尼采从军的时间很短，而且由于身体的原因，每一次服役也没有真正到期就半途而废了。但是这些短暂的从军生涯丰富了尼采平淡的人生经历，也给他的一些哲学思想带来了启示。
尼采第一次当兵是在1867年，那一年初春，尼采尊敬的姑妈萨丽·尼采去世了。尼采的心里又多了一层无形的哀伤。不过这个时期，他经常收到好朋友戈斯多夫在军队中服役时写来的信，这些信给尼采带来了一丝安慰。就在这个时期，普鲁士王国为了把德国统一起来，给德国资本主义提供一个迅速发展的环境而与奥地利帝国爆发了普奥战争。战争开始后，大批年轻的德国人纷纷应征入伍，尼采无心在校听课了，他甚至比其他的一些人更迫切地希望入伍，他认为：“当祖国进入了生死存亡的战斗的时候，在家里坐着是非常不光彩的事情。”这样，尼采便成了德国应征入伍的年轻人中的一员。由于尼采身体较差，眼睛又近视，所以他入伍时十分勉强，只是他的近视眼镜度数正好在当时普鲁士参军标准以内，他才侥幸过关。这年9月，尼采被征收为兵。10月份，尼采在瑙姆堡的地方炮兵部队开始了为期一年的志愿兵服务。刚进这个部队里，新兵每天除半小时午饭外，要从早晨7点训练到晚上6点，由于尼采身体差，上级给了他照顾，让他享受了每天住在家里的待遇。这样，每天晚上他都可以继续学习。他曾说：“即使我回家时筋疲力尽，浑身汗水，可只要一看到桌上洛德送的叔本华的照片，我就感到了宽慰。”在当兵训练的紧张日子里，叔本华这个精神偶像给了尼采训练下去的勇气和决心，这也可以说是叔本华的唯意志主义给他带来的思想和行为上的双重影响。
到1867年底，尼采已经在瑙姆堡炮兵部队里练习了6个星期的队列和骑术，他准备接受军官考核，真正当上一名军官，并为此作了刻苦的准备。
尽管军营的生活是紧张而富有朝气的，但尼采天生的忧郁和孤独并没有因此而缓和，在他内心深处，总是感到一种莫名其妙的孤凄向他袭来，这是任何军事训练都无法排解的。在当兵训练的这段日子，尼采找不到一个学问上的朋友，更不用说知音了，这对于热爱研究问题、思考问题的尼采来说实在是一个痛苦不堪的事。他在给好友洛德的信中感伤地写道：“在瑙姆堡，我太孤寂了，熟人当中没有一个人是语言学者或是叔本华的热心崇拜者。”
为了排遣胸中的苦闷和孤单，尼采一个人在训练的间歇阶段，仍然手不释卷，刻苦学习。在这个时期，他主要研究的是古希望的著名哲学家德谟克利斯，并受到了这位唯物主义哲学家朴素原子论的影响。由于柏拉图和基督神学都拼命攻击过德谟克利斯，认为他的思想极为危险，这倒使越来越不信奉基督教的尼采，更对德谟克利斯产生了兴趣。在对德谟克利斯研究后，尼采把他看作成了一位想把人类从对上帝的崇拜与恐惧中解救出来的革命者。而且他称德谟克利斯是第一位懂得将科学方法论应用于道德范畴的哲学家。
受到德谟克利斯的影响，尼采进一步发展了他在普夫达读书时就已经产生的怀疑批判精神，他开始敢于勇敢地否定前人的东西了，他要打破所有的偶像和权威，准备去开启新的世界。他是这样说的：“文学史上研究的一些成果，这仅仅是因为人们不能再满足只得到一种回答了，他们要不断地提出问题。”
不仅如此，在军训的这段时间，尼采的否定意识也越来越坚定了，在对德谟克利斯进行研究的文章中，尼采写道：“我们用怀疑主义为传统思想掘下了坟墓，而由于怀疑主义带来的这些结果，我们寻找出被隐落了的真理，而且也许再次发现传统的思想是正确的，尽管它凭着一双泥脚站立着，因此黑格尔主义者会说我们在企图通过否定之否定来说明真理。”
正当他对德谟克利斯的研究越来越深入，心得体会也越来越多的情况下，一件不幸的事发生了。1868年3月，在军事训练时，尼采不慎从马背上摔了下来，胸部肌肉被严重拉伤了，受伤那天，剧烈的疼痛曾两度使尼采昏迷过去了，他躺在病床上呆了十天，军医为他动了手术。由于这次事故，尼采幻想成为军官的美梦破灭了，不过，他在伤愈不入，就升任为一等兵了。他的身体刚一复原，又开始了学术工作。这时候他开始写作第一篇哲学论文《康德以来的目的论》。在这篇文章中，尼采以康德为起点，对康德以下的各种目的论学说进行了全面归纳，他认为即使世界上生命形式种类之多，使得人难以相信他们都是演变的结果，也没有必要去假设自然现象背后有什么预先安排好的计划。
他的第一篇哲学论文刚完成，尼采又遭到了一次打击，那时，他觉得因骑马摔伤的胸部总是隐隐发痛，有时疼痛得难以忍受，于是他又去请医生看病，医生经过诊断后发现他在三月份的骑马事件中已经损坏了胸骨，而且炎症开始渗透进了骨骼。听到这个消息，尼采如五雷轰顶，他万没想到已经十分虚弱的身体还会再遭受如此巨大的打击。他的心情变得更加阴郁起来。根据医生的建议，尼采必须再次接受一次手术。在母亲和妹妹的照顾下，尼采被送到海尔会诊，在那里，医生对他进行了水浴治疗。由于尼采的积极配合，这次治疗取得了较好效果，以后尼采的胸部也没有发生过较大的问题。尼采在海尔接受治疗后，就返回到了家乡瑙姆堡。
骑马受伤，虽然使尼采当军官的幻想破灭了，身体也受到了伤害，但是却也带来了益处，那就是尼采在卧病五六个月内，有了充裕的时间进行对自己感兴趣问题的大胆研究，这真是“塞翁失马，焉知非福？”日后，他的妹妹伊莉莎白回忆说：“那次危笃的重病，给哥哥带来了莫大的恩赐，在这半年中，他享受着完全自由的生活，不为大学的课程左右，也无需为学业或交际耗费时间，从繁重的军务中解放出来，一心沉潜于自我孤独之境，遂倾全力于哲学问题的思考，这段时期所撰写的文献学论著，也不知不觉带有哲学意味。”确实，这段自由的时间，使尼采有可能静下心来过滤自己的思想，对很多平时的灵感作深入细致的思考和归纳整理，这为他以后写作深奥的哲学论著打下了良好的基础。
尼采从瑙姆堡炮兵部队退役后，刚好满24岁，他又重新回到了莱比锡大学，在莱比锡大学他发表了关于语言学的演说，受到了师生们的好评。由于他语言学功底扎实，工作又非常努力，所以莱比锡大学的不少人，都以为他在未来的语言学上必大有所为，成就一番事业。尼采也把心从部队里收回来，决心刻苦奋斗，为的是将来能在莱比锡大学当上一名讲师。
尼采第二次入伍，是在1870年秋天。那时，北德意志联邦进一步把德国境内所有的诸侯国统一起来，为德国资本主义和发展扫清障碍，而当时的法兰西帝国却不希望德国强大起来，他们想以战争来阻止德国的统一，限制德国资本主义的发展，同时还可以转移自己国内日趋激烈的内部矛盾，普鲁士和法兰西的战争终于不可避免地爆发了。普法战争是德国和法国历史上一次重大而有影响的战争，对尼采来说这也是他一生中遇到的最大事件，成了他的思想上的一个转折点。
由于尼采出生于萨克森州的洛肯镇，在政治上萨克森属于普鲁士，所以他的国籍也应属于普鲁士，但是，由于他在25岁，即普法战争的前一年，他已赴巴塞尔大学作客座教授，按照当时的规定，他必须将国籍移到巴塞尔大学的所居国家瑞士，所以尼采实际上只能作为瑞士籍的青年来参战。他身体受过伤，加上体质天生孱弱，所以他这一次参战只能作一名看护兵。
1870年8月中旬，尼采与朋友莫森格尔去参加医疗救护训练，经过十来天的学习，他基本上掌握一些护理常识，并学会了一些常用药物的用途，这些知识对他以后帮助治疗自己的身体带来了方便。这一年的9月初，尼采和莫森格尔被派往前线救护伤员。他们坐火车一直走了两天，才到达了前线。沿途上他看到了战争的可怕结果。他在给瓦格纳的信中说：“我乘坐的是一节破旧的运牲口的车厢，有六个重伤员，我一个人整天和他们在一起，给他们包扎，护理他们。这些伤员有的子弹穿过了他们的骨髓，骨头被打碎了，有的人负伤四处，还有的人皮肉都腐烂了，现在看来，当时我能从那些腐烂的臭气中幸存下来，并且居然还能睡得着，吃得下饭，真是个奇迹。”这些可怕的战争感觉使尼采对战争产生了越来越多的抵触甚至反感的情绪。
1870年10月，普鲁士军队向法军展开强大攻势，法国将军巴赞被迫在梅茨投降，普军向法国北部大举挺进。面对着普鲁士军队的胜利，尼采不仅没有感到高兴，相反他对德意志的前途和发展问题都感到了忧虑，他甚至写信给好朋友洛德，劝他从普鲁士的军队中赶紧逃回来。德国在战场上的节节胜利，使尼采对整个战争的厌弃程度越来越加深了，他在给朋友戈斯多夫的信中说：“我很担心我们将来的文化情况，我认为现在普鲁士对一切文明国家是一种非常危险的形势。”普法两国的交战，以及双方的大量人员死伤，使尼采对人类的战争越来越感到不好理解，同时也加深了他对德国文化是一种野蛮无知文化的认识。
1871年1月28日，法国被迫投降，普法两国鉴订了停火协定。德国迫使法国鉴订法兰克福和约，德国从法国掠夺到50亿金法郎的赔款，而乘普法战争大获全胜的余威，普鲁士国王威廉一世，竟到法国首都巴黎凡尔塞宫称德意志帝国皇帝，而尼采认为这是一个浮夸而庸俗的行为，当全德国人都陷于爱国主义的激动时刻时，尼采却带着厌恶这场战争的心情在一旁冷眼旁观。在此之后，尼采在自传里对普法战争中胜利德国进行了严肃而冷静的批评，他说：“德国文化没有意义，没有实质，没有目标，只不过是所谓的‘公共舆论’。再没有比这更坏的谬见，以为德国军事胜利乃是教育文化的成功或以为这样就比法国文化还优越。”
可以说普法战争使尼采加深了对德国文化的更进一步了解，这些了解形成了他以后很多著作观点的基础。
正是通过第二次当兵，尼采的哲学思想有了感性上的基础，尽管尼采对德国的胜利并不感到高兴，相反却是悲哀，但是那些凯旋的普鲁士军队威武雄壮的神态又使他深深地感到：最高最强的生命意志并不表现在可怜的生存竞争当中，而是表现在作战的意志当中，表现在权力和优势的意志当中。他把这种意志归结为一个“要”字，要战斗，要权力，要超过一切的权力。这就是人最本质的东西，是生命的意义，是意志的价值，所有这些内容都成了尼采哲学的重要组成部分。可以说正是在军队生活和严酷的战争条件下，尼采才发现了世界上许多事物和现象的某些本质上的东西。
普法战争结束之后，尼采就回到巴塞尔大学重新执教去了，从此他再也没有当过兵，他的部队生涯至此就彻底地划上了一个大句号。
