企业在制定内部控制制度时，应遵从以下原则：
1.领导（业主）重视原则
目前我国企业中个体私营企业居多，家族式企业居多，这样的企业，内部控制的成败很大程度上决定于领导或老板的重视和执行程度，如果领导或老板对内部控制不重视，或自身置于内部控制之外，随便变更、存废控制制度，将造成内部控制制度失效。
2.时效性原则
内部控制随着企业内外环境的变化，其效果也会发生变化。因此，企业主（或相关人员）应当适时对内部控制进行评估，以发现可能存在的重大缺陷，并采取措施予以补救。
3.灵活性原则
不同企业行业分布广，各有特点，因此，在制定内部控制制度时，不能照搬其他企业的做法，而应当根据本企业业务、规模等特点，灵活地制定适合本企业情况的控制制度。
4.成本效益原则
内部控制的任何分工、审核、制衡，都必须考虑是否符合成本效益原则。如果分工和制衡的成本高于其效益，则不应当采用该项控制。判断一项控制的成本效益，并非易事，而往往需要较多的主观判断。需要指出的是，判断一项控制是否符合成本效益原则，应当站在企业整体利益的角度上考虑。如尽管一些控制会影响工作效率，但对整个企业来讲，如果不采用该项控制，则可能对企业造成更大损失，则仍应实施该项控制。
5.重要性原则
对企业成败有直接影响，如影响盈亏、成本的重要事项，严格控制；次要的事项，根据企业的能力限制，简单控制或不控制。
6.相互牵制原则
相互牵制既是内部控制的一个基本方法，也是内部控制的一项基本原则。内部控制应当保证单位内部机构、岗位及其职责权限的合理设置和分工，坚持不相容职务相互分离，确保不同人员和岗位之间权责分明、相互制约、相互监督，应避免一个人对某一项业务可以单独处理，或有绝对控制权，而必须经过其他人或部门的审查、核对，以最大限度地减少错误和舞弊现象的发生。当然，中小企业由于人员有限，不可能像大企业那样实行严格的相互牵制制度。但是仍应当避免一个人包揽一项业务的整个过程，可以采取相互交叉复核，定期检查或指定专人审核的办法，使个人都无法方便地进行舞弊行为。
