闰六月初三，唐王一行乘舟至水口驿。水口驿各部官员早准备好龙舟大船，恭候圣驾。唐王却婉拒不御，乘民间小舟上岸，不许设彩缦鼓吹相迎。百姓见唐王俭素如此，莫不额手称庆。郑芝龙迎唐王至驿馆，各部官员俱在驿馆等候朝拜。唐王至驿后，阶下百官行四拜礼，唐王谦恭回礼，赐答两拜。见百官之中十余人身着素服，诧异地道：“公等为何身着素服？”
何楷等人跪拜道：“臣等皆为南京旧臣。南京沦陷时，我等未能尽臣子之忠，如今乃待罪之身，请陛下治罪！”
唐王叹道：“此皆马士英、阮大铖等奸臣误国，非你等之罪也！若要治罪，当究马士英、阮大铖二人，与你等无关。”
马士英、阮大铖后闻唐王之言，终生不敢踏入福建一步。
唐王道：“省城闻行在择布政司，一时官吏搬移并修理，未能猝办，暂于总兵府驻跸。各宜仍旧，勿得营造，致滋劳费。”令随行出御银修葺总兵府，随行面腆答道：“御银只剩银一百五十两。”百官闻言，纷纷落泪。唐王点头道：“一切从简便可，切勿取之于民。”
初四日，唐王下旨：“孤今监国闽省，遵照祖制，举用阁部等官，虚心听纳，惟慎惟公。除不忠先帝皇上负国害民者概不录用外，藩院诸衙门既会议确当，即允所启分别摄事还职。”
唐王从杭州一路南下，途中除博览群书之外，常思考着北京、南京覆灭的原因，对朝廷党派纷争痛彻心扉，常叹道：盖国家之治，必文武和于上，始民兵和于下。不然，立败之道也。历代之受患，莫过于群臣朋党之最大。于今两京之覆，二帝之伤，皆此故也。为帝者，必用舍公明。又何有乎东林、门户，魏党、马党之纷纷哉！三党成，偏安矣；四党成，一隅矣！
唐王在监国之初，便有了舍门户之见，除朝廷党争的主张，监国后更是举贤任能，用舍公明，但责后效，不计已往。
闰六月初七，黄道吉日，唐王入城以郑芝龙南安伯府为行在，就任监国，祭告天地、太庙，受臣民朝拜。
郑鸿逵突然上疏，请监国即帝位于福州，以正位号。朝中群臣均感突然，大多赞成唐王先监国，缓正位，待收复失地之后再登基称帝。郑鸿逵道：“今江东、江南、两广、云贵一带，皇室后裔甚多，臣南下福建时，就曾听闻浙东张国维、方国安、王之仁、钱素乐、张煌言等人商议拥鲁王监国于绍兴，如此天下便有二监国，若其他藩王纷纷效仿，天下政令必乱。陛下乃千古圣明之主，臣以为若不正位，无以厌众心以杜后起。如此天下一心，政令方可通达天下！”
郑芝龙本来觉得唐王现在就即帝位，未免太过匆忙，但郑鸿逵是他胞弟，又见他说得有理，便也开始赞同。黄道周本来就有此意，自然是举双手赞成。其他持不同意见者，也觉得郑鸿逵说得有理，更何况唐王若即帝位，各定策勋臣皆得升官封侯，乃天大的好事，自然不肯错过。于是跟着纷纷劝进。
唐王虽是数辞，但心中也有此意，于是在闰六月二十七日，登极称帝，诏告天下曰：“朕以天步多艰，皇家末造，忧劳监国，又阅月于兹矣。天下勤王之师既以渐集，向义之心亦以渐起，匡复之谋亦渐有次第。朕方亲履行间，鼓舞率励，以观厥成。而文武臣僚咸称萃涣之义，贵于立君。宠绥之方，本乎天作。时哉不可失，天定靡不胜。朕自顾缺然，未有丕绩，以仰对上帝，克慰祖宗。而临安委辔，尊攘无期，大小泛泛，如河中之木，朕敢不黾勉以副众志而慰群望？朕稽载籍，汉光武闻子婴之信，以六月即位鄗南，即以是年为建武元年，诞膺天命。昭烈闻山阳之信，以四月即位汉中，即以是年为章武元年，立宗庙社稷。艰危之中，岂利大宝？亦惟是兴义执言，系我臣庶之望故也。以今揆古，即以是年为元年。其承天翊运定难功臣，悉以次第进爵行赏。分茅胙土，稍俟恢复，以勒勋庸。其翊运宣猷守正文臣，亦以次进级，别需来章。孝秀耆宿军民人等俱依前谕优给。行在所山川鬼神除淫祠外，皆遣正官祭告，以示朕缵绪为天下请命之意。”改是年七月一日为隆武元年，福建改为福京，福州改为天兴府，颁诏并大赦天下。
隆武帝进封靖虏伯郑鸿逵为定清侯，南安伯郑芝龙为平夷侯，郑芝豹为澄济伯，郑彩为永胜伯。黄道周、高宏图、姜曰广、何凯等人为大学士，阁臣达三十余人。郑芝龙经营福建多年，隆武帝甚为依仗，令其兼任兵部、户部、工部尚书，各部之中大都是郑氏兄弟的亲信。
郑芝龙带长子郑森入朝见驾，隆武帝见郑森英俊潇洒，一表人才，非常喜欢，听郑芝龙说郑森曾就读于南京国子监，拜东林大儒钱谦益为师，得他悉心传授，便考问了郑森一些问题，见郑森对答入流，且对朝政、天下大势等见解独到，对郑芝龙叹道：“朕若有女，定将她许配给汝子。只是朕年过四旬，膝下尚无一子一女，奈何？朕欲收郑森为义子，赐姓为朱，爱卿可舍得？”
郑芝龙大喜，跪下谢恩道：“谢主龙恩！犬子愚钝，能得皇上垂爱，此乃臣家门之幸也！”
隆武帝也非常高兴，将郑森赐姓为“朱“，改名“成功”，以示成功中兴大明之意，封忠孝伯，官拜御营中军都督。百姓皆称郑成功为“国姓爷”。郑成功得以自由出入宫中，与隆武帝成为莫逆之交。
隆武朝廷虽人才济济，奈何军政、财务大权几乎都集中在郑氏兄弟手中，黄道周等人处处被郑芝龙掣肘，隆武帝也毫无办法。
每次上朝，郑芝龙皆以当今天子乃自己所立，居功站在东班第一位，黄道周、何楷等人只得曲居其后。时文武百官上朝，东向为尊，何楷早就看不惯郑芝龙飞扬跋扈，居功自傲的样子，数日后实在是忍受不住，当廷指责道：“文东武西，此乃太祖皇帝之制。平夷侯身为武臣之首，为何不尊祖制，妄自尊大，站在东班？”
郑芝龙哪会把何楷放在眼里？斜眼瞧了瞧他，方才道：“文东武西，虽为祖制，太祖皇帝却让徐达排在东班之首，是何道理？”
黄道周性情耿直，眼中也揉不得半点沙子，早就以敢言敢谏，名闻天下。见郑芝龙实在过分，当即反驳道：“徐达乃我朝开国元勋，平夷侯如何能跟他相比？！”
郑芝龙道：“我统兵恢复福建，功劳难道在徐达之下乎？”
何楷冷笑道：“你若能统兵匡复北都，那时再站在东班首位，何某自然无话可说！”
两班人马在朝廷之上争吵不停，各不相让。隆武帝见群臣没有停止的意思，口谕道：“黄道周、何楷两人之言甚有道理，祖制不可妄改。郑爱卿，你就站在西班之首吧！”却也不袒护郑芝龙。
郑芝龙愤愤地走向西班，从此朝中文臣武将开始不和。
六、七月间，天气酷热难当。某日，隆武帝招群臣朝中议事，郑芝龙、郑鸿逵两兄弟匆匆赶到，当着隆武帝的面挥扇去暑，何楷立刻上疏劾奏二人毫无人臣之礼。隆武帝龙颜大悦，当众嘉奖何楷敢于直言，升为左佥都御史。郑芝龙等人见何楷屡屡失其颜面，便怀恨在心，时时刁难，何楷处处被郑氏掣肘，忿然辞职。隆武帝知道是怎么回事，却也奈何不了郑氏兄弟，只好暂允何楷回乡养病。何楷离京之后，郑芝龙派出部将杨耿，在半路中将何楷打了一顿，并割去何楷的一只耳朵。郑芝龙之飞扬跋扈由此可见。隆武帝虽是不喜郑氏兄弟所为，无奈自己寄人篱下，又不得不依仗他们。
隆武帝在天兴府卧薪尝胆，励精图治，克己奉公，黄道周赞曰：“今上不饮酒，精吏事，洞达古今，想亦高、光而下之所未见也。”虽贵为九五之尊，却自奉甚简，曾敕谕云：“行宫中不许备办金银玉各器皿，止用磁、瓦、铜、锡等件，并不许用锦绣、洒线、绒花，帐幔、被褥，止用寻常布帛。件件俱从减省，成孤恬淡爱民至意，违者即以不忠不敬治罪。”
钱秉镫作《宫词》六首，其一云：“内使承恩新置机，诏传大布织龙衣。六宫罗绮无人着，敕与无戎绣将旗。”
洪承畴也是福建人氏，且与郑芝龙是同乡，听闻郑氏兄弟奉唐王登基于福州，派使者马得厂前来招抚劝降，被隆武帝当庭斩首，并诏告天下：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓。狂彝污我宗庙，害我子民，淫掠剃头，如在水火。朕今诛清使、旌忠臣外，誓择于八月十八日午时，朕亲统御御营中军平彝侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵，统率六师，御驾亲征。”天下由此皆知隆武帝抗清御虏之决心。
只是洪承畴除公开派遣使者出使福州外，还派密使同郑芝龙暗中联络，此乃后话，暂且不表。
时福建常有百姓逃难至此，各处守军若遇剃发之人，无论军民，一率处死。隆武帝闻后，叹道：“江南百姓苦难如此深哉！不剃发，清军要杀；剃了发，明军要杀！岂能如此滥施屠戮？”随即敕谕各处：“兵行所至，不可妄杀。有发为顺民，无发为难民，此十字可切记也。”
不久，湖广总督何腾蛟上表，归隆武建制。隆武帝大喜，拜何腾蛟为东阁大学士兼兵部尚书，封定兴伯，仍督师湖广。
广西巡抚瞿式耜虽也遣使上表，但却阳奉阴违，暗中有立桂王朱常灜之子安仁王朱由榔之意，只是如今唐王已经即位至尊，不敢擅次，只得作罢。
广东、赣南、四川、贵州、云南等地大明官员均纷纷上表，尊奉隆武帝政令。
分封于广西桂林的靖江王朱亨嘉乃明太祖皇帝的侄儿朱文正之后裔。明太祖封藩时，因朱文正不是嫡系子孙，被封至粤西偏远之地。朱亨嘉听说北京沦陷，南京弘光帝被俘，心中窃喜，对左右道：“方今天下无主，先祖分封之日，马皇后曾以东宫仪卫赐之，如今东宫无人，予不俨然东宫乎！太子监国自是祖宗成宪，有何不可？”于是以太子名份自任监国，得广西总兵杨国威、桂林府推官顾奕等人辅佐，监国于桂林，改桂林为西京。杨国威被委任为大将军，封兴业伯；孙金鼎为东阁大学士。广西巡抚瞿式耜闻后大惊，令思恩参将陈邦傅立即加强戒备，各处土司狼兵不许听从靖江王调令。随即迅速遣使前往福州，禀报朱亨嘉僭位一事，请朝廷速速派军平定叛乱。靖江王朱亨嘉拉拢瞿式耜，派人许诺道，只要瞿式耜答应辅佐他，便拜为刑部尚书，被拒，便带兵来到梧州，将瞿式耜拘捕，押回桂林软禁。然后挥师从水路出梧州，欲下广东与隆武帝争夺地盘。
两广总督丁魁楚此时已尊奉隆武政权，被封为内阁大学士，知靖江王朱亨嘉欲下广东后，便水陆两处同时进军，水路则打着“恭迎睿驾”的旗帜，借以麻痹朱亨嘉，趁夜偷袭梧州。朱亨嘉大败，逃回桂林，大学士孙金鼎逃至思恩，投奔亲家参将陈邦傅处避难。陈邦傅知靖江王素来无谋，必败无疑，若附靖江王，大祸立至，便与手下谋道：“幸金鼎自来送死，乘此擒戮，以邀大功，何愁不富贵耶！”于是设宴款待孙金鼎，将他灌得酩酊大醉后，投入水中淹死，取其尸身，擦灰包扎，解功至梧州。两广总督丁魁楚大喜，叙以首功，同大军一起开往桂林。杨国威部将焦琏为丁军内应，大军趁夜入城，擒朱亨嘉、杨国威、顾奕等。隆武帝令锦衣卫缢杀朱亨嘉，对外则称朱亨嘉突患暴疾而死，将杨国威、顾奕等斩于市。
平定朱亨嘉的僭乱之后，隆武帝加封两广总督丁魁楚为平粤伯，陈邦傅为富川伯，并挂征蛮将军印，广东自此遵奉朝廷号令。瞿式耜虽是有功，但却因私下有意拥立桂藩，被隆武帝猜忌，调任兵部侍郎衔兼副都御史，实则为明升暗降，广西巡抚一职由晏日曙接替。只是虽然更换了广西巡抚，但桂王势力在广西一带仍然庞大，朝廷政令仍是难以通行。
自此，隆武政权实辖福建、湖南、广东和赣南，拥兵数十万，其势足可与清军一战。如今不尊隆武政令的，只有浙东鲁王一人。
隆武帝于顺治二年闰六月初七监国，二十七日登基，而绍兴鲁王的动作慢了一日，二十八日方才监国。天下一监国一政权，由此拉开了两地权利纷争的序幕。
