（丁丑），以倭寇攻陷兴化府城，命提督两广都御史张臬总督广、闽军务，调度兵马，分部击之。罢巡抚都御史游震得回籍听勘，令总兵官刘显戴罪剿贼，逮参政翁时器、参将毕高至京问罪。初，兴化败书闻，震得已坐失事夺俸。既而巡按御史李邦珍言：『震得一筹莫展，宜简命大臣有济变才者，假以重权，亟往拯之』。南京科道官范宗吴、张士佩等亦言：『贼薄兴化时，震得诈疾告休；及城陷，则避之福清，不肯督兵救援。显屯军江口，远在三十里外驻营，未闻提兵决战；而时器与高闻变，即缒城夜出，尚未识其所往。请各置之理』！俱下兵部——议覆：『大臣有威望、累着擒贼之功者，一时无如臬贤；宜重用之。震得等诚驽怯有罪；但显素得士心，临敌易将，恐一时难其代者。宜令立功自赎，俟事宁并论』。上然之，乃有是命。
戊寅，福建福宁倭寇自政和等县袭攻宁德，破之；趋罗源入海，转薄连江登岸。时宁德已四陷矣。
（四月）庚申，福建新倭自长乐登岸，流劫福清等处。总兵官刘显、俞大猷合兵邀击于遮浪，歼之。平海倭引舟出海，把总许朝光以轻舟抄之，斩首四十九级；贼乃尽焚其舟，还屯平海。
丁卯，副总兵戚继光督浙兵至福建，与总兵刘显、俞大猷夹攻原犯兴化倭贼于平海卫，大破，平之；斩首二千二百余级、火焚刃伤及堕崖溺水死者无算，纵所掠男妇三千余人，复得卫所印十五颗。自是，福州以南诸寇悉平。
（乙亥），巡按广东御史陈道基以正月间潮、惠二府倭患闻，乞速命督、抚诸臣调兵分剿。诏总督都御史张臬严督各官调集汉、达官军协力剿灭以靖地方，毋怠！
（五月庚辰），按福建御史李邦珍以二月中福建倭寇攻陷宁德、平海城及都指挥欧阳深死状闻，因言『破平海者乃闽之南境贼，其初自福清等处登岸；破宁德者乃北境贼，其初自福宁登岸：皆闽中大患——而南贼尤剧。已经累次调兵剿捕，而总兵俞大猷赴援濡滞、游击何本源等私掣回戍兵，致忠将陷没、地方失守。乞明示赏罚，以昭劝惩』。上从部议，令张臬、谭纶严督刘显等协力剿之，刻期荡平；大猷姑戴罪自效，本源下巡按御史逮治。欧阳深赐棺殓银五十两，荫一子为世袭指挥佥事；仍立祠祀之。
（六月庚戌），巡按御史李邦珍勘上福建剿平旧倭状：『先是，贼两破宁德城，屯据横屿。屿去县十余里，四面皆水；路险隘，不便深入。故官军与贼相守逾年，莫敢决一战者。四十一年七月，总督尚书胡宗宪檄浙江参将戚继光部浙兵七千余人援之；令军中人持草一束，填河而进。遂大破贼巢，平之；生擒九十余人、斩首二千六百余级、焚溺死者无算，夺被掳三千七百余人、印二颗。乘胜剿福清牛田寇，又破之；追至兴化，同副使汪道昆等用火夹攻贼营，焚斩几尽。捷闻，下邦珍勘实』。兵部覆：『诸臣赏宜从重；宗宪虽去任，仍当优录』。上命赏宗宪银二十两、彩币二袭。升继光署都督佥事，升都指挥戴冲霄二级，道昆及浙江监军副使王春泽、把总等官吴惟忠等一十九人各一级；仍与福建副使等官金立敬等四人各赏银有差。是日，浙江巡抚赵炳然亦报福建余贼于四月中流入浙江界，官军迎战于连屿、陡桥、石坪等处败之，斩首百余级；既而新倭百余人亦犯石坪，我军乘胜追剿，无一生还者。疏下，兵部议覆；得旨：『炳然督剿倭寇一月两捷，赏银四十两、彩币二袭；宜益用心饬备，以副委任』。
（七月壬辰），巡抚福建都御史谭纶以四月中平海大捷闻，言『贼自兴化破城后，乘胜攻陷平海据之。我兵方议大征，会长乐县新倭自福清渡江，谋趋平海合营；总兵俞大猷、刘显遮之于途，擒斩几尽，余党俱遁入海。平海贼闻之，始惧，欲逃；
为官军所扼，不得出，乃移营渚林迤南。时副总兵戚继光自浙江应调至，臣素知其勇略，使领中军；显左军，大猷右军。及战，继光先进薄贼巢，左、右营继之，四面合围；因风纵火，贼死战皆灼烂，巢中积尸及溜，无一人得脱者』。因叙诸臣功，以继光居首，显、大猷次之，募兵督战如副使汪道昆、参议万民英又次之，先驱陷阵如把总胡守仁等又次之，邀贼助阵加义士许朝光、刘文敬又次之；而二司、府、县等官万衣等之给饷、纪功、屯兵、分守，均宜叙录。至于江西巡抚胡松、南赣巡抚陆稳、浙江巡抚赵炳然调兵赴援之功，亦不可泯；而原任巡抚游震得指授于去任之日、参政翁时器效死于戴罪之时，劳绩并着，固不当以昔之过而尽掩其功也』。疏下，兵部议覆；得旨：『天地、宗庙垂佑，八闽底宁；各官协谋戮力，功实可嘉！纶升右副都御史，巡抚如故；继光署都督同知，仍荫一子为锦衣卫正千户：各赏银三十两、纻丝二表里。显于祖职上升二级，与大猷各 赏银二十两、纻丝一表里。道昆升一级，民英升俸一级，守仁等二十一人各升二级；朝光、文敬各授原籍所镇抚，仍与守仁等各赏银十两。炳然、松稳各三十两、二表里，衣等十二人各五十两。震得令按臣详勘前后功罪以闻，时器仍逮京从公问拟』。
（九月丙申），故海寇王直余党洪迪珍降，伏诛。迪珍，漳州人。初，与直通番。后直败，其部下残倭乃依迪珍往来南澳、浯屿间；惧官军诛之，声言听抚而剽掠如故。至是势穷，率其子文宗自诣福建海道副使邵楩所，愿立功自效。总督都御史张臬收下狱，驰疏以闻；诏即地斩之。
（十月）辛亥，福建巡抚谭纶条陈防海善后事宜。兵部覆行其五事：『一、复水寨。旧制，自福宁南下达漳、泉，置水寨五，以扼外洋；法甚周悉。今宜复旧，以烽火门、南日山、浯屿三〈舟宗〉为正宗，铜山、小埕二〈舟宗〉为游兵。寨设把总一员领之，而为之分信地、明斥堠、严会哨、殿功罪，使总核有经，坐收实效。一、处兵将。副总兵戚继光宜擢为总兵，镇守全闽；仍增设坐营都司一员、把总二员，充其任使。其原设三路参将，悉宜改为守备。总兵官俞大猷宜复还伸威营，与南赣军门事权为一，在福建止备汀、漳二府山寇。一、处客兵。福建所募浙兵列为二班，班各九千人。上班者以七月初一日为始，用防秋汛，至十月散回；下班者以十月初一日为始，赴戍所防春汛，至六月终散回。更番迭上，岁以为常；不得变乱行伍，违误戍期。一、团练主兵。各县额设民兵，宜汰其老弱，尽以精悍者充补。仍分为二部：一属本县掌印官训练防守，一属巡捕官赴府团操。每府委武职一人，统督该府掌印官监督；兵备道以时阅视，别其勤惰而赏罚之。一、申明职守。沿海及腹里府州县与卫所同住一城及卫所自住一城者，若遇攻围不能固守，卫所掌印、捕盗官俱照守边将帅失陷城寨律，斩；其府州县捕盗、掌印官送部，降级别用。自今宜申明职守，着为定例』。上命兵部同三法司详拟失陷城池罪例以闻，余如所议。……吏部亦覆论二事：『一、重监督。大将临戎，非素所同心文官与之终始，则临事矛盾，成算有乖。今升级副使汪道昆本监戚继光军，宜即升为本司按察使，与继光共理兵务。一、举贤能。参议金淛、运同刘汝顺、同知刘宗寅久居闽地，习其土俗；遇有升迁，请即于本省推补』。……诏俱允行。
（嘉靖四十三年二月戊午），福建总兵戚继光追击仙游县残倭，大破之。时闽中旧倭略平，余党复纠新倭万余攻仙游县城，围之三月。继光引兵驰赴之，大战城下；贼败，趋同安。继光麾兵追至王仓泙，斩首数百级，坠崖谷死者无算；余众尚数千，奔漳浦县之蔡丕岭。继光分其兵为五哨，身自持短兵，徒跣缘崖，披荆棘而上，迫垒；贼伏发，继光气愈厉，督各哨兵入贼巢，殊死战，擒斩又数百人。于是，闽寇悉平；其残寇得脱者流入广东界，掠鱼舟入海。（三月己未），广东官军击潮州倭寇，破之。……
（四月丁丑），福建巡抚都御史谭纶以王仓泙、蔡丕岭捷闻，诏先赏纶与总兵戚继光银、币，其余有功者俟勘至并叙。（六月）辛卯，广东官军大破倭寇于惠州海丰县。倭初自福建流入广东，会两广、南赣各军门征调汉、土兵大集，乘其初至，急击之。贼惧，悉奔崎沙、甲子等澳，夺渔舟入海；遇暴风，舟皆覆溺，得脱者仅二千余人，留屯海丰金锡都。总兵俞大猷帅官军四面围之，相守且二月。贼食尽，欲走；报效副总兵汤克宽伏兵大埔察窖口以待之。贼至伏发，贼乃大惊扰；克宽斩其枭帅三人。参将王诏等兵继进，贼遂大溃；擒斩千二百余人，各哨军前后所得零贼又一千余人。于是余倭无几，不复能军，散遯入山薮；各兵乃分道搜之。
（嘉靖四十四年四月甲午），倭寇自浙江台州海洋突犯福建福宁州，总兵戚继光督参将李超、把总魏宗瀚合水陆兵击败之，斩首二百余级。乘胜追剿原犯永宁倭，斩首百余级。
（七月壬寅），巡抚福建都御史汪道昆以四月中总兵戚继光等追剿福宁、永宁二处倭寇状闻；诏御史核实论功，仍先赏继光、道昆及参将李超、把总魏宗瀚银、币有差。
（八月丁丑），广东巨寇吴平等驾船四百余艘出入南澳、浯屿间，谋犯福建；把总朱玑、协总王豪引兵击之。海中贼奄至，围官军数重；玑、豪俱陷没。事闻，诏闽、广抚镇官严督兵将协心夹剿，以靖地方；不许推诿误事。其各官功罪，俟勘明议处。
（九月）丙申，罢浙江宁波府市舶议。先是，言者尝欲比广东事例，开市舶以通海夷。至是，浙江巡抚都御史刘畿言：『宁波旧设市舶司，听其贸易，征其舶税。行之未几，以近海奸民侵利启衅，故议裁革。今人情狃一时之安，又欲议复。不知浙江沿海港口多而兵船少，最难关防；此衅一开，则岛夷啸聚，其害有不可胜言者』。户部亦以为然，事遂寝。
（嘉靖四十五年正月庚申），革惠潮总兵俞大猷职闲住，命福建总兵戚继光兼管惠、潮二府并伸威营总兵事。先是，四十四年十月初，官军围海贼吴平于南澳，继光将陆兵、大猷将水兵夹击，大破之；平仅以身免，奔饶平县之凤凰山，其众稍稍集，势复振。时继光留击南澳余贼，独大猷所部参将汤克宽、李超、都司白瀚纪、傅应嘉等引兵蹑平后，连战俱不利；平遂趋樟林，掠民舟出海。事闻，福建巡按御史陈万言奏：『平初溃围得脱，系大猷等所分信地；及追战，又不力：法当重处』。广东巡按御史陈联芳复劾大猷在广数年，民兵相继煽乱，束手无策；宜急择良将代之。上乃黜大猷，而命继光兼镇闽、广。时克宽已升狼山副总兵，因广寇未平复留，听继光节制；候功成之日，方许离任。
（四月壬戌朔），闽、广官兵追击海寇吴平于安南万桥山澳，大破之。初，平自阳江乌猪洋战败，奔安南。提督侍郎吴桂芳檄安南万宁宣抚司发兵征剿，遣参将汤克宽、都司傅应嘉等以舟师会之，夹击于万安桥山下。会暮，大风；我军用火攻，焚平乘舟；平军大败，赴水死者无算，官兵生擒贼众及斩首共三百九十八人。
（九月）壬辰，复设柘林守备，以澄海、潮阳二县水兵隶之，令往来南澳及河渡门等处备盗。时吴平既败，余党陈新老、林道干等后窥南澳。议者以南头参将去海洋远，不便弹压；欲于南澳别设参将，募重兵守之。侍郎吴桂芳以为澳中地险而腴，在胜国时设兵戍守，其后戍兵即据之以叛；此所谓「御盗生盗」，覆辙昭然。不如置戍柘林，而以南头参将及该府捕盗官节制、督察之便。报可。
（十二月甲午），初设福建海澄、宁洋二县，以其地多盗故也。
