杰弗逊的原稿中只在两处引用了“上帝”——“自然的上帝”和“创造者”——但在修改过程中，他的同行们在两处添加了万能的主。一处写道，议会“祈求世界至高无上的主宰为我们的理想正名”，另一处，先贤们在互以“生命、财富和神圣的尊严”相托时，强调“完全仰仗神意之保佑”。但是，这两个表达并不比“自然的上帝”和“创造者”更接近《圣经》中的上帝。
在费城，杰弗逊的宣言草案于6月28日，星期五，交付议会审议。
虽然杰弗逊不喜欢随之而来的辩论，这份文件的作者后来才渐渐意识到那是一份神圣的文稿，而且当年他用来撰稿的书桌后来也成了圣物。
“政治和宗教一样，有各自的迷信，”杰弗逊在谈到那张书桌时说，“随着时间的推移，这种迷信愈深，直到有一天，因为它与我们独立的伟大文献之间的联系，人们会将他们的想象赋予这件旧物。”
但在当时，杰弗逊在代表们对他的原稿字斟句酌时，尽量不动声色，但富兰克林——这一些人中的另一个笔杆子——看出了名堂。“在辩论期间，我坐在富兰克林博士旁边，在有人对原稿提出尖锐批评时，他注意到我有些不自在。”杰弗逊后来回忆道。
《独立宣言》中的上帝，并没有对某一特定的民众和国家情有独钟，也没有执意与另一个作对，“美利坚的民众，”杰弗逊写道，只是“要求在世界诸国之中取得‘自然法则’和‘自然的上帝’赐予他们的一席独立、平等的地位……”杰弗逊没有声称美利坚是一方得天独厚的圣土；他要寻求的，正如他在宣言中所写的那样，是在世界民族之林中取得“一席独立、平等的地位”。
建国宗教——至少在“宣言”中的那个宗教——是一个理性基础多于神授基础的宗教。但是，那仍然是宗教。从波林布鲁克到杰弗逊，就连最睿智的自然神论者（Deist）在将可识别的自然形态归功于某个神灵时，都在完成一个信仰上的飞跃。“民众的自由是上帝和自然的馈赠。”埃尔吉蒙·悉尼在他的《政府论》中曾这样写过。杰弗逊在费城撰稿时，就经常想到这部书。悉尼在1698年出版的这本书，是对罗伯特·弗尔沫爵士的一篇题为《元老制或国王与生俱有的权利》的论文的回应。悉尼有关平民百姓的权利的观点，后来成了美利坚民众的观点，但是，从更严格的理性角度上讲，将“民众的自由”归功于“上帝和自然”是没有道理的，除非某人希望将神硬性放进来。换言之，不用借助神，人们是可以从自然界得到的亲身经历和推论（能在面前的自然现实中找到，或通过智力理性地推断觉察到），证明建立人人平等的共识符合一个社会的最佳利益，然后从这个基点再作延伸。说到底，这是一个是否要将上帝带进这个信念的选择——一个事关信仰的选择。对此，开国先贤们作了明确的选择，他们选择了将争取自由的斗争与上帝联系起来，同时又避免引用传统教派宗教的形象或联想。
《独立宣言》中的上帝是创造宇宙的神，他赋予所有人以人权，同时又是自己创造的尘世间人生百戏中的一个角色，杰弗逊的上帝也许对世界诸国不偏不倚，但是，他心目中的上帝，正如杰弗逊指出的那样，“在惠顾我国的自由和福祉”。这就是成为美利坚公共宗教的那个上帝。“我们是一个被超自然的神掌管的世界，”杰弗逊说，“我们所做的一切，都在他的手中，他在引导我们；他会在他选定的时间展现他的神效。”他心目中的上帝会嘉奖世人对自己的信奉和祈祷，他以慈悲为怀，通过一种神秘的方式，“启示”民众的“心灵”，引导国家的领袖。但有关宗教的辩论应该在最大限度上避免涉及政治。杰弗逊是个爱好神学的人，但他认为那只是一个事关个人学识，而与政府事务无关的事。
“我之所以能自由地写作，”他在给一个朋友的信中说，“是因为在我行使信奉一个上帝的权利时，愿意让信奉三个上帝的人享有同样的权利。
这两种宗教都能造就诚实的人，而一个人是否诚实，才是社会有权深究的唯一要点。”
在准备《独立宣言》的最终文本时，富兰克林、杰弗逊和亚当斯再次碰头，讨论这个新国家的国印和箴言的设计。与此同时，来自马萨诸塞的议会执行议长约翰·汉卡克（John tancock）签署了《独立宣言》，来自宾夕法尼亚的查尔斯·汤姆森（Chartes homason）是唯一见证人。
那年夏末，当各地代表聚集一堂，准备在《独立宣言》上签字时，受到了从附近马厩里飞来的、从议会会堂敞开窗口飞进来的马蝇的困扰。
根据十九世纪的传记作家杰姆斯·帕顿（James Parton）的记述，杰弗逊喜欢回忆当时那些不请自来的宾客以不比寻常的速度来参加签字仪式的情形。帕顿说，“大群的苍蝇”团团围住“贵宾们裹在绸袜里的腿。他们手持手绢，拼命地挥赶……但是，那些讨厌的飞蝇的纠缠，让他们失去了久等的耐心，他们就这样匆匆地将这件意义重大的事办完了事”。
说起来，苍蝇恐怕是当时在场的美国人遇到的最微不足道的麻烦了。那年，整个夏天，代表们在讨论“宣言”时，心里都十分清楚，如果他们在战场上败给乔治三世，他们的人头就会落地。他们拿面临的危险开些不自然的玩笑。杰弗逊在晚年时喜欢讲这样一个故事：一个奇胖无比的弗吉尼亚人本杰明·哈里森（Benjamin Hatrison）对一个瘦削的马萨诸塞人艾伯里吉·吉瑞（Elbridge GetTy）说：“吉瑞，等到上绞架那一天，我可比你要占先；我一下就完了，你得在那上面蹬呀踢的半个小时！”
尽管他们可能会以叛国罪上绞架，但是，他们相信，他们是站在正义这一方的。麦迪生代表橙郡参加的、在威廉斯堡召开的弗吉尼亚州制宪大会上，代表们当即投票，决定不用传统的为英国国王和皇室成员所作的英国国教祈祷词，转而祈求上帝“引导州府官员”。在费城，亚当斯回忆道：“钟鼓齐鸣了几乎一整天，就连报时钟也加入了进来。”在纽约，当欣喜若狂的殖民地民众拉倒乔治三世塑像时，一些大陆军士兵也参与了狂欢。华盛顿将军对此不以为然。“本将军希望、也相信，”华盛顿对他的部下说，“每一个军官和每一个士兵，将努力按照一个信奉基督教的士兵的标准约束自己的言行，以此捍卫他的祖国最宝贵的权利和自由。”
抵御政府对宗教的干涉
华盛顿当年用的“基督教士兵”这一类词语，在很长的一段时间里，助长了这样一种感觉——在建国初期，美国的宗教色彩比今天要明显、直露得多。从大多数的方面来说，这种说法不错，当时，各殖民地的确都充满了笃信宗教的人们，其中大多数的人是基督徒。华盛顿在军事命令中曾大量引用上帝，但那通常是和杰弗逊在《独立宣言》中提到的那个上帝一脉相承的。“让每一张脸展现笑颜、每一颗心脏充满欢乐，赞美赐予我们这一伟大胜利的至高无上的主，”华盛顿在美方获得萨那突加（Saratoga）大捷之后写道，“随军牧师们将准备在各团举行简短的仪式，以庆祝这一喜庆的日子……”这里的随军牧师们，当然是指基督教的牧师，华盛顿显然认为宗教有利于他带兵作战，并在将来领导国家。华盛顿认为每个人“仅以自己的宗教观念对上帝作交代”，并且“按照自己良心指引信奉上帝的方式应该得到保护”。在费城和纽约认识华盛顿的威廉·怀特（wiUiam White）主教说过，“我不记得有任何迹象可以说明华盛顿将军相信基督教中的神迹……”出于对主流宗教和个人良心选择权的尊重，华盛顿使用“基督徒”这个词以及依靠随军牧师，是他对那个年代文化现实的一个实用性的认可。那些要他领头造反的人们中的大多数都是基督徒，因此，他用他们熟悉的词语和宗教习俗与他们对话、向他们提供帮助。这也成了公共宗教的一个因素：以多种形式引用一个广义的上帝，和具有基督教象征意义的宗教自由精神精细混合。（例如，1789年，华盛顿担任总统后不久，参加过纽约圣·保罗教堂的礼拜。）
不过，《独立宣言》的措辞标志着美国早期历史的一个重大转折。
在费城和美国革命之前，大多数民众信奉的是基督教，不论是杰姆斯镇信奉的英国国教，还是新英格兰信奉的清教。在宣告各殖民地脱离大英帝国的同时，先贤们还发布了另一个宣言：美利坚的民众尊重上帝，相信道德和宗教的力量掌管着宇宙万物，他们祈求神力的庇佑，抵御人间的敌人，但是，他们不想再建立一个与某个教会有官方联系的世俗政府。
就连那时的牧师也看出将威廉斯主教花园和外面野地分开的道理。其原因既有信仰的因素，也出于实际考虑：教会和政府分开的话，各自都比合并起来要更强大。分离不等于联合体（commonwealth——洛克的原话）的事务和信仰方面的考量，就像遁世者那样老死不相往来。在现实生活中，这两者也不可能互不影响，因为一个共和国的性质，取决于其民众的性质，如果民众信奉宗教，那么，宗教观念就免不了要影响共和国的运作。“从一开始，政治和宗教就是同步的，”托克维尔曾说过，“而且这种同步从未中止过。”
然而，“同步”和“关联”之间有关键的区别。“政府官员的责任是管理政府，耶稣则应掌管教会，”1779年，山缪·斯第尔曼在给马萨诸塞最高法院的一次布道中说，“前者必须将他所有的时间和能力用于处理与政府有关的复杂事务。而后者则不需任何外援就可以从容地掌管自己的王国。”笃信宗教的人们自己也知道，他们与权贵结盟，可能得到一些暂时的好处，但那仅仅是暂时的。根据托克维尔的分析，美利坚的宗教培育了富于道德感的人生观，这样的人生观转而造就了具备基本美德的民众，这些民众则能维持一个具备基本美德的共和国。“我不知道是否每个美国人都笃信自己的宗教——谁能把别人的内心看透呢？——但是，我敢肯定，他们笃信宗教对于维持共和国的各个机构是必要的。这种观念不仅局限于某一个阶层或某一个政党，而是全国民众的共识；在各个阶层都能得到响应。”托克维尔认为，教会作为一个团体，应该避免直接与政治产生联系，这样做对教会有利。他在与很多神职人员交谈之后，发现“他们将自己祖国宗教的兴旺发达的原因主要归功于政教完全分开”。世俗的影响对宗教界具有吸引力，但并不持久。
“通过他们与政治势力结盟，”托克维尔说，“宗教的势力能够压倒一些敌对门派，但会丧失全局统管的希望。”
政教合流在像美国这样的民主共和国里是一种特殊的冒险。“那些每四年要换一次总统，每两年换一次立法议员，每年换一次地方官员的美国人，那些已将政治交给创新者掌管的美国人，假如没有将他们的宗教放在政治之外的什么地方，那么在不断变幻的世人见解的影响下，宗教又怎能做到不随波逐流呢？”托克维尔问道，“在各个党派的角逐争斗中，宗教应该倾向哪一方呢？如果它周围的一切都在凋零衰败，它自己又谈何永恒持久呢？”他这里不是在谈神学，而是以史为鉴的经验之谈。“在欧洲，基督教与世俗的各权力机构打得火热，”他说，“今天，这些权力机构正在分崩瓦解，基督教几乎被埋葬在它们的废墟之中。”
“上帝助我之奋斗”
在先贤们的眼里，宗教自由并不等于没有宗教的公共生活。富兰克林和杰弗逊曾经考虑将美利坚称为新以色列的想法。在《人之常情》（Common Sense）中，托马斯·平恩（Thomas Paine）将乔治三世比作“冥顽不化、性情阴沉的英国法老”。牧师们接过这一比喻。1783年12月11日，星期四，在费城的第三长老会教堂，乔治·达弗尔德（George Duf＿field）牧师在谈到美国革命胜利的布道中，谈到“美利坚的锡安山（zion）”。在达弗尔德的眼里，华盛顿就是当年的乔斯瓦（Joshua）；法国国王就是当年的赛勒斯（cyms），他在解放古巴比伦的以色列人的过程中助过一臂之力。
这些神职人员的说法反映了一种流传很广的公众信念。1776年7月4日——多日来活动最多的一天，这天下午，大陆议会请富兰克林、杰弗逊和亚当斯提交一个国印图案的设计，富兰克林的想法是带有宗教色彩的，杰弗逊表示同意。富兰克林的具体设计是：“摩西站在海岸上，他的手指向海面，使得海水向坐在一辆敞篷战车里、头戴皇冠、一手执剑的法老涌去。从云端的火柱射出的光芒照亮了摩西，象征着这是上帝的旨意。箴言为：反抗暴君就是顺应神意。”根据历史学家德瑞克·H`戴维斯（Derek H Davis）的记载，杰弗逊的设计是这样一个图案：“在荒野中的以色列人，白日跟随云走，黑夜跟着一根火柱走。”
