康熙亲政之后，就将处置“三藩”看作治国安邦的头等大事。所谓“三藩”，即顺治年间被清廷派驻在云南、广东和福建的平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂（后由其子耿精忠袭爵）。
当年，他们奉命出征，击败南明政权及起义军余部，为清王朝统一中原作出了巨大的贡献。后来清廷派三藩驻守南疆，是希望以此作为南部边疆的屏障，防止农民军再起和台湾的郑氏反攻大陆。当全国战乱已经停息之后，全国的统治趋于稳定，而三藩随着实力的增强，凭借手中的特权，开始为所欲为，至康熙初年已经发展为新的地方割据势力，成为危害国家统一的痼疾。
三藩势力的发展，和清朝初期的政治形势是有一定联系的。当时，清朝统治者出于统一中原的需要，就利用高官厚爵招降汉族将领。孔有德、耿仲明（耿继茂之父）、尚可喜他们原是辽东人，清太祖努尔哈赤在天命六年攻占辽东后，他们陆续归依明军总兵毛文龙，天聪二年，袁崇焕擅杀毛文龙，引起东江大乱，自相残杀，在走投无路的情况下，他们先后投降后金。皇太极出城十里相迎，并一改过去的惯例，授孔有德为都元帅，耿仲明为总兵官，率领所部驻守辽阳，号“天祜兵”；授尚可喜为总兵官，命其驻守海州，号“天助兵一。崇德元年，皇太极改国号为清，加封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王，并多方给予迁就。崇德七年，皇太极改旗时将他们分隶正红、正黄、镶蓝旗。”
吴三桂本是江苏高邮人，后来入籍辽东，是明朝原任锦州总兵吴襄之子。吴襄因罪入狱后，明朝晋升吴三桂为总兵，率兵驻守宁远。
崇祯十七年三月，李自成的农民军进入山西，昌平兵变，京师戒严。
就在这个非常时期，吴三桂可以说成为众人争抢的香饽饽：崇祯封吴三桂为平西伯，令其率兵支援京师，并启用吴襄为提督京营；清朝曾多次遗书招降吴三桂，并许以高官厚爵；与此同时，李自成也曾派人招抚吴三桂。但在最后时刻，吴三桂还是投靠了清朝。同年四月，山海关一战，清吴联军大败李自成，多尔衮“承制进三桂爵平西王”。
至此，清朝所封的汉人藩王已经有了四人。
清朝入关后，对汉人藩王的使用更加器重。他们在清朝大军南征西剿的过程中也确实发挥了不同寻常的作用，为统一中原做出了巨大的贡献。顺治六年，改封孔有德为定南王，耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王。顺治十五年，顺治帝根据洪承畴的建议，“命平西王驻镇云南，平南王驻镇广东，靖南王驻镇四川（次年改驻福建）”。三藩分镇，曾经起到过非常显著的作用。
但随之而来的是他们在自己的辖地内拥兵自重，权势日张。其中吴三桂的军队，比耿、尚的总和还要多一些。这些军队，完全控制在藩王的手中，形成了他们的私人武装，而名义上则仍属国家，每年都要向朝廷索取千百万两的粮饷和经费，致使“天下财赋，半耗于三藩”，给朝廷带来了沉重的财政负担。除了仲手向朝廷要钱外，他们还不受户部的控制，在自己的控制区内自设税卡，开私市，随意征收赋税及其他杂税。耿藩利用福建的沿海地势，开展走私贸易以获取巨额利润。三藩除将经济大权控制在自己手中外，还操纵着用人和任免权。朝廷选派的官员，如果吴三桂不满意，便要撤回，只能任命他所选的人。由吴三桂所选的不仅在自己的辖区内为官，有的甚至还被派往云贵以外的省份为官，名日“西选”。这无异于兵部和吏部将云贵的用人大权交给了吴三桂。吴三桂也借此将自己的人安插到了全国各地，造成了“西选之官满天下”的现象。
对于三藩的所作所为，不仅当地的百姓怨声载道，朝廷也有所认识和警惕。顺治帝时就曾有官员揭发三藩的弊端，要求朝廷早作防备，但是由于当时朝廷还需要依靠三藩的力量，因此不敢轻易地开罪他们。为了笼络三藩势力，除了降罪于上疏参劾的官员，朝廷还不惜与三藩联姻，致使三藩对朝中动向了如指掌。结果导致朝中大臣无人再敢多言三藩之事，天长日久，最终酿成了“三藩割据”的局面。
三藩割据的状态不仅严重地损害了皇权的高度集权，而且也危害着国家的统一。因此，康熙亲政之后，对如何处理“三藩”问题，夙夜廑念，思考对策。他一面继续加恩，一面收缴三藩的大将军印，逐步对三藩加以限制。中央与三藩不断抛出试探对方的棋子，各自心存疑惧。
首先是收缴大将军印。按照清朝的制度，大将军权势极重，是一个临时性的差遣，当完成任务之后，就须将印交回。但是吴三桂驻镇云南数年，一直拒而不交。康熙二年，清廷派遣内大臣通过吴三桂的儿子——住在京城的额附吴应雄，向其父转达朝廷的意思。这个时候，吴三桂不得已才极不情愿地交出了大印。
其次是裁兵裕饷。康熙四年，以各役先后结束，裁云南省绿旗兵五千余人；康熙六年，下令平西王与督抚提镇酌筹裁汰绿旗额兵，省额饷百万。
第三是解除藩王总管云贵两省事务的职任。康熙六年，吴三桂以目疾辞云贵两省事务，朝廷立即批准。决定该省所管各项事务，照各省愤例，责令该督抚管理，大小文官，也照各省惯例，由吏部题授。
九月，吴三桂的同党，云贵总督汴三元、云南提督张国柱、贵州提督李本深联合上疏，请求云贵两省事务仍交由吴三桂管理，并且以“目前边疆叵测可虑”威胁朝廷收回成命。但是朝廷态度非常坚决，降旨答复说：“该藩以精力日为消减奏请，故照所请允行。今地方已平，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方遇有军机，王自应料理。”并且规定藩王的下属人员不得任督抚。汴三元见吴三桂与朝廷的矛盾日益尖锐，于是在次年托言母病乞休，朝廷立即准奏，另派汉军正蓝旗人甘文煽任云贵总督。
第四是严禁欺行霸市，挟势扰民。尚可喜、耿继茂早在顺治七年便攻占广州。最初是两藩同驻一城，因此，广州的百姓受害最深。他们创设“总店”，征收苛捐杂税。凡是巧立名目不入正赋的，或者虽入正赋又加私抽的税目，都由“总店”征收。大到盐铁，小至鸡豚，城市乡村，列坐抽剥，有司不敢问，百姓不敢言。吴三桂的王府原来是南明永历帝所居住的五华山故宫，他在此基础上大兴土木，十年不废。吴三桂占据沐氏全部庄田犹觉不足，又圈占明代卫所军田，将耕种这些土地的农民变为自己的官佃户，恢复明末的各种苛捐徭役，此外，还以放牧、猎手等各种借口强征土地，霸占百姓家产。康熙四年，朝廷就密旨尚可喜，“将所属官兵严加约束”康熙在铲除鳌拜之后，专心学习经史典籍，更加清醒地认识到“三藩”不可与宋初的开国功臣相比，而是属于唐末的藩镇之流，势在必除。
正当康熙不知从何下乎解除三藩时，平南王尚可喜给他送来了一个契机。康熙十二年（1673年）三月，年届七十的尚可喜给康熙上疏，请求带两佐领官兵作为护随，并藩下闲丁孤寡老弱计男女两万四千余人，归老辽东。同时，请求将王爵交给儿子尚之信承袭，带官兵家属继续镇守广东。康熙认为这是一个难得的时机，于是顺水推舟，允准尚可喜的奏请，复归辽东，并且以“不使父子分离”为由，撤掉尚藩，所有家口均迁往辽东。其所属之绿营军留驻广州，由广东提督管辖。这一准许尚可喜全藩撤离的诏书，由钦差专程于五月初三送达广州，尚可喜态度恭顺，准备启程日期。
尚藩撤离的事实，使吴三桂和耿继茂感到了压力，他们闻讯之后，不得不走形式，也相继上疏要求撤藩，意在试探朝廷的态度。
康熙接到要求撤藩的奏疏后，认为三藩割据的时代终于要结束了，就令大臣们就撤藩问题展开讨论。众大臣一致同意撤除耿藩，但对于是否迁移吴三桂，却产生了分歧。朝中大臣除户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛、兵部尚书明珠等人主张将吴藩全撤，派遣满洲官兵戍守外，以大学士索额图为主的多数人都反对立刻将吴藩撤掉。他们主要是担心吴三桂造反，引起南方的动荡。在两种意见相持不下的情况下，康熙力排众议，果断地作出了三藩并撤、吴藩全撤的决定。
决定虽下的十分果断，但此时的康熙年方二十，血气方刚，难免意气用事，对撤藩所引发的严重后果，并没有做周全细密的考虑。康熙曾说：“三桂等蓄谋已久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发。”看来他知道吴三桂是必反无疑的，但此时做出撤藩的决定，却并没有做好相关的防备工作，对于“分批撤藩”或“派遣满兵”等合理的建议也没有采纳。结果，导致清朝用了八年时间才平定三藩。
同年八月，康熙分别派遣礼部右侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼去云南，户部尚书梁清标赴广东，吏部右侍郎陈一炳往福建，会同总督、巡抚、提督将撤藩令送达。耿、吴二人看刭撤藩令后，两人顿时愕然，没想到弄假成真了。撤藩令对吴三桂来说更是一个沉重的打击，他认为，当今皇上看过自己的奏折之后一定会“慰留”他，不会让他撤藩。没想到竟然允准了！现在后悔已晚，摆在他面前的只有两条路了：一是放弃这块盘踞已久的宝地，结束这呼风唤雨的生活，听从朝廷的安排迁往关外，但也意味着从此自己的小命就握在朝廷的手中；另一条路就是铤而走险，与清朝决裂，但自己已经进入暮年，还要再度驰骋沙场，而且爱子吴应雄至今还留在京师这些问题使吴三桂踌躇万分。经过一番思索和部下的鼓动，康熙十二年十一月二十一日，吴三桂集合藩下官兵，当场杀害拒绝从叛的云南巡抚朱国治等人，扣留朝廷使臣折尔肯和傅达礼，悍然起兵，自称为“天下都招讨兵马大元帅”，以兴复明室的名义起兵反清。
吴三桂反叛之后，一面举兵出滇、黔，向湖南及四川进发，一面还致书耿、尚二藩和台湾的郑经及贵州、四川、湖广、山西等地的官吏旧相识，鼓动他们联合造反。一些明朝降清的武将纷纷起兵响应。
此外，他还征集矛盾比较尖锐的云贵各族兵数万，大大壮大了反清的力量。
吴藩反叛力量来势如此凶猛是康熙和大臣们始料不及的。消息传来，举朝震惊。大臣们随之将矛盾的焦点集中在了撤藩之议，开始责怪倡议者。大学士索额图更是主张将提议撤藩的人正以国法。但康熙很快就从震惊中稳定了下来，他驳斥了这些大臣杀倡议撤藩之人的意见，主动承担了所有的责任。还粉碎和平定了受吴三桂叛乱影响的京师杨起隆密谋起事案和口外察哈尔蒙古的武装叛乱，稳定了后方。康熙迅速、从容沉着地进行着军事部署。当时朝中上下十分紧张，康熙为了稳定人心，照例到景山去骑射，恢复一度停止的经筵日讲，对缓解紧张的气氛起到了非常重要的作用。
康熙十三年三月十五日，福建的耿精忠反叛，康熙十五年二月，取代父亲尚可喜而掌实权的尚之信，也在广州响应吴三桂掀起叛乱，至此，三藩都起兵叛乱，形势对大清朝廷变得十分不利。特别是康熙十三年底，陕西提督王辅臣杀死经咯莫洛，反叛清朝，使清朝的形势更是雪上加霜，康熙震惊。由于西北地区幅员辽阔，不仅战略位置十分重要，而且直接影响着清朝后方的稳定。如果王辅臣与吴三桂联合，吴三桂就会北上陕甘，逼近北京，形成三藩南北夹击之势，清朝的处境将极其危险。这时，康熙帝一面加紧对西北叛将进行招抚，急令陕西督抚招抚，遣其子王继贞往宣朝廷诚心招抚之意，尽力挽救危局，一面调兵遣将，加快平乱的步伐。
平叛战争开始之后，康熙就产生了招抚叛敌的想法。王辅臣叛降吴三桂后，康熙即连降专赦招抚。但那时在军事上没有造成压倒敌人的形势，因此难以奏效。后来王辅臣被围困于平凉、固原一隅，主动向朝廷乞降，但康熙怀疑他是缓兵之计，因而没有接受，双方僵持近一年之久。康熙见强攻不下，转而采取招抚策略，结果化敌为友，底定三边。康熙尝到“剿抚并用”的甜头，随之将其迅速推向各个战场，令对叛变之人，只要“悔罪输诚之心”，都可容受。
“剿抚并用”的策略加速了胜利的到来，在以后平定台湾、驱逐沙俄等战事中也得到了进一步的使用和贯彻，而且也都收到了良好的效果。
康熙是一位非常灵活的君主。在平叛过程中，他发现八旗军队不堪使用，满洲统帅怯懦畏战，便破格提拔汉将，同时提高绿营官兵的地位，以绿营为剿灭三藩的主力，赢得了一批汉官、汉将和绿营士兵的信任，他们奋勇当先，为赢得战争的最后胜利起到了关键性的作用。
另外，他还采取多种手段与军事打击相配合。他下令对主动来降的三藩属下官兵给予优待，有时还派专人进行招抚。清军出战之前，康熙告诫将士们，要严禁骚扰百姓，“破城之后，俘获的难民子女，准许民间认领”，对于三藩内的百姓也不要一概诛杀。这些措施都起到了争取人心，缓和矛盾的作用。
康熙十三年，吴三桂的军队已经进入四川、湖南，前锋也已到达江北，至此，江南大片河山只剩广东、江西和浙江三省还在朝廷的控制之下。四月初，吴三桂放逐清朝使臣折尔肯和傅达礼，并让其带一份“词语乖戾，妄行乞请”的奏章给康熙。此后不久，达赖喇嘛出面，建议朝廷与他划江而治，成为南北二国。吴三桂想以平等的身份与朝廷对话，迫使朝廷接受既成的事实。虽然此时，清廷处于战略上的不利地位，但康熙帝还是明确而干脆地拒绝了，表明要将战争进行到底、把三藩彻底铲除的决心。为了彻底粉碎吴三桂的幻想，康熙采纳诸王大臣的建议，于四月十三日将吴三桂之子吴应熊、孙子吴世霖处绞。并且于康熙十四年(1675年)，在太和殿举行典礼，公开册立刚满周岁的嫡长子、二皇子允初为皇太子，以稳定人心和国本。
吴应熊父子被诛的消息传来，吴三桂惊骇万分，他做梦也没想到清廷还真的杀了身为额驸的儿子。当初吴三桂自恃已经占有半壁江山，儿子又是皇帝懿亲，朝廷必不会诛杀。及闻子孙被诛，他才感到事态严重，而且自己已无退路可走，只有破釜沉舟将反叛进行到底。
吴三桂虽然身经百战，老谋深算，但他对这场战争的结果，心中并无胜算。而且，已经人老年迈，不能像年轻时驰骋沙场那样威风凛凛了，因此，他常常也会深深感到力不从心。尤其是当王辅臣兵败反正后，吴三桂的处境更是不妙，不仅内部矛盾重重，而且军事上也接连失利。吴三桂形势日绌，为聊以自慰和凝聚人心，于康熙十七年（1678年）三月在湖南衡州称帝，建国日周，改元昭武。这一称帝举动曝露了自己为明朝复仇的谎言，进一步失去人心，同年八月十七日，他病死在湖南，终年六十七岁。吴三桂死后，吴军顿成瓦解之势。他的孙子吴世瑶继帝位，改明年为洪化元年，但已经失去对整个局面的控制能力。康熙利用这个大好时机，命大将军贝勒察尼等人水陆夹击，速取岳州。
康熙十九年，清军在四川、广西、贵州等地连战皆捷，吴军退守云南。次年，康熙派遣赖塔率领大军直取昆明，康熙对赖塔谨尊谕旨，迅速进兵十分满意，曾说：“平定云南赖塔之功最大。”这时，久驻云贵边界观望不前的贝子彰泰也率部向昆明进发。吴军以象阵拒敌，仍不能抵挡清军的攻势。昆明被清军围困八个月后，吴世瑶自刎而死。十月二十九日，昆明城中的吴藩将领开城投降。
至此，为时八年的平叛战争宣告胜利结束。
康熙得知吴藩投降的消息后，欣喜万分，赋《滇平》诗以表达自己长期辛劳获胜后的喜悦心情：
洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。
末矜干羽三苗格，乍喜睁输六沼宽。
天末远收金马隘，军中新解铁衣寒。
回思几载焦劳意，此日方同万国欢。
平定三藩的战争胜利结束，意味着实现撤藩将会畅行无阻。但康熙这个时候所考虑的则是依什么原则撤藩，如何在撤藩中巩固八年平叛战争的成果了。
三藩之中，吴三桂早已病死，继位者吴世瑶也已自杀，家产籍没。他的其余子、孙、侄、婿以及亲信将领等，或毙命疆场，或死阙下。其家属有的株连同死，有的没入官府为奴。部众除战死、逃散者外，被俘获者基本都成为满兵的奴仆，归降者被解送到东北编入站丁。吴藩已经不复存在。对吴藩的处理，可以说完全是依大清法规行事的。
但对尚、耿二藩的处理，就没有这么简单了。因为在平叛开始，为了集中力量打击吴三桂，朝廷采取了一系列争取耿、尚的策略，曾下令暂停撤耿、尚二藩；招降时也曾允诺如革心悔过，投诚自首，剿贼图功，即“赦免前罪，视之如初”；投降后，耿留王爵，尚之信袭封平南亲王，令他们立功赎罪。因此，在撤销耿、尚两藩时，就不能像对待吴藩那样简单了。
早在康熙十九年（1680年），在四川、湖广、广西相继平定，吴藩退守云贵，无力外顾之时，朝廷就开始着手撤销尚藩事宜了。康熙十五年，尚可喜病卧后，其长子尚之信代理其职，后来受吴三桂诏讨大将军伪职，杀其父身边的得力谋士金先，夺其弟尚之孝兵权。十月，尚可喜去世，广东地方官员都抵制尚之信的叛乱，而吴三桂虽封以亲王伪号，但是又另任总督董重民、巡抚冯憋分守要冲。在这种形势下，他主动投降。康熙赦免其罪，令他立功自效。但他归顺朝廷后，对剿灭吴藩却不肯出力。康熙十九年三月，其下属护卫张永祥、张士选赴京，首告尚之信不愿剿贼，飞扬跋扈，糜费兵饷，擅自杀人等罪状，康熙下命将尚之信押解来京候审；藩兵暂属尚之孝统领。同时，增兵广州。八月，对尚之信及有关人员做出处理：尚之信不忠不孝，法应当斩，但因曾授亲王，从宽，赐死；逆党尚之节（尚之信弟）、李天植等按律正法。对一向忠于清廷的尚可喜，则不因其子反叛而受株连，并以其“航海归诚”，“不肯从逆”，而对其妻舒氏、胡氏从宽免死，并免籍没。对尚之孝、尚之璋、尚之隆等，也从宽，免革职枷责。
随后，撤销尚藩建制。决定将尚之信标下十五佐领官兵分入上三旗，令驻广东，另设将军、副都统管辖；其三总兵标下兵厂，裁一留二，也另新设将军管辖。此后，又将尚之孝、尚之隆等家下所有壮丁分为五佐领，隶汉军镶黄旗下。
康熙对耿精忠的处理则更为慎重。耿精忠为耿仲明之孙、耿继茂的长子。康熙十年（1671年）耿继茂去世，耿精忠袭靖南王爵位。
为了笼络耿藩，顺治帝将自己的亲侄女（肃亲王豪格之女）下嫁给耿精忠，封和硕额附。
康熙十二年(1673年)，清廷下诏撤“三藩”，导致吴三桂、尚可喜起兵反清，次年，耿精忠也在福州策应。耿精忠的反叛，使朝廷大为震惊。康熙帝一面派兵进闽，下诏削去耿精忠的爵位，收禁耿精忠在京的兄弟；一面劝谕耿精忠改过自新，剿灭郑经，继续镇闽。但精忠继续举兵进攻浙江，深入浙东、江西，一度攻陷安徽徽州、祁门，队伍也扩大到十余万。康熙十三年(1674年)，朗廷派康亲王杰书为奉命大将军，率军南下浙江。康熙十四年(1675年)，收复处州。康熙十五年(1676年)十月，朝廷奉命大将军杰书遵诏招降耿精忠。杰书大军42压境，耿见大势已去，率文武官员出城迎降，并请仍留靖南王爵，从征剿灭郑经军，以功赎罪，朝廷恩准。耿精忠戴罪立功，率兵挫败郑军。接着又进军潮州，打败了尚可喜的军队，康熙帝诏令耿精忠驻守潮州，但耿精忠降清后仍存逆谋之心。康熙十六年（1677年）十一月，藩下参领徐鸿弼等人密告耿精忠归顺之后仍蓄谋反叛，并列出他的五条罪状。康熙留疏不发，开始策划调虎离山之计。
康熙十九年(1680年)，康熙将耿精忠诱至京师，将其逮捕。下令迁移耿精忠的亲属归旗，其在浙、闽当官的旧部全部还京，把耿藩从组织上彻底解散。翌年九月，平叛战争接近最后胜利时，将耿氏家口编为五佐领，连同耿昭忠、耿聚忠，一并归入汉军正黄旗下。直至康熙二十一年(1682年)正月，才以逆党之罪将耿精忠磔死，部将中的骨干分子也都被凌迟处死。
平叛后，康熙将三藩选任官吏大权收归中央。在福建、广州、荆州等地设八旗兵驻防，派将军、副都统驻守，无世擅兵柄土地之权；
将三逆财产没收归官，充作军饷。同时，着手清除滇、粤、闽等处的地方积弊。撤藩对消除割据、分裂隐患，加强国家统一；划一地方建制，巩固中央集权制；清除积弊，促进经济发展，安定民生，都具有重大而深远的意义。
厉时八年的平藩战争，是对年轻康熙的最大考验，也是对清王朝能否奠定稳固统治的最大考验。年仅二十岁的康熙，虽然在撤藩的准备工作方面思考不周，存在一定的瑕疵，但是，他在十分被动，几乎国将不国的危机中，能够沉着应对，统筹兼顾，逐渐扭转战局，最终实现撤藩的目的，表现出了一个杰出政治家所必备的素质，也为后来的康乾盛世奠定了第一块基石。
