清朝时，中国传统的医药学在医学理论的研讨、温病研究、药物学、方剂学等方面有了较大的发展，出现了不少著名的医药学家，攻克了不少疑难杂症，在医学史上留下了光辉灿烂的一笔。
清代的众多医家对中国历史上很多医学典籍，如《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》等，做了详细的注解进和阐释。
浙江钱塘医家张志聪，出身医学世家，年轻时曾经潜心研究儒学，后来转投名医张卿子门下学习医学。他在医理研究方面极具悟性和天赋。出师后，他继续在行医过程中积累知识，不断精进，终于成为一代医术高明、学识博洽的大医家，著有《黄帝内经素问集注》、《伤寒论宗印》、《灵枢经集注》、《侣山堂类辨》、《金匮要略注》、《本草崇原》等。其中，《素问集注》模仿明代理学家注解经书的方法，以“惟以参解经义，不工辞藻”为原则，对《素问》原文逐句做注，通俗易懂、详细明了地阐读了历代医家所忽略或回避的一些疑难问题。
在《难经》注解方面有重大贡献的是江苏吴江人徐大椿。他从小聪明过人，学识十分渊博。岁过而立之年时，家人多病的情况让他弃儒从医，博览历代名医著述，很快就在这方面有了极深的造诣。传说他洞明药性，不论遇到何种顽疾都能药到病除。除了悬壶济世外，徐大椿著述颇多，最有名当属《难经经释》。《难经》原名为《黄帝八十一难经》，相传是战国扁鹊所作，它以答疑解难的形式编撰而成，共讨论了81个问题，因此得名。徐大椿在阐读《难经》时，创造性地采用训诂诠释，则依本文；辩论考证，则本《内经》，的方法，解释齐全，考证详明，而且对《难经》中所谈及的经络、脏腑等方面的问题有很多独到的见解。
《伤寒杂病论》是东汉张仲景集毕生心血所著的医学名著，在医药学史上具有重要地位。可是随着张仲景的离世，这本书逐渐散落民间，多有遗失。时至宋朝，才经人搜集整理成《伤寒论》和《金匮要略》两本书，与世人重见。这两本书与《黄帝内经》《神农本草经》并称为“中医四大经典”。随着时间的推移、文字的变迁，后人在阅读时常常遇到困难，所以对它们的注解工作也逐渐受到清代医家的重视，柯琴、尤怡便是其中的代表。
柯琴的《伤寒来苏集》和尤怡的《伤寒贯珠集》，在张仲景医理研究方面颇有心得，同时还对张仲景的临床方法进行了总结，对于临床医疗也极具指导意义。除了《伤寒贯珠集》外，尤怡还著有《金匮要略心典》、《金匮翼》两本书，是《金匮要略》研究领域的著作。前者对《金匮要略》中的深文奥义着重解读，见解独到精辟。后者足补《金匮》之所未备，实能羽翼《金匮》，实则是对《金匮要略》的进一步丰满。
虽然清代诸医家对古代医学典籍的编纂、整理的著述很多，但是在具体经文的解释方面，常常会出现意见不同的时候，有时难免会发生激烈的争论。但是这种辩解、争论并不是坏事，反而会对中华传统医学典藏的发掘和传统医学理论的发展起到有益的推动作用。
明代时，李时珍曾参考历代近八百余种有关医药等方面的学术书籍，并结合自身经验和调查研究，用二十七年的时间编成药物学的总结性巨著《本草纲目》。在清代，药物学在此基础上又有了新的发展，一些著名的药物学家青史留名，一些新的药物品种不断问世。
赵学敏是继明代李时珍后清代著名的医药学家，曾著《本草纲目拾遗》一书。《拾遗》中总共记载了921种药物，其中有716种是《本草纲目》中未曾收录的新药品。在药物分类方面，赵学敏增加了“花”和“藤”两部，将“金石”一分为二，并将“人”部删去，最终全书分为18部，相比于《本草纲目》的分类方法来说，这本书的分类方法更趋于合理。此外，这本书还对《本草纲目》中的一些错误做了修改更正。所以他的这本《本草纲目拾遗》既是对《本草纲目》的完善，同时也是对我国传统药物学的发展。
赵学敏之后，吴其溶写就了一部药用植物学专著，即《植物名实图考》。该书一共分38卷写就，记载了12类、714种的植物。书中还对每种植物的形貌、颜色、性味、产地、功能做了详细的文字介绍，特别是对植物的药用价值做了重点而详尽地说明，有的还配以惟妙惟肖地插图辅读。
清时，除了赵学敏和吴其濬外，其他的一些医家还编著了一些简单实用的本草书籍，如汪昂（字衔庵）根据《本草纲目》等著作辑成《本草备耍》一书，记载了460余种药物，并附插图400余幅，简单明了地对每味药品的药效和副作用做了介绍，使人在阅读时一目了然。
后来，吴仪洛又在汪昂的《本草备耍》的基础上进行了扩充，新增药物260余种，命名为《本草从新》。
汪昂的《医方集解》、吴仪洛的《成方切用》是当时清代在方剂学方面的新作品。这两本书中收录了许多疗效显著的良方，在对这些良方进行解读时，二人也尽量直译阐发，而且见解独到，极具临床实用性。
汪昂的《汤头歌诀》和陈念祖的《时方歌括》对初学方剂的人来说，是十分有帮助的入门书籍。因为它们文言浅白，又朗朗上口便于诵读，极容易被人理解和掌握。
自民间的药方，大多具有药价便宜、奏效快、得来容易的共同特点，但是这方面的书面整理工作一直没有得到相关人士的重视。在清朝，赵学敏的《串雅》（内外编）弥补了在民间医疗经验整理方面的不足。这本书是“走方医”赵柏云药方的整理版，非常适合普通百姓、平常人家的应用。
温病是传染性和非传染性等多种热性病的总称。温病学派就是致力于这些温病研究的一个流派。在积累了众多有关温病经验的基础上，形成了比较系统的温病辨证论治的理论，温病学派便在清代医学领域中脱颖而出了。其中影响较大的有叶桂、吴珊、王士雄。
叶桂，江苏吴县人，祖父和父亲都是医家出身。受父辈的影响，叶桂对医学一直十分感兴趣，他潜心学医，吸收了老师的很多理论知识和行医经验。他在行医时，开出的处方客观合理，在治病过程中常现奇效，时人评价他为“于疑难证，或就其平日嗜好而得救法；戚他医之方，略与变通服法；戒竟不与药，而使居处饮食消息之；或十无病时预知其病；戚预断数年厄皆验。当时名满天下”。叶天士的主要成就，是发表《温热论》。这本书总结了前人的经验教训，为温病学说的发展提供了进一步的理论和辨证基础。
吴珊，字鞠通，江苏淮阴人，是继叶桂后的又一个温病学家。他师从叶桂，通读历代名医的著述，剔除其中驳杂的地方，选取其中的精华，并附加自己的独到见解和经验领会，最终合成《温病条辨》一书。这本书开篇即引经文探究湿病的源头，然后将温病分为风温、温热等九种类型来论述，并指出了相应的治疗方案。书后附录杂说、救逆、病后阐治，及产后、小儿等内容，内容严谨，层次分明。曾有人评论此书时说，“其为方也约向精，具为论也闳以肆”。
清朝末年，王士雄继叶桂、吴珊之后写就《温热经》，以《内经》《伤寒论》中有关温病的记述为经，以叶桂等5位名医的著作为纬，附加其他名家的注文和自己的见解，是这本书成为当时温病学家零散专著的汇总书目。这本书采录内容详略得当，内容精辟，同时方便学习，在当时的影响很大。
