袁绍打败公孙瓒，夺得冀州的地盘之后，忽然又想起了自己是征讨董卓的盟主。于是，他又派心腹秘密到司徒王允那儿去探听动向。可是王允并没有任何反对董卓的举动，相反还成了董卓手下的红人。
公元一九一年，即初平二年，董卓任了太师一职，地位便在众诸侯王之上了。此后，董卓服饰衣着上，也渐渐出现了皇帝专用的金紫色，坐车也常僭用皇帝的礼仪。尽管如此董卓却无心天天去上朝，大臣们有事，直接去太师府去向他请示。这样一来，太师府便俨然如同朝廷了一样的红火。
董卓出来，公卿大臣都在他的车马旁拜见他，而他只是傲慢的点头，并不还礼给公卿大臣。
董卓看到关东的这些太守、刺史们各人抢各人的地盘，觉得没有什么了不起，就一心建造长安。他说：“若大事成了，天下是我的；若大事不成功，我就退隐在这儿，谁也别想进来。”
他后悔以前听了尚书周毖和城门校尉伍琼的话，不用自己的人，倒用了所谓的天下名士，结果让袁绍、袁术、韩馥、刘岱这些人做了太守，做了刺史。到头来呢，反而以仇报恩，要来讨伐我董卓。他发誓不再吃这样的亏了，要大力提拔自己的人。
于是，董卓立他兄弟董祀为左将军，侄儿董璜为中军校尉。这两个人与他的女婿牛辅，干儿子吕布，还有李傕、郭汜、张济等都是带兵的，特别受到重用。
此外，董氏族里的人都被他封了官爵。董卓的心患也被铲除饿，这下董卓可是高枕无忧了。郿坞离长安二十五里，董卓经常去那儿，每回离开长安，就把朝廷的事托付给司徒王允。足见他对王允是十分信任的。
有一回，正在帐篷宴饮，恰逢北地解来几个俘虏，董卓即令带上来，给公卿大臣们下酒。怎么下酒法呢？董卓命人将俘虏一个个押上来，或剁一只手，或砍一只脚，或割鼻子，或挖眼睛，或削耳朵，或断舌头，再不就是用大锅将其煮了……惨叫声声、鲜血淋淋，文武百官浑身发抖，或掉筷子，或掉羹匙，而董卓却还频频举杯劝酒。
又有一回，董卓又摆宴席，请公卿大臣喝酒。司徒王允、尚书杨瓒、卫尉张温、司隶校尉黄琬、尚书仆射士孙瑞、尚书郎蔡邕、骑都校尉李肃等要员都在。董卓这时正对卫尉张温很不满意，把他看作眼中钉。正当大家喝着酒，祝董卓太师身体健康的时候，吕布急急走进来，来到董卓耳边，说了那么一句话。大臣们顿时担心起来，怕又有什么祸事临头。
这时董卓听了吕布的话，笑道：“原来这么回事！”
随即，脸一沉，喝令将卫尉张温推出去。文武百官吓得心惊肉跳，不知又是哪一河水发了？
不一会儿，手下人又上来一道菜，原来是个大红食盘，上面摆着张温的人头。
董卓斟满杯酒，笑着说道：“诸公不必惊慌，张温勾结袁术，有来往信件落在奉先手里，故而斩之，余者并不相干，请开怀畅饮！”
公卿大臣们只好唯诺以应，而内心却无比惊惶。
散了席，大臣们各怀惊惧而归，司徒王允回到家中，一闭上眼睛就看见了那个放了张温人头的食盘。他想，应该赶快想办法了，不然，朝廷大臣一个个都将被杀啊！
司徒王允、司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、尚书杨瓒于是密谋诛杀董卓。在这个密谋中，最让他们感到棘手的，并非董卓本人，而是董卓的贴身护卫中郎将吕布。
吕布乃凉州五原人，擅长骑射，武艺超群，勇力过人。加上他一表人才，对军士颇具魅力。当年董卓与执金吾丁原在洛阳针锋相对时，决定胜负的关键便因属于丁原军团的吕布临阵倒戈，才使董卓顺利地击杀丁原，并合并了丁原的部队，取得京城的控制权。吕布在关键时刻的反叛行为，势必和董卓交换了相当不错的条件，董卓更因此对吕布信任有加。
迁都长安后，董卓变得日益残暴。要与吕布随侍左右。两人关系密切，情同父子。
这时董卓万万想不到，主谋讨伐他的竟然会是他最器重的朝官司徒王允。
王允的行政能力极强，宫廷政变前后，他曾任司徒，但后来被免职。董卓准备迁都长安时，由于工程艰难，便派任对洛阳政府颇熟悉的王允再为司徒，主持迁都大计。王允也曲意奉承董卓，样样照办，表现得非常杰出，因而深得董卓信任。
董卓的性情变得日益焦虑，紧张而凶暴，他自己也无法控制情绪。加以吕布日夜守卫府邸，慢慢和董卓的一位漂亮侍女私通。那侍女恋着他，他也眷恋那侍女，常常相会在花前月下。但是，那侍女和吕布都深怕董卓发现，脾气变化莫测的董卓若是知道此事，怎么得了？因此吕布心中随时提防着，对董卓的一种敌意也就渐渐生起来，并愈来愈强。王允和吕布的私交相当好，二人已到了无话不说的知心程度，因此吕布有一次就向王允说出了他心中那股恨意。王允听后双眉紧锁，叹道：“董太师近日个性越发凶暴，并如夏日天气，变幻无常，不知又将发生什么事情。现在，他该杀的杀了，该除的除了，凡他不顺眼的事，他断然不会放过。因此，你目前的状态，是十分危险的啊！”
吕布求教道：“司徒指点，我该如何办才好？”
王允沉吟良久，最后迟疑道：“不过我说出来你不要怪我……”
吕布说：“你我亲如兄弟，情同手足，早已无话不谈了，还有什么顾忌我的？”
王允环顾左右，之后才说：“恕我直言吧，除非你从此断了和那侍女的关系，否则必将被董卓加罪。其实，就是断了那关系也不保险，因为那侍女是活口，怎知天长日久之后不露出点蛛丝马迹？而你又万万不会去杀了那侍女，何况杀了那侍女又如何向董卓交待，董卓怎有不查实之理。这就叫左也难，右也难，其实千难万难，根子还是在董卓身上。只要没有了董卓，什么事都迎刃而解，并且你和那侍女一对有情人也就终成为一对眷戚！”
吕布道：“你的意思是将他除了？”
王允说：“当然这是唯一的办法。除此之外，还有什么更好的法子吗？”
吕布将捏紧的拳头往桌案上一击，忿言道：“董卓逼人太甚，也就休怪我无情了。我一定将这老贼杀掉！”
王允赶紧阻止他，说：“此事关系重大，须细议，切不可冒昧行事。我们来商量一个妥当的办法吧。”
至此，王允才和盘端出了他和司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、尚书杨瓒等人密谋的计划来，要吕布参与，作为内应。吕布当然全部赞成，便约定时间，按计而行。
董卓此时囚禁了汉献帝，而且也是经常不会出面，王允很难找到他。没有可乘之机。初平三年四月丁已日，董卓得汉献帝旨令登基当了皇帝。其实，在董卓队伍出发前，王允早命令仆射士孙瑞亲自写妥皇帝诏书交给吕布，吕布便命令骑都尉李肃，率领敢死队秦谊、陈卫等穿上警卫服装，藏身宫门内，准备突击谋刺的行动。
董卓洋洋得意乘车入宫门，心理上毫无这方面的戒备。李肃待其近拢，立刻奔出，以长戟刺之。不料董卓早有在官服内着甲的习惯，故而戟未刺入，只伤及手臂处。
董卓大惊，摔到车下，大声叫喊：“吕布何在？”
吕布奔上前来，大声喊道：“奉皇帝诏书，诛杀逆贼！”
董卓万没料到吕布会如此，无比恼怒，大骂道：“我待你如子，竟然造反，如此忤逆，必遭凶报……”
然而，话未说完，吕布的铁矛已经刺入了董卓咽喉。
敢死队一拥而上，斩下了董卓的首级。
董卓被杀的消息传开，宫廷内外，一片欢呼。长安城内，如同过节，街头巷尾张灯结彩，欢歌阵阵。另一方面，吕布等乘胜追击，将董卓弟董祀及董氏亲属和亲信等，一概诛杀。
王允更下令追剿董卓余党，司隶区的各军团间立刻呈现非常紧张的状态。
吕布军团倒戈及董卓政权被推翻，使司隶军区及长安城内的文武百官及军士，甚至从洛阳被强迫迁来的百姓，和长安原住居民都欢声震动。董卓肥胖的身子被暴露在街上示众，守尸体的士兵，更将董卓肚脐剖开，插入棉灯芯，以其肚子脂肪为油点灯，竭尽侮辱之能事。
汉献帝去了董卓的胁迫和压制，也大大的扬眉吐气了。他立即论功行赏，任命王允为录尚书事，任命吕布为奋威将军，封为温侯。仆射士孙瑞说他并无什么功劳，把所有封赏都辞去了。王允和吕布共同管理朝政，一文一武，辅佐汉献帝。他们追查董卓一党的人，有的处死，有的充军。
左中郎将蔡邕毕竟曾受过董卓的解救之恩，并且董卓一直对他很好，出于这样一种感激之情，去董卓暴尸之处祭悼了董卓。王允知道了这事，大骂蔡邕：“董卓乃逆贼，再不处死，汉室将亡。今将其处死，是大快人心之事，你身为朝廷大臣，且又是国内名士，应当深明大义才对。却反而逆反民意，往悼其贼，难道你真是董卓的死党吗？”
蔡邕当然深明大义。王允却将蔡邕交给廷尉处理。太尉马日禅知道蔡邕这一去必然凶多吉少，便向王允替蔡邕说情，他说：“蔡邕切不可死啊，他很有学问，又正在写汉朝历史。”
王允摇头表示惋惜。马日禅只得叹气，蔡邕便在监狱里给逼死了。司隶区各军团领袖不满王允专权，又害怕西凉军团勇猛，完全按兵不动。而李傕的西凉军则又得到旧日友军张济、樊稠、李蒙等由西凉赶来相助。于是，居然集结十数万人马，形成浩大之声势。
长安城内，吕布孤军困守，到了第八天夜晚，后勤部队叛变，引李傕军入城。
吕布见状，急引少数亲信及直属部队逃脱。
王允坚持为国守城，终于为李傕所杀。
西凉军团为报复董卓被害之仇，在长安城内大肆掠劫，并屠杀反董卓的文武大臣，司隶区内军团虽人人自危，但只各自防备西凉军团的攻击，却没有人肯到长安城勤王。
东汉王朝再度陷入无政府的混乱局面。
就在这个时候，曹操获得了一个很大的礼物。
张角兄弟发动黄巾党人事变时，最热烈响应的，便是东方的青州。当张氏兄弟在司隶区被皇甫嵩歼灭时，青州黄巾党人尚有百万之众，只是鉴于风声正紧，便暂时化整为零，潜伏不动，以待变局。
随着朝廷国家权力的转弱，局势日益混乱，青州的黄巾党人于是再度活跃起来，并且越来越强大，继续跟官府作战。当地的农民因为受不了官府的压迫，差不多都当了黄巾兵。青州刺史臧洪以强硬态度全力围剿，黄巾党人乃渡河企图和冀州的黑山党人会合，却被占领冀州北部的公孙瓒军团撞上，公孙瓒下令军队展开屠杀，黄巾党人只好越界杀入兖州。
青州的黄巾党人军团号称百万，浩浩荡荡朝兖州而来。任城相郑遂出城抵抗。然而黄巾军斗志高昂，这支官兵哪里是对手，很快败退。郑遂在逃亡间，被黄巾兵追杀。士气大振的黄巾军乘胜打到东平，兖州刺史刘岱就准备出去对敌。刘岱自从杀了东郡太守桥瑁，接收了桥瑁的军队以后，自觉得力量很大，早想消灭在他地界里的黄巾军，以图一方平安。正好这会儿黄巾军送上门来，他怎么也不肯放过他们。
济北相鲍信闻知，拦住刘岱，劝道：“黄巾军队有百万之众，兖州百姓人心纷乱，军队无心作战，不可以正面和他们敌对。否则，我们准会吃亏。依我看正因为黄巾军人多势众，才感到粮草供应困难，我方不如采取坚守战术，养精蓄锐，等待机会。到时候让黄巾军想战不得，想攻不成，时间一长，供给不上，没多久必作鸟兽散。届时我们再选精锐之兵，攻其要害，便可给以致命一击。这样，才可彻底消灭他们。”
而刘岱却十分藐视黄巾军，认为这些装备简陋、缺乏训练的农民军无论如何敌不过他的正规部队。所以他根本不听鲍信的话，觉得鲍信是过分小心。刘岱亲率大军，仍采取和黄巾军正面对抗的办法。但是刚一交战，刘岱就发现这批农民军的斗志确实高，大有锐不可当之势。可是，这时已经迟了，黄巾军直冲刘岱主力军团。刘岱军抵挡不住，往后溃退。黄巾军冲入军团内部，将刘岱军完全冲散。刘岱也在战乱中身受数伤而倒下，最后被乱马踏死，成了一堆肉泥。
刘岱死了以后，黄巾军气焰更盛了，此时的兖州城陷入危急存亡之秋。
