徐润一直都热衷于房地产买卖，常利用职务之便，私自挪用招商局十六万余两，投资房地产。1884年发生了世界范围的资本主义经济危机，很快便席卷到了上海。偏偏屋漏又逢连夜雨，中法两国发生了冲突，法国军舰抵达上海吴淞口，叫嚣要登陆上海。上海市民纷纷提款搬迁，商号店铺接连破产，钱庄停业，市场上银根奇紧，因此招商局的资金周转也受到了影响，这样，徐润挪用公款的事情就暴露了出来。
徐润东窗事发，正好给一直垂涎招商局经营权的盛宣怀提供了大好机会。再加上，唐廷枢正在出国考察商务、船务，在招商局里徐润没有了靠山，盛宣怀便落井下石，清政府无人问津。就这样，徐润不但被革除了招商局会办、开平矿务局会办的职务，在财产方面也遭到了重大的损失。
为了弥补欠款，徐润筹集现银六千八百余两，其余的欠款用股票和房地产抵押。徐润交出招商局股票883股，每股按照票面一百两计算，共计8.83万两。接着徐润又交出房地产四处。其中乍浦路的房地产在1897年被盛宣怀用2.2万两的原价买进，其实这时的价值已经上涨逾倍，盛宣怀趁机大赚一笔。盛宣怀却到处对人说，"此地未赎，于雨记（徐润）面上不雅，我为赎之，免得多挂一笔账。"
徐润听到以后，十分愤怒，骂道："但为势力所压，知者不敢言，不知者反以为待我之厚。"
接着，盛宣怀又经过李鸿章借故把唐廷枢调离招商局。唐廷枢在1885年8月离开招商局后，盛宣怀就任招商局的督办之职。
由于徐润、唐廷枢的离局，许多与他们关系密切的股东纷纷下股退出。就这样，招商局的性质发生了翻天覆地的变化，变成了官督商办企业。
1901年李鸿章去世后，盛宣怀为了得到袁世凯的支持，出面推荐袁世凯担任直隶总督。然而袁世凯继任直隶总督兼北洋大臣后，看上了盛宣怀控制的洋务企业，对于轮船招商局和电报局更是垂涎三尺，于是运用手中的权力接管了电报局和招商局。
1903年，袁世凯委派徐润担任会办。1906年袁世凯又委派徐润代理招商局总办。袁世凯想利用徐润对付盛宣怀在招商局里的势力。徐润就职的时候，非常卖力，积极筹划添购轮船以及改建栈房等事务，然而袁世凯却不信任他。
1907，徐润被袁世凯解除了代理总办的职务。
1880年左右，中国掀起了投资办矿的热潮，主要从事煤炭开采、金属采掘以及冶炼业等。徐润也投身于此。
1891年，徐润在恢复开平矿务局会办的职务后在开平矿区穿梭往返。他如此辛苦的经营新式采矿业，是想为自己开拓出一条新的成功道路，另外还想借此排遣胸中的郁闷与失落。
徐润还曾自书对联一副："放宽肚皮袋气，咬定牙根吃亏"。
除了开平煤矿外，徐润还在其他采掘业投资，又在平泉铜矿投资六万两，在金州煤矿投下资本五万两，又在贵池煤矿投下资本十万两，接着在三山银矿投下资本六万两，随后在宜昌鹤峰州铜矿投下资本一万两......
1892年，徐润又受李鸿章的委任，同唐廷枢等一起创办了建平金矿。开办仅数月，唐廷枢不幸在天津去世，徐润只得独自经营建平金矿。
