一天，宫中突然传出令人揪心的哭声，原来是小皇帝拓跋元宏在哭。太上皇问他为什么哭，拓跋元宏说：“儿臣对父皇的处境感到太悲伤了。”这事传到冯太后的耳中，她大为震惊。联想到献文帝身上长脓包时，拓跋元宏用嘴吸脓的往事，她越想越不安：拓跋元宏的确精明，这么小的年纪竟说出这样的话，将来必难驾驭。大雪纷飞的寒冬，冯太后将拓跋元宏带到一间小屋子里，把他衣服脱光了关在屋里，两天三夜也没给他饭吃。这位小皇帝很倔犟，竟不肯向太后求饶，从此沉默不语。冯太后更是气恼，决定废了拓跋元宏，不过在群臣的反复劝阻下，她才没有得逞。从此，拓跋元宏将自己关在深宫里读书，不再关心国事。所以冯太后就渐渐消了怨气，不去理会拓跋元宏了。自从小皇帝闭门苦读后，冯太后就时不时地管理一下朝政。拓跋弘虽然做了太上皇，但他还是有权力去辅佐自己的儿子的，带军打仗这样的事就落到他的头上了。公元472年二月，太上皇戎装出征，带着将领们在北郊击退了柔然的进攻；十一月，太上皇骑上战马，征讨柔然，一直杀到漠南，逼得柔然后撤几千里！除此以外，他还颁布了诏令，禁止滥杀牲畜，保护农业生产，对那些克己奉公的官员加以提拔，对那些贪婪残暴的官员严惩不贷。太上皇下令：处理一切案件都要按法律办事，以事实为依据，用刑要慎重。冯太后对此十分恼怒，但她假装不知道，忍了下来。公元476年，冯太后再也坐不住了，生怕太上皇趁着大好的局势而复辟，她不得不采取某些行动了。最后，太后狠了狠心，派人毒死了年仅23岁的太上皇拓跋弘，却未留下任何蛛丝马迹。当时很多人对拓跋弘的突然死亡表示怀疑，许多忠于他的官员和将士策划政变。御史张求准备在天宫寺一年一度的大法会上设下刀斧手，想趁冯太后进香拜佛的机会把她生擒，逼她还政于孝文帝拓跋元宏。然而，冯太后早已安排了“情报员”，第一时间打探到这个消息。很快派兵逮捕了张求等人，屠杀了几千个与此案有牵连的人。最后，冯太后又下诏临朝听政，成为北魏的政治核心。此时的冯太后已过而立之年，无论才识、气度还是政治经验，都更加成熟了。冯太后再掌朝纲，也面临着新的挑战。年轻的太上皇暴毙，政局又动荡起来。所以，当务之急便是树立自己的威信。首先，冯太后对当初诬陷李奕的李下了杀手，既给心上人报了仇，又除掉了一个人人痛恨的贪官，树立了朝廷整顿吏治的良好形象。
其他的不法者，如秦州刺史尉洛侯，雍州刺史、宜都王目辰等因为贪污被处以极刑。一些为官清正廉洁者，则得到不同程度的表彰和赏赐。然后，为了独揽大权，她又以谋反罪诛杀了孝文帝的外祖父南郡王李惠。李惠的弟弟、儿子和妻子也同时被杀。为了清除隐患，冯太后不惜大开杀戒，以致因猜忌嫌疑被覆灭者十余家，死者数百人。冯太后为了充分施展自己的政治抱负，还特别注意培养扶植一些贤能之士做亲信，组成一个效忠于她的领导核心。在这个领导集团中有拓跋氏的贵族，也有汉族名士，有朝廷大臣，也有内廷宦官。而其中的汉族名士不少又是她的宠幸之臣。王睿和李冲，名义上为太皇太后的得力助手，实际也是她的裙下之臣。王睿子承父业，以天文卜筮为生。伟岸的身躯和英俊的容貌令太后心动，床上侍奉之后，马上被破格提拔为给事中。不久，又被拜为散骑常侍、侍中、吏部尚书，赐爵太原公，内参机密，外预政事。王睿为什么会如此受宠呢？这里还有件不得不提的事。有一天，冯太后与孝文帝率领文武百官及各国使节，前往虎园观看武士猎虎。忽然，有只吊睛白额虎窜过了一人多高的围栏，直向冯太后和小皇帝冲来。众人被这一幕惊呆了，短时间内根本都没反应过来。说时迟那时快，太卜令王睿抽出侍卫身边的长矛，猛地向老虎扎去。老虎受了惊吓，调头跑了。冯太后不禁杏眼含泪，连夸王睿是个比猛虎还威猛的勇士，于是就把他留在了身边。李冲，北魏时政治改革家。因其风度不凡，姿貌丰美，一眼被冯太后看中，成了她的情夫。冯太后常常将一些珍宝御物赠给他，使得本来清贫的李冲转而变成了富豪，不过他在冯太后临朝时期尽职尽责，太后死后李冲对孝文帝也竭忠奉事，明断缜密，深受孝文帝的器重。冯太后临朝听政长达25年，现在史书上说的“孝文帝改革”，就是在她辅佐时期进行的。俸禄制、三长制、租调制、均田令等一系列变革，对当时的政权建设、人口管理、土地开发、国力强盛都产生了划时代的作用，从而使北魏的国力达到了鼎盛的阶段，并且为后来隋朝统一中国、出现隋唐大繁荣奠定了一个坚实的基础。公元490年，49岁的冯太后死于平城皇宫的太和殿。人们对她的评价很高，而在她25年统治期间，没有一定的毒辣手段和野心，她也是走不到最后的。
