同从前一样，最为紧迫的问题之一还是塞尔维亚族人平行教育机构的问题。科索沃塞尔维亚族人和阿尔巴尼亚族人之间深刻的互不信任在教育领域导致了完全相悖的发展，两个平行体系之间既没有合作也没有信息交流。科索沃各学校出具的成绩单或者毕业证书都不被塞尔维亚族的学校承认，反之亦然。但塞尔维亚族教育机构的平行管理也要归咎于科索沃塞尔维亚族人缺乏融入科索沃机构的可能途径。
科索沃塞尔维亚族地区和飞地中的所有学校都教授塞尔维亚教育和体育部规定的课程（也就是说课本来自塞尔维亚，成绩单用塞尔维亚语出具）。塞尔维亚族教师的工资既来源于科索沃教育、科学和技术部，也来源于塞尔维亚教育部提供的资金。具体来说，米特罗维察市塞尔维亚族区的教师从联合国科索沃临时行政当局特派团的资金和科索沃的固定预算中拿到的平均工资是156欧元，此外他们还能从塞尔维亚教育部得到290欧元的补贴。这一补贴是米洛舍维奇在1999年战后引入的，被称为“科索沃补贴”（kosovski dodatak），其作用是促使科索沃塞尔维亚族人留在科索沃。北米特罗维察大学的教职工在校长帕波维奇就任之前也享受这一补贴，因此他们的收入明显高于普里什蒂纳大学教员的收入。在科索沃北部的塞尔维亚族地区总共有815名从事高等教育的人员，649名初级和二级教育机构的人员从塞尔维亚的预算中领取薪金。
重要的教育指标在不同人群中存在重大差异。科索沃塞族人的文盲率为1%（男性）和4%（女性），而科索沃阿族人的文盲率为3%（男性）和9%（女性）。在罗姆族人、阿希卡利人和埃及裔人当中，文盲率为8%（男性）和25%（女性）。平均受教育年数也有着明显的民族差异：科索沃阿族人平均在学校就读9.33年，塞族人10.61年，少数民族罗姆族人、阿希卡利人和埃及裔人只有6.89年。
教育领域的另一个重大问题是年轻人结束培训后事实上很少有机会挤进劳动力市场。科索沃每年有大约40000人离开学校进入劳动力市场。青年失业者数目尤其巨大。根据联合国开发计划署公布的官方数据，在15至24岁的年轻人当中，有63%的人失业，而实际未被掌握的真实数字应该比这个数字还要高得多。15至19岁的年轻人的失业率高达85%，这一数字还在急剧升高。年轻女性的就业状况更为糟糕，官方数据表明她们中的2/3处于失业状态。青年人中的高失业率导致越来越多有深造意愿的和相对受过较好教育的年轻人流入欧盟国家。
教育领域中的腐败也是个大问题。总是有信息表明，中小学和大学的入学许可被人操纵，成绩、毕业证或者有素质的教师被钱财收买。普里什蒂纳大学里不断出现关于对女学生性骚扰的报告。在校舍建设、教学材料购置和外国资助的教学项目当中常常会出现资金管理不善和资金挪用的现象。由于教育领域的管辖权已经移交给科索沃临时自治机构，联合国科索沃临时行政当局特派团自2002年起在打击教育领域腐败方面的能力十分有限。应提及的是，联合国科索沃临时行政当局特派团对教职人员外快收入的态度助长了教育界的腐败风。
教师培训方面也存在有很大困难。教师们大多秉承了传统的重复性、以教师为中心的权威式教学风格。与课程本身相关的还有教材的问题，这些教材中有一部分已经过于陈旧而且并不专业，还带有以前社会主义的色彩。此外，力求历史课程客观化的意识较为薄弱。历史课上总会一如既往地把本“民族”理想化，历史事件往往经过了人为选择和人为改动，其基础是本民族的传奇（如塞尔维亚族的阿姆斯费尔德传奇或者科索沃阿尔巴尼亚族的斯肯德贝克）。教育领域的这一“严重的意识形态导向”明显影响了科索沃及其周边地区战胜过去和民族和解的进程。
如果我们把科索沃的教育体制放在一个更为宽泛的层面上去看，那么我们就可以发现教育领域进步缓慢的原因以及“软件领域”的典型因素：这些因素是劳动力密集型的；它们占用了大部分预算并且人员支出的刚性很大；教育领域内实施的各项改革和措施的作用通常只能从中长期的角度进行评价；另外教育领域对短期项目来说有极大的吸引力，对长期项目来说这种吸引力就明显小得多。
