康熙六十一年（1722年）十一月十三日夜，康熙于北京畅春园病逝。
康熙之死在历史上颇有争议。一种观点认为他是因病不治而逝，是寿终正寝；而另一种观点则认为他是被皇四子胤稹毒杀而死。为什么会出现如此截然不同的对立观点，当要从康熙晚年时的皇位之争说起。
康熙在迈入老年之际，被众皇子激烈的储位之争弄得焦头烂额，心力交瘁，甚至担心自己不得善终，从而使他的晚年蒙上了一层灰暗的阴影。
康熙以前，清朝的旧制是皇帝生前不立太子。康熙是清朝第一个在皇帝生前预立储君的皇帝。他从幼年鳌拜专权，自己形同虚设的经历中认识到在最高权力更迭之际，皇位继承问题的重要性。与其自己过世后，由上三旗辅佐一个实同傀儡的幼年皇帝，不如自己在世时选定一个皇子立为太子，对他加以培养，以便自己去世之后，已经成年的太子可以马上接替他处理朝政，不使大权旁落。因此，三藩乱起后，康熙决定立自己的儿子胤初为太子，以安定人心。
康熙按照汉族立嫡立长的原则，选定不足两周岁的皇二子胤初为太子。胤卒乃的生母是康熙的第一位皇后赫舍里氏。胤初虽不是康熙的长子，却是他的嫡长子。嫡长子的身份，使胤初荣居太子之位。康熙十四年（1675年）十月十三日，康熙颁诏天下立胤初为太子，举行隆重的册立典礼。
为了把太子培养成合格的接班人，康熙对胤初的教育倾注了很多288心血。经过康熙的培养，天资聪慧的太子，学业进步很快，康熙认为太子“骑射、言词、文学，无不及人之处”，可见评价是很高的。
但是，随着皇太子年纪的增大，康熙、胤初父子的关系开始出现裂痕。康熙二十九年七月，清朝与噶尔丹之间的乌兰布通大战迫在眉睫。离京欲亲自指挥战事的康熙适逢此时感染风寒高烧不退，又为军国大事焦虑不安，夜不成寐。众大臣力劝皇帝回京调养，令太子与皇三子驰驿前迎。二皇子到来，前往康熙行宫请安，太子看到病中清瘦、憔悴的父皇，竟然没有一点担忧之色，言语之中也不见关心、安慰之语，康熙十分伤心和失望，自己寄予厚望的太子，竟然“绝无忠爱君父之意”，心里十分不快，令太子马上回京，父子之间的隔阂由此产生。
虽然太子的不孝令康熙帝十分失望，但还没有对他失去信任。在日后的一系列事件中，康熙又相继发现太子暴戾不仁的种种恶行，对太子的不满随之日增。如太子任意捶挞诸王、贝勒、大臣。又十分贪婪，他自己及属下任意勒索地方官员，对不能满足其私欲者往往进行加害。更甚者，太子还派人截留蒙古王公进贡的驼马，放纵奶妈之夫敲诈勒索属下等。胤初的所作所为与主张宽仁、节俭的康熙背道而驰，引起康熙的极大反感，最终决定废黜太予。
今日的储君，就是明日的皇帝。利之所在，人们便会趋之若鹜。
太子，无疑是人们大献殷勤的对象，这样久而久之就形成了以索额图为首的拥护太子的势力。
索额图是赫舍里氏皇后的叔父，太子的外叔祖。太子被立为东宫，他是当然的支持者，并成为支持太子的中坚力量。随着皇子们长大成人，太子之位强烈的诱惑力，使他们萌发出觊觎之心，暗地里瞄准太子的位置。当太子处于失宠和不利地位的时候，其他皇子们遂蠢蠢欲动，开始明争暗斗起来。这样，在康熙晚年，形成了支持太子的太子党，和以众皇子为核心的反太子党，甚至朝中许多官员都参与进去。康熙帝对此有所觉察，他深知党祸对国家的危害，所以对朝中出现的党争进行打击。大学士明珠是皇长子胤提生母惠妃的堂叔，为支持皇长子，他集结余国柱、佛伦、徐乾学等与太子党对立。康熙二十七年，明珠等人被御史弹劾有结党罪行，遭到罢斥，党争也暂时告一段落。
康熙三十七年三月，康熙分别封成年的诸皇子为郡王、贝勒，受封的皇子们势力大增，他们纷纷纠结私党，争夺储位。打击的共同目标便是太子和太子党。太子四面被围攻，到处是对他不利的言论。这些都在一定程度上加剧了康熙对太子的成见和反感。
为和众兄弟们抗衡，太子也加紧扩充自己的党羽，增强自己的权势，而这又使朝纲独揽、认为“国惟一主”的康熙帝感到皇权受到侵犯。康熙三十三年三月，礼部奏陈祭祀奉先殿的仪注中，将皇太子祭祀时所用拜褥与皇帝一样置于殿内，康熙认为这样做是上下不分、主次不清，命尚书沙穆哈将太子拜褥置于殿外，沙穆哈因为担心日后太子登基后怪罪，竟然请旨将其记入档案，康熙勃然大怒，将其革职。
这一事件使康熙产生了一种大势已去的感觉，感到失落和威胁。为牢牢控制自己手中的权利，康熙变得越发警惕了。
康熙四十年，索额图以年老乞休，被康熙批准。次年九月，在康熙第四次南巡途中太子患病，留在德州休养。康熙命索额图前往侍奉。十一月，太子病怠回京。第二年五月，索额图因“议论国事”、“结党妄行”罪被拘禁于宗人府，不久被处死。其真正的原因则是在曰后废掉太子时才说明的，即索额图辅助太子潜谋大事，也就是图谋篡夺最高权力，很有可能就是发动政变之类的严重事件。康熙认为太子之所以会如此骄纵妄行，完全是受索额图煽动蛊惑所致，索额图是“本朝第一罪人”。
康熙将索额图处死后，太子胤初的力量受到打击，但并未根本解决问题。康熙四十七年五月，康熙巡幸塞外，途中皇十八子胤榆患重病，始终不见好转，危在旦夕，康熙帝十分焦急，随从官员也替康熙忧虑。而皇太子却无动于衷，“毫无友爱之意”，康熙帝见他对手足290如此冷漠，十分寒心，于是对他大加训斥，太子非但不认错反而大怒，与康熙激烈争吵，还鞭挞随行的大臣和侍卫以泄愤，令康熙气愤不己，两人嫌隙更深。
更让康熙难以容忍的是，太子在出巡扈从期间，非但不知收敛自己的言行，反而行事更加乖张。他不仅向督抚大吏索取财贿，还淫乱无度，将民间女子留宿宫中。他的暴戾更甚于前，对诸王、贝勒动辄打骂，进而发展到对父皇公然对抗。而且最为重要的是，，康熙发现，胤初每夜逼近他所居住的幔城，从缝隙向里窥视，居心叵测。太子的这一举动，使康熙惊惧不安，提心吊胆，“不知今日被鸠，明日被害”，怀疑太子可能欲为索额图报仇谋害自己，于是决定立即废掉太子。
九月初四日，在巡视塞外返京的途中，康熙于行宫前召集全体随扈王公大臣，令太子跪在地上。老迈的康熙帝更显憔悴，他泪流满面、心伤不已地当众宣布胤初的丑行，最后指出，这等不仁不孝的人，断不能作为未来的国君，决定废掉他的太子身份。
为打击太子的政治势力，康熙下令将胤初拘禁，并处死、流放太子党中之首要人员。同一天，皇十八子胤j介病死，康熙经受废太子与丧失爱子的双重打击，身心疲惫，悲痛万分，身体因此而受到严重的损伤，自此之后健康状况大不如前。回到扎京后，他将胤初幽禁在咸安宫，并将废黜太子一事告祭天地、太庙和社稷，布告天下。事情完结后，他召集众子，希望他们能安分守己，不再生事。但事实却并不如此，太子被废后，形势却变得日益复杂。
太子之位出现空缺后，诸多皇子立即为争夺储位积极活动起来。
在诸皇子中主要是皇长子胤提，皇四子胤稹，皇八子胤禊及其支持者皇九子、皇十子等人拥有较强的实力。其中先以皇长子胤裎反应最强烈，皇四子最为隐蔽。
太子被废后，胤提错误地估计形势，认为身为长子的他会被立为太子，康熙觉察之后，反复明确申明自己并无立胤裎之意。胤提见自己无望，于是向皇父推荐胤禊，并提出处死太子的建议。此语使康熙十分震惊，感到问题的严重。不久，康熙革胤裎王爵，终身幽禁。由于皇长子向康熙力荐胤禊，使康熙认为他们结党谋夺储位，并欲杀害胤初，十分阴毒，因此对胤禊并无好感。胤禊在众多皇子中，势力很大，在朝中威信颇高。太子事件使康熙对胤禊产生了厌恶、戒备的心理，甚至认为“胤禊柔奸成性，妄蓄大志，谋害胤初”，命将胤禊拘审。尽管胤禊被痛责和拘审，但他在朝中的威望不减。
康熙在审查胤棍的案子时，弄清了一些事情的真相，对于太子谋害自己一事，经过太子的“绝无弑逆之心”的解释、表白后，也终于清楚，父子之间的矛盾得到缓和，康熙甚至又萌生了复立胤初为太子的想法。康熙四十七年九月废太子胤初后，他有意让众臣保举诸皇子中可为皇太子者，并声称“众议谁属，朕即从之”，而其实他仍属意胤初。不料佟国维等人带头保举皇八子初禊，而且得到群臣的一致响应。康熙认为初禊在朝中这样有威信、有势力，如果成为名副其实的皇储，其威望必将对自己构成威胁，难以控制。一旦出现这种局面，比胤初当皇太子更为难办。因此，康熙不顾群臣对初禊的支持和拥戴，于康熙四十八年三月初九日，复立胤初为太子，并告祭天地，宗庙、社稷。
太子的复立并未解决皇帝与储君、皇子与太子之间的矛盾。太子鉴于被废的经验，对自己的位置能否坐稳，心中没有把握，因此希望早日继位，结束做“四十年太子”的局面。而且，众皇子为与自己争夺太子之位，都私自结党，欲与之对抗，太子无党是万万不行的。于是胤初加紧纠集自己的势力，太子党重又形成。面对太子的重新被立，众皇子们并未放弃竞争，而是进一步加紧了争夺的步伐。于是，朝中太子党与反太子党彼此的斗争依然很激烈。
康熙本想通过重新确立太子，使皇子争夺储位的斗争渐渐偃息，然而事与愿违，诸皇子的争斗不仅未减，还有愈演愈烈之势。他还发现，只要立了太子，朝中就会形成两个中心，使自己的皇权遭到侵犯。太子没有继位，就要加紧活动觊觎皇权，希冀自己早日登基。而这种皇帝与皇储之间的矛盾，也使朝中的大臣十分为难，无论中立还是倒向任何一方，都十分危险，于是有“两处总是一死”之言，朝野人心颇为不稳。康熙清楚地知道不能让这种局面长久下去，否则结局将不堪设想，因此，康熙五十一年他毅然决定再一次废掉太子，并声明不再言立储之事。康熙朝太子的两立、两废在中国古代史上是仅有的，也足以说明当时矛盾的尖锐。在两废太子之后，为了防止诸皇子争储斗争再度上演，康熙帝不再言建储之事，也不许臣下建言立储。
形势表面上安定下来，但并不能抑制诸皇子对未来皇位的垂涎和争夺的欲望，谋求储位的活动仍在进行且有扩大之势。虽然这些活动大都以秘密的形式进行，但精明的康熙帝不可能不有所觉察。面对皇子们不断违背自己的意志，在自己在世时争夺最高权力，康熙的心情可想而知。
两废太子之后，争夺储位的斗争表面上趋于缓和，但实际上都在暗地里做最后的一搏。其中以皇四子胤稹最为高明。他不动声色，苦心经营，采取低调的方式，以王府的心腹为主要的支持者，在朝中争取自己的势力。他深知康熙的心理，使用“攻心为上”的策略。胤稹长期的苦心经营，终于使他成为笑刭最后的胜利者。
早在第一次废太子之时，康熙帝就强烈地感觉到自己的生命面临着威胁，不知今天被毒死，还是明日被杀害，以致昼夜戒备，不得安宁。精神上的抑郁、失望，加上每天处理政务的繁忙，使康熙的身体受到损伤。据史料中对康熙晚年的健康状况的记载，早在康熙四十七年第一次废太子时，康熙帝曾六晚不能安睡，心跳异常，衰老体弱，连病数月，经过一段时间的调养，虽然身体有所恢复，但长期的忧心忡忡使康熙没到六十就已须发皆白。康熙五十年，康熙北巡塞外时就要令人扶持而行。到五十四年时，右手已不能写字，五十六年则精神大不如前，常常觉得神志恍惚，而且脚背浮肿，疼痛难耐，常常不能走路。康熙五十七年时，身体更加赢弱，瘦得仅存皮骨，稍微早起就会手颤头摇，心跳之时，容颜顿改。由此可见，康熙晚年由于疾病缠身，神倦体乏，一直和疾病进行着顽强的斗争。在健康越来越差的情况下，康熙还要时刻提防被暗害、逼宫、不得善终的危险，从而加剧了精神上的负担，使得身体的调养和恢复更加艰难。
康熙一生都勤于政务，极力主张“权柄不能假手于人”，因此他对朝廷政务几乎事必躬亲，即使晚年患病之时，只要身体稍有好转便又开始工作。长期对政务的操劳，使年老体弱的康熙感到身体疲倦，力不从心。在他积十年写就的德诏中不仅对自己的一生政绩进行了评价，也抒发了当皇帝难、苦、累的感受以及身体赢弱多病，办理政务心有余而力不足的感慨。
康熙六十年，康熙病情加重，冬至祀天，由皇四子雍亲王胤稹代行礼。次年春，不顾身体上的不适，康熙又亲自观览民情，夏天照例到热河避暑、行围、慰抚蒙古，十一月左右返京后，不久又去南苑狩猎。多日的劳累使康熙身体更加虚弱，当时又值冬季，气候寒冷，康熙帝终于抵挡不住风寒的侵袭，得了重感冒引起了并发症。康熙六十一年十一月十三日夜，康熙在畅春园内病逝，结束他轰轰烈烈的一生，终年六十九岁，在位六十一年。“冰冻三尺非一日之寒。”从康熙的健康状况看，康熙帝的死，应该是久病缰身、过度劳累的结果。
至于康熙被毒死之说，主要是雍正的政敌们由于争夺皇位失败，故意制造一些雍正弑父夺位的传言，来发泄心中不满和愤懑的情绪。
康熙是一个非常注重养生、也十分擅于养生的皇帝，他在世期间，十分反对吃补药，尤其反对吃人参进行滋补。到了晚年，他更进一步认为南方人比较喜欢而且适合服人参之类的补药，但是北方人服人参则不合适。他轻易不服此种补药，怕有损无益。因此，康熙帝病重之时，得的又是重感冒，发着高烧，有“医生天子”之称的康熙帝怎么会服用他最厌恶的人参来火上加火呢？而且，康熙晚年为了能够得以善终，警惕性是很高的，谋害他并不是件容易的事，而利用康熙最厌恶的人参汤进行谋害，似乎过于愚蠢，更是不太可能。因此，胤294用毒药杀害康熙帝的说法很难站住脚。
在民间则还有一种流传的说法。康熙皇帝在病中时，降旨招胤褪来京，隆科多隐而不发，胤褪不到，于是隆科多传旨立胤稹为天子。
但是康熙起草诏书，应该由内阁拟文，交兵部所管驿站发送。隆科多只负责宿卫，他既非内阁成员，又非兵部主管，不可能摆布一切。而且，胤褪远在数千里之外，等他到达北京至少要二十多天，这么多天皇位一直空着，在诸皇子激烈争夺储位的情况下，降旨将胤褪招回，也是十分不明智和不实际的。康熙这么办的可能性不大，因此，这些传言都没有充分的证据，不能使人信服。
由胤稹继位引起这么多的传言，其实也不难理解。这可以说是争夺皇权斗争的余波。在有了新君后，失败的皇子们并不甘心，为了对胤稹进行打击，在他继位的合法性问题上大做文章，以试图东山再起。
康熙选胤稹做皇位的继承人，是胤稹多年努力、不断经营的结果。如果论才能，超过胤稹的皇子也有几位，但论政治手腕的高超，他的兄弟们则不能匹敌。胤稹清楚地了解康熙的心理和喜好，极力迎合。他深知谁能继承皇位，关键还要看康熙，谁能赢得康熙的好感谁就有可能继承大统。因此，胤稹注意自己的一言一行，办好父皇交代的每件事，表面上绝不与父皇争权。耐众兄弟，尽量显出友爱、重亲情的一面，因为康熙对皇子是否仁爱十分重视。而且，在争夺储位的活动中，胤稹以极秘密的形式进行，和众兄弟的相处中也很好地把握分寸，决不锋芒毕露，使自己成为众矢之的。
康熙身体不好，心境悲凉时，胤稹经常陪伴父皇游园散心，照顾和安慰体弱多病的老皇帝。更值得一提的是康熙临终前得到胤稹更多的体贴和关怀，即使他因替父皇代行南郊大礼，未在父皇身边的时候，每天还要派人请安，有时甚至一天三次。“人非草木”，谁都需要关怀和温暖，身受病痛折磨，心灵脆弱敏感的康熙帝更是如此。胤祺的孝行，势必会在康熙帝心中留下深刻的印象，占有一定的位置。同时，胤稹在康熙诸皇子中又是很有才能的一位，具备继承皇位、治理江山的素质。这一点，康熙帝也是清楚的，后来也为历史所印证。康熙逝去后，胤稹作《廿次述哀》诗：
慕思君父泪千行，四十余年顾复长。
高厚深思悲罔极，瞻依情切托靡方。
天颜咫尺忽成隔，庭训趋承难再望。
提命谆谆犹在耳，樽彝肃肃总摧肠。
衔哀但觉苍曼远，举首惟悲白日凉。
展转心增风木恨，劬劳忍诵蓼莪章。
仙耕已返层宵上，夜梦仍亲御座傍。
海水可枯石可化，终天仰恋讵能忘！
诗作表达了他对父皇逝去的哀伤和怀念之情。雍正元年（1723年）九月初一日，康熙帝玄烨被安葬在景陵，尊溢号合天弘远文武睿哲恭康熙帝在位六十一年，是中国古代历史上在位时间最长的皇帝。他对自己的一生有过这样的一番评价：“几十年来孜孜求治，小心谨慎，数十年如一日，基本做到天下安定，家给人足。”此番评价是符合事实的。他所开创的“康熙时代”也成为历史长河中光辉灿烂的一页。
