（十二月乙已朔），兵部尚书梁廷栋上言：『闽寇之起也有二，其猖獗也有四，其蔓延而不可扑灭也有二。请言其起：闽地瘠民贫，生计半资于海——漳、泉尤甚。故扬航蔽海，上及浙直、下及两粤，贸迁化居，惟海是藉。自红夷据彭湖而商贩不行，米日益贵；无赖之徒，始有下海从夷者——如杨六、杨七、郑芝龙、李魁奇、锺六诸贼皆是：此贼起之一。闽之土既不足养民，民之富者怀资贩洋——如吕宋、占城、大小西洋等处，岁取数分之息；贫者为其篙师、长年，岁可得二、三十金。春夏东南风作，民之入海求衣食者以十余万计。自红夷内据，海船不行；奸徒阑出，海禁益严。向十余万待哺之众，遂不能忍饥就毙；篙师、长年，今尽移其技为贼用：此贼起之二。其猖獗也，承平日久，武备全弛：兵船非不大造、小造，汛地亦有春防、秋防；而篷不可扬风，船不可破浪，涂人像卒子虚乌有，有警惟恃欺掩，而贼始大肆无忌。此狷獗之一。贼外附红夷，于是杨六、杨七抚矣；杨六、杨七抚，而余党仍归郑芝龙。至芝龙，则所资者皆夷舰、所用者皆夷炮，连〈舟宗〉至数十百艘；又能不妄淫杀、不妄焚掠以假窃仁义之名，故附之遂以日众：此猖厥之二。芝龙起，杨六、刘七逃——李魁奇、锺六皆其徒党，兵船、民船悉被焚掠，而海尽贼矣。在芝龙，实无一日忘抚；地方士民苦贼，亦群上书抚、按代芝龙求抚。盖芝龙虽少杀掠，然海绝营运、地值旱饥，漳、泉之民死亡已逾十三。积敝之后，振刷为艰；残破之余，收拾不易：故不得不出于抚。此猖獗之三。芝龙既抚，当事者若能推诚待之，藉其人船、器炮以剿捕余党，归正者稍为安辑；则贼早平矣。无如因其既抚而易视之，且有所挟以苛求焉：责之以剿捕、靳之以月饷、苦之以点阅；李魁奇遂劫其人船、器炮以复叛，而漳、泉之焚杀无虚日矣。此猖獗之四。新抚之寇，苦于文法之督过与贪弁、势豪之索勒，愤懑已极；魁奇乘之，意在败抚以杀芝龙，而以身要抚如芝龙昔日图杨六、杨七之故智。故一哄于广东之电白，而副将陈拱之舡二百被焚；再哄于兴化之吉了，而金富、廉贡、王猷之舡二百亦烬。芝龙乃自裹糇粮、备器用之闽之粤，日与寻杀；然而兵寡力单，悉被挫衄：此蔓延而不可扑灭之一。今春芝龙结锺功；
不惟攘其功，且问贼之筐箧。或所获者巨室戚属、势豪仆役，则又诬以擒杀平民。于是地方不患贼而患兵，不苦贼而苦官、苦豪。若部署乡民，多悬赏格；移养兵之金钱、出空衔之部札，能率百人以上擒贼自效者即与一札，累功百余即准实授员缺。生员人等或能纠众杀贼累功百余者，附准廪、廪准功、吏典准咨部听选；得贼资器悉赏其人，官不得问：则人人皆兵、人人皆将，有兵之赏，无兵之费。又令粤镇移驻惠潮以抑贼之下流、浙镇移驻沙埕以制贼之上游，而一切以乡兵悬格之法行之，则敌之者众而贼不足破矣。何谓与其生？夫一日不再食，虽父母不能谢其子。即设法解散、擒捕，只可以已既乱之贼，不可以已将来之贼，旋扑亦恐旋起耳。不如乘此红夷警息，稍宽海禁，给引出洋；使十余万之众皆得有所衣食——如神庙末年海舶千计、漳、泉颇称富饶；其时即令之为贼亦所不屑，何至有今日之乱乎！况海舶既出，又得藉其税入以造舡、养兵、裨益地方不浅矣』。帝谓『戢御各款，具见筹划；命依议饬行。至海禁之开，利害孰胜？仍令抚、按酌妥以闻』。
（壬戌），兵科给事中魏呈润陈闽海剿灭机宜六款：一曰重守土以练民、、二曰严信地以核兵、三曰给功票以用间、四曰募渔户以夹援、五曰酌洋禁以通商、六曰连道属以兼制。帝谓『所奏多有可采，但严保甲与开洋禁似难并行。所司从长酌覆』。
（崇祯四年春正月丙申），福建贼锺斌啸聚山海，为害日久。郑芝龙、郑芝虎等统六共图魁奇，锺六亦令其伙栖竹来约芝龙。在锺六只欲自郑图李，剪其所忌而无意于抚；在芝龙只欲藉锺收李，先孤其援以待后举；在地方当事祗束手旁观，幸渔人之收耳。魁奇既获，锺遂有其人众、舡器，其势益张，而防芝龙且益密；拥众海上，藉名要赏，实不欲抚。若能许以维新，题授一职以羁縻之，多方招徕以解散其党，锺六即狡，无能为也。乃计不出此，坐视掠杀以去。今且扬航入浙之沙埕，归而纵兵抢掠矣。此蔓延而不可扑减之二。然而臣谓贼不难平也，其策有四，惟在携其党、散其众、树其敌、与其生而已。何谓携其党？今日之锺六，断无赦礼，能得空名部札数道阴诱其伙栖竹、瑞云等贼，许以擒锺自续，且准实授官职；而更授策芝龙以合图之，锺六之首可旦夕致麾下矣。何谓散其众？贼之受抚也，其伙动以万计；其桀骜不肯安于无事者，大约十（千）余耳。杨六、杨七抚而此辈归芝龙，芝龙抚而此辈归魁奇，魁奇擒而此辈仍归锺六；即异日锺六擒，栖竹、瑞云抚，此辈又将引领他属矣。非其人喜乱，亦势逼之而然。盖其人欲散而归农，则不胜邻里之侧目；欲聚而为兵，则不胜文法之征求。兵之饷不得领而贼之名不可易，惟有终其身归贼而已。若肯宽之一面而调之别处，或防登莱、或防旅顺，即身（自）备安家、行粮，亦其至愿：此皆地方官绅所详知，第莫为申请耳——如昔年抚贼袁进以防登行而安静无变，是其验也。此数千桀骜之贼一去，而余伙无能为矣。何谓树其敌？民被贼久，亦既人自为战、家自为守矣。所苦者乡兵，得贼，官兵掠以为舟南下，于十一月十三日战平林湾，锺圭败死，其部党俱逃溃。十九日，复犯崇武东，道标千总王佐、朱臣督兵继至，阵斩贼首十一颗，生擒真贼一名。二十五日，贼奔平海；郑兵追及，锺贼丧魄，悉弃巨舰、器械，伏匿小舡潜遁粤中。巡按罗元宾驰檄两广会师夹击，仍令芝龙兄弟奋力追袭，以擒灭为期。随于正月二十一日芝龙自烈当城出师，次日抵古雷湾，侦知锺船伏南澳宫前；芝龙四鼓分兵而进，锺贼亦分队预防。比我舡至，四旁围攻；锺斌一舡突出海外，驾走如飞；芝龙督把总陈经武、陈豹等扬帆遍追，不得踪迹而回。于是散捕党与，共计犁沈贼船九只、攻擒贼船十一只，阵斩二百九十级：元宾捷书以闻。帝命再督芝龙等并力擒捕，务期必获，不可以穷寇置之。
（丁酉），福建巡抚熊文灿续解本省援兵月粮并那解银二项，帝命照数核收。
（辛丑），叙广东、福建剿平山寇功，文武各官并士民升赏、纪录有差。
（二月丁卯），福建巡按罗元宾疏覆兵科给事中马思理「条议海寇未靖」一疏言：『闽中年来夷寇交讧，海滨之民未得安居乐业。而原任工部侍郎董应举实心干济，加意绸缪；处湖海而分庙廊之忧，保桑梓而增省会之障：命其子南京前卫经历董名玮招练乡勇、联络渔兵，俾水陆之声势藉以壮观。因此巨魁授首，贼氛渐靖。福州一路幸安衽席，皆应举之功也。若郑芝龙已能为吾用命，无复往时要挟之状；驾驭操练在臣与道臣，自应有以摄其气而柔其心，无容再议。惟彭湖孤注海外，去漳、泉度河二千里而遥。往红夷难作，欲踞此地，窥吾门户；特设游击一员，统兵驻之。但闻此地无高山深泽，耕牧不便，戍守为难；
又茫茫巨浸之间，训练、稽查皆非易事：撤其外以实其内，亦今日救时急着。而说者谓海寇未靖，恐有不逞之徒一旦乘虚窃据，便贻他日无穷之忧；则目前惟有严虚冒、慎进止，姑俟氛祲渐消，即为更置之图：此为确论也』。
（己巳），福建巡抚熊文灿以大计被参，疏请罢斥；帝温旨慰留。
（五月丙戌），海寇锺斌负郑芝龙两创之后，潜遁外洋，莫可踪迹。巡按罗元宾与芝龙及刘世科等计议，令其阴布哨探，伺诸金门上下间。已而果得其踪迹于沙洲官前，芝龙等鸣钲直进，复潜遣舟师从外洋夹攻，困之于甘桔洋中；贼力竭势穷，身投蛟窟，获其所坐之舡，其厮仆沈溺者无算，生擒八十余人：元宾列状以闻。帝谓『奏中铺奖过多，仍令确核覆奏』。
（秋七月）丙申，福建巡抚熊文灿以海寇李魁奇、锺斌相继殄灭，海上肃清；因上疏备陈通洋利害，并述诸臣条议请开漳、泉二府洋禁以苏民困而足国用。章下所司。
辛丑，广东道试御史宋贤上言：『从来寇盗窃发，要在治之得人、处之有方，斯不难化绿林为赤子，消祸乱于萌芽；断非泛泛然一抚即可结局者。臣请得而分言之。诸盗中惟郑芝龙为可抚。盖当日纵横海上虽势甚猖獗，然闻以劫富济贫为口实，从不攻一城、戮一民，其意颇善。此所谓草泽英雄，可收以为用者。故一抚即自帖服，且能出其死力歼其党类以报效朝廷；故闽、广咸嘉赖之。若山、陕，则悍卒顽民相煽为乱，其勾连套插陨我官兵、戮我苍赤、破陷我城池，逆恶滔天，不容于死；而当事者犹执抚之一局以养乱纵奸，臣不解也。盖抚之之法，必我之声灵克振，足以制其死命；使彼惮而不敢逞，其抚局始坚。苟不察其顺逆向背，一味退缩、百计央求，是养饥鹰、止儿啼耳；何其懵也！即今神一魁抚矣，未见其讨贼自效如郑芝龙，徒区区假级冒功；臣恐归情之真伪，尚未可知也。况近闻三秦时势，兵以抚而益懈，寇以抚而益骄；倘一旦勾连反侧，祸将更烈。今抚臣业奉「亲历行间」之旨，不于此大展兵威、亟奏荡平，复何待也；至曹、濮之寇盗，抑又有异焉者。以其间皆莲妖余孽，出入不时、聚散不常：官军未至，则跃马鸣镝；官兵一至，则抛戈荷锄，乡邻不敢举、官府莫能辩。故遍地是贼，而终难执真贼是何人；是处皆巢，而终莫定巢穴于何所。良楛共器，玉石难分：此又非抚剿所能除者。臣谓宜速谕山东、河南、北直抚按查（曹）、濮周围三百里州县，尽选调廉能甲科，同心分治：务令省刑罚、薄税敛以爱养之，使不忍为盗；严保甲、练乡兵以镇压之，（使）不能为盗。仍密访勤捕，取真正渠魁而歼之；则先事消弭之计得，纵有窃发，不难折棰驱之矣』。
（冬十二月壬申），吏科给事中曹履泰上言：『海寇之乱，自郑芝龙就抚、李魁奇锺斌相继擒灭之后，比来海波不扬，濒海百万生灵得以安居乐业，似可无虞；然正未足恃者。盖之海之有寇，譬如秋林坠叶，旋扫旋有；不可偷一日之安，忘百年之计者。而欲为先事之防，其道有四：一在择将、一在精兵、一在除民害、一在定应援。四事兼备，然后严保甲、清巨窝、禁接济、除向导：种种防御，庶或恃以无恐。苟不此之务，而专以海上事任芝龙办之，此臣不能不为之鳃鳃过计者也。若夫爵赏刑威，乃惩劝大柄。以纳贿酿祸之俞咨皋，不即弃市，尚使之苟延视息；何以严失律之警！熊文灿四年劳苦、一旦廓清，论功自应超擢；而曾无一级之迁，恐无以风励豪杰！臣因为封疆计而并及之』。帝谓『所陈有裨善后机宜，令议饬行。文灿向曾被参，今特恩委任，足示风励；宜悉心料理，以俟课绩论叙』。
（崇祯五年春正月壬戍），兵科给事中林正亨以闽寇初安无事，愈当为有事之防；惩前毖后，不可不豫图救弊长计：疏陈裁冗员、定汛地、实营伍、修战舰四事。章下所司酌议。
（二月辛卯），广东巡按梁天奇以流贼锺凌秀突出龙南，而守备刘锺秀官兵损折；又窥入南、韶，而乐昌知县林开馥被掳：开馥虽经放还，种秀匿不以报。乃特参失事将领李廷基、邓懋官及南韶降级道臣瞿士达、韶州知府吴士熙、捕盗通判翁日扬等。
