正当洪承畴在内院、都察院有所作为的时候，顺治十年（1653年）五月二十五日，清廷让他经略湖广、广东、广西、云南、贵州等地方，总督军务，兼理粮饷。这不是一般的调动工作，而是升迁重用。清廷重用洪承畴，同当时江南特别是湖广云贵的抗清形势发展是密切相关的。
自顺治五年（1648年）以来，江南的抗清形势继续发展，一浪高过一浪，参加的人很广泛，包括各个阶层，而且农民军、各种义军、少数民族的起义军以及南明官军，常常配合作战，甚至联合起来，共同对付清军。浩大的反清形势，促使一些降清的明朝将领倒戈，也投入抗清行列。
顺治十年（1653年），孙可望、李定国所率领的几十万农民起义军在云、贵归附明宗室桂王朱由榔，抗清出现新高潮。
清廷命洪承畴经略五省，是因为洪承畴招抚江南取得很大成果。而今湖广等省形势严峻，如果洪承畴能平息五省的反清力量，大清江山即基本奠定，中国也基本归于统一。可知，洪承畴负任之重。应该说，清廷对洪承畴是寄托着重大希望的。
顺治帝命洪承畴经略五省，是因为云南、贵州尚未归附清朝，湖广和两广虽然逐渐平定，但也还不那么安宁。为此，需要派人去经略。同时，农民军与南明各义军联合抗清，势力很大。清朝在统一战争中，经济上也遇到很大困难，消耗了大量的人力、物力。以顺治十年的情况看，这年春夏，顺治帝曾命人修慈宁宫、乾清宫等宫殿，就先后遭到户科、都察院官员的劝阻。
后来，郑亲王济尔哈朗甚至传集诸王、贝勒、贝子、内大臣、内院大学士以及六部、都察院堂官开会，共同议决奏请暂停宫殿工程，以其钱粮赈济军民。这样一来，顺治帝不得不下令停工。同时，他也要求诸王、大臣祭祀饮食都要从俭，还命令富户捐资。军事上不能迅速取胜，经济上又遇到困难，促使顺治帝改变策略，即由单纯的武力统一，改为剿抚并用的政策。而能承担此项任务的，在当时来看，可以说非洪承畴莫属。
因为洪承畴曾经“招抚江南，奏有成效”；而且洪承畴自降清以来忠心耿耿，无论在外在朝，都是尽心尽力做好工作；同时，清初统治者的几次内部斗争或满汉大臣斗争中，洪承畴都没有卷入；还有，洪承畴为官清正廉洁，练达持重。如此等等，使洪承畴成为最合适的人选，正如顺治帝所说“唯尔可当斯任”。顺治帝正由于对他信任，因此这次任命同前次不同，不仅给了他很多头衔，而且也给了他较大的实权，具体表现在：
一、经略五省。这五省是湖广、广东，广西、云南和贵州，后因早在顺治六年（1649年）五月已派尚可喜、耿仲明抚剿广东，在他们占领广州之后，令尚可喜和耿继茂（其时耿仲明已死）同镇广东，所以，清朝又将洪承畴经略五省中的广东改为江西。洪承畴在此五省均有实权，五省的军事都要听命于他。也就是说，在这五省内，有关抚剿的事，都由他做主去办，不用先报请中央，可以事后再向中央汇报。他自己在五省内可以住在任何需要驻扎的地方，还可以随便到五省的任何地方巡历。五省内抚镇以下，都要听他节制，就是这五省总督在军事上采取行动，也要向他咨询，然后才能行动。五省官员的升转补调，都由他决定，不称职或不合适的，都由他调补，同时再奏报中央。五省的兵马粮饷，都由他调拨，如果军需紧急，没能及时解到，可就近向邻省行文取用，然后再报告中央。
二、文武各官，择取任用。也就是说为经略五省，他可以在中央和地方选将选官。即，他认为骁勇善战的武将，或是有才干的文官，都可以选用。这样，他将不是单枪匹马的上任，而是可以率领一支干练的人马去上任。
三、地位大为提高。顺治帝的谕旨和敕书中明确规定：他同藩王和公可以平等会面商议问题，以宾客礼相见。五省的总督遇军事上的大事，都要征询他的意见，然后才能去做。对邻近各省，如有兵事相关，他可以不通过中央，直接发信给总督、巡抚，让他们策应。对在京或在其他各省的官员，他需要选用的，听其选用，吏部和兵部不能阻挡，他需用的钱粮，户部应当立即投给，不得迟缓留难。甚至包括满洲兵的留撤，也由他决定，然后再奏报中央。至于降官、降将，更是由他酌量录用，投降的兵民，由他安置。
从上述内容可以看出，同前次招抚江南相比，洪承畴的权力、地位有了很大不同。前次招抚江南，实际上只驻守于江南省，对其余各省，他只是起到策应和联络的作用，没有实权。
这次就不然了，五省的抚剿大权都在他的手中。前次清廷对他还不甚信任，所以在派他去招抚江南的同时，又派满洲贵族勒克德浑为平南大将军，还派满洲固山额真叶臣辅佐勒克德浑。清廷那时还规定，遇军事上进止机宜等大事，要与勒克德浑商议，而统领、调遣官兵，要同叶臣及总督、抚镇等共同行事，遇到关系国计民生的大事，要及时请示中央定夺。也就是说，那时的洪承畴尚没有独当一面的权力和地位，凡事要请示并与满族大臣商议，得其许可，或是请示中央同意。
而这次却不然，清廷给了他很大的权力，他可以独当一面，不少事可以先行后奏，或边行边奏。而且，清廷也没派满洲大员来控制或监督他。清廷这次对他如此信任，除了他自己的表现使满洲最高统治者满意而外，也与顺治帝能重用汉人有关。
这一年，洪承畴已经61岁了，一般来说，封建时代规定的退休年龄是60岁。在退休之年，受到如此重用，他自然异常感激，表示要“尽心竭力”完成抚剿任务。
洪承畴上任后的第一件事，就是使用顺治帝给他的择取文武官员的权限，在北京招兵集将。他先保举原任大学士李率泰任两广总督。李率泰是早年归降努尔哈赤的明总兵李永芳的儿子，青少年时期跟随皇太极征战，多次立功。清军入关以后，他随军南下战功累累，后因过失降职。顺治帝对这个“本当永不叙用”的李率泰，看在洪承畴的面上，“特允所举”。他还几次上书，点名要各地的骁勇兵将。他认为经略五省，目的是“平贼安民”，而“贼”的胁从数量很多，应当采用招抚的办法。但是，他又认为这些“贼”“负固以久不真剿，必不能成真抚”。
为此，他提出应加强五省的兵力。尽管那时湖南有屡经阵战的满洲军队和汉兵，但从完成统一重任来看，仍是“力量单薄，难以指挥如意”。他要求从“山陕宣大关辽堪成将兵”中，选择调取，组成一支人马。这支人马“数不求多，惟求其精”。这样，“既可新远近之耳目，又可运军中之臂指”。他认为如果有了这么一支人马，方可“调度如意，剿抚中机”。于是他开了详细名单，指名要各地的勇将，并令这些勇将挑选当地骑兵、步兵几百名，共同前往湖南。他点名要的武官武将，大多是他在明朝的旧部，像李本深，就是他任蓟辽总督时的部将。还有徽州总兵胡茂祯、宁夏总兵刘芳名，都是随他在军中多年。福建提督刘忠，是他的旧部。这些人都是“素称敢战”，熟悉敌情，加之过去已经跟随他多年，使用起来自然方便得多。他把点名要的官兵，造了册，送往兵部。
从各地选调“将兵共一万一千有零”。他要求各地要认真挑选，选来的兵丁，都要经过他“亲自看验”，如果不符合要求，“杂有老弱”，他将“酌给路费”，让这些人归还本营。他还请求顺治帝对那些提供精兵的地方镇将给予奖励；相反，对那些“虚应故事”，不负责任将老弱也打发来的，给予处罚。
洪承畴从各地征集这支队伍，对一个地方来说，负担并不重，多则上千，少则三五百人，但集合起来，就成为一支劲旅。他点名所要的武将，虽然未全都到齐，但大部分都来了。这样西北之名将劲旅，毕集于他的手下。除了武将，他还挑选了一些清廉的文官，帮助做军需工作。像宁波府同知王猷著，廉洁而有才干，洪承畴就挑选他来做支付钱粮的事。还有原江宁府江防同知赵廷臣，为官以清干著名，后因江宁五府拖欠钱粮，影响到他被革职。洪承畴认为这样的人不用，很可惜，令他来随军支付钱粮。一些大臣也上疏帮洪承畴出谋划策，像户部右侍郎王弘祚就上疏，建议对苗族土司采取抚谕政策，对滇黔的土司，宜采取“暂从其俗”的政策，等等。这些建议对洪承畴经略五省，尤其是如何对待这些地区的少数民族，还是很有益的。
顺治十年（1653抚）十一月初十日，洪承畴抵达武昌，“凡湖广、粤西、地利、贼情无不广询筹划”。当时，湖南有大西农民军孙可望，湖北有大顺农民军郝摇旗、一只虎，以及李过、高一功等部，他们“或由澧州而犯常德，或截岳州而犯湘潭”，致清军腹背受敌。广西则“处处揭竿”，清军虽收复桂林，但所属2州7县，仅有临桂附廓1县，并灵川、兴安、全州3州县为清所有。李定国驻于离桂林不过200里的脩荔，“日日窥伺”，清军首尾难顾。据提督线国安塘报：“本年七月二十一日夜，巨贼李定国复寇桂林，职等固守击贼，皆于万死一生中幸保孤城。”而且，湖广与广西，自顺治九年受到李定国北上的重创之后，民人逃亡、田地荒芜、城市已成废墟。
有鉴于此，洪承畴决定“以守为战”。随即作出了“安襄樊而奠中州，固全楚以巩江南”的军事部署。他与总督祖泽远共商，以长沙系湖南总会之区，为衡、永、辰、常、宝庆诸府必由之路，既可以接云贵，又可以达广西。由他“往来驻扎其间，始可四应调度，相机进攻”。而以祖泽远由武昌移驻荆州，往来于荆、襄、汉口之间，“以扼全楚”，并请增兵以驻武昌。由于洪承畴“招抚江南，奏有成效”，深得顺治帝信重，故凡有所奏，无不允准。
与此同时，顺治十年十二月，顺治帝调固山额真陈泰为宁南靖寇大将军率师驻镇湖南，次年二月，命靖南王耿继茂率部自广州移驻桂林，以为声援接应之势。而洪承畴也于顺治十一年（1654年）三月进抵长沙。在此期间，洪承畴“简拔将领，练兵制胜”，并在政治上广为招抚。他主张“多得贤良，安民劝农”，“联络土司，使不为贼用”。经过近两年的努力，湖广等“地方稍得改观，人心渐有固志”。顺治十二年（1655年）二月，顺治帝在谕旨中肯定并称赞他说：“闻五省经略辅臣洪承畴在彼操练军兵，修整器械，军威殊壮，招徕抚辑戢，民情悦安。”
顺治十二年（1655年）四月，大西农民军孙可望发兵6万、船1000余艘，向清军大举进攻。他遣安南王刘文秀攻常德，分兵遣将军卢明臣与兴国侯冯双礼取武昌、岳州，打破了西南战场上近两年来的僵持局面。常德为湖南要冲，地近辰州、沅州，通过水路可直达岳州，故为武昌之藩篱、荆州之门户，一向为洪承畴所重视。之前，他已在此设置重兵骁将镇守。见大西军来攻，他与宁南靖寇大将军陈泰遣护军统领苏克萨哈等设伏，水陆追剿，遂大败农民军。卢明臣堕水死，冯双礼受重伤，刘文秀退回贵州，大西军副将以下降清者40余员。这是洪承畴任西南经略以来的第一个重要的战役，也是他贯彻“以守为战”战略的胜利。顺治帝闻讯大喜，谕洪承畴曰：“尔与宁南靖寇大将军陈泰等筹划有素，调度合宜”，“张挞伐之伟略，绝窥伺之狡谋”。随即颁旨嘉奖，命晋其太傅兼太子太师，荫一子入监。
尽管初战告捷，洪承畴仍然认为：“湖南地方辽阔，冲口甚多，逆贼窥伺非止一处，而见在官兵甚为单薄，顾东遗西，顾南遗北，战守尚难，分布开拓，未有根基”。故而他多次疏请增兵湖南、湖北与粤西，并主张“于来岁（顺治十三年）秋冬之交方可议兴剿之师”。届时，由他率领的湖南满汉大军担任主攻，“或由常德、澧州以进辰州、沅州，或由宝庆以进武冈、靖州，而广西之全州、柳州、浔州等处，各大张进兵声势，以分孙逆之肘”。四川大军则由平西王吴三桂等率领，“或径取遵义，以逼贵州；或分取重庆、夔门，以通荆襄。……庶几胜算在握，开拓有机”。
但是，洪承畴的这一求稳求实，着眼于“一劳永逸”的作战方略，由于过分强调于守，而受到来自朝廷各个方面的反对，户部侍郎王弘祚劾他征兵转饷，大为民困；四川巡抚李国英责他“坐而自困”；新任宁南靖寇大将军阿尔津等也主张立即攻取。
就在他不堪压力、以年老有疾求罢之际，顺治十四年（1657年）十月，大西农民军中发生了孙可望与李定国之间的内讧。孙可望战败后，由贵州奔长沙，于洪承畴军前投降，力陈云贵可取之状。于是，是年十二月，清廷决定三路进取云贵。一路由吴三桂同固山额真李国翰由四川进贵州；一路由固山额真赵布泰同提督线国安由广西进贵州；一路以固山额真宗室罗托为宁南靖寇大将军，与固山额真席哈由湖南进贵州。“经略洪承畴或应与大兵同行，或应尾大兵之后，已令其相机定夺”。清军于顺治十六年（1659年）正月攻占昆明，永历帝逃往缅甸，洪承畴经略西南也取得了巨大的成功。
应该说，孙可望的降清，不仅改变了洪承畴的被动局面，且成就了他经略西南之功绩。换言之，它在很大程度上说明了洪承畴以守为战的作战方略之可取。对此，有孙可望的投降书可以证之。书中有云：“满洲大兵精强，威声赫濯，自顺治十年岔路口一战，杀伤滇黔兵甚多。十二年初犯常德，又折兵万余，兼以数年之内，湖南以守为战，无隙可乘，以致云贵内变自生，人心解体。”
总之，洪承畴于北京出发前对经略西南的总体设想是要“真剿”，故有“不真剿，必不能成真抚”之议论。但抵武昌、长沙后，他鉴于前线的实际情况，确定了“以守为战”的军事方略，欲先巩固自己，然后寻找机会，消灭敌人。客观地说，洪承畴的战略部署既是他本人一贯的用兵风格，也符合清军的具体状况，应该是正确的。但是，他自顺治十一年（1654年）初抵长沙，至顺治十四年（1657年）十月孙可望投降，前后历时三年有半。期间，大西军内部的矛盾早已是势同水火，清军可乘之机当为不乏。只是洪承畴过于求稳，过于“事事小心，三思不苟”。所以，才出现经略数年而“寸土未恢”的局面。
“收拾人心”与“约束官兵”也是洪承畴的一贯用兵原则。早在顺治元年三月，洪承畴便向正在入关途中的摄政王多尔衮上了“三不”政策，即“不屠人民，不焚庐舍，不掠财物”，用以加强军纪，缓和因征服战争而带来的民族矛盾。
顺治十年（1653年），洪承畴在经略西南之后，仍然严饬部伍。奉命伊始，即宣布军纪，其统领的军伍，“向奉有明旨，兵马不许进城”。以故，在由京师奔赴武昌的途中，将士官兵皆要宿于城外。其时，正值冬季，“自河南府十一月初五日起行，一路大雪连绵”，然洪承畴却“传各官兵冒雪前进，仍严加约束”。清廷为尽快绥定西南，议定增遣满兵，命携家口驻防武昌等地。洪承畴虑及大军所过，沿途居民为之骚扰，所驻之地，又须拨给房屋土地，甚为民累。为此，他疏请“停止携带家口驻防”，以减少对百姓的惊扰。
尤为值得论及的是，军中一旦发现违纪现象，洪承畴立即严惩不殆。顺治十一年（1654年）正月，洪承畴驻守武昌时，有旗下官员拜他喇布勒哈番（备御）张任先者，因“随营酗酒，又掠淫良妇”违纪犯法。洪承畴奏明三法司请旨后，命于军前处斩。为儆效尤，行刑时，洪承畴会湖广总督祖泽远传集各提督、总兵将领，当众宣布谕旨，然后将张任先押赴武昌府的武胜门外，于驻营军前斩之。
正由于他治军纪律严明，故所属将士多有收敛。是年三月，清军初抵长沙，百姓多已逃亡，“城内城外尽皆瓦砾，房屋皆无。”但进入城内的满汉大军却“号令严明”。洪承畴在其奏疏中称：固山额真季什哈（席哈）等，“念地方之苦，计切安民，官民秋毫无扰。而抚臣、道臣两月内多方召集，百姓渐次入城，各寻占原日地基以竹草盖房，城内城外住着约有数百间，各有买卖，生理日已增添。”洪承畴再一次收到了严肃军纪、“收拾人心”的成效。
顺治十五年（1658年）正月，清军欲进取云贵，洪承畴进一步明确指出：“进取大事，首以收拾人心为本，收拾人心，先以约束官兵、秋毫无扰为本。”他认为：云贵不比他省，苗蛮不比汉民，“当此大兵初到，一得人心，将来收拾自易，所关甚大”。故而疏曰：“云贵地处要荒，与西北各边、腹里各省迥别。……苗蛮族多，民人绝少，风俗完全不同……古称反复难治之国。”又曰：“若果号令严明，官兵无扰，一得其心，则帖然信服。”“倘若纪律不严，抢掳扰害，一失其心，则风声传播，苗蛮先逃，皆窜入山村洞窟。不惟向导无人，粮草无资，调遣无术。且于大兵经过之后，或山口拦截，或要路挑断以阻我兵行。即有摆设，调拨兵多则无米食用，少则伙众暗袭，举步皆不能通。是以进取云贵，兵威宜先，震慑恩信，尤加绥怀，必先得土司苗蛮之心，方可为一劳永逸。”为此，在出发前，他要求满汉大兵及文武官吏，如迎战敌军，苗蛮阻路，自当剿杀。除此而外，“官兵经过州县及土司蛮峒，不分散远出，不私离队伍，一衣一物毋得擅动，茅屋木架毋得擅毁，贸易悉照公平来往，众掳掠尽行禁止”。“但有投诚等众，人口财帛分毫皆属彼有，使诸蛮不为贼用”。如有违犯上述军纪，并“杀害良民兵丁”者，“立正军法，经管大小将领拿问治罪，各提督镇将大小各官必咸相告诫，以期拓土安民共享太平”。
待清军进入贵州后，洪承畴又以土司苗彝向为“裹头跣足”，与汉俗不同，奏请于贵州、湖南“暂免剃发，照旧妆束”。奏准后，“顺治十五年（1658年）八月奉旨依议行”。洪承畴一路刊刻告示，将此晓谕各地苗彝。“贵州土司苗蛮无不鼓舞，顶戴皇上破格洪恩，争先出山贸易、耕凿、运交米粮，以各效诚悃。”从而缓和了民族矛盾。与此同时，洪承畴又奏请将云南、广西亦照贵州事例，暂免剃发，以广示招徕。
上述事实可以说明，如果我们将洪承畴经略西南的成功，仅仅归功于他以守为战的军事征服，显然是不能令人信服的，其“收拾人心”的诸项举措无疑起了更为重要的作用。
在经略西南的过程中，洪承畴的又一功绩当为致力于封建统治秩序的重建，凡新辟之地，无不尽心筹划，所谓“百务创设，慎始虑终”，西南诸省的一应建制，多出自洪承畴之手。
顺治十一年（1654年）正月，洪承畴抵武昌未几，便以道员需人，接连奏请调补。他先以驻扎湖南常德的现任分巡湖北道周来凤与推官董斑皆赃私累累，荐举“口碑载道”、并有“御寇之捷”的山东莒州知州陈全国补任。又以宝庆府为湖南第一险要，严疆事务繁难、道臣必得历练，将驻于其地的现任分守下湖南道吴臣辅以过于“文弱”奏请改调，补以精干的黄州府同知程云生。再以驻于江西临江府的现任分守湖西道张子梃病故，荐河南睢陈道祖重光补之。此外，洪承畴发现担任湖南重镇常德守卫的副将申鼎健年老力衰，准其休致，奏请以“战阵久经、谋略夙裕”的湖南右路副将孙喜策补缺。
顺治十二年（1655年）十一月，清廷“设湖广祁阳、益阳两县总兵官各一员，兵各三千名，安东县参将一员，兵一千二百名，从经略辅臣洪承畴请也”。十二月，“以经略洪承畴军前办事原任山西平阳府知府张云龙为湖广按察使司佥事，分巡武昌道”。与此同时，洪承畴又就湖南常德府原通判张鹏翼被劾，衡州府属桂阳州知州张士彪病故，两缺出，疏荐原任江西南康府推官张道澄补常德府通判，现任长沙府湘潭县知县刘见龙升补桂阳州知州。而洪承畴所荐之人，或“历俸有年，且在军中竭蹶有效者”，或“任事历练，饶有干才”，“效力功多者”。
顺治十五年（1658年），清军进入贵州。而这时，贵州久经战乱，“旧章无考”，“通省钱粮全无头绪，刑名教化久已废弛”。洪承畴见状，立即着手恢复贵州的行政建置。他鉴于穷荒初辟，人多视为畏途，且部选之官至黔，“数千里险途非十余月不能到”的现状，每收复一地，即于其地设置官守。例如，是年四月，命投诚总兵张飚会分巡思南道；五月，荐分巡下湖南道佥事陈正中升以参议衔补管湖广都粮道；岳阳府同知吴光国升以佥事衔补管湖广分巡下湖南道。七月，他就近举用分守湖南道副使黄中通以参政职衔补管贵州左布政使事，用宝庆府知府张惟养以副使职衔补管贵州按察使事，用分守下荆南道佥事赵焘以参议职衔补管贵州提学道副使事；九月，以属下副将张扶龙为分守思仁道。
总之，由洪承畴疏荐者，下至州县佐贰，上至布臬两司及巡抚。例如，贵州巡抚卞三元，初由湖广分巡上荆南道为洪承畴荐补湖广驿传盐法道；原任湖广巡抚林天擎“奉旨降级调用”，洪承畴荐举起用云南巡抚；而云贵总督赵廷臣，更是每每受荐于洪承畴，先是，顺治十一年，由革职之江宁府江防同知，由洪承畴荐举起复为湖广分巡下湖南道，顺治十五年，再荐用为贵州巡抚。
顺治十六年（1659年）正月，云南恢复，而对贵州的料理也稍有头绪，于是洪承畴即筹划新辟云南的“百务创设”之事。其时，诸路大军云集，粮饷为军需首要，洪承畴“必先凑足十万两可济王师及两路大兵一时通融应用”。而当时，自湖南解到饷银除留备贵州满汉官兵支用外，仅凑足5万两。云贵两省粮饷中断，洪承畴不得不亲赴贵州催办。而年过花甲的洪承畴，身体更是每况愈下，但即便是这种情况下，洪承畴也十分关注云南的守备问题。
三月，洪承畴便援引元明故例疏请命以王公镇守云南，他说：“云南尤为险远，土司种类最多，制之非易，故前元朝用亲王坐镇，明朝以国公沐英世守，乞敕议政王、贝勒、大臣为久长计，留兵驻镇，俾边疆永赖敉宁。”经议政王大臣、贝勒等会议议决“平西、平南、靖南三藩内，应移一王驻守云南”，诏“命平西王驻镇云南”，成为三藩分镇之初议。从这一意义上，也可以说，清朝以异姓王分镇西南与东南，实发议于洪承畴。而三藩分镇，在最初的几年中，的确使清王朝收到了以藩屏周的功效。
就在云南局势胜利在望的时候，洪承畴又一次因病请求退休。这次病情严重，仍是目疾。那时他右目早已失明，左目又昏聩，病因是由于劳累过度。正像他自己所说的，早在长沙时即：
日间接见文武将吏，出入亲近县民，工夫有限，庶事无穷。本章机务不得不于超更、更尽或五更即起燃灯继晷、殚尽心目，方可不致迟误。
到了贵州以后，由于当地“穷荒险阻”，兵民粮食都成问题，因此更加忙碌，常常日夜不能停歇。至顺治十五年（1658年）十月，“左目渐觉昏花”，不过还可以拿笔写字。到了第二年五六月，连小字也看不见了，近来的紧要的塘报文件，只好让人誊写成大字再看。机密的事，自己尚可勉强手书。至七八月间，已经到了咫尺之间，看不清人的面貌，只有对方高声说话，才知道是谁；走路也不辨高低，需要有人左右扶持才能行走；出门骑马，前边还要有匹白马领路。更严重的是，那时他连文件上的楷书大字，也都看不清了，必须由官员从旁边用手指着嘴里还要念着，才可以知道内容；至于自己拿笔写字就更不成了。
他还说，近日钦命大臣麻勒吉等来到云南省城，一看到他，都吓了一跳，说他怎么会衰老到如此地步。洪承畴很想看到云南地方的全部统一，但是，他也看到自己实在无法再继续下去了。他向顺治帝上的揭帖里说，他所担心的是，本来应当亲自看的题奏章疏，现在必须由亲信官员逐字念给他听。尤其令他担心的是，“五省责任至重，滇云艰窘尤甚”，而自己“一事必费数事之力，一日并无半日之功”。况且，“贼情叵测，土司伺衅，残兵伏莽，战守抚绥，刻不容缓”。可是他“昏聩已极，不能夙夜办理，如致委顿机务，贻误封疆”，即使皇上可怜他，“职何以自解大罪”。他说：几年以来，他不敢“避难避劳，不敢言老言病”。可是目前的衰老形象是满汉官兵、以致百姓所共睹的，他若是不把实情报告给皇上，是“自欺以负皇恩”。最后他希望皇上能允许他休息一段，稍加调理，而不致“全成废人”
洪承畴乞休的揭帖到北京是顺治十六年（1659年）十月十六日，7天以后，顺治帝就批了下来，同意他的请求。
洪承畴到北京后不久，顺治帝于顺治十八年（1661年）正月去世，年仅23岁。继而，8岁的皇子玄烨即帝位，就是康熙帝。顺治帝是很看重洪承畴的，遇事也很愿意听听他的意见，且经常采纳。顺治帝的去世，对洪承畴是个打击，他深感空虚和孤独。就在这一年的五月，洪承畴因病请求休致，得到朝廷的同意。这一年，洪承畴已经69岁了。
康熙四年（1665年）二月十八日，洪承畴“卒于都门之私第”，享年73岁。他死后，朝廷“赐祭葬如例，谥文襄公”。他的著述没有留传下来，只有福建人浦龙渊辑的《经略纪要》二十四卷四百五十余疏。他的儿子洪士铭是顺治十二年（1655年）的进士，官至太常侍卿兼袭世职。
通常，人们在论及洪承畴于清初定鼎中原的作用时，总要提到清军师次辽河时他向摄政王多尔衮所上的用兵战略，他作为内阁大学士如何“佐理机务”，以及他招抚江南和经略西南的重要作用。而事实上，洪承畴所上的使多尔衮为之动容的用兵战略，却因多尔衮于吴三桂“借兵”后在军事部署及进军路线上都作了调整，而未能完全实施。至于洪承畴在内阁期间的诸多建言虽不容抹杀，但尚有冯铨等人共之。相比之下，其招抚江南与经略西南当是洪承畴以一己之身所起到的重大作用。
对此，清乾隆时文人赵翼评价曰：顺治二年（1645年），洪承畴“出经略（招抚）江南诸省，逋寇以次削平。后再出经略楚粤滇乾诸省，西南底定，皆其功也”。近人孟森先生也说：“东南西南天下大定于承畴手，……为招抚，为经略，所向成大功。”清廷在统一中原的过程中，遭到阻击者唯东南与西南而已，然解决此矛盾者，前后皆赖于洪承畴也，也正因如此，洪承畴在清廷统一中原的大业中建立了不朽的功勋。
