1941年，赵朴初通过李恩浩与陶希泉促成，由盛幼安出资，编辑出版大藏经和翻译巴利文藏经。请持松、芝峰、夏丏尊、黄幼希组成《大藏经》编委会，赵朴初担任总务，刊印出版了《普慧大藏经》。
1949年，为迎接上海解放，中共上海地下党组织通过赵朴初联络各界人士成立上海临时联合救济会，赵朴初任总干事。任务是收容战区难民，维护地方治安，接收国民党扔下的伤兵及散兵游勇并给予看管，防止他们扰乱社会。地下党组织决定，由赵朴初出面将美国援华的全部物资接收过来，以补充临时救济委员会的物资不足。如此艰巨任务，赵朴初都完成得很出色。解放后，在“三反”中，经过清算和核查，所有经济账目和物资收支都一清二白。中共上海地下党的负责人张执一在回忆中说，他把这件事向周恩来总理汇报时，周恩来高度评价赵朴初说“解放前做救济工作的人，做到这样是很难得的。这个人要重用”。
1949年秋天，赵朴初从上海到北京出席中国人民政治协商会议第一届全体会议，见到了在会议上致开幕词的中共中央主席毛泽东。这是赵朴初第一次见到毛泽东。在10月9日全国政协举行的第一次会议上，毛泽东当选全国政协主席，赵朴初当选为全国政协委员和中国人民保卫世界和平委员会委员。
在此之前，赵朴初四叔之子、堂弟赵荣声曾于1937年春天去延安，受到毛泽东的接见。赵朴初叔父赵恩宏之子、著名京剧演员赵荣琛，曾在抗战时期的重庆为毛泽东专门演出过。
毛泽东批示：“发扬佛教优良传统”
1952年11月4日至5日，中国佛教协会发起人会议在北京召开。赵朴初是发起人之一，并为中国佛教协会发起人会议做了大量的筹备工作。会上决定成立中国佛教协会筹备处，由赵朴初担任筹备处主任。会后发表了《中国佛教协会发起书》。
1953年5月30日至6月3日，中国佛教协会成立会议在北京举行。来自西北、西南、东北、华中、中南、内蒙以及西藏和云南边境地区，包括汉、藏、蒙、满、苗、维吾尔等七个民族的活佛、喇嘛、法师、居士代表120人出席了会议。赵朴初居士在会上作了《中国佛教协会发起经过和筹备工作的报告》；中央民族事务委员会副主任汪锋作了时事报告；中共中央统战部部长李维汉到会讲了话。会上通过了赵朴初起草的，经过李维汉审阅，并报呈毛泽东主席批示同意的《中国佛教协会章程》。这个章程中“发扬佛教优良传统”之句，是毛泽东亲笔加上的。会上经过协商，选举产生了中国佛教协会第一届理事会。选举圆瑛为会长，赵朴初当选为副会长兼秘书长。
中国佛教协会的成立，实现了中国佛教三大语系、四众弟子的空前大团结。中国佛教界许多有识之士长期向往追求的理想变成了现实。赵朴初居士所起的作用，是任何人不能代替的。
赵朴初从1953年起担任中国佛教协会副会长兼秘书长，1980年担任中国佛教协会会长；同时他还担任中国佛学院院长、中国藏语系高级佛学院顾问、中国宗教和平委员会主席。作为新中国一代宗教领袖，他把佛教的教义圆融于中国共产党领导的建设有中国特色社会主义伟大事业之中；圆融于维护民族和国家的尊严，捍卫国家领土和主权的完整，促进祖国和平统一与世界各国佛教界友好交往的伟大事业之中。
作为现代佛教大德，赵朴初一生倡导“人间佛教”。他总结了中国佛教两千多年来的历史经验教训，从理论到实践，解决了当代佛教适应中国特色社会主义社会的重大问题。赵朴初说：“人间佛教的基本内容，包括五戒、十善、四摄、六度等自利利他的广大行愿。《增一阿含经》说：‘诸佛世尊，皆出人间，’揭示了佛陀重视人间的根本精神。《六祖坛法》说‘佛法在世间，不离世间觉，离世觅菩提，恰如求兔角’，阐明了佛法与世间的关系。佛陀出生在人间，说法度生在人间，佛法是源出人间并要利益人间的。我们提倡的人间佛教的思想，就要奉行五戒、十善以净化自己，广修四摄、六度以利益人群，就会自觉地以实现人间净土为己任，为社会主义现代化建设这一庄严国土、利乐有情的崇高事业贡献自己的光和热。”
可以说，赵朴初倡导的“人间佛教”，是对毛泽东“发扬佛教优良传统”的批示的落实和具体化。
毛泽东赏识赵朴初的三首散曲
赵朴初还是享誉海内外的诗人。他的诗词曲曾结集出版过《滴水集》《片石集》《赵朴初韵文集》。赵朴初诗词曲表现了深厚的文化底蕴和娴熟的韵律技巧，曾受到过毛泽东的赏识。
1952年国庆节，在观看全国各少数民族代表在中南海怀仁堂表演的节目后，柳亚子先生即席填词《浣溪沙》献给毛泽东。毛泽东填《浣溪沙·和柳亚子先生》词，回赠柳亚子：
长夜难明赤县天，百年魔怪舞翩跹，人民五亿不团圆。
一唱雄鸡天下白，万方乐奏有于阗，诗人兴会更无前。
毛泽东词公开发表后，赵朴初也和词一首：
铜鼓芦笙响彻天，轻裾长袖舞翩跹，歌声齐唱大团圆。
民德如今敦友爱，军威海外又喧阗，五星旗指万夫前。
这是赵朴初在新中国写词之始，对他后来发展成为诗词大家，有“开山”之作用。
20世纪60年代，中国最痛恨的是美帝国主义、苏联修正主义和各国反动派，简称“帝、修、反”。在“帝、修、反”中首当齐冲的当权者是“三尼”：美国总统肯尼迪、苏共第一书记尼基塔·赫鲁晓夫、印度总理尼赫鲁。那时的世界格局，意识形态纷争十分激烈，亚、非、拉美反殖民的独立运动的浪潮汹涌，苏、美两国则以世界两大阵营主宰自居，试图以两国间的交易支配世界。
1963年7月14日，苏共中央发表给苏联各级党组织和全体共产党员的公开信，公开攻击中国共产党，挑起了中、苏两党意识形态的大论战。从9月开始，中共开始连续发表评论文章，抨击苏共公开信。毛泽东认为，苏共领导已经背叛了马克思列宁主义，与新老殖民主义同流合污，是世界被压迫民族和人民更危险的敌人，因此，要同他们“斗一万年”。
1963年11月，美国总统肯尼迪遇刺身亡。正在参加全国政协第三届四次会议的赵朴初，听到消息后想：肯尼迪死了，物伤其类，尼基塔·赫鲁晓夫该伤心了，于是挥笔写下一首《尼哭尼》：
[秃厮儿带过哭相思] 我为你勤傍妆台，浓施粉黛，讨你笑颜开。我为你赔折家财，抛离骨肉，卖掉祖宗牌。可怜我衣裳颠倒把相思害，才盼得一些影儿来，又谁知命蹇事多乖。
真奇怪，明智人，马能赛，狗能赛，为啥总统不能来个和平赛？你的灾压根是我的灾。上帝啊！教我三魂七魄飞天外。真是如丧考妣，昏迷苫块。我带头为你默哀，我下令向你膜拜。血泪儿染不红你的坟台，黄金儿还不尽我的相思债。我这一片痴情呵！且付与你的后来人，我这里打叠精神，再把风流卖。
其中“马能赛，狗能赛，为啥总统不能来个和平赛”，揭露的就是美、苏勾结，充当国际领袖。
没过多久，当时的中宣部副部长姚溱在赵朴初家中看到了这首曲子，认为写得很好，就拿走了。当时姚溱正在由康生牵头的“中苏论战写作组”里，康生从姚溱处看到曲子后，便送到毛泽东主席那里。毛泽东一看很喜欢，说：“你别拿走了，这个曲子归我了。”康生的真实目的，并不是觉得曲子写得好，而是认为赵朴初把严肃的反修斗争庸俗化，以显示其政治嗅觉的敏锐；但他见毛泽东喜欢，马上看风使舵，投毛泽东所好，直接找到赵朴初说：“以后有什么新作，可要给我啊！”
半年后，尼赫鲁去世。印度在1960年中印边界制造武装冲突后，赫鲁晓夫曾发表声明，偏袒印度；1962年印度向中国发动大规模武装进攻后，苏联成为印度最大的军火供应者。中共与苏共在意识形态领域的斗争白热化后，1964年3月31日，中共发表了“八评”苏共公开信——《无产阶级革命和赫鲁晓夫修正主义》。赫鲁晓夫对尼赫鲁的死，自然也会有兔死狐悲之感。于是，赵朴初又挥笔写了《尼又哭尼》：
[哭皇天带过乌夜啼] 掐指儿日子才过半年几，谁料到西尼哭罢哭东尼？上帝啊！你不知俺攀亲花力气，交友不便宜，狠心肠一双拖去阴间里。下本钱万万千，没捞到丝毫利。实指望有一天，有一天你争一口气。谁知道你啊你，灰溜溜跟着那个尼去矣。教暗地心惊，想到了自己。人生有情泪沾臆。难怪我狐悲兔死，痛彻心脾。而今后真无计！收拾我的米格飞机，排练你的喇嘛猴戏，还可以合伙儿做一笔投机生意。你留下的破皮球，我将狠命地打气。伟大的、真挚的朋友啊！你且安眠地下，看我鞠躬尽瘁，死而后已。呜呼噫嘻！
这首曲子，与前曲有异曲同工之妙，而且一脉相承，妙不可言。这首曲子很快传到毛泽东那里，毛泽东非常喜欢，读了又读，爱不释手。
1964年10月14日，勃列日涅夫等把赫鲁晓夫赶下了台。中国第一颗原子弹在新疆罗布泊试爆成功。赫鲁晓夫下台后，苏共新领导向率领中国党政代表团访苏的周恩来总理表示，在国际共产主义运动和对中国问题上，他们和赫鲁晓夫没有一丝一毫的差别。针对这一立场，11月21日，《红旗》杂志发表社论，揭露勃列日涅夫、柯西金等执行“一条没有赫鲁晓夫的赫鲁晓夫主义”。反复研读社论后，赵朴初又写了《尼自哭》：
[哭途穷] 孤好比白帝城里的刘先帝，哭老二，哭老三，如今轮到哭自己。上帝啊！俺费了多少心机，才爬上这把交椅，忍叫我一筋斗翻进阴沟里。哎哟啊咦！辜负了成百吨的黄金，一锦囊妙计。许多事儿还没来得及：西柏林的交易，十二月的会议，太太的妇联主席，姑爷的农业书记。实指望，卖一批，捞一批，算盘儿错不了千分一。哪料到，光头儿顶不住羊毫笔，土豆儿垫不满沙锅底，伙伴儿演出了逼宫戏。这真是从哪儿啊说起，从哪儿啊说起！说起也稀奇，接二连三出问题。四顾知心余几个？谁知同命有三尼？一声霹雳惊天地，蘑菇云升起红戈壁。俺算是休矣啊休矣！眼泪儿望着取下像的宫墙，嘶声儿喊着新当家的老弟，咱们本是同根，何苦相煎太急？分明是招牌换记，硬说我寡人有疾。货色儿卖的还不是旧东西？俺这里尚存一息，心有灵犀。同志们啊！努力加餐，加餐努力。指挥棒儿全靠你、你、你，耍到底，没有我的我的主义。
很快，这首曲子经由康生之手，又传到了毛泽东的案头，毛泽东读后自然又大加赞赏一番。
1965年年初，苏联部长会议主席柯西金将访华，毛泽东说：“柯西金来了，把这组散曲公开发表，给他当见面礼。”
毛泽东将三首散曲原来的标题《尼哭尼》《尼又哭尼》《尼自哭》，分别改为《哭西尼》《哭东尼》《哭自己》，又写了“某公三哭”四个大字作为总标题，让《人民日报》发表。
1965年2月1日，这三首散曲见诸《人民日报》后，中央人民广播电台在早晚新闻和首都报纸摘要节目中，接连几天予以播出。文学作品得如是待遇，还是破天荒头一遭。一下子，这三首曲子震动了文坛，轰动了全国。赵朴初的名字一时风靡海内外。
以毛泽东的雄才大略，面对美苏交易，各方面压力，他不是也有轻描淡写的“不见前年秋月朗，订了三家条约”，“土豆烧熟了，再加牛肉”吗？这同赵朴初散曲中“西柏林的交易，十二月的会议”，“土豆儿垫不满沙锅底”何其相近！在毛泽东，是政治伟人履险自若的潇洒；在赵朴初，是三界外凌虚俯瞰的达观透彻。这正是毛泽东对赵朴初的散曲大为欣赏的原因。
赵朴初也是享誉国内外的书法大师。他的书法，清俊洒脱，秀美润泽，每幅作品都能体现出严谨、沉稳、力到、意到、神到，在一波一碟、一提一转之间仿佛妙手点化，盎然耀眼。当代书法大家启功先生说：“朴翁擅八法，于古人好李泰和、苏子瞻书，每日临池，未曾或辍，乃知八法功深，至无怪乎书韵语之罕得传为家宝者矣。”
1976年9月9日，毛泽东主席逝世。这天，正是中秋月正圆之时（农历八月十六）。听到广播里一阵阵揪心的哀乐声音，赵朴初仰望中天，忧心忡忡，万般感慨，涌上心头。当晚，赵朴初作《毛主席挽诗》两首：
忽播哀音震八方，人间方望晚晴长。
悲逾失父嗟无怙，杞不忧天赖有纲。
永耀寰瀛垂训诲，群遵正道是沧桑。
乱云挥手从容渡，万古昆仑耸郁苍。
当年立志拔三山，终见神州奋翮翰。
更谴风雷驱鬼蜮，普教天地为回旋。
人心早有丰碑在，真理争从宝藏探。
满月中天瞻圣处，遗言永忆助登攀。
赵朴初谈毛泽东传承国学的功绩
赵朴初对毛泽东十分敬仰，他曾访问延安和韶山，瞻仰毛泽东的旧居窑洞和诞生地。
1987年春天，赵朴初在中国作家协会鲁迅文学院演讲《诗歌及其与佛教关系漫谈》，谈到毛泽东的诗词改革思想：
记得在1965年间的一天，陈毅同志找我到他家闲谈，他告诉我说：毛主席同他讲过，中国的文艺改革诗最难改，大约需要50年的时间。时间过得很快，转瞬22年过去了。当时在听到陈毅同志转述这些话时，我心里想这一辈子是看不见新的诗歌的改造成功。过去20余年时间再来想，毛主席的估计是正确的，是有道理的。其实这也不仅是毛主席、陈老总的看法，在1950年郭沫若同志就在一篇文章中谈过。他说新诗的形式在今天仍然在探索的途中。1953年郑振铎同志也在一篇文章中谈到，中国诗的形式到现在还是一个没有解决的问题，还处在一个摸索的阶段。到1983年丁芒同志在一篇文章中说：“我国的新诗还没有从内容到形式发展到同旧诗最相称甚至超过它的程度。摸索、探索已经有60多年了，到现在还在摸索、探索。”从50年代到80年代已经有30多年时间了，事实说明毛主席所说的诗歌改革需要50年的时间是不算长的，甚至还有可能更长一些。我不知道毛主席那句话是什么时候讲的，就以陈毅同志告诉我的1965年算起，也有22年过去了，那么还有28年时间。28年时间能够把诗歌改革问题解决，能够完成诗歌改革，就还需大家努力，努力，再努力。据我看，诗歌的改革首先需要从进行诗歌创造的人在思想认识上要取得一致，那么，就是说我们要尊重我们的传统，民族诗歌的传统，不可轻视和忽视这个传统。
在这次演讲中，赵朴初还谈到毛泽东在传承国学上有两大功绩：
一个是保存了中医，他指出中西医应当结合，这个方向是很正确的，假如没有毛主席的指示，那么中医中药到今天就会有绝灭的危险，更谈不上发展了。许多年来，中医中药事业遭到很大厄运，遭到一些人的轻视，而正是有了毛主席的指示才得以保护、挖掘和发展，现在有许多西方人都认识到中医药的宝贵价值，向我们学习中医药学。毛主席还有一个功绩就是保存了我们传统的诗歌。毛主席自己写的都是古典诗词，而且指出我们的方向就是古典诗和民歌相结合的方向。我认为这个说法也是正确的。
毛泽东与郭沫若
