1860年9月，英、法联军占领通州，咸丰帝出逃，命曾国藩派大将鲍超率部保卫北京。10月18日，曾国藩回复奏折："跪读谕旨，且愧且愤，涕零如雨，恨不得派出大军插翅飞赴京师。但鲍超虽号骁雄之将，究非致远之才，不如由自己或胡林翼统兵北上，护卫京畿，望圣上在曾、胡二人中指派一人，一经接到明谕，即刻动身。"
从安徽祁门到北京，往返奏报需要一个月。清廷一但投降，咸丰帝就不用他保护北京了。
11月6日，曾国藩接到上谕，鲍超、曾国藩、胡林翼都不用北上了。在曾国藩的力劝下，清朝与外国侵略者共同进攻太平军。1861年9月5日，湘军攻破安庆，城中的男女老幼一律剁尸，湘军将士发了横财。
1861年11月8日，慈禧太后发动政变，夺取了政权。11月20日，慈禧太后任命曾国藩统管苏、皖、赣、浙四省军务。自1861年12月至1862年5月，曾国藩上奏弹劾浙江巡抚王有龄、攻击江苏巡抚薛焕、揭发闽浙总督庆瑞。曾国藩要求清政府把他们全部辞退，要求清廷撤销江北、江南团练大臣。西太后依次照准。
曾国藩举荐左宗棠任浙江巡抚，沈葆桢任江西巡抚，李鸿章兼任江苏巡抚，李续宜调任安徽巡抚，严树严调任湖北巡抚，骆秉章任四川总督，刘长佐任广西巡抚，毛鸿宾任湖南巡抚，刘蓉、李桓、蒋盖澧和韩超任布政使。曾国藩控制了半个天下。
1864年7月19日，湘军攻破南京城，展开了烧、杀、劫、掠、奸、淫的竞赛。曾国藩把南京洗劫一空后，放火灭迹。
这时，湘军已经成为一支十二万人的劲旅。曾国藩被清廷和外国侵略者赞誉为"中兴第一名臣"。
僧格林沁率领清军进攻捻军，被捻军歼灭。1865年5月23日，清政府命曾国藩剿杀捻军。
由于曾国藩的湘军此时已经解散，因此剿捻的重任只能靠李鸿章的淮军。1867年9月，曾国藩无法制服捻军，只好奏请李鸿章接任。
1867年1月24日，曾国藩担任两江总督。第二年5月31日，曾国藩升任武英殿大学士，位至极品。几个月后，曾国藩改任直隶总督。
曾国藩晚年时，热衷于兴办洋务事业，他请求向国外派遣留学生。1872年3月12日，曾国藩病逝，时年61岁。
太平天国运动爆发后，左宗棠组建楚军，多次重创太平军。此后，他又镇压了捻军和回民起义。中法战争爆发后，左宗棠力主抗法，坐镇福建，迅速安定了局势。可惜，清政府一味求和，左宗棠气愤而死。
