臣为君死原因有很多种，但忠心耿耿，一心为皇上效力也得死，就未免有些说不过去了。所谓雷霆易怒，天威难测，皇帝仅凭个人的判断就可裁判生杀大权，那么生命也似乎太儿戏了。
朱元璋早年寄身寺庙，暂作和尚，后见郭子兴起兵反元，遂投奔义军，在南征北战中李善长一直追随他左右，直到最后他取得帝位，李善长也是忠心为其效力。
早年，朱元璋对李善长一直很信任。有一次朱元璋问他：“四方征伐，何时定乎·”李善长当即回答：“秦乱，汉高起布衣，豁达大度，知人善任，不嗜杀人，五载成帝业。今元纲既紊，天下土崩瓦解。公濠产，距沛不元。山川王气，公当受之。法其所为，天下不足定也。”朱元璋大为赞赏。从此，他视李善长为知己，令其参预机务，主馈饷，深受重用。当朱元璋威名日振，诸将来归者与日俱增，李善长便认真考察，辩贤愚，别优劣，量才录用，朱元璋无不言听计从。
朱元璋的主帅郭子兴为人暴躁，忌能护短，又好猜疑。朱元璋虽受宠用但处境险恶。郭子兴有时听信谗言，疑朱元璋欲夺其位，于是收回朱元璋一部分兵权，还有意把李善长置于自己的麾下，以分割他们的联系。李善长“固谢弗往”，婉言谢绝了。通过患难与共的生活考验，朱元璋更加信任李善长。不久，朱元璋帅众渡长江，拨采石，趋太平，克集庆，并以集庆为根据地，西征陈友谅，南攻张士诚，东平方国珍，乃至北伐大都，李善长都参预帷幄。经过十余年的南征北战，大半个中国已在朱元璋的控制之下了。为了实现“成帝业”的目标，1368年，李善长和刘基、朱升等一批功臣，向朱元璋“劝进”，终于使朱元璋在金陵正式登上皇帝宝座，大明王朝由此开始了。
按道理说，像李善长这样一心为主，与君主出生入死的功臣应该得到重用，不说以后有多少荣华富贵，但至少也可善始善终吧！但李善长的悲剧在于他所遇到的是一位善猜忌的君王。在朱元璋这位专制独裁的封建帝王的心目中，“功臣”往往功大“过”也大，所以他们无不都是被猜忌的对象，与他们只可共患难，忌能共安乐。
所谓“共患难易，共富贵难”，历史事实都为此作了例证。范蠡在帮助越王勾践打败吴国之后便泛舟五湖；张良在辅佐刘邦平定天下之后便飘然远行；朱升在帮助朱元璋建立明王朝不久，便乞求告老还乡。这些慧眼识人君的人臣，由于能够看清时势的变易而“鸟尽弓藏”，也不仅是为了洁身自好，而更重要的还是向往能够以终天年和为子孙计。李善长辅佐朱元璋建功立业，有类似范蠡和张良，他与朱升更是袍泽同俦。但在功成身退上去未能像他们那样干脆利索。
朱元璋在即帝位之后，逐渐感到帝权与相权之间的矛盾难以调和，虽几经设法加以调整，但并不令他满意，最后决意废除这一制度。中国历史上皇权与相权在官僚制度正常运转的情况下，君相之间还可以相维相系，宰相协助君主理万机，君主依靠宰相御天下。但令朱元璋坐寝不安的历史教训时常盘桓在他的脑海里。如：霍光、曹操、司马氏父子和桓温等人，都是以相权压倒帝权的有名人物。而在实际生活中，君相之间的权力冲突日益加剧，朱元璋在即帝位之后，逐渐感到帝权与相权之间的矛盾难以调和，虽几经设法加以调整，但并不令他满意，最后才决意废除这一制度。导致朱元璋和李善长之间关系也逐渐疏远，竟至互为敌意。
洪武十三年，“胡惟庸案”发，遂导致后来李善长满门被斩。
“胡惟庸谋反”一案是致李善长冤死的导火索。朱元璋是权力欲极强的人，凡事都要自己做主，但是丞相一职，却对皇帝的至高权力起了分权和牵制作用。因此，君权与相权的矛盾就显得尤为突出。胡惟庸又是一个依权仗势，专横跋扈的人物，他在朝中结党营私，组成一个淮人官僚集团，排斥异己，独操生杀黜陟大权。与朱元璋这样一个十足地自私猜疑的雄主当然如同水火。朱元璋深虑身后子懦孙弱，生怕和他自己并肩起事的一些功臣宿将不受制驭，由此而对丞相制深恶痛绝。朱元璋常常用历史的经验教训，作为治国的借鉴。他曾指出：“乱自秦起，宰相权重，指鹿为马。自秦以下，君天下者，皆不鉴秦相之患，相继而命之，往往病及于国君者，其故在擅专威福。”既有历史的教训，又有现实的情况，于是决心废除丞相制度，以期永固皇权，而要废除丞相制，自然要先向胡惟庸开刀。
在朱元璋向胡惟庸开刀之前，刘基突然暴卒，有人说这是胡惟庸毒死的。据《明史》载：“御史中丞刘基亦尝言其（胡惟庸）短，久之，基疾，上遣惟庸挟医视，遂以毒中之。”这件事是真是假，当属疑案。但这正可被朱元璋用来作为加罪于胡惟庸的一个把柄，为了尽快给胡惟庸定罪，朱元璋便叫汪广洋来作伪证。汪广洋虽和胡惟庸有隙，但他是个持身以正、小心谨慎的人，既不愿捏造事实，陷人以罪，也不想传布谣言，行涉轻薄。而是采用息事宁人、一了百了的办法，对于刘基被害的传言，他是持否定态度的，当朱元璋问他时，竟说：“无有。”汪广洋的回答正是朱元璋不愿听的。因此，“帝怒责广洋朋欺，贬海南，舟次太平，帝追广洋赐死。”
处死汪广洋，是给功臣们一点眼色看看，这对胡惟庸的震动更大。因为右丞既死，左丞自是岌岌可危。果然不出所料，不到一年，胡惟庸的大祸降临了。
洪武十三年朱元璋以擅权枉法罪杀丞相胡惟庸；又以镇压奸党为名，株连蔓引，诛杀了一些公侯、大官僚，并乘机取消了中书省。还立下家法，以后不许再设丞相一职。从此，由秦始皇开始的大一统封建王朝中的丞相制度废掉了，皇帝成为综揽政事最大的独裁者。
胡惟庸被诛，只是朱元璋屠杀功臣的开始，从此，“坐堂死者甚众”，李善长自然在所难免。因为胡惟庸是李善长亲自举荐的，且两人过从甚密。杀胡惟庸岂能不杀李善长·但李善长随朱元璋时间较长，功劳卓著，位极人臣，影响较大。要想杀李善长，必须罗致罪状方能下刀。
欲加之罪，何患无辞。而要惩治李善长，最好的办法莫如把他列入“胡党”中加以问罪。也不知是不是李善长的运气不好，此时的另一件事正好促成了朱元璋对其入罪。当时有一批在京城的人犯了罪要发配到边境，其中有一位叫丁斌的与善长有“私亲”，善长为其说情，而丁斌又曾经“给事惟庸家”，于是朱元璋便抓到了这个难得的“机遇”向李善长问罪了。先是逼丁斌揭发李存义往日“交通”胡惟庸的情状。遂逮捕了李存义父子，并逼李存义交代李善长与胡惟庸的交往过程。特别是李存义揭发胡惟庸劝善长一同谋反的事实，善长虽不愿为，“然颇心动”。仅此一罪，足够问斩了。再加上又有人告李善长包庇胡惟庸派往捕鱼儿海（今内蒙古东部贝尔湖）与蓝玉联系的“使者”封绩，对这件事“匿不以闻”。
事情发展至此，“罪证”俱在，李善长将获重罪已成定局，他的左右也突然“叛变”了。首先是他的仆人们，大家为了免祸，便都纷纷出头首告，把李、胡之间如何密切往来，如何互通贿赂，如何时常摒人密谈等等，都分别揭发出来。编造“莫须有”的罪名，罗列李善长的罪状。为了把李善长的罪状昭告于天下，以见其罪有应得，朱元璋还把李善长及其从犯的供词勒为一书，名曰《昭示奸党录》，印出多册，发往各地，俾众周知。其意一在晓谕臣民，使知所惧戒，不敢再行谋逆；二则也是昭示李善长等都是罪有应得，并不是他大杀功臣。
这时李善长已七十七岁，被赐死，自缢，并株连九族，“遂并其妻女弟侄家口七十余人诛之。”在李善长被杀后的三年“蓝玉案”又发生了，被杀者一万五千人。
