三、“东西两王”——幕藩体制下的天皇家族
在日本，随着武士阶层兴起，出现了专门服务于天皇、朝廷的贵族、官员阶层，这就是“公家”。“公家”的本意用来指天皇或者朝廷，镰仓时代以后，“武家”用于称呼以武力效劳朝廷的幕府将军、地方守护、大名、武士，与此对应，“公家”就专门指在政务上仕于天皇的贵族了。
平安时代末期开始，贵族中能够晋升至公卿的家世逐渐固定，随着藤原不比等次子藤原房前为家祖的藤原北家（藤原四家中最隆盛的一支）为代表的摄家家格的兴起，各家族的家格逐渐被固定化。摄家，即五摄家。源自日本镰仓时代藤原氏嫡出的五个家族：近卫家、一条家、九条家、二条家和鹰司家。这五个家族可以通过大纳言、右大臣、左大臣等职位晋升到摄政、关白体系中最高的摄政、关白官位，是公家最高的家格。日本历史上天皇及其继承人的妻子大多来自“五摄家”。到了镰仓时代基本形成了公家社会的制度。所谓公家社会，与我国魏晋南北朝时“上品无寒门，下品无士族”的九品中正制部分相似，就是根据家格来确定晋升品秩的制度。贵族社会形成公家社会的制度与同时期日本各个阶层的以家产继承为前提的“家”制度是相互对应发展的。
最初的公家权利集中于领地的支配权上，上流贵族和大寺庙任命中流贵族行使庄园的管理权。到了镰仓时代，镰仓幕府主要行使兵权并支配东国（关东地方），同时公家政权（朝廷）则主要负责一般政务并支配西国（以京都为中心的畿内）。这两个政权体系大体上保持协作，共同处理政务，但公家的权力在勃兴的武士阶层面前持续收缩，逐渐变得有名无实。到了江户时代，公家几乎全靠仰仗幕府的武力来维持其存在。1615年9月，幕府将军用《禁中并公家诸法度》来规定了江户时代的公武关系，这种关系一直持续到明治维新，此后，大部分公家转变成新贵族——华族。
《禁中并公家诸法度》共有17条，主要内容规定：天皇的活动限于追求传统文学及执行礼仪。公卿的委任须有大将军的同意，将军有权干涉皇家婚姻以及强制安排皇族成员出家修道。此外，宫廷官员的任命、天皇公卿的服饰冠带、出巡等均需征得幕府的同意。
高丽于1259年臣服于蒙古帝国后，蒙古的势力与日本隔海相望。
此时与蒙古帝国交聘之国遍及两大洲，唯有日本不通和好，独立于元朝势力之外，这种情况自然不是元世祖忽必烈所乐见的。
1266年（至元三年），忽必烈派兵部侍郎黑的、礼部侍郎殷弘带国书出使日本。忽必烈的国书言道：
上天眷命大蒙古国皇帝奉书日本国王：朕惟自古小国之君，境土相接，尚務讲信修睦，况我祖宗，受天明命，奄有区夏，遐方异域，畏威怀德者，不可悉数。朕即位之初，以高丽无辜之民，久瘁峰镝，即令罢兵，还其彊域，反其旄倪。高丽君臣感戴来朝，义虽君臣，而欢若父子。计王之君臣，亦已知之。高丽朕之東藩也，日本密迩高丽，开国以来，亦时通中国。至于朕躬，而无一乘之使以通和好，尚恐王国知之未审，故特遣使持书，布告朕志。冀自今以往，通问结好，以相亲睦。且圣人以四海为家，不相通好，岂一家之理哉。至用兵，夫执所好。王其图之，不宣。
蒙元的入侵加强了日本国家的整体感，也使得镰仓幕府元气大伤，并导致当时的政局开始动荡不安。日本在第88代后嵯峨天皇死后，皇室分裂为深草上皇系统的持明院统与龟山天皇系统的大觉寺统，这两个世系不断争夺皇位与皇室庄园的继承权。镰仓政府在皇统的争执中居中调停，并决定由两系统轮流继承皇位，史称“天下二分，两统迭立”。后醍醐天皇出身于大觉寺统，即位后致力亲政并图谋政变，希图自己的皇子继承天皇位置，打倒镰仓幕府。正中元年（1324年），幕府击败后醍醐天皇后，拥立持明院统的光严天皇即位，史称“元弘之变”。后醍醐天皇下令讨伐镰仓的北条氏，足立尊氏见风使舵，背叛镰仓幕府，攻陷六波罗探题。新田义贞攻下幕府根据地镰仓，并将北条氏歼灭，镰仓幕府灭亡。1333年，后醍醐天皇回到京都。
“建武中兴”失败后，后醍醐天皇逃至京都之南90公里的吉野，在那里设立自己的皇廷和继位序列。日本在北朝京都和南朝吉野的两个朝廷下继续天皇的统治。南北朝时代的皇室分别有武士依附，即使足立家族内部，也不是始终团结在北朝的。许多情况下，同一个武士家族在南北朝交战军队双方都有成员，有时是故意安排，以便总能站到胜利的一方阵营中。足立尊氏的弟弟就因加入南朝阵营而遭到谋杀，随后足立尊氏的儿子又加入南朝。
足立尊氏以胜利者的姿态回到京都，并从新天皇那里获取了征夷大将军的称号。一个新的如同镰仓幕府一样的军事王朝室町幕府建立了。足立家族一共延续了15位将军，然而足立将军们没有能够促成日本国内的和平，这一时期，日本持续了200余年的动荡与不安局面。
1392年，南朝势力日益衰微，第三任足立将军足立义满（1358—1408年）与南朝交涉，以“两统迭立”（由持明院统和大觉寺统交互继天皇位）等条件交换南朝后龟山天皇将三神器交由北朝的后小松天皇接收，从而结束了南北朝对峙近60年的分裂局面。足立义满时期，创造了室町幕府时期最灿烂的政治、经济和文化成果——北山文化。
明太祖朱元璋为了镇压“倭寇”，册封当时在九州太宰府的征西将军怀良亲王为“日本国王”。后来足立义满努力获得明政府的认可，被建文帝册封为“日本国王”，开始了日本对明的大规模朝贡贸易往来。
日本国王的称号无独有偶，在1986年斯威士兰国王姆斯瓦蒂三世的国王加冕典礼上，曾将当时的日本首相中曾根康弘称为“日本国王康弘”，一时成为街谈巷议的社会话题。
“日本国王”足立义满死后，从日本朝廷获赠了“鹿苑院太上法皇”的称号，但是这个称号由于4代将军足立义持的反对而被辞退。
中国的《推背图》是民间故事的一大话题。在日本的平安时代至室町时代，民间流传着一首预言诗——《野马台诗》。据传该诗是梁朝的宝志和尚所作，遣唐使吉备真备谒见唐玄宗时曾被要求解读该诗。吉备真备解读时，由于内容分散零落，毫无逻辑，根本无法解读。
于是吉备真备祈神祷告，这时突然见蜘蛛落下，吉备真备顺着蜘蛛所爬过痕迹，遂解读全诗。日本的国宝《吉备大臣入唐绘卷》中有描写吉备真备向唐太宗解读该诗的情景。全诗内容如下：
东海姬氏国百世代天工右司为辅翼衡主建元功初兴治法事终成祭祖宗本枝周天壤君臣定始终谷填田孙走鱼脍生羽翔葛后干戈动中微子孙昌白龙游失水窘急寄故城黄鸡代人食黑鼠喰牛肠丹水流尽后天命在三公百王流毕竭猿犬称英雄星流飞野外钟鼓喧国中靑丘与赤土茫茫遂为空平安时代后期，天皇百代终结的“百王说”广为流传。到了南北朝时代，天皇的代数已经达到百代。按照现代的代数计算，后小松天皇是第一百代天皇，然而当时以北朝为正统，并且有没有得到认可而即位的天皇存在，所以计算方式各有不同。到了1402年，足立义满就曾经向坊城俊任问起过“百王”之事，坊城俊任向吉田兼敦请教的结果是“百字为众多之数，非数字之百”，后世也有人据此认为足立义满有篡位的嫌疑。
1467年，围绕将军的继承权争夺又爆发了持续百年的战火——应仁之乱。期间经济持续发展，商人阶层逐渐形成，建筑、雕塑和陶瓷业兴旺发达，诗歌、文学和战争故事的艺术创作也异常繁荣，同时出现了集诗歌、音乐、舞蹈于一体的能戏。
禅宗进一步发展的同时，基督教也随葡萄牙人商人出现而获得了传播。1568年织田信长夺取了京都并开始逐步统一日本，织田被杀后，丰臣秀吉控制了日本66个地区。1598年丰臣死去，德川家康1603年建立了自己的将军政权，12年后围攻大阪城，迫使丰臣秀吉的儿子自杀，江户幕府开始了自己稳定的武家统治。
《禁中並公家诸法度》在1615年9月发布时，正值后水尾天皇在位时期。后水尾天皇即位成功，也与德川家康与丰臣家政权交替有关。
后阳成天皇本欲让位于自己的弟弟八条宫智仁亲王，智仁亲王同丰臣家有姻亲关系，这自然被征夷大将军德川家康视为眼中钉。在德川家康的强烈要求下，后阳成天皇不得不把皇位传给政仁——后水尾天皇。这一事件使丰臣家依靠天皇朝廷的力量来实现权力交接的计划落空，同年，丰臣秀赖前往二条城谒见德川家康，正式从属于自家权臣德川家。
《禁中並公家诸法度》的发布，使得天皇的权力丧失殆尽，成为幕府的太平装饰。1619年，后水尾天皇与女官有染，生下一子一女，然而幕府正计划将将军家的公主嫁给天皇以便使下一任天皇具有德川家的血缘，在幕府的要求下，后水尾天皇不得不处理掉这两个孩子，再1620年迎娶德川和子为皇后。通过婚姻，朝廷也从幕府获得了经济援助。
为了改善皇室日益窘迫的经济处境，后水尾天皇想出了一个“廉价赏赐黄马褂”——出售紫衣的活动。紫色在日本是最尊贵的颜色，没有天皇的允许，是没有资格穿着紫衣的。而后水尾天皇通过类似西欧出售免罪符类似的手段，向当时追求紫衣的大名豪族、公卿贵族售卖紫衣。然而幕府在后水尾天皇已经允诺大德寺、妙心寺僧侣后，断然否决了天皇售卖紫衣的权力。“紫衣事件”一下子让天皇的个人威信扫地。
经济上仰赖于幕府的皇室，到了德川幕府第三代将军德川家光任内，其威望又受到了损伤。年少的将军为了显耀自己的威风，公然向京都的朝廷提出让天皇巡游江户的要求。这个要求打破了身份惯例，明显是要作为日本国天皇的后水尾天皇到江户谒见将军。事关颜面，后水尾天皇自然抵死不从。
后来退居二线的大御所二代将军德川秀忠请奥州的伊达政宗想出一条妙计：让天皇只巡游至二条城。因为二条城是将军在京都的行宫，其让天皇向将军低头的意义是不变的。不仅如此，幕府还派出将军的乳母阿福谒见天皇，因为阿福地位低下，远不合当时只有四品以上者才可拜见天皇的礼法。幕府此举显示了对天皇的轻视与侮辱，后水尾天皇不得不愤然退位。皇位传给了只有7岁的皇女兴子内亲王——明正天皇。幕府让自己的外孙女继承皇位的野心实现了。
后水尾的谥号是遗谥，来源于平安时代的清和天皇。清和天皇别号水尾帝，他的即位就是由当时当权的藤原氏所强迫的。这个谥号也是讥讽德川氏为藤原氏，可见后水尾天皇对幕府强烈的不满。
到了江户幕府末期的1850年到1860年间，面对日益强大的倒幕派势力的“尊皇攘夷”运动，幕府又想到了天皇在京都的朝廷的权威，出现了联合朝廷（公家）和幕府（武家）的“公武合体”运动。“公武合体”的目的是强化幕府的权力，最高潮当是天皇的妹妹和宫下嫁幕府将军德川家茂。然而，幕府统治末期的日本，同时面临着“西力东渐”的世界大趋势，面对海外压力无力应对的幕府统治，最终引导日本走向“尊王攘夷”的倒幕方向。
四、女帝与风流天子
日本目前有记载的125代天皇中，女天皇共有“十代八位”：推古、皇后水尾天皇（1611—1629年在位）050极（齐明）、持统、元明、元正、孝谦（称德）、明正、后樱町。
第33代天皇推古天皇是日本第一位女帝，即位前称额田部皇女。推古天皇原是第30代天皇敏达天皇的皇后，敏达天皇死后，皇位的争夺十分激烈。当时佛教信仰在日本的传播中引发了苏我氏和物部氏的对立。物部守屋当时是飞鸟时代的大连（有力豪族），作为军事氏族的首领，对传入的佛教坚持强烈的排斥立场。另一方面，圣德太子与苏我氏的苏我马子一起，尊崇并在日本全面推广佛教。苏我马子杀掉了崇峻天皇后，皇位空缺。592年，推古天皇即位，同时以用明天皇的儿子圣德太子为太子。
推古天皇与圣德太子合作默契，这一时期，内政、外交、立法、文化等方面都进行了大胆的改革，日本经济迅猛发展，国力增强。
元明天皇是天智天皇的第四皇女，草壁皇子（天武天皇和持统天皇的皇子）的正妃，与持统天皇是同父异母姐妹，707—715年在位。元明天皇即位第43代天皇，是在儿子文武天皇突然去世、孙子圣武天皇年幼的情况下，不得已不经过皇后一职由正妃直接继承大统的。与草壁皇子婚后不久（679年前后），草壁皇子即早逝，元明天皇的儿子珂瑠皇子在持统天皇之后继承皇位——文武天皇。然而，文武天皇在704年草壁皇子的忌日后不久就急逝，由于留下的首皇子（后来的圣武天皇）年幼，遂由元明天皇即位。元明天皇即位后，708年改元“和铜”，并铸造“和铜开珎”（“珎”是珍的异体字，也有人认为是“宝”的异体字）铜钱和银币。
