黄佐自1520年赴京会试后，或在北京，或在南京，独处异地，时刻挂念岭南故土和家中亲人。黄佐曾用“思家”为题写诗。1521年春节，在夜深人静的时候，黄佐独坐北京庆通寺外，吟诗道：
独坐禅扉逈，怀归思窅然。
花光明薄暮，莺语入新年。
彩仗随春动，华灯与月悬。
绝怜风景美，不是粤山川。
新年到了，黄佐倍加思念家乡亲人。首都的繁荣，节日的热闹，排解不了他的恋乡之情。他抬头望月，尽管京城景色秀丽，却总不如故土山水。黄佐对岭南大地的眷恋之情，始终不渝。
1509年，黄佐才二十岁，即对编纂广东地方文献充满兴趣。为补范瑗《交广先贤传》、陆胤《广州先贤传》之阙，黄佐在父亲的指导下，从大量史籍志书中搜集资料，总结归纳，将历史上一百九十九位粤籍先贤事迹分门别类，客观反映，略加评述，编写了《广州人物传》二十四卷。从这部反映广东历史人物的书里，可以看出青年黄佐的人生观、历史观。
黄佐在《广州人物传》编纂凡例中说，凡符合儒家道德传统而建立功勋、著述文章的广东先贤，无论他们生前知名度或高或低，都要为他们立传。黄佐强调儒家传统中的君臣关系，认为君明、臣贤是国家治理的关键，即为官者是否是贤臣，其鉴别标准是他们能否造福百姓，受到人民的拥护。如宋代广东第一位进士古成之，历任河北元氏，山东益都，四川魏城、绵竹等地知县，为政以惠爱为本，立学校，课农桑，逆乱之俗为之一变。运米以赈灾，发药疗疾疫，救活了数千人。古成之在四川做官多年，妻儿从未随行。他一心为民，以人为本，为当地老百姓做了许多事情。双亲病逝，古成之痛苦不堪。他说：“我当官本来是为了让父母生活得好一些，现在他们不在了，我当官还有什么意思呢？”古成之感慨万端，写了一首《思罗浮诗》怀念故乡。不久，古成之卒于官，人皆叹惜不已。黄佐在参考《惠阳志》《南海集》《五仙观碑文》等文献后，撰写了《古成之传》，评价说，古成之是一个贤臣，他的一生可以概括为静、宽、惠、孝四字，为父母而当官，父母去世就打算辞职，难道不是孝的表现吗？他为西部地方做了那么多的事情，难道不是惠吗？一生能够安于平淡生活，学无止境，难道不是静吗？这么一位经世之才，最后仅为七品县官，难道不是宽吗？黄佐写古成之，爱憎和喜怒哀乐跃然纸上。
《广州人物传》反映了黄佐秉笔直书的历史观。在《张九龄传》中，黄佐重点讲述这位出身岭南的唐朝宰相不拘一格选用人才的思想和做法。他说，张九龄有选拔鉴定人才的才能，要求人人都要经过知县一职才能提拔，要重视政治实绩，不要简单判断其是非，从而导致人才流失。同时又指出张氏这种知人善任的政风，正是明朝所缺少的政治用人制度，矛头直指当朝政府。关于宋代南海人张镇孙，《宋史》《元史》等书均说，元兵攻打岭南时，张镇孙献广州城以投降敌人。面对这些所谓正史对张氏的评价，黄佐坚持实事求是的态度，力排众议，为张镇孙辩白。在《张镇孙传》中，他首先描述的是具备非凡才能的张镇孙考中状元的奇迹，并破例将其应对廷试的八千多字的文章全文照录，让读者看到张镇孙忧国忧民、敢于直谏的无畏精神，临危授命的勇气以及对元人的万般仇恨。最后，黄佐指出张镇孙是被捕死于庾山道中的，文天祥有挽词吊唁，且有陈仲微、董师谦记载此事，说明张镇孙是殉国就义，并非投降元兵。时至明末，钱士升的《南宋书》不但采用黄佐《张镇孙传》的说法，还认为张氏之死是名垂千古的壮烈之举。可见黄佐的《广州人物传》对后世的影响。
1526年，时为翰林院国史修撰的姚涞为《广州人物传》作序。他说黄佐精于历史，“综之群典，以辑其逸；参之故实，以定其讹”，“鉴前史之得失，以辨其微；遵名家之义例，以肆其指”。他认为，黄佐的志向不在写这样一本书或仅仅从事广东历史的研究，读者透过此书可以看到黄佐全面和远大的志向，今后黄佐的著作一定会成为国家的珍贵藏书，而这本《广州人物传》只不过是他众多创作的开始。
如果说黄佐编纂《广西通志》，由于种种原因未能竭尽全力的话，那么他分别在1527年和1557年编纂的《广州志》（即《广州府志》）七十卷和《广东通志》七十卷则是精心编排，善始善终。1527年，黄佐在广州休假，恰逢朝廷要求各地编纂志书，广东巡抚苏恩对刚刚到任广州知府的范禄说：“广州府志年久失修，应尽快组织人力纂修。”范禄找到黄佐，请他主持编纂广州府志，黄佐认为明成化年间吴中、王文凤编纂的《广州志》大事不载，佛道诗文却微而必录，本末倒置，亟待修正。于是他带领自己的学生番禺教谕吴卑、训导张善，南海教谕袁吉、从化教谕彭时济、东莞教谕黄晏参与此事，他们翻阅了晋王范的《交广春秋》和黄恭的《交广记》，裴渊和顾微的《广州记》，沈怀远的《南越志》以及宋李昴英、元陈大震的《南海志》等志书，搜罗今古，删补成编。全书分为事记、职官表、形胜、风俗、山川、沟恤、户口、贡赋、征役、土产、城池、闾里、公署、学校、宫室、台榭、关梁、祠庙、陵墓、古迹、礼乐、艺文、选举、世家、名宦、流寓、仙释、外志、叙传等三十五门。黄佐在序言中说，他编纂地方志是有作有述，各类记事自秦至元皆采自史书，明洪武至嘉靖六年（1527）的一百六十多年间均出自所见所闻，治乱得失和经验教训都要记述清楚。
集众人之手编纂一部《广州志》，要达到黄佐所要求的“大书以提要，务简而尽；分注以记言，务核而实”，并非易事。待各人搜集资料、撰写初稿后，黄佐亲自修改，态度严谨。黄佐为每个门类撰写一篇一百字左右的序跋，置于卷端或篇后，言简意赅，提纲挈领，且多从百姓角度出发，为民着想，以人为本，体现了黄佐编纂地方志的宗旨。在《户口》一门，黄佐引经据典，以《诗经》的两首诗来说明自古以来社会安定与否对人口的影响。黄佐先是用《良耜》的“百室盈止，妇子宁止”两句来形容百姓的安乐生活，再以《苕之华》的“知我如此，不如无生”来描述平民的贫苦不堪的惨况，用以说明社会安定，则人民安乐，户口增加；社会动乱，则人民贫困，户口缩小。在《贡赋》，黄佐说：“赋税政策的制定关乎民生，轻与重，损与益，都要慎重对待，其关键在于父母官。”他进一步指出，苛政猛于虎暴，敛财的官吏甚于寇盗，水枯则鱼竭，民穷则国蹶，要处理好赋税问题，做到藏富于民，社会才能安定。《关梁》的提要最短，仅五十三个字，黄佐说：“关寨用于防暴，津梁方便出行，两者都是政府要重视的事情。但防暴恐为暴利，便利忌成阻滞，若果适得其反的话，就是人为的责任。”
明朝以前，广东没有《通志》。1535年，广东巡抚戴璟组织人力编纂《广东通志》，他让总督张岳等人编写一个初稿。张岳（1492—1552），字维乔，号净峰，福建惠安人。著有《小山类稿》。张岳编纂《广东通志初稿》四十卷，仅用三个月时间，仓促应付，未免潦草，不尽如人意。1557年，两广总督谈恺以“戴志”质量粗疏，提议重修。因见黄佐曾任职翰林院，既编纂过志书，又是素称“直笔”的本地学者，所以聘请黄佐主持此事。黄佐当年六十九岁了，以年老多病为由婉言推辞，但谈恺以及同年稍后出任两广总督的王钫坚持请黄佐出山。王钫派侍御徐仲楫三顾黄宅，并送上聘金。王钫的好贤重士及其恭敬态度感动了黄佐，他终于答允担任总纂一职，却拒收聘金。
1557年冬天，黄佐等人在原西竺寺故址的广州贡院开设了通志局，自任总纂，还邀请黄万春、陈冕、欧大任、林乔、黎民怀、梁有兆等人担任分纂，同时聘请乡贤长老给予协助指导。王钫和1559年出任两广总督的郑以及魏良贵、张英等官员都十分重视《广东通志》的编纂，常与黄佐讨论编纂事务，又指令地方官员协助，各地知府、县令延请学者代为收集图经史籍。年过古稀的黄佐带病编纂，呕心沥血，每天从志局返回家里都疲惫不堪。于是他让家人协助参与编志，黄佐长子黄在中在通志局担任分纂，次子黄在素协助搜集文献，小儿子黄在宏则负责整理金石拓片等。
1561年，凝聚了黄佐及众多同仁心血的《广东通志》终于成书，事件记载至正德十六年（1521）。全书分为图经二卷、事记五卷、表五卷、志三十一卷、列传二十卷、外志七卷，不仅内容比“戴志”丰富充实，而且形式也更为多样，具有更高的文学价值。雷礼在序言中称赞黄佐“昔为史官，素称直笔”。黄佐的《广东通志》出版四十年后，明万历《广东通志》在其基础上编纂而成，体例稍异，并无多少突破。直到清末，阮元主修最后一部省志时，仍称赞黄佐《广东通志》“体裁渊雅”。黄佐《广东通志》对后来广东方志事业的影响很大。
黄佐还编纂了《广东图经》《香山县志》《罗浮山志》等地方文献，为广东乃至岭南留下了丰富的文化遗产。1546年，福建举人邓迁来到香山做知县，政教并举。他觉得明永乐年间修的县志在名宦人物方面不够详细，打算重新编纂《香山县志》，于是专程派人来广州请黄佐担任总纂，让县文学齐启、郎良、胡礼等人协助。为家乡做事，黄佐欣然答允。他亲自制定编纂凡例，让门人杨维震等起草编写，由他作最后润色。黄佐将自己所著《乡礼》的部分内容编入志中，又在香山莲峰山下购买官地，立义田，建祠堂，以身作则实行乡礼，希望家乡后人能够实践他的教化理想，淳朴民风。两年后，《香山县志》八卷编成出版，黄佐说它是一部“风土以观媺恶，民物以察豋耗，政事以审弛张，教化以知兴替，官师以稽贤否，黎献以考盛衰，艺文以备征信，杂志以辨妖祥”的志书，后人则称黄佐的《香山县志》是“三百余年之旷典，一朝具举彬如也”。因旧志不存，此志已成今人能见到的最早的《香山县志》，且仅存一部存于日本京都大学，弥足珍贵。此外，黄佐还先后为从化、东莞等县志撰写序言。
长期以来，历朝统治者普遍重视儒家伦理教化，以此作为治理社会的基础。古代乡里组织虽多有嬗变，但道德教化为乡治之本的主旨则从未改变。当时城市作为官府所在地，道德教化的推广相对较快较易，但在省城以外的县属地方，特别是星罗棋布的乡村山寨、穷乡僻壤、荒蛮之地，国家道德教化很难深入民心，礼教仪式难以成为老百姓日常生活的行为准则。这是许多古代儒家学者追求解决的问题。先秦文献中有《礼记》，以后还有颜之推的《颜氏家训》、司马光的《书仪》《家范》，都对这些问题进行过探讨。
在广西任职时，黄佐便以推广地方教化为己任，他参考《朱子家礼》《陆氏家训》《吕氏宗法》，白沙陈氏、宁都丁氏、义门郑氏《家范》和琼山丘氏《仪节》等，编写了一部名为《乡礼》的书。黄佐首先列举了乡礼的纲领，以立教、明伦、敬身为主旨。其次叙述冠、婚、丧、祭四礼，简要地列其条目，选择那些既可施行于当时又与古制一致的礼节。再条列乡约、乡校、社仓、乡社、保甲，最后附录《士相见礼》及《投壶》《乡射》等，共七卷。1535年，黄佐的《乡礼》定名为《泰泉乡礼》，由广东布政司出版，颁发全省。1549年，香山县再版《泰泉乡礼》，顺德进士何鮤撰序说：“《泰泉乡礼》体现了黄佐整治国家的志向，因为国家是由许许多多的乡闾所组成，乡人言行规范，乡闾风气良好，从此天下太平。”知县邓迁则说：“《泰泉乡礼》在广东颁行了十四年，香山地处边疆，外接岛夷，四顾汪洋，本地居民需要给予礼仪教育，人人回心向道，天天从善，自珍自爱。”《泰泉乡礼》展示了明代基层乡村社会，书中充满了黄佐对普通乡民教育的理想观念，文字简明切要，方便民众施行。清代《四库总目提要》说它是“有用之书”，后人也评价说，《泰泉乡礼》是一部古代士大夫阶层推行乡村教化的纲领性文件。
