三十四年，升任福建浙江总督、兵部右侍郎仍兼都察院右副都御史。陛辞日，陈奏海防诸务；圣祖训谕移晷，赐大蟒朝服暨弓矢等物。星驰赴闽，行次杭州，闻百姓罢市十余日，云因浙省盐法原有老少背负，小票与大引并行以赡无产业贫民，课随时上而价较轻，市卖亦不致壅滞；大引富商谋禁止之以专其利，贿科员条奏，云小票尽改为大引，岁可增课六万余，部覆请下其奏于督、覆议覆。穷黎闻之，惊惶失措；会聚仁、钱等二十二县数万人于省城，日环官署号呼。当事以威制之，因鼓噪罢市闭门已经旬矣。世隆至，集阖省官吏商之，犹有以增课为言者；世隆笑曰：『朝廷痌瘝民隐，每遇灾荒，蠲租、赈粟尝不下百万两；岂肯因六万之课，绝此无告之穷民耶』！遂晓谕众民『各回安业，不可聚集生事；当俟覆奏为行止，必不苦汝等』！于是众皆解散。世隆遂执议会同巡抚题覆，依旧兼行小票；至今未改。闽省滨大海二千余里，岛屿错杂，逋寇出没其中，为商民害久矣。自「海逆」郑克塽降后，要区犹设重兵；巡防战舰，在所必需。旧例：三年一修，越九年再造；以初造发营之年月为差等。于是修船之役，岁岁滋扰，日久弊生；甚且每当修期，武弁趣有司敛金与之，即滥收船印领，习成故套。又以部拨修值不敷，辄派取民间，倍入中饱，所派不下二、三十万两。世隆访知其详，遂委员通查修造诸舰，大率外加涂饰、中多朽腐，无济实用。因思营造果坚，至三年修期，即以部值修艌有余，何至朽败速而费无底止！乃檄行众有司相商，公捐俸资预办材料、匠工，以次调各营船至福州之福港，委干员董其事，克日兴工；每旬亲临相视，指示要略。首尾一年，战舰焕然，工速而费廉，遄发巡防。仍大张晓谕，明示止用部价已足修理之用，嗣后不许派累民间；远近奉为成法，至今两省士大夫、商民无不交口称颂者。三十六年，遇岁歉收，富室、大贾闭仓以要高价；于是缮疏『请蠲赋，并请动帑二十万，委官粜米于江、浙，由海运至闽平粜。闽省赋税不敷兵饷，岁拨他省银协济；一遇仓卒，率无以应。请即将平粜帑银存贮司库，以备不时发给』。皆奉俞旨。闽俗好鬼，家奉五帝；会区一隅，有祠七十二所。计一岁之中，作酒社戏场三千余部，其他香币、牲牢之费无算。世隆莅任，即行禁止；言『百姓竞祀五帝，于礼为僭；其神又名「五显」，是淫祠也』。三十七年，一贱隶称五帝附身，大言『欲游江南，尔民须造船二百只供应』。一时愚民互相煽惑，倾城倒巷，计口敛钱；尤苛刻孕妇，派银倍之。其船虽以纸为之，而彩绘鲜新，帆樯、钲鼓、几案、帘帷种种备具，每船约费银三、四百两；迎神、送神，鼓吹填咽，阖境若狂，莫可禁遏。世隆密饬辕役缉造言贱隶，发有司鞫之，尽得其妄；因加严创，并行各属，令速毁其祠。或曰：『江苏汤巡抚曾拆淫祠，先经入告；今独不循旧例耶』？世隆谓『祠非奉敕所建，拆毁以正淫俗，乃职分当行；何必大张其事』！即檄各州、县拆祠毁像，永行禁绝。距省城八百里，有山崇奉五显人，遂称为五显岭；庙貌之丽，甲闽中。是日，台符未到，野火自起，与会城诸祠同日灰烬，人尤奇之；皆谓「邪不胜正，捷于影响」云。是年，圣祖亲总六师，平定漠北；凯旋，世隆具摺奉贺，温纶敕慰，并赐御书「凯旋」诗扇一柄。清字「亲征方略」一册，奉圣旨令将军、副都统等官得知；世隆随锓板宣示，使海隅文武臣工皆得仰窥神武布昭、永清沙漠之概焉。先是，浙江巡抚奏开鼓铸制钱，属吏奉行非法，减钱分数，谋将轻本射重利；于是私铸者蝟集，每钱不及七、八分，壅滞不行，贸易者斗争抢夺。三十八年，自杭郡延及嘉、湖、宁、绍，一望罢市，投状者至毁巡抚辕门、碎藩司公案，秽言辱骂；官吏莫知所为。是岁，圣祖南巡，世隆以迎銮赴杭；甫抵江，千万人迫愬，舆拥不行。讯得其故，乃谕之曰：『此事非一言可禁，亦不能一时见效。官炉已铸二年，出钱不下千百万贯；私铸者随之，为数倍多。我意且将官炉停铸，所有小钱发银收买。尔百姓仍拣择旧钱交易，以渐消磨，其重大者自然入市矣』。于是，民皆欢呼叩头而散。次日，给发库银万两，设两厂收钱，市肆帖然宁静。封炉之顷，有以未经奏闻为虑者；世隆曰：『是不知事之缓急，胶柱鼓瑟之论也。指日法驾临杭，万一小民群聚叫阍，斯时执事者何以解散之？恐所关甚重，不止冲突仪仗之嫌！况圣仁如天，靡远弗照；岂以奏请稍后，罪我辈哉』！遂竟行封。因随至江南之无锡，于道左迎驾，顾问移时，扈行而南；特赐上用缀东珠夏帽、貂裘银鼠褂及人葠等珍物数十种，又赐御书「岳牧之任」四大字匾额及御书临米芾「净名斋记」一卷、临米芾「阊门舟次」诗绫一幅、「耕织图」二册、「渊监斋法帖」十册。至苏州，面奏请改贡物折色；言『往例各省本色物料，刊载全书，因本地所产，征解交部；盖古昔任土作贡之法。但今昔异时，水土变迁，往往昔有今无；当事者惟按籍而求以足岁额，日久奸生，官吏恣其营私，民人苦于奉公。窃见都下为四方总会，山珍海错无不毕集；较之出处，购易而值平。于是领解微员，率由椽吏得职，娴于弊窦；但勒取本地高价，轻齎入京购纳，事不难而获利饶。请忖更定：除京师无可购取者，仍令各地办解本色；其凡有可货买者，令照「全书」额价征解银两，以杜丛奸』。圣祖命缮疏以上。疏入，特敕该部将各省本色详明造册呈览；凡应解本色、应解折色者，皆圣祖御笔亲注，计减天下征解本色十之七。十一月，疏言：『浙江鄞县沿海田地，向藉塘闸御潮。今塘闸被水冲倒，决去田地一千七十余亩；其额征银米，请永行豁免』！特旨从之。
四十二年，移督两广。广东北阻层山，南滨大海；东自南澳迤西至安南界，连延五千余里。濒海岛屿，难以呼名纪数；逋诛作奸之徒，往往流毒商民，劫财杀人，官兵不能立擒、有司望洋叹息。更查年来提防粤海之师甲天下，而小大蒙蔽，恣其披猖。乃先调取水师各弁，问其船，则曰朽烂无用矣；问其兵，则曰登陆分防矣。盖水师战舰自二十八年发营以来，从未修艌；船既不可居，则不免分驻内地以遥作声援。所以海面贼舟，得肆行无忌。于是委能员详查各口岸缓急情形，绘图呈核，尽知其要。七月，疏定广东营制；言『粤东自南澳起，经碣石镇与虎门协接界止，海面几二千余里，守汛辽阔。今应将遥对南澳之澄海协添设船只，与南澳对峙巡防。又海门一所最为紧要，应改为海门营；移达濠营游、守、千、把驻扎于此，分防广、钱二澳。达濠营亦系要汛，即移海门所守备改为达濠营守备。至甲子二所乃险要海口，从前止千总一员；今应将镇左营移驻甲子所，与碣石镇联络防守。又吴川营隔海百余里有碙州一岛，宜设立专营。龙门协属之干体营名为水师，向驻于陆地，可归并廉州营；将干体营兵令白鸽塞守备一员、千总一员、把总二员统之，驻扎碙州，改为碙州营；白鸽塞径以千总领营，照旧管束。平海大鹏一所至顺德地方，外有香山、虎门二协，内有省会之兵，应裁去顺德总兵官，止留中军游击，改为顺德营；其镇标左营改为平海营、右营为大鹏营』。下部议行。于是分设要害，捐资委员往广州暨闽省督造外海、内河战船三百余艘，配兵出洋搜擒；一败贼于泥泞，再杀贼于安海，三击贼艘三十余只于琼南，共阵斩、生擒五六百人。于是贼势衰息，奔窜于安南之江萍。复勒劲兵追杀，贼计穷蹙，遂相率投诚前后二千有奇，船只、军器收获无算。嗣后南溟半万里，未有以劫夺闻者。粤省自顺治初年以军麾未靖，分遣藩王驻防，一切储需多问之民间；于是有「均平」之设。然其杂派倍于正供，追呼之扰相仍，平民疲于应付；豪猾因缘为奸，借曰「均平」，实则不均、不平。世隆核算，每年约有三十余万无名之征；于是召僚属，谕使力为革除。人怀鸡肋之恋，支吾抵饰，经年无定论。世隆毅然揭示列款，通行禁革；官吏有仍蹈故辙者，随访实指参数员，置之于法。于是州、县肃然，粤民咸赴辕门焚香叩谢，并求立碑各州、县门以垂永禁；世隆依所请行。又粤省地丁之外，有粮米二十余万石，皆购本色以供军糈。缘「全书」载有折征数目，每石征银自五钱至二两四、五钱不等，盖明代相沿之数；然轻重径庭，并无定例。四十余年，每至部驳，因遵照「全书」征银以七钱为采买之价，余银充饷，计岁得羡余七万两有奇。其议已行三年矣，然出入收纳，曲折既多、加扣不少，遇旱潦则商贾裹足而民人束手，致误挽输；且民间有米贱卖以输之官、官司收银远籴以给其兵，赔垫无由，抑勒不免：官吏、军民交困，折征甚不便。世隆昼夜精思，详悉利弊；缮疏入告，求复征本色、停征余银。流入，圣祖面谕九卿问粤人之为京官者，佥以为至当；遂得俞旨。即揭示所属，照收本色；不特岁省银七万余两少纾民力，亦于秋成可供待哺之兵。是岁，赐御书「千叶荷池」诗扇一柄，御笔朱批有「广东湿热，得此清明之风，当愈加少壮」之语。四十六年，以贼犯蔡三十三案，部议严切，奉旨解任。世隆去粤，官兵、士民夹道焚香，携持哭送，津涂为之壅塞；世隆再三抚慰，始得解缆。方届上元，乡城数里罢不悬灯焉。时圣祖以阅河南幸，世隆兼程趋进，跪迎于苏州；天语询问年齿，顾谓左右云：『谁谓渠老迈？步履如此，尚壮健矍铄』；盖有谮言其老者也。随奉旨，令扈从圣驾还京。
未几，即补授湖广总督。世隆念湖广本产米之乡，贾人辄贪利窃买，转卖他省，米价日高，而民多乏食；于是首禁盗粜，务令米价常平。又楚省钱法不行，杂以私铸小钱；担负小民奔走终日，不足餬口。乃严禁私铸，兼用往岁在浙中收毁小钱成法，倡捐万金，收买倾销聚铜变价，再购再毁。数迁转间，而私铸无存，民得资生。湖南万山盘错，苗人数出掳掠，世隆轻装亲阅堑塞，相度情形，移置营堡；凡再更寒暑，部署悉定，可为法守。四十七年十二月，条奏防守红苗二款：『一、沿边安设塘汛已经周密，惟盛华哨起、至镇溪所一带山高箐密，难于了望；应于镇筸官兵内酌拨八百名，另设四营分驻，每日派官一员带兵五十名游巡。设有奸宄，可以即行追捕。一、旧日苗来内地生事，民往苗丛被劫；今以塘汛为界址，苗除纳粮买卖外，不得擅入塘汛之内，民亦不得私出塘汛之外。违者各照例治罪，并将地方官员处分。再，内地奸民与苗人结亲，往来勾通，不可究诘。嗣后如有前弊，应断离异，仍按律定罪，永行禁止；地方有司，亦坐以失察之罪』。疏入，奉旨：『依议』。汉口镇失火，自薛家嘴起绵亘至铁关止，被灾者数千户，死伤无算；灾民露处，世隆恻然。不谋诸属吏、不动支仓榖，捐俸赈济，疮痍以起。四十九年冬，内陞刑部尚书。闻命星驰北行，武昌城为之罢市，攀留不获。濒行，鹾商集积年旧规八万两为赆；峻却之。入京进觐，会湖广新督鄂海同陛见，圣祖顾谓鄂海云：『郭世隆任督、抚二十年，所至为政清静，无一点瑕疵，今特陞正卿。尔服官宜效之，毋负朕训旨也』！
在部勤慎静重，各司郎官定稿说堂，从无疾言遽色；同官亦推服。莅刑部未及二年，以前任「失查流民陈四」一案，部议革职。五十二年，恭遇圣祖万寿六十诞辰覃恩，复还原职。与宴畅春园，圣祖亲赐法酝，顾谓众大臣曰：『当年挑选才能之人，仅有凯音布、郭世隆二人而已』。慰谕周至。
嗣以衰老退居涿州，每岁水围，必趋迎圣驾；圣祖问『为何不着仙鹤补服』？回奏：『尚书二品，无宫保衔；例不得着』。特旨准着仙鹤补服。五十四年，赐御书「农民苦行」诗扇一柄，眷注存问不衰。
世隆明习「国书」，曾繙绎「五经」及日用名物、象数，汇成卷帙；今坊间刊行「清书大全类书」等，率多取材世隆所纂。又着有「奏疏」二十卷及评阅「史记」、「通监」，并存于家。
康熙五十五年九月，卒；年七十有三。子十四人，俱登仕籍。雍正二年，崇祀湖广名宦祠。
——见「碑传集」卷十九「康熙朝部院大臣」（下之上）。
