杨应龙。杨应龙对明廷输金赎罪，暗中却积蓄力量，图谋割据称王，令州人称己为千岁，子朝栋为后主；分遣部下置关据险，防止朝廷进剿。万历二十六年（1598）十一月起兵攻掠贵州洪头、高坪、新村诸屯；又侵湖广四十八屯，阻塞驿站。次年二月，贵州巡抚江东之命都司杨国柱等率兵三千进剿，结果大败，杨国柱战死。明廷闻讯大惊，任都御史李化龙兼兵部侍郎节制川、湖、贵三省兵事，并增调延宁四镇、河南、山东、天津、浙江、福建、云南、广东等地部队前去会剿，同时还动员了周边各土司出兵协助。万历二十八年（1600）春，各路明军陆续抵达川贵两省。李化龙部署各路明军分八道进兵：四川方面分为四路，总兵官刘綎由綦江，总兵官马孔英由南川，总兵官吴广由合江，副将曹希彬由永宁出发，合剿贵患；贵州方面则分为三路，总兵官童元镇由乌江，参将朱鹤龄由沙溪，总兵官李应祥由兴隆出发；湖广方面一路，分两翼，总兵官陈璘由偏桥，副总兵陈良玭由龙泉出发。每路兵丁约3万人，几乎是倾全国之师会剿播州。
杨应龙认为，明军各路之中以刘綎部最为精锐，即命子杨朝栋率精锐迎击，被刘綎军击败。各路明军乘势猛攻，四川方面攻下形势险要的娄山关；贵州、湖广出发的明军，攻下乌江一线，逐渐缩小了包围圈。到五月十八日，八路明军会集于遵义以北的海龙囤下，分批猛攻。海龙囤是杨应龙的老巢，地势险峻，直到六月五日才被攻下。杨应龙自缢而死。其子朝栋，弟兆龙等被俘，解至京师处死。
明军自出师到平定杨应龙，前后历时114天，盘踞在播州的杨氏家族历九朝七百余年，至此正式灭亡。平乱之后，明廷在播州地区实行“改土归流”：废除土司的世袭制度，改依内地地方官制，由明廷直接派遣官吏“流官”统治。原属四川省的播州地区，设置二府二州八县。遵义府属四川，下辖真安州及遵义、桐梓、绥阳、仁怀四县；平越府属贵州，下辖黄州及余庆、瓮安、湄潭三县。改土归流后，遵义、平越二府加强了与周邻地区的联系，促进了各族人民之间的经济文化交流，加速了当地的开发。
三、抗倭援朝之役。日本自南北朝（1336—1392）以来，一直处于分裂状态，没有形成一个统一的中央政权，直到1590年丰臣秀吉才完成了日本的统一。丰臣秀吉统一日本后，积极向外扩张，策划侵略邻国朝鲜，进而入侵中国。与此相对，朝鲜李氏王朝自明成祖时接受明朝的封号，年年上贡，与明朝进行互市贸易，保持着友好的关系。
万历二十年（1592）初，丰臣秀吉正式发布命令，出征朝鲜。侵朝日军共计18万余人，舟师数百艘，分为九军。第一军由小西行长率领，渡对马海峡，四月十二日在朝鲜釜山登陆。加藤清正率领的第二军和黑田长政率领的第三军等，相继到达釜山。日军占领釜山后，分兵北犯，朝鲜国小民贫，加上承平日久，军备松弛，面对日本的入侵，接连溃败。日军相继占领王京（汉城）、平壤，朝鲜王子被俘。在3个月时间里，日军几乎占领了朝鲜全国。部分日军甚至越过中朝边境，突入女真人地区，由于兀良哈等部落的顽强抵抗，才被迫撤回。朝鲜国王李昖逃到义州，遣使向明朝告急。
战争第一阶段：明廷得到日本侵略的消息，不知军情虚实，只派副总兵祖承训、辽东游击史儒统兵三千余赴朝鲜作战，这对于近20万的日本军来说，无异于羊入虎口。结果史儒战死，祖承训只身逃回。败绩传来，明朝君臣大为震动。神宗即命兵部右侍郎宋应昌为经略，提督陕西总兵官李如松为提督蓟辽等处防海御倭总兵官，前往支援。李如松原是朝鲜境内的女真人，六世祖李英于永乐年间迁居辽东，任铁岭卫指挥佥事。其父李成梁曾任辽东总兵，镇守辽东22年，战功显赫。由此可见，明朝对日本进攻朝鲜问题的重视。十一月，李如松自宁夏来到东征军中，部署军事。十二月，率4万余人，渡过鸭绿江。次年一月六日，李如松率兵进围平壤。李如松亲自指挥攻城，城上日军炮矢如雨。明前锋军士稍有退却，李如松手斩一人，挺身直前。李如松坐骑被击毙，换马再战。经过激烈战斗，明军终于从平壤小西门、大西门突入，日军退保风月楼，夜半渡大同江南逃。入朝的明军在一天之内便收复平壤，而为此则付出了三千多人的死伤。在收复平壤后，乘胜追击，一月十九日李如柏收复开城。继而收复平安、黄海、京畿、江源四道。日军大部退屯王京。
李如松连战皆胜，使得明军日益轻敌，二十七日他以轻骑不到五千人进攻王京，而此时盘踞在王京已达到数万人。在退兵的过程中，李如松等人被困在碧蹄馆，虽然最终得以突围，但损失精兵千余人。明军被迫退回开城。一次失败并未让李如松气馁，他探听到日军在龙山仓积储军粮数十万，密令部将查大受率军深入敌后纵火烧粮。日军连战皆败，军粮被烧，又染上疾病，士气低落，无心恋战。日军主帅小西行长写信给明游击沈惟敬，试探明朝战和意向。这时，明军已调集刘綎的川军和陈璘的水师，准备继续作战。但经略宋应昌却主和，派遣游击周弘谟同沈惟敬去同日军谈判，要日方撤出朝鲜。日军于四月十八日撤出王京，退到釜山一带。于是汉江以南，有千余里的朝鲜故土都被收复。
明军援朝抗倭战争即将取得完全胜利之际，神宗命令明军撤兵。兵部尚书石星也一意主和，只留刘綎的川兵进行防守，其他各路明军全部撤回国内。
战争第二阶段：丰臣秀吉以议和为缓兵之计，留驻朝鲜釜山的日军始终未撤。万历二十五年（1597）正月丰臣秀吉再次出动水陆军14万余人，重新侵入朝鲜。明廷以兵部尚书邢玠为总督，佥都御史杨镐为经略，麻贵为提督，再次赴朝抗倭。先后征调辽东、河北、山西、山西等地的陆军，福建、江苏、四处、浙江的水军援助朝鲜。明军抵达朝鲜后，麻贵统率诸军进驻王京，这时日军已入庆州。八月，南原、金州相继失陷。日军紧逼王京，麻贵派兵扼守汉江，另派副总兵解生守稷山，朝鲜都体察使李元翼出忠清道，袭击日军。解生于稷山挫败日军，参将彭友德也在青山获胜。日军小西行长所部退驻井邑，加藤清正所部退驻庆州，后又都退到蔚山。
十二月间，邢玠、杨镐和麻贵共同商议进兵方略：分4万人为三路，副将高策将中军，李如梅将左，李春芳、解生将右，三路联合进攻蔚山。李如梅部游击摆寨以轻骑诱败日军，清正所部退保岛山，于城外复筑三寨进行防守。裨将陈寅身先士卒，冒弹矢勇呼而上，砍栅两重。杨镐妒嫉裨将立功，鸣金收军。日军乃闭城不出，坚守待援。明军包围十昼夜，不能攻克。万历二十六年（1598）正月，小西行长救兵骤至，杨镐惧战逃跑，诸军大乱，死亡近二万人。明军全部撤回王京，明廷罢免杨镐，以天津巡抚万世德为经略。
总督邢玠接受前一战役缺乏水军的教训，招募江南水兵，增强军事力量。二月，邢玠分兵四路，中路李如梅（后以董一元代之），东路麻贵，西路刘綎，水路陈璘。当时日军分三路驻扎，东路清正，据蔚山；西路行长，据粟林、曳桥，建砦数重；中路石曼子，据泗川。九月，明军分道进兵，互有胜负。
战争第三阶段：万历二十六年（1598）十月，明军得知丰臣秀吉已经于本年七月九日病死，日军群龙无首，战斗力削弱。明军乘势加紧发动进攻，十一月十七日夜，清正发舟先走，麻贵遂入岛山、西浦。刘綎攻夺曳桥，明军总兵陈璘率水师一万三千余人，战舰数百艘，分布忠清、全罗、庆尚诸海口。刘綎进攻行长，围攻顺天大城，陈璘以舟师夹击，焚日船百余只。石曼子西援小西行长，陈璘邀击于半洋，杀石曼子。日军企图从海上逃走，副总兵邓子龙和朝鲜统制使李舜臣，统率水军邀击于釜山南海，大败日军。邓子龙年逾七十，意气风发，奋勇杀敌，日军死伤无数。朝鲜李舜臣曾在日军第一次侵略朝鲜时，率领铁甲龟船，多次打败日本水军，获得辉煌胜利，牵制了日军的行动，为以后中朝联军反击战的胜利奠立了基础。这次海战中，他与邓子龙密切配合，打击日军，击碎和烧毁敌船多艘。在作战中，李舜臣与邓子龙先后壮烈战死。这次海战，明军与朝鲜军共歼敌万余人，取得了抗倭战争的最后胜利。万历二十七年（1599）闰四月，邢玠班师回国，留一部分兵力暂驻朝鲜。
万历年间的抗倭援朝战争，沉重打击了日本侵略扩张的气焰，维护了朝鲜的独立和明朝的边疆安全，树立了明朝的大国权威。战争过后，日本同朝鲜和明朝恢复了正常交往，直到清末不敢再入侵朝鲜和中国。同时，在这场长达7年的战争中，明朝也付出了沉重的代价，明军数十万将士战死疆场，耗费白银数百万，国库为之一空。战争的胜利虽然令神宗感到莫大的欣慰，但是明朝国力却因此大大削弱，东北地区的兵力变得十分空虚，这便为女真人的崛起创造了条件。
万历三大征的成功在整个明朝历史中值得大书特书。明朝自太祖、成祖的武功盖世后，就再也举不出一次像样的胜利，有的只是土木之变中英宗被俘，世宗时期的“南倭北虏”。明朝太需要这样战争的胜利证明它的武功不坠了。但也正是这频繁的战争，使得明朝的国库一贫如洗，大量精兵勇将战死沙场，乃至于明朝再也无法抵制来自女真人的挑战了。
同时是那个生活不检点、每天不理朝政的明神宗，在万历三大征中，却是一个寸土必争、政策导向正确的“英明皇帝”。纵观整个中国的历史，也只有明朝才会出现这样二元悖逆的情况来。不管我们可以列举出多少处神宗的劣迹，但不可否认的是，明神宗捍卫了国家统一。
§§§第三节 古怪的模范官僚海瑞
海口的海瑞像
海瑞（1514－1587），回族，今海南琼山人，字汝贤，自号刚峰。自幼刻苦攻读诗书，知识渊博。36岁那年，海瑞中举，由此走上了仕途，初任福建南平教渝，后升浙江淳安和江西兴国知县，隆庆三年（1569）调升右佥都御史。他惩治贪官，打击豪强，推行张居正的“一条鞭法”，博得“海青天”之誉。后遭到排挤，闲居16年。万历十三年（1585），海瑞被重新起用，先后任南京吏部右侍郎、南京右佥都御史。在这两个官职上，海瑞力主严惩贪官污吏，两年后病死于南京。
海端一生居官清廉，刚直不阿，深得民众的尊敬与爱戴。黄仁宇在《万历十五年》中，认为海瑞是一个“古怪的模范官僚”，海瑞具有“一个有教养的读书人服务于公众而牺牲自我的精神”。海瑞的种种作为，在当时的官场上可谓特立独行。虽然他与当时的朝中官僚做法完全不同，但却得到了后世人们的认可。
关于海瑞，在人们的记忆中，似乎都是与朝中权贵斗争有关，尽管屡次得罪当朝权贵，但他斗争的策略却相当的高明。就在海瑞高中举人后，他来到了北京城，不久代理南平县教谕。一位御史巡视该线学宫，所有的官吏都伏地通名报姓，唯独海瑞长揖行礼。海瑞认为，御史如果到了衙门，则下属官员应该以部属行礼；到了教书育人的地方，部属们不该屈身行礼。这是海瑞第一次敢于向当朝的权贵，当然也是自己的顶头上司不屈身媚上。当他升任淳安知县后，依旧是穿着布袍、吃粗粮，自家的老仆人种菜自给。海瑞的顶头上司——总督胡宗宪的儿子路过淳安县，依仗父亲的官位，向驿站里的官吏发飙，把驿吏倒挂起来。海瑞听到这个消息后，立即将胡宗宪的儿子捆绑起来，并且没收了他随身的金银入库。海瑞认为，过去总督巡查各地，总是让地方官不要太铺张，此人的行装丰盛，肯定不是总督的儿子，并让人骑马禀告胡宗宪。胡虽然恼恨，却也无可奈何，并没有治海瑞的罪。
似乎，海瑞的一生中都在想方设法地与那些弄权的高官们做对。还是在淳安县的任上，当都御史鄢懋卿路过淳安县，看到该县供应的酒饭十分简陋，海瑞甚至告诉这位都御史，淳安县城狭小，无法容纳这么多车马，让鄢懋卿感到十分气愤。但此时的海瑞早已声名远播，鄢懋卿只能悻悻离开，但却暗中让巡盐御史袁淳治海瑞的罪。就这样，虽然海瑞已经被提拔为嘉兴通判，却因此事而被贬为兴国判官。后来，海瑞还是被提拔到了户部任职。而在这个时候，海瑞似乎已经不再是与那些显贵们斗争了，就连当朝的皇帝，他也敢于上书斥责。
嘉靖四十五年二月，身为户部主事的海瑞上书斥责皇帝荒怠，惹得龙颜大怒，被投入监狱。满朝文武大臣都觉得海瑞此番肯定是凶多吉少了，但户部的一位官员窥测出皇帝并没有要杀海瑞的意思，于是，上书皇帝，请求不杀海瑞。没想到，嘉靖皇帝察觉后，很是恼火，索性将这位官员一同投入监狱。又没想到，还没等嘉靖皇帝处理清楚这个问题，他就一命归西了。新即位的隆庆皇帝登基后，海瑞得以赦免，官复原职。
但也偶有闹笑话的时候。海瑞在南京任职期间，曾经要求属下见他的时候不用低头。而那些官员们，或许是慑于海瑞的威严，见到海瑞后，依旧不敢抬头。因为下属们都低头见他，当海瑞见到一个抬头正视他的县令后，竟然在没有对其才能和资历进行调查的情况下，就上书向朝廷推荐。海瑞认为，这个人敢于抬头看自己，就说明此人必定是刚直不阿，肯定是两袖清风，必然是“强项令”。其实，那位县令因为年纪大，肚子大，走路很不方便，低头、抬头都不容易，却让海瑞误会了。从这件事情来看，海瑞对人的判断，也有过于主观之处。不过，这应该与他在官场上的曲高和寡有关。
隆庆三年夏天，海瑞以右金都御史身份巡抚应天十府。这时候，海青天的威名已经让那些贪官污吏闻风丧胆。据说，很多贪官污吏竟自动辞职了。还有一个有意思的现象，当时的显贵们把自家大门漆成红色，所谓朱门如是。但知道海瑞来到这里任职，他们都把门改成了黑色，不敢张扬，深怕被海瑞抓到把柄，弄不好就是身家性命难保。“海瑞”这两个字，已经足以让豪强们胆寒。
