大西政权是张献忠建立的农民政权。在清军消灭了弘光政权和大顺政权以后，开始转向西南，多铎对张献忠采取招抚，对于清朝的招抚，张献忠未予理会，对付清朝的征讨，由于镇守川北的刘进忠投降，充当清军入川的向导，同时，明军也向成都逼近。张献忠感到成都无法再守，弃城而去，打算由四川进入陕西。1646年11月，豪格率清军入川，一昼夜三百里，行动神速。清军知道张献忠的动向，而张献忠对清军一无所知，当两军在西充县境内的凤凰山隔水相望时，张献忠还不相信清军已到，探兵不断报告敌情，他仍然没作战斗准备，而是带七八名士卒，不穿铠甲，不携长枪，出营观探虚实，突然，被一支冷箭射中，坠马而死。张献中之死，标志着与明、清两代王朝抗衡的大西政权灭亡。张献忠死后，其余部继续进行抗清斗争。
大西军余部的抗清斗争
大西军余部的抗清斗争主要是大西军将领李定国、孙可望领导的抗清斗争。张献忠死后，大西军在李定国、孙可望、刘文秀、艾能奇等人领导下在川南、云、贵一带坚持斗争。1649年正月，他们鉴于清军进攻日益深入，主动提出愿与南明永历政权联合共同抗清，最初遭到拒绝，后来桂王走投无路，才接受了大西军的建议。1652年2月，孙可望迎桂王居于贵州的安隆所。3月，大西军发动了大规模的反攻，孙可望留守贵州，李定国率主力8万出湖广，刘文秀率偏师6万攻四川。李定国进入湖广后，连克靖州、武冈、宝庆等地，又转攻广西，下全州，破桂林，清定南王孔有德兵败自杀，李定国回师北上，直取长沙，兵锋达到江西吉安。大西军节节胜利，使清朝大为震惊，急派敬谨亲王尼堪率精兵十万迎战，李定国避开清军锋芒，主动撤离长沙。11月，李定国与尼堪率领的清军大战于衡州城下，血战四昼夜，大破清军，击毙尼堪，这样李定国出兵九个月，纵横三千里，收复湘桂，大破清军数十万‘《两蹶名王’天下震动”，取得了辉煌的胜利。另一路大西军在刘文秀率领下在四川也大败清军，收复叙州、重庆等地，逼近成都，在成都北的保宁县包围了吴三桂，使吴三桂险些丧命，迫使吴三桂退守汉中。李定国在抗清斗争中的巨大成就，引起了孙可望的嫉妒，引起了大西军内部的斗争，孙可望为了树立自己的威信，率领留守军上前线争功，并欲加害李定国，李定国为了顾全大局，退回广西，转攻广东，拟与郑成功会合，联兵收复浙、闽，进攻南京，但这个计划没有实现，后又转移到云南。孙可望在宝庆遇清兵大败后，退回贵州，恼羞成怒，于1657年以十万大军进攻李定国。孙可望的倒行逆施引起大西军将士的义愤，纷纷投奔李定国，孙可望日暮穷途，仅率千余亲信，狼狈逃往长沙，投降清军。由于孙可望的告密，清军摸清了大西军内部情况，于1658年4月分三路向云桂进攻。1659年初，清军攻陷昆明，桂王逃入缅甸。李定国在云南马龙县西北设伏，准备袭击追来的清军，计划又被桂王府的官僚出卖，伏击失败。此后，李定国率残部退到滇南边界一带。1662年春，吴三桂由缅甸俘桂王于昆明，在昆明将朱由榔用弓弦绞死。李定国得到这个消息悲愤而死，余部或降清，或散亡，大西政府余部的抗清斗争结束。
郑成功抗清
郑成功抗清是明末最后一支抗清力量。郑成功本名森，唐王隆武帝赐其国姓，改名成功，号国姓爷”，桂王永历帝封为延平郡王。郑成功的父亲郑芝龙，原是唐王政府的主要官员，1646年唐王政权灭亡后郑芝龙投降清朝。郑成功对其父投降清朝深以为耻，十分气愤，决心继续抗清，准备以死报国”，郑成功举起背父救国”的大旗，招集义军，把澳门作为最初的抗清根据地，很快发展壮大起来，积极准备北伐。1647年，郑成功从南澳出兵，两三年时间，接连攻占了同安、海澄和泉州等闽南沿海许多地方，又占据金门、厦门等地，并以金门、厦门为抗清根据地，并把厦门改为思明州。郑成功利用漳州、泉州的有利条件积极发展海外贸易，并同国内各地加强经济联系，到1658年为止，郑成功三次北伐，九征闽、粵，成为清朝在东南的心腹大敌，与此同时，张煌言也屡次北伐，与郑成功相配合。1659年6月，郑成功与张煌言联合北伐，出动水陆大军17万，分83营，声势迅猛，义军在崇明岛登陆后，破瓜州、镇江，攻下4府3州24县，直抵南京，南京清军几乎不可守。但由于郑成功误信清军诈降奸计，麻痹轻敌，耽误了战机，清军得以从容调配力量，发动突然袭击，郑成功仓促应战，全军溃败，对南京的围攻失败，郑成功退回福建金门、厦门，张煌言孤立无援，得地尽失，败走浙东。郑成功北伐失败后，清政府为了对抗这支抗清力量，下令沿海居民内迁30里，禁止舟船出海，切断东南人民与郑成功的联系，这给郑成功造成很大困难，为了扭转这种不利局面，郑成功决心驱逐荷兰侵略者，收复我国领土台湾，作为抗清的根据地。
中央机构
清朝的中央机构有内阁、六部、议政王大臣会议、军机处和理藩院。1658年，清朝改内三院即内国学院、内秘书院、内宏文院为内阁，作为中央最高行政机构。清朝内阁设大学士满、汉各两人，协办大学士满、汉各一人，但权力比明朝小。吏、户、礼、兵、刑、工六部是中央政府的执行机构，职责与明朝基本一样，各部设尚书为长官，左、右侍郎为副长官，皆满、汉一人。议政王大臣会议和军机处是清朝真正的最高权力机构，清朝内阁名义上是最高权力机构，但并不是真正的权力中心。清初，凡军国大事皆交议政王大臣会议决定，其成员都是满洲贵族，汉人不得参与。康熙时，在宫内设南书房，皇帝谕旨多为南书房翰林撰拟，削弱了内阁和议政王大臣会议的权力。雍正时，设立军机处，取代议政王大臣会议，剥夺了诸王议政的权力。军机处的军机大臣由皇帝在满、汉大学士及各部尚书、侍郎中选定，军机大臣只是皇帝跪受笔录的工具，军机处的设置，使议政王大臣会议形同虚设，标志着君主专制的中央集权制度进一步加强。理藩院是清朝设立的一个专门管理少数民族地区事务的中央机构，最初主要管理蒙古，后来负责对少数民族的管理，其编制与六部基本相同，但官员全由满族、蒙古族人担任，汉人不得参与，理藩院的设置加强了对少数民族地区的管理。内务府是清朝设置的专门管理宫廷事务的机构，长官称总管大臣，由满、汉王公大臣担任，目的在于防范太监窃权乱政。
地方机构
清朝的地方机构分为省、道、府平行的有直隶州、厅）、县四级，此外，还有与省大体平行的边疆特别行政区，鸦片战争前共设十八个行省，后来增设新疆、奉天、吉林、黑龙江、台湾五个行省。省级最高官员是总督和巡抚，每一省或两三省设一总督，各省均设巡抚有的是总督兼），掌握一省或数省的军政大权。他们都是皇帝的心腹，一切秉承皇帝的旨意行事。在总督和巡抚外，每省还设提督学政一人，会同督抚主管一省教育、科举考试等事务，不论本人官职高低，在充任学政期间，其地位与督抚平行，素有学台之称。督抚之下，各省均设承宣布政使司，又称藩台，主管一省民政、财政和人事大权。提刑按察使司又称臬台，主管一省的司法、刑狱、纠察等事务。学台、藩台、臬台合称三台”。道设道员，为省藩、臬二司与府中间的地方长官，各省无定员。道有分守道与分巡道，分守道专掌钱谷，分巡道专掌刑名。此外专职道是主管一省某一方面事务的，如粮储道、盐法道、兵备道、河工道等。府设知府一人，又称太守。清朝全国共有215府。厅一般设在边远地区，与府同级。县设知县一人，主管一县政事，清朝全国共有1358县。
特别行政区
清朝在东三省、蒙古、新疆、青海和西喊等地设特别行政区，米取和内地不同的行政管理方法。在蒙古地区实行盟旗制度，旗是中央政权下的基本行政单位，旗设札萨克一人，掌管一旗政令。旗上有盟，每盟有若干旗组成，盟设正、副盟长各一人，是理藩院从各盟札萨克及闲散王公中选奏请皇帝任命。盟不是旗的上级组织，而是一个代表中央对所属各旗实行监督的监察机构。对蒙古封建主分别加封亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公等爵位。在维族地区，设总理回务札萨克郡王一人，治理该部政务，又设协理图撒拉克齐两人佐之。各大小城池，皆因其旧名置各种名目的大小伯克等官员，自三品至七品。由朝廷派驻的伊犁将军、喀什葛尔参赞大臣以及领队大臣、办事大臣等统辖。在西藏地区，达赖驻拉萨）、班禅驻札什伦布），掌政令，行教化，同为政教僧俗领袖。在卫、藏、喀木、阿里四部，各设噶部伦，以治政事。清朝政府设置的驻藏大臣同达赖、班禅具有同等权力和地位。在东北地区在旧都盛京设内大臣一人，副都统两人，康熙元年改为辽东将军。1683年又设黑龙江将军，管理黑龙江地区。云、贵、川、广西等少数民族地区仍用土司制度。
康熙尊儒重道
康熙即清圣祖，1661年至1722年在位。1661年正月初六，年仅8岁的三皇子玄烨即位，即康熙皇帝，是清朝历史上第四位皇帝。康熙即位之初，不少汉族官僚建议给这位年幼的皇帝举行经筵日讲，却遭到四位辅政大臣的拒绝，他们企图率循祖制，咸复旧率”，然而康熙帝从治理国家的实际出发，对学习汉族传统文化有强烈的欲望和浓厚的兴趣。1667年，康熙亲政，但鳌拜继续专权擅政。1669年，康熙采纳汉官建议乘辇亲诣太学祀孔，在孔子位前，行三跪九叩之礼。康熙全面接受了居敬行简、躬行实践、德礼治国、以道统为治统的儒学传统文化，以前激烈的民族矛盾趋于缓和，逃避山林的名士遗老纷纷出山，连抗清很坚决的黄宗羲也改变了态度，认为康熙堪称德治君主。但康熙真正亲政则在1679年，在八旗各旗设都统管理旗务，剥夺了王公干预旗政之权，各都统直接听命于皇帝，削弱了议政王大臣的权力，变议政王大臣会议为皇帝操纵的议事机构。从此，康熙将国家大权集中于自己一人之手，清朝完全意义上的专制政体正式开始。
鳌拜专权
鳌拜专权是清朝康熙在位时的大臣专权。顺治帝临终前，汲取叔父多尔衮摄政凌驾于自己之上的历史教训，在传位给三子玄烨的同时，指定四位满人辅政大臣，没想到同样给儿子康熙带来遗留问题。四位辅政大臣，都是顺治帝直接掌握的上三旗即两黄一白）功臣贵族，思想感情上牢牢地守住满族旧传统，对多尔衮、顺治帝任用汉族官僚士大夫袁沿袭汉制的封建化政策不满袁是满族贵族中守旧势力的代表袁推行一系列倒行逆施的政策。鳌拜在四大臣中位次最后，居四大臣首位的索尼位重年高，遏必隆软弱，唯有苏克萨哈因揭发多尔衮谋逆，有可能成为代替索尼总揽启奏和批红大权，成为鳌拜专权的唯一障碍。鳌拜趁康熙年幼，结党营私，排除异己，专擅朝政，曾借故杀内大臣费扬古，制造矛盾，挑起事端，要致苏克萨哈于死地。1667年，康熙亲政，但鳌拜集团把持大权不放，苏克萨哈因势力削弱，不愿与鳌拜同流合污，主动要求辞职，把权力归还给皇帝。同年6月，索尼病死，鳌拜筹划怎样越过苏克萨哈和遏必隆，没想到苏克萨哈将了他一军，因为苏克萨哈辞职，鳌拜和遏必隆也应交权。鳌拜视权力为生命袁认为只有加罪苏克萨哈袁才能保住权力和地位袁于是给苏克萨哈罗织了二十四条大罪，要求将苏克萨哈凌迟处死，康熙与鳌拜强争数日，结果将苏克萨哈绞死，诛灭其族。1669年5月，鳌拜托病不上朝，康熙决定先发制人，一面招索额图、明珠定下智擒鳌拜的妙计，一面将鳌拜党羽以各种名义派出京城，招鳌拜进宫，将其抓捕，永行拘禁。鳌拜的一些党羽或被斩，或被贬，鳌拜集团得以肃清。
平定“三藩之乱
平定“三藩之乱”是康熙时平定南方叛乱的军事行动。“三藩”指割据云南的平西王吴三桂、镇守福建的靖南王耿精忠、镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。“三藩”中云南吴三桂力量最强，云贵督抚受其节制，知县以上官吏全蓄为私人，他有权选授官吏、将领，吏部、兵部不得限制。康熙亲政后，对三藩”逐步采取了些限制，吴三桂、耿精忠假意提出撤藩请求，结果弄假成真。1673年11月，吴三桂在云南发动叛乱，打出复明”的幌子，以欺骗人民。1674年初，吴三桂派主力出贵州，攻掠湖南，分兵四川，不久，广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方官员纷纷叛清，接着，福建耿精忠起兵响应，短短数月之内，各地总兵、提督纷纷倒戈投吴，滇、黔、湘、桂、闽、川六省陷落，一时局面相当严重，随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。康熙采取剿、抚兼施，坚决剿灭云贵、湘吴军及其死党，对其他地区的叛军则以招抚为主。1676年10月，福建耿精忠被迫投降，广东的尚之信也在1677年投降，闽、粵及江西先后平定。1678年8月，吴三桂病死，其孙吴世幡即位。
1681年，清军三路在云南会师，围攻昆明。10月昆明城破，吴世幡自杀。经过8年的斗争，康熙终于平定了三藩之乱。
郑成功收复台湾
