分裂的结果导致非洲独立国家出现了两个对峙的集团——一个是以恩克鲁玛和纳赛尔为首的卡萨布兰卡集团，另一个是以大多数法语黑非洲国家为主体的蒙罗维亚集团。蒙罗维亚集团与恩克鲁玛的思想是截然不同的，他们强调维护经过艰苦斗争赢得的民族独立和国家主权，不愿意与他人分享，强烈反对恩克鲁玛的非洲政治统一，即建立一个中央权力很大的非洲国家联盟的主张。
面对形式的转变，恩克鲁玛开始思考是否自己的“非洲联盟”过于理想化了，在残酷的现实面前它是那么脆弱，甚至是不堪一击。同时，他意识到新老殖民主义虽然表面上退出了历史舞台，但却从未放弃过殖民他国的想法，在他们的干涉和破坏下，非洲很可能成为第二个“巴尔干”，走上四分五裂的道路，而那时他所主张的非洲统一也一样会落空。为此，他不得不改变策略。
1963年年初，恩克鲁玛发表了《非洲必须统一》一书，书中没有提出立即实现全非洲统一的要求，只是提出了建立一个政治和经济统一的非洲的主张。为了实现这一目标，就必须拥有一个强大的以大陆为基础的全面经济计划；必须建立一个统一的军事和防务战略；争取一个统一的外交政策和策略。他强调，只有实现这样的统一，才能够解决非洲面临的任何危机和任何难题，才不至于让非洲再次沦为殖民地和变成新殖民主义的工具。
5月24日，在埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴举行了有31个非洲独立国家首脑出席的会议，会上恩克鲁玛再次阐述了关于非洲必须统一的思想。他谈到除了非洲联合的统一行动外，其他办法都是徒劳的。如果非洲大陆不团结起来，就会重蹈拉丁美洲的覆辙，在获得半个世纪的政治独立后又不得不重新遭受帝国主义的苦难折磨。
但是，除了几内亚总统塞古·杜尔表示愿意为实现非洲统一而放弃部分国家主权之外，其他国家元首没有一个响应和支持恩克鲁玛关于实现非洲统一的主张。在这种情况之下，会议决定按照大多数国家的意见建立一个“松散的联盟”即非洲统一组织，把更高一级的统一放在以后去讨论。
恩克鲁玛非洲统一的理想又一次破灭了。让恩克鲁玛没有想到的是，他心心念想构筑的非洲大一统的蓝图，居然会在自己死后30年以非洲联盟的形式被部分实现。
可以说，恩克鲁玛关于非洲统一的思想是非洲联盟成立的思想基础之一。非洲联盟的发展目标是类似欧盟的国家联盟，它集政治、经济、军事为一体，其宗旨是实现非洲的民主与稳定，消除贫穷和落后，促进共同发展。而恩克鲁玛所设想的目标是建立非洲合众国，是非洲国家的高度统一。由于非洲自身的特点，各国经济发展参差不齐，政治制度多种多样，决定了恩克鲁玛的非洲统一思想的实现是非常困难且任重而道远的。
尽管如此，关于恩克鲁玛的非洲统一思想，以及其为实现这一目标而付出的努力都已经在泛非运动史上留下了浓重的一笔。
五“救世主”的失策
恩克鲁玛将自己全部的智慧和精力都献给了加纳的自由和独立事业，献给了非洲大陆的解放和团结统一事业，他为国际反帝反殖民斗争、为不结盟运动的兴起也做出了积极的贡献。
他所做的一切都为他赢得了很高的声誉，他不仅被誉为非洲最着名的领导之一，而且被全体加纳人尤其是年轻人奉为神明，称之为“救世主”、“解放者”。加纳独立后不久，政府就在议会大厅前为他建立了高20英尺、手握权杖的塑像。
1960年7月，根据加纳新宪法成立共和国废除以英女王为国家元首的制度后，恩克鲁玛就出任加纳总统兼武装部队司令，集党、政、军权为一身，达到了个人权力和威望的巅峰。
俗话说，打江山易，守江山难。加纳独立后，由于当时受国内外各种因素的影响，恩克鲁玛采用了不适合加纳国情的经济政策，尤其是其所实行的加快建设社会主义的激进政策，不但没有实现加纳经济的腾飞，反而使加纳外债增多，通货膨胀越发严重。
加纳的财政主要依赖传统经济作物可可为主要出口收入，这项出口收入占出口总数的60%以上，而可可的出口常常受到国际市场原料价格波动的影响。1959年，国际市场可可价格大幅下跌，而进口商品的价格却不断攀升，结果造成国家现金储备大大减少，财政赤字高达5300万英镑，接近国民生产总值的12%。
面对经济困难，恩克鲁玛没有改革经济政策、改变经济结构，反而强行扣除了工人工资的5%作为义务储备金，使原本经济上就捉襟见肘的工人家庭生活更加难以维系，从而引发了加纳独立后的第一次工人大罢工。
首都阿克拉、港口城市赛康迪、塔克拉迪和内地重镇库马西均爆发了大规模的工人罢工事件，导致社会动荡不堪。尽管罢工事件最后平息下去，但恩克鲁玛政府的不合理经济政策为以后的政权垮台埋下了伏笔。
除了不合理的经济政策，恩克鲁玛在政府内部的改革、惩治腐败问题上的政策也不尽如人意。加纳独立初期，恩克鲁玛政府推行“非洲化”和经济多元化的政策取得了良好的效果，但却没能对殖民地时期的官僚机构进行彻底改革，内部腐败现象依旧存在。一些官员以权谋私，侵吞公款，开办私人企业、商店，甚至向农民发放高利贷。与此同时，一批民族资本家及其在政党内的代理人在恩克鲁玛的眼皮底下大搞权钱交易，为自己牟取暴利。
腐败往往是政府垮台的重要因素之一。恩克鲁玛领导的加纳政府对政府内部的贪污腐败问题惩治不利，使贫富分化越发严重，社会矛盾冲突也日益尖锐，动荡自然在所难免。
在当上总统之后，恩克鲁玛表现出了对社会主义的好感，在经济政策上实行激进的社会主义政策，试图以此来解决日益严重的经济困难和社会矛盾。
在恩克鲁玛看来，社会主义是唯一能在短时间内给加纳人带来幸福生活的。他认为社会主义来源于非洲的村社制度，只要恢复非洲传统的村社制度和人道主义及平等原则，同时加强国家对经济的干预，实行中央计划经济，大力推行农业现代化和国家工业化，就能顺利地从非洲传统的村社制度过渡到社会主义，从而实现充分就业、良好住房、平等受教育等人民需要的生活。
根据这些想法，1962年加纳政府制定了《工作和幸福》纲领。为了贯彻实行这一纲领，政府修订了由东欧等国的经济学家参与制定的《七年计划》。恩克鲁玛对这一计划寄予了厚望，他估计在这个计划完成时，加纳将成为经济强大、工业蓬勃发展并服务于人民需要的工业国。
显然，恩克鲁玛有些盲目乐观了。
《七年计划》脱离实际，脱离加纳国情，不过是一个盲目追求速度的激进计划。当时的加纳以农业为基础，农业生产部门中又以可可这种单一作物为经济基础，其工业基础十分薄弱，更重要的是当时的加纳是既无资金又无技术。这样一个软硬件均处劣势的国家要在短短7年内建成工业化国家无异于痴人说梦。
在他执政的几年中，政府大举外债搞工业化，导致债台高筑，出现财政危机。大规模兴建大型发电站、钢铁厂和冶炼厂等重工业项目，反而忽视了农业这一经济基础，造成各类生产部门发展比例失调，更加不利于国民经济的发展。尤其是可可的国际市场价格暴跌之后，原本脆弱的加纳经济更是遭到重创。
由于政府政策不利导致经济发展滞后，最终无可避免地导致民众生活状况恶化，一时间民怨四起，而人民大会党和恩克鲁玛本人也大失民心。
水能载舟，亦能覆舟，没有群众支持的政党和领导人迟早会遭到覆灭之灾。1966年初，在风浪中小心翼翼行驶的恩克鲁玛终于迎来了一次大的风暴。
20世纪60年代中期，非洲独立国家相继出现军事政变，导致政府频繁更迭，军事政变风也吹到了加纳。
在加纳，殖民时期留下的军队和警察没有得到根本改造，亲西方的旧军官掌握着兵权，他们对恩克鲁玛对外反帝、对内搞社会主义的政策极为不满。恩克鲁玛的政敌利用军队对恩克鲁玛的不满与之联手，打算一举推翻恩克鲁玛政府。
1966年2月24日，就在恩克鲁玛出访中国和越南期间，约瑟夫·亚瑟·
安克拉将军发动政变，推翻了恩克鲁玛政府。对曾经得到加纳广大人民热烈拥护、被尊为“救世主”的恩克鲁玛来说，那就是一出他未想过会发生在自己身上的悲剧。
六勤奋的流亡者
军人发动政变，推翻恩克鲁玛政府的消息传出，非洲乃至全世界都颇感震惊。
几内亚总统塞古·杜尔、埃及总统纳塞尔、坦桑尼亚总统尼雷尔和马里总统凯塔等国家领导人愤怒谴责加纳政变，表示将继续支持恩克鲁玛，塞古·杜尔总统甚至盛情邀请恩克鲁玛到几内亚避难。
恩克鲁玛是在越南得知自己被政变推翻的，他有些难以置信。在短暂的愤怒和失落之后，恩克鲁玛立即清醒了过来。毕竟在当时的非洲，军人政变已经屡见不鲜，既然加纳已无他的容身之所，恩克鲁玛决定接受塞古·杜尔的邀请，前往几内亚。
1966年3月2日，恩克鲁玛乘坐飞机抵达几内亚首都科纳克里，在机场，恩克鲁玛受到了塞古·杜尔和几内亚民众隆重而热烈的欢迎。不仅如此，几内亚人民和塞古·杜尔本人为了表达对恩克鲁玛的支持和崇敬，还授予了他几内亚总统的荣誉头衔，足见其在几内亚受尊敬的程度。
隆重的欢迎仪式结束后，恩克鲁玛被安排在了科纳克里郊外一座幽静的海滨别墅居住，开始了他的流亡生活。
尽管在流亡，但恩克鲁玛的生活并不落魄，从他身上看不到消沉和绝望，恩克鲁玛仍旧活跃在几内亚政坛，为重返加纳奔走呼喊。他多次发表演讲，通过几内亚电台向加纳人民发表广播演说，谴责军事政变，号召人民团结起来推翻军人政府。他知道，光靠舆论的力量是不足以夺回政权的，为此他组织了武装力量，试图以武力重掌政权。但现实是残酷的，他所做的一切在加纳都没有引起积极反应，组织武装力量夺回政权的计划也没能成功。
从起初的热烈号召到没有响应之后的沉默，恩克鲁玛渐渐明白自己已经回不去了。接受现实的恩克鲁玛开始将全部精力放在理论研究上。
在海滨的别墅里，他整日奋笔疾书，先后出版了《在加纳黑暗的日子里》、《革命战争手册——非洲武装斗争指南》、《良知主义》、《非洲的阶级斗争》等着作。这些着作虽然都从加纳问题入手，但落脚点却都是非洲的革命问题，有些着作中他还提出了一整套有关社会主义革命的理论。
在《在加纳黑暗的日子里》中，恩克鲁玛总结了加纳政变的教训，并得出非洲独立国家要想生存下去必须奉行彻底的社会主义政策的结论。此外，他还阐述了争取非洲大陆的完全解放和建立全非联合政府已经进入了武装斗争的阶段，主张用武力统一非洲。
《革命战争手册——非洲武装斗争指南》是上一本书理论的延续，他提出了要在非洲展开武装斗争所要做的准备工作和实施步骤，可以说这本书是恩克鲁玛思想产生变化的第一本着作。他原先信奉非暴力主义，赞赏圣雄甘地的非暴力不合作运动，然而在这本书中他否定了坚持多年的非暴力主张，变成了一个激进的暴力革命者。
流亡中的恩克鲁玛思想更加丰满，从他的着作中常常会看到一些思想的闪光点和独特见解。最难能可贵的是在这些理论中所体现出的对帝国主义、新殖民主义的深恶痛绝，对非洲社会主义前途的信心，处处闪耀着一个革命者的坚强意志和崇高情怀。
令人惋惜的是，他在反思加纳发生政变的经验教训时，在观察和分析当时非洲和世界形势时，带有一定的片面性和主观色彩。人无完人，恩克鲁玛的思想和理论与当时的时代背景和环境分不开，因此也带有一定的局限性。
艰苦的理论研究和不辍的笔耕使恩克鲁玛积劳成疾。从1971年开始，恩克鲁玛的健康状况不断恶化，8月份，他不得不前往罗马尼亚就医。不过即使在病榻之上，恩克鲁玛依旧没有停止对非洲命运和前途的思索，没有停止写作。
1972年4月27日，恩克鲁玛在癌症的折磨下离开了人世。
生前百般努力无法回归故里的恩克鲁玛死后终于如愿以偿，回到了生他养他成就他一生传奇的土地。7月7日，他的遗体被运回家乡恩格罗夫尔村，当天，有两万多人从全国各地赶来参加了他的葬礼。
尽管犯了这样或那样的错误，有这样或那样的不足，但可以肯定的是恩克鲁玛仍旧是曾经领导加纳人民赢得民族独立和自由的杰出领袖。
恩克鲁玛流亡几内亚6年，其间加纳政府更迭两次，他的政敌都已经成为政坛上的匆匆过客，被加纳人咒骂或遗忘，恩克鲁玛虽然与世长辞，但他的精神和功绩仍旧被人崇敬和赞颂。
