明清两代书院继续发展，即使明朝政府曾四次明令毁废书院，清初也有一段沉寂，但仍未能扼制书院的迅猛发展，单就数量几乎已遍及全国。明清的统治者，加强了对书院的控制，使书院由私学蜕变成了官学，被纳入了科举系统。
清末，书院和科举一样不适应社会的变化，戊戌变法期间，人们在改革科举的同时，也把批判矛头指向书院。光绪二十七年八月（1901年9月），清廷发布上谕，重申改书院为学堂，从此书院制度失去了其存在的法律基础。作为科举的附庸，1905年当科举被宣布废除后，书院也彻底消失。
综观书院的历史，我们发现书院的发展几乎与科举的变迁同步，唐中期，科举制经过初唐的草创，达到更为完备的时候，书院产生了；宋代是重文轻武，进士备受荣耀的岁月，书院兴盛；清代，科举穷途末路被废除，书院也同时结束。书院因科举盛而兴，因科举衰而亡。
二、我国书院文化的基本内涵
我国古代书院，都是以封建思想为指导，宣扬占据统治地位的儒家学说。历代书院聚集了大批文人学者，其中许多是有名的学者，他们不但讲学授徒，而且进行学术研究，著书立说。如宋代朱熹在书院的教学中，大大发展了理学。清代学者黄宗羲、钱大昕、段玉裁等人，既是书院的山长，也是考据学家。他们往往利用书院的丰富藏书，做了大量的学术研究工作，为我国古代的学术研究工作作出了贡献。古代书院因教学内容、学术流派、地域位置的不同而有所差别，或致力于辞章，或致力于小学，或致力于经济，或偏重于采纳地方著作，各具特色。如岳麓书院规定学生“日讲经书三起，日看纲目数页，通晓时务物理，参读古文诗赋”。再如清代四川彭县的九峰书院，教材除“五经”、《四书集注》外，还读《四书讲义》、《周易折中》、《明史》、《论孟疑义》等。近代西学东渐，不少书院适应社会变革，更新教学内容。洋务派张之洞在湖北武昌建立两湖书院，在“中学为体，西学为用”思想影响下，设置了经学、史学、地理、数学、博物、化学及兵操等课程，并有相应科目的藏书。
综合起来，我国古代书院有下列教育思想和特点：
1书院教育重在培养学生做人。书院教育的目的在于培养学生明“理”，遵循“仁、义、礼、智、信”的封建道德规范和道德品质，达到“明人伦”；要求学生通过“存天理、去人欲”的学习修养过程，具备完善的封建人格。著名的《白鹿洞书院学规》是南宋理学家朱熹制定的，这是我国书院发展史上第一个比较完整的、纲领性的学规，不仅对于当时及以后的书院教育，而且对于官学教育都产生过重大影响。在此学规中，朱熹明确提出书院的教育方针是实施“五教”：“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信。”（《孟子·滕文公上》）。为实现这个方针，朱熹提出了为学、修身、处事和接物的重要原则。为学之序：“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。”（《中庸》）；修身之要：“言忠信，行笃敬，惩忿窒欲，迁善改过。”（《白鹿洞揭示》）；处事之要：“正其义，不谋其利，明其道，不计其功。”接物之要：“己所不欲，勿施于人，行有不得，反求诸己。”从学规中的这些观点可以看出，书院教育的目的就是为了让人明“理”，即懂得做人的规范。先是通过学、问、思、辨的为学过程明白道理，再将这些道理应用到各人“修身”、“处事”、“接物”之中去，尽管它所强调的是封建等级和封建伦理道德，但它能够摆脱当时科举制度的束缚，使教育不再成为科举的附庸，而致力于“穷天理”、“明人伦”以及学生个人人格品质的完善，这不能不说是封建教育史上的一大进步。在强调学生明“理”的同时，书院教育特别重视“力行”，通过“行”达到道德品质教育的目的。朱熹认为，知行二者，缺一不可。他说“故圣贤教人，必以穷理为先，而力行以终之”，“知与行常相须，如目无足不行，足无目不见。论先后，知为先；论轻重，行为重。”（《白鹿洞揭示》）。可以看出，书院在进行道德品质教育的过程中，一方面注重让学生深入学习封建道德规范的“理”，另一方面要求学生把“理”与实际生活紧密联系起来，身体力行，以“明理”指导“力行”，以“力行”促进“明理”，即把学到的封建伦理道德知识付之于自己的实际行动，转化为道德行为，达到完成封建道德品质教育过程的目的。
2古代书院教育要求学者立志。志是心之所向，对人的成长至为重要，古代书院教育正是认识到了这一点，所以非常重视学者树立志向。早在我国古代战国后期的教育论著《大学》里就提出了大学之道的“三纲”、“八目”，而作为“八目”的“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”的递进过程，不仅仅是知识上的由小到大和认识上的由浅入深，更是中国古代知识分子处世立志、学为圣贤思想的概括。这一思想在书院教育中直接体现为学者立志。朱熹说：“问为学功夫，以何为先？曰：亦不过如前所说，专在人自立志”，“学者大要立志，才学便要做圣人，是也。”认为人有了远大的志向，就有了前进的目标，能“一味向前，何患不进”。如果不立志，则目标不明确，前进就没有动力，“直是无着力处”。他强调立志的最终目的是要成为圣人。和宋代书院相比较，明朝书院教育则带有很强的政治色彩，要求学者密切关注社会政治，注重树立政治理想，著名的东林书院就是其杰出代表。这种理想教育也直接体现在顾宪成为书院题写的对联上：“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心。”他认为：“官辇毂，志不在君父，官封疆，志不在民生，居水边林下，志不在世道，君子无取焉。”强调书院教育教学不能脱离“世道”，而士人君子必须树立合理的政治理想，造福于民。这种思想延续演化到清朝学者黄宗羲的著作中，已变成为“天下为主、君为客”的社会理想，他直言指出“为天下之大害者，君而已矣”。
3书院教育提倡自由讲学。古代书院主要是某一学派或某一学者传播自身学说思想的场所，在其发展过程中，形成了许多的学术流派，观点不一，纷争不断，但书院并不相互攻击、相互贬低，而是允许不同的学派自由讲学。许多书院洞主甚至主动邀请不同学术流派的大师到自己主讲的书院来讲学。例如，南宋时期，朱熹和陆九渊是两个不同学术流派的代表，朱熹的思想是一种客观唯心主义，主张“理”、“气”二元论，认为两者杂然相存而成，且“理”是第一性的，凡物莫不有理，人性就是“理”；而陆九渊的思想却是一种主观唯心主义，主张“心学”，认为“宇宙便是吾心，吾心便是宇宙”，“此心此理，实不容有二”。尽管二人学术思想有很大分歧，但朱熹曾特邀陆九渊到白鹿洞书院讲学，并称赞其讲学“切中学者深微隐痼之病”，使“听者莫不悚然动心焉”，还把其讲稿刻石为记，以达到切磋交流的目的。这种不囿门户之见的开明思想和做法，成为长期以来学术史上的美谈。书院完备的“讲会”活动是不同学派自由讲学、辩论交流的具体形式。“讲会”活动始于南宋，在明代逐步制度化、组织化。明代一些影响较大的书院都制订了有关“讲会”的一些具体规定，对“讲会”的宗旨、仪式、时间、过程等作出了明确规定。如著名的东林书院：“每年一大会”，“每月一小会”，“每会推一人为主，说《四书》一章。此外有问则问，有商量则商量。凡在会中，各虚怀以听。即有所见，须俟两下讲话已毕，更端呈请，不必搀乱。”这种有组织的学术交流，便于各学派师生互相印证所学心得体会，互相辩论，从而推动学术研究的繁荣发展。在自由听讲方面，书院不但允许学生择师入学，而且欢迎各层次的人士自由参加讲会活动。顾宪成在东林书院讲学时，四方学者“闻风向附，学舍至不能容”。顾宪成认为“四方学者不远万里寻师交友，济济一堂，互相切磋，声应气求”，可以“广见博闻，耳目一新，精神自奋”。这种提倡自由听讲的做法，不仅有利于求学者开阔视野，促进学术的交流，还使书院的学术讨论延及社会各界，对树立书院的社会形象，扩大书院的教育影响范围起了重要的作用。
4古代书院中教师教书育人，学生尊师重道。书院教师大多能身先垂范、以身作则，以自身的实际行动作为学生做人、为学的榜样，他们对学生关怀备至，充满爱心，尽其所能传道、授业、解惑。“其教人也，至诚谆悉，内外殚尽。”正是书院教师的这种精神使他们得到学生的普遍尊敬。书院的学生以与老师交流为荣，对老师感情深厚，他们有的常年追随老师左右，不但学习知识，还学习做人，处处以老师作为仿效的榜样。有些学生在老师去世后，继承师业，他们自建书院、广招门徒，以继续传播、研究和发展老师的学说。书院强调对学生进行道德品质教育，并将此作为学生为学的根本，这值得当代教育借鉴。
三、古代书院发展的重要表征——文化南移过程中形成的长江文化
中华民族悠久的历史，创造了光辉灿烂的文化。距今5000年前，我们的祖先就已经在黄河下游两岸生活，他们以捕鱼、狩猎、采果为生，大约在公元前3000年以前，经历黄帝、颛顼、帝喾、唐尧、虞舜五个时期，史称五帝时代，先民们知道熟食，有了粗笨的工具，生产方法由渔猎进步到畜牧，创造了奴隶社会灿烂的文化。到了商代，我们的祖先移居到黄河中下游，这里气候温和，植物繁茂，生产方法已由畜牧业进步到农业，并开始了定居生活，文化与教育在先民的实际生活中产生。到了春秋战国时期，奴隶制向封建制过渡，战国七雄都在企图吞并其它六国而统一中国。这时各种矛盾纵横交错，尖锐复杂，迫使人们酝酿、讨论，并且尽快得出答案。于是各阶级、各阶层的思想应运而生，他们从各自的立场出发，代表着不同的阶级或阶层的利益，提出各种各样的治国牧民方略，从各方面进行理论探讨。这个时期，百花齐放，百家争鸣，以洛阳为中心，方圆五百里为半径，创造了丰富多彩的中原文化。在教育上，百家争鸣丰富了教育理论，促进了教育理论的发展。从东晋开始，经济格局发生了戏剧性的变化，由于长年征战，北方破败不堪，南方却有了较大的发展。尤其是长江流域一带，楚、越、吴等地都有了较大的发展，过去南蛮的荒芜之地一派欣欣向荣景象，到了十二世纪，金的入侵和南宋的偏安，进一步强化了封建经济南盛北衰的格局。从东晋开始的“文化南移”现象，到了宋代文化重心已经由黄河中下游移到长江中下游，这种文化重心的变迁至南渡以后完成。历经数千年封建社会的演变、历史变革以及生产力的发展，特别是近世的百余年间，近代化的工商业浪潮和现代化的物质文明，赋予了长江流域文化发展的世纪机遇。长江文化在大浪淘沙的历史流变中日渐得以彰显，终至成为中华民族又一占主导地位的文化。
纵观书院的发展史，无论是从其数量还是从其质量上看，长江流域的书院都大大高于黄河流域，以宋代六大著名书院为例，除嵩阳书院和应天府书院属河南境内外，其余白鹿洞书院、岳麓书院、茅山书院、石鼓书院全在长江岸边的江西、湖南、浙江境内（罗昌智.学术论坛［J］.理论月刊，2004（8）.），唐、宋、元、明、清五个朝代的变迁，长江流域共产生了一千多所书院。从质量上看，中国著名的书院也大都建在长江中下游地区。以清代的一百一十四名状元为例，长江中下游的状元共有八十九人，占总人数的百分之八十以上；其它地区不过二十五名。这与我国文化南移分不开。长江文化主要由位于长江上游四川盆地的巴蜀文化、长江中游江汉平原的荆楚文化以及长江下游三角洲的吴越文化构建而成。
长江文化得以持续发展，除了长江流域得天独厚的自然条件外，更有赖于宽松活跃的人文环境与思维创新的原动力。自夏、商、周三代以来，长江流域就是一个族类纷繁、文化混杂的地方。由于这个原因，同时因远离中央之故，形成了思想比较活跃，风气比较自由的社会气氛；造成了新文化因素易生长，旧文化因素易保存的良好生态；培养了思维不落窠臼，处世积极进取的精神。例如西汉中期儒学成为正统，而长江流域不断产生反正统的“异端”，如杨雄反对迷信鬼神，否定长生不死的观念；桓谭《新论》的批判矛头直接指向董仲舒等构建的神学体系；王充《论衡》中“天道无为”的观点则否定了儒家的“天命观”，深刻地批判了儒学思想。又如宋仁宗时期的“庆历党争”，体现了以范仲淹为代表的南方地主阶级不满现状、锐意改革的精神。元代，长江流域知识分子，尤其东南知识分子受到种族与阶级的双重压迫，他们从思想上摒弃了跻身仕途的人生追求，在更加广阔的天地中寻找新的人生价值，这个时期，长江下游涌现出一批创造的巨匠与思想的先驱，他们蔑视儒家伦理纲常，强调“自我”的价值，表现了对封建社会的反叛。明清，长江流域更是新思想、新观念的温床，此时产生了“实学四大家”顾炎武、黄宗羲、方以智、王夫之以及维新思想的先驱魏源、龚自珍等，他们批判程朱理学，反对封建专制，提倡科学、民主、进步，为古老的中华文化向近代工业文明过渡提供了理论基础，他们的经世之学到了中国社会面临转型时，变而为以图强为目的的西学，使经世致用的思想由注重“治内”转向“师夷”和“御外”。
长江流域的文化呈活跃之气象与历年来的重教传统分不开。据记载，秦汉以来长江流域重视教化的风气逐渐形成。汉景帝时，蜀郡守文翁“仁爱好教化”，他挑选优秀的小吏亲自饬励，并派往京师，广泛学习知识。他还在成都设立官学，从属县招收弟子，所招收的弟子可以享受种种优待，并免除徭役，于是社会形成“争欲为学官子弟，富人至出钱以求之”的风气。所以文翁设立的学校是中国最早的郡级官学，他采取的教育措施，对蜀地产生了深远影响。长江中游，刘表也曾设立学官，博求儒士，王粲在《荆州文学记·官志》里说荆襄道化大行，士人“负书荷器，自远而至者，三百有余人”。由于刘表的提倡，荆襄地区的知识分子十分活跃，学术空气非常浓厚，成为六朝学术的先驱。与此同时，长江下游不少地方同样重视人才的培养，丹阳太守李忠“起学校，习礼容”。会稽太守张霸提倡教化，使得“郡中争厉志节，习经者以千数，道路但闻诵声”。
