然而，无论是怎样的母子之情，都不能弥补同治帝活着时与生身母亲之间的隔阂冷漠。造成母子疏离的原因很简单，他们并不仅仅是一对母子，他们是皇太后与皇帝。而且是大权在握的皇太后、急于掌权的皇帝。
按照顺治帝、康熙帝的先例，无论是太后理政还是辅政大臣摄政王理政，小皇帝到14岁时就应该大婚亲政了。然而，在同治八年（公元1869）年时，同治帝已满13周岁进入14岁了，他的婚事、他的政事，却仍然没有一点动静。
同治帝没能早日成婚的原因，当然是因为他的生母慈禧太后不同意。慈禧太后不愿早点让儿子成婚的原因，当然是因为她不愿意交出手中的权力。不过从另一方面来讲，同治帝自己的表现也非常令人遗憾，使得慈禧太后有岔子可寻。
据同治帝师傅翁同龠的日记记载，同治帝厌学，甚至公开对帝师抱怨，说自己每天要早起向两宫太后问安，又要陪着精力旺盛的太后们临朝听政，又要到弘徽殿去读书……少年皇帝对母亲们的安排怨声载道，宣称自己“当差劳苦”。做为一个十来岁的孩童，载淳的抱怨还是值得同情的，因为他承担的压力确实太大，慈安太后对他倒还时有溺爱放纵，慈禧太后却是个信奉“不打不成材”的，对他要求极其严格，没有给儿子安排丝毫玩乐的时间。载淳6岁入学，学业极其艰深，文武军政俱全，一年间只有三十余日全假、四十余日半假，除夕之日也只能提早放学而已。从入学之日起，载淳做得好是应该的，也就得不到褒奖，稍有略有犯错，慈禧太后的训斥却从不曾含糊。时间长了，同治帝想不厌学恐怕也难。不过即使如此，同治帝的学业还是有可观之处的，偶尔也会给帝师们带来意外惊喜——但可惜的是，慈禧并不曾将儿子与同龄人相比，她是将他当成一个皇帝来要求。同治帝的厌学也就越来越厉害，最终发展到逃学、与陪读的宗室子弟溜到宫外浪荡。
慈禧有意无意地贬低同治帝的学习成绩，除了她确实可能有些“拔苗助长”的倾向之外，更引人猜测的原因恐怕就是她希望借贬低儿子的学业，向朝臣暗示小皇帝还未有独理朝政的能力，以此延长自己掌权的时间。然而，恐怕慈禧自己也不曾想到，儿子最后竟会发展到去宫外浪荡的地步。
除了厌学之外，同治帝的家庭生活也很不如意。原因很简单：他没有依从生母的意愿，而是依从了嫡母的意愿，选择了阿鲁特氏为皇后，而且还在婚后经常亲近这位妻子。这当然已经足够让慈禧太后不满了，更糟的是阿鲁特氏还与慈禧太后关系非常恶劣。
在多数的描写中，阿鲁特皇后在慈禧太后面前完全就是个受气的小媳妇，同治帝亲近珣妃没问题，亲近瑜妃也没问题，可是只要亲近皇后一回，慈禧太后就要跟皇后为难一回，非要逼着儿子把皇后的机会统统让给自己中意的慧妃不可。慈禧太后有句名言，大意是：“谁让我一时不痛快，我就让谁一辈子不痛快”。阿鲁特氏不幸在选后那一刻就惹了这位不好惹的婆婆了。
在大婚以后，阿鲁特氏做为同治帝的妻子，眼见慈禧太后没有完全将权力还给丈夫，对这位婆婆的态度很生硬。不仅如此，陈鲁特氏还看不起慈禧太后，认为她身份低贱而且“德行有亏”。
慈禧太后爱看“粉戏”，也就是言情戏，大约是想借此排遣自己寡居的寂寞。慈禧看戏时当然不会如普通小民般自己买张票猫在角落里看完算数，而是要让大批的内宫女眷们相陪。阿鲁特氏皇后作为正牌儿媳妇当然也在陪客名单中。然而，年轻的阿鲁特氏既然出自书香世家，又饱读经典，如今又是皇后，当然在人前表现得极其不满“淫秽的戏目”。慈禧太后传戏时，阿鲁特氏经常借故不去，实在推不掉前去的话，也是正襟危坐，目视戏台以外的地方。这使得慈禧觉得儿媳妇是在讽刺自己不守妇德，于是恼羞成怒。
慈禧热衷于享乐，而且也很会享受，对于妆饰打扮赏花养狗更是极上心，直到六七十岁还爱穿鲜艳奢华的服饰，而且只穿新巧的，据说她老年的睡衣上都绣着大朵的红牡丹。以封建社会对寡妇的要求来讲，她是完全站不住脚的。
慈禧太后一辈子最大的遗憾就是做了皇帝的小妾，亲生儿子还得管别的女人叫母亲，她因此对自己的身份极其敏感，只要有可能就要拼命列出排场显示显示。然而在阿鲁特氏面前，她无论如何显摆也没办法占上风。阿鲁特氏身世高贵，是正宗的皇帝元配嫡妻，论起来这一点就连慈安太后都远远不如。阿鲁特氏自己也很清楚这一点，即使慈禧太后拿婆婆的身份来压她，她的优越感仍然时常流露。想到这个不遂心意的儿媳妇样样都比自己强，还能享受夫妻恩爱，慈禧太后就更受不了啦，简直觉得这个儿媳妇就是眼中的一根刺，越发不能容忍儿子亲近她，让她生下儿女。于是，慈禧对同治帝亲近皇后便横加阻挠。
同治帝毕竟是个皇帝，又正在少年，哪里受得了老娘管了自己的朝政不算，还把手插进自己的床帐里头来？同治干脆来了个“罢召”，连皇后带所有嫔妃的寝宫都不进去，自己独个儿睡进了乾清宫。
慈禧太后如此有闲暇来管皇帝的夫妻之事、如此与儿子媳妇过意不去，与同治大婚后亲政也很有关系。
同治十二年正月二十六日，18岁的同治帝终于结婚成家之后，于太和殿举行了盛大的亲政典礼，从此亲政了。
虽然迫于局势，慈禧太后不得不撤去了自己曾经隐身11年的那道帘子，但她心里是盼望儿子仍然事事前来向自己请示的。然而，少年皇帝却并不买这个帐，他迫不及待地要展现自己的能力。母子俩因此在权力与家务两方面都发生了冲突。同治帝便想将老娘挪出皇宫，搬到圆明园去。九月，同治发下了重修圆明园的诏书。慈禧似乎也不愿再和儿子媳妇不停地当面闹矛盾，何况她从来就在享受方面就不含糊，如今更是乐得让儿子出头，免得自己担罪名。再者说了，难道同治帝把她送进圆明园之后，就当真能乾纲独断？于是，同治对修园也表现出了极大的兴趣。
同治帝的这个计划，当然难以被人们接受。大学士文祥立即上奏，认为后果将极其严重。但同治帝却不想听，他不但想把碍事的老娘弄走，还想要借修园勘察之机常去宫外游荡。于是，同治将大臣们的劝阻奏章、边陲战报、地方事务都统统丢开不管，只顾修园，钱不够就逼大臣们捐款，恭亲王也不得不第一个上交二万两白银。急于筹钱又毫无经验的同治帝甚至还因此上了一个商人李光昭的大当。此人以捐献木料的名义得到了同治帝的欢心后，便打着皇帝的幌子到处行骗，直骗到法国领事馆的头上，造成了一起国家纠纷。事发后，李光昭被直隶总督李鸿章处斩，而同治帝则脸面威信丢尽。
尽管如此，同治帝仍然孜孜于修园，并且屡屡以视察工程为名跑到圆明园，然后带着一两个小太监外出游荡。私游中，同治还认识了翰林院检讨王庆祺，从该人手中得到了一大堆的淫书春画。不谙风情的宫女们很快就令同治帝失了兴趣，他随即在王庆祺等人的引导下逛起了花街柳巷，“大开眼界”之后更加流连忘返。野史中便记载着这位同治帝不但与京城名妓来往，甚至还沾染男色之事。
同治帝的私游逐渐在京城里出了名，重臣们也终于忍耐不住了。同治十三年夏，恭亲王、惇亲王、醇亲王、科尔沁亲王、军机大臣文祥、李鸿藻等十大重臣联名上奏，请同治帝“停园工、戒微行、远宦寺、绝小人、警宴朝、开言路、征夷患、去玩好”。
七月十九日，又羞又怒的同治帝召见十重臣。恭亲王和醇亲王的话还没说完，同治帝便咆哮起来，把大学士文祥当场吓晕，召见草草收场。
事儿闹大了，重臣们将整件事都报到了两宫太后面前。一看这样的场面，老辣的慈禧立即意识到修园之事众怒难犯，虽然心里仍然痒痒，还是表示定要终止修园，将所有的“炮火”都转到了儿子身上，将儿子训了一顿。
于是，同治帝的怒火更盛。几天后他又写了道诏书，打算一古脑儿将十重臣统统撤职查办。八月初一这天，正当同治召集所有大臣上朝，打算当廷爆发皇帝的“雷霆之怒”树立威权之时，两宫太后突然出现在了朝堂上。由慈禧太后开口，将同治帝当众数落了个一钱不值。于是，同治帝的皇权君威彻底垮掉，两宫皇太后尤其是慈禧太后则重新恢复了她们才是王朝真正懂行统治者的权威。
同治帝的任性妄为，造成了君臣离心的后果，大臣们更加拥护两宫太后。备感挫败却又不知错在何处的同治帝干脆破罐子破摔，何况慈禧太后仍然管着他的房闱私事。于是，同治仍然不沾正规妻妾后妃的边，而是在宫内折腾宫女太监，同时出宫冶游。据说，从此后他“学了乖”，怕遇上有脸面的朝臣宗室，也不相信有门道的王庆祺等人，再不往名妓们聚集的高级红灯区跑，而是出没于下三滥地段甚至京郊地方，与那些连寻常妓女都看不起的暗娼之流厮混。
这样的地方去多了，消息当然还是又传出来了。朝臣宗室们纷纷上书劝谏，然而同治帝却乐在其中，根本不听。重臣们将消息报给太后，慈禧太后却权当没听见：首先，儿子荒嬉，她正好重新掌权；其次，她也确实是不愿相信。
终于，祸事来了。
同治十三年十月二十一（公元1784年11月30日），同治帝在去西苑时受凉感冒。这本是小病，没想到竟越来越厉害，到十月三十（12月8日），他竟然发起疹子来了。两天后，宫里传出同治帝“有天花之喜”的消息。虽经百般调治，同治帝仍然在一个多月后病死，成了清王朝最短命的皇帝，年仅19岁。
关于这位浪荡皇帝的病情，野史一直众说纷纭。多数时候，老百姓都认为同治帝不是死于天花，而是死于性病梅毒，理由正是他热衷冶游。不过即使是天花，其病之来也与同治帝好冶游不自重脱不了干系。
据说，同治帝的病情在治疗过程中曾经有过起色，但很快就急转直下。在传说中，此事与慈禧太后和阿鲁特氏婆媳间的一场争吵有关。
据说，当时阿鲁特氏前往探望同治帝，夫妻俩摒退众人说私房话，阿鲁特氏便向丈夫哭诉自己如何受婆婆欺负，却没料到慈禧太后躲在外头偷听。当慈禧听到同治帝偏向老婆的言谈之后，立即冲进来大发脾气举手要打阿鲁特氏。阿鲁特氏一急之下冲口而出：“我是大清门进来的，你不能打我。”——这话的意思是：我是明媒正娶的皇后，你虽是婆婆，却是个小妾出身，没有资格打嫡妻身份的女人。这话一出，慈禧顿时大哭大闹。躺在病床上的同治帝眼见这样的场面，顿时晕厥过去，病情于是再不可收拾。
此事是否当真很难确认，不过也还符合慈禧与阿鲁特氏之间恶劣的婆媳关系状况。但此说法虽然表现了慈禧太后的横蛮，阿鲁特氏却也脱不了干系：老公病得将死，还要去对他诉苦刺激他，皇后怎么做的？与此野语相比，另一种说法就可靠得多：十一月初八初九两天，同治帝病情稍有好转，痘花也颗颗饱满，只待鼓胀浆出便可望痊愈。然而就在这天，慈禧太后哄得同治帝回心转意，发下了在自己病中将政务全数交予太后的上谕：“请太后代阅奏折，待过百日之喜，病情稍缓，朕再出来办事”。冲动之下将此谕发出后，同治帝越想越不是味儿，发现上了老娘的大当，权力一但正式交出，就算自己病好了，恐怕也很难再收回；万一病好不了，那自己恐怕就连选继承人的权力都没了。在这样的情绪刺激下，从初十开始，同治帝病情日渐消沉，终至不治。
无论如何，同治帝死了，他没有儿子，连女儿都没有，清王朝必须从宗室中选出一位继承者。
同治帝崩逝的当天深夜，关于继位人问题的御前会议立即在养心殿西暖阁召开。与会者包括宗室王公、朝廷重臣，还有同治帝的师傅。一番争执之后，早有盘算的慈禧太后一锤定音：“文宗无次子，今遭此变，若承嗣年长者实不愿，须幼者乃可教育，现一语即定，永无更移，我二人（两宫太后）同一心，汝等敬听。”随后宣布：“醇亲王奕譞之子载恬承继文宗显皇帝为子，入承大统为嗣皇帝。”
这道旨意一出，诸人大感意外，醇亲王本人更是当场昏迷过去。然而谁也不敢表示反对，因为载恬也有非常明显的优势：他是咸丰帝的亲侄儿、慈禧太后的亲外甥，是正宗的皇家近支。那么，为什么不给同治帝过继儿子呢？原来，当时的皇族近支中“溥”字辈的人选只有一个溥伦，乃道光帝长子奕纬的嗣孙。溥伦虽是道光帝长子长孙，但他身上并没有有流着道光帝的血液，甚至连嘉庆帝的血液都没有：溥伦的父亲载治是过继给奕伟的，他的亲祖父乃是皇族的旁系。不过既是过继，似乎也没有必要讲究这些。何况就算是让堂弟入嗣大统，也大可选个年纪大些的，为什么会找上载恬这个还没断奶的孩子？
这当然就是慈禧太后的算盘了。假如从旁支溥字辈中选一个做同治帝的过继儿子，那么两宫太后就成了太皇太后，再垂帘听政就说不过去了：同治帝的皇后还在呢！假如选年纪大些的载字辈堂兄弟，那么首当其冲要被考虑的就是恃才傲物的恭亲王的儿子们。这当然绝对不是两宫太后、尤其是慈禧太后愿意看到的。更何况，选中的小皇帝越是年幼无知，慈禧太后掌权的时间就会越久。除此之外，慈禧太后还另有私心：载恬是她亲上加亲的外甥，父母一向温驯听话，肯定比恭亲王父子好摆弄得多。当然，据说还有一条比较“人性化”的理由：慈禧太后想要重新看到自己儿子当年做小皇帝的模样，寻求她儿子的印象，使她聊以自慰。
总之，事情就这么定了下来。十二月初七，载恬生父醇亲王主动请辞一切职务，慈禧太后正中下怀地批准，让他去监修皇陵。醇亲王辞职的同一天，两宫太后重新垂帘听政。同治纪年终结，光绪朝揭开帷幕。
