孙传芳占杭州后，与自封的省长夏超会面，尔后，又率兵攻沪。卢永祥本拟集兵相守待援，然其部下军心已散，卢即与何丰林、臧致平三人通电下野，随即乘船去了奉天。孙即收编了卢之人马，并对己部又加以整编。以陈仪为原浙江第一师师长，卢香亭为第二师师长，周凤岐为第三师师长，谢鸿勋为第四师师长，孟昭为第八师师长，李宝璋为第九师师长，郑俊彦为第十师师长。张俊峰为淮关监督。兵力达5万余人。时北京政府委任孙传芳为闽浙巡阅使兼浙江督办。孙治兵有方，严饬纪律，经过半年训练，其战斗力显着提高，遂成东南最大军阀。
这时，狂妄的奉系军阀不把孙传芳放在眼内。一次，奉系的杨宇霆在谈到孙传芳时，趾高气扬地对记者道：“孙传芳长得头大脚小，地盘站不稳。”
杨此语一时登在上海各报。孙闻之，只微微一笑。不久，张作霖做寿，孙传芳备了厚礼，派总参议王金钰前往祝寿，张在接见王时道：“回去告诉孙巡使把锋芒收敛一些，不要过分出风头。”
王将张原语告孙，孙大愤。适有孙之姐面孙，谓张宗昌把山东百姓害得甚苦。种种原因，促孙决计对奉作战。遂派特使分赴苏、皖、赣三省，秘密进行联络。
孙传芳向以用兵神速机敏见称。其决定对奉军作战后，从1925年10月19日调兵，仅5天人马即赴前线。孙传芳为起兵有因，在人马准备就绪之际，派参谋冯越千(冯国璋之侄)持书抵蚌埠谒姜登选，谓“杨宇霆指示邢士廉暗结浙省长夏超协以谋我，公有所闻否，其将何以处之”云云。姜遂以此事诘邢，邢力白其无，姜继复询杨，所答亦同。遂复孙书，谓无此事，请孙勿过于虑。过数日，孙复遣冯越千面姜，道：“杨、邢所告非实，我已获有确证，非我凌人，人已凌我，万难再行隐忍。”于是，孙乃借词上海不得驻军，遂大举入苏。
10月16日，孙传芳、夏超、周荫人联名发表讨奉通电。
孙等发电后，江苏军人第一师师长白宝山、第三师师长马玉仁、第四师师长陈调元、第十师师长郑俊彦，江宁镇守使朱熙、通海镇守使六旅旅长张仁奎、第二旅旅长杨赓和、第二旅旅长李启佑，立即通电响应。
时奉军皖督姜登选具名致电孙传芳，倡导和平。杨宇霆亦电各方，谓己揭橥和平，尊重和平。希各方予以调停，免使战火回燃。
然孙传芳决计起兵，其部队出征之际，孙莅场训话，谓此次举兵出征系“吊民伐罪”，由于孙于战前日夜操练人马，准备充分，发兵之际，孙令李宝章袭击邢士廉，令卢香亭袭占丹阳，截断奉军沪宁补给钱，令谢鸿勋率第四师经宜兴进窥南京。孙的人马行动后，邢略事抵抗，就逃入租界，李挥部进占了上海，卢香亭率人马沿沪宁路紧追奉军。谢鸿勋越过溧阳，急攻南京侧背。陈调元、白宝山等起而附和。由于奉军皆沉溺于胜利欢乐之中，毫无准备，故双方一接触，全军人马即以秋风扫落叶之势，杀得奉军措手不及。杨宇霆仓皇失措，计无所出，其尽搜中国银行所有现洋，于10月16日晚只身溜出南京，从下关渡江到浦口，登车北行。待陈调元知杨逃走后，乃电令沿路驻军截击，然杨之专车早已过去。
杨宇霆路过徐州时，与姜登选晤谈，移时复去，姜见杨慌张之状叹道：“我与麟阁结交有年，今始知其无能矣，据险结阵，犹堪决一雌雄，不幸而败，再退不迟，何致惊惶若此，竟弃师而逃。”
时皖计有4旅，为倪朝荣、王普、章凌章、马祥斌。4旅中唯马响应浙孙。姜通电主张和平解决孙、奉之争，然虽词陈痛切，卒归无效，乃决意以皖政还皖人，当即将安徽督办军务事宜印信面交马祥斌，尔后乘张宗昌派来之铁甲车，迅抵徐州。时张之鲁军皆集于此，张谓姜道：“军事非吾所长，愿举山东各军听公指挥。”姜婉词谢之，退而告其僚属道：“此等队伍平日漫无纪律，岂吾辈所能指挥。此处非久留之地，诂朝宜速去。”遂率所部北至德州暂住。
孙传芳占南京后，一面令谢鸿勋沿津浦路急追奉军，一面派陈调元为苏军总司令。
当杨、姜败逃回奉天后，张作霖大怒，急召张宗昌、褚玉璞、施从滨开紧急会议，同时发电段祺瑞，称：
霖为国家大局计，力戒所部节节退让，悉本钧座和平为国主旨。
奉张又派郭瀛州携函赴包头访冯玉祥，其函内称：
……往年同讨曹吴，急图罢兵，余孽未清，为功不卒。今孙传芳已发难。吴佩孚将报仇，仍愿同心定难，唯力是视。
时冯极冷静，力戒部下不许乱议时局，当取中立之态。并复电奉张，内称：
唯盼和平救国，中原之事裨先努力，敝部在京，可归兄调遣。
在张作霖召开的紧急会上，决定派4个师和2个混成旅入关。守京奉、津浦两线。张宗昌自告奋勇，愿率白俄军收复南京，鲁军宿将施从滨亦愿率所部收复安徽。张作霖大喜，遂派施为安徽善后督办，张宗昌为直鲁苏皖防御总司令。
张宗昌于北京领了大批饷银，还有大宗白兰地洋酒，大炮台牌香烟，一批活牛羊，专供其白俄军所享。张于10月21日赴徐州就任直鲁苏皖防御总司令，其以施从滨为前敌指挥，施率人马开抵蚌埠，布防尚未就绪，孙部谢鸿勋和卢香亭师两路大军便连夜向施部发起冲锋，施之人马皆老弱残兵，缺少训练，一冲即垮，蚌埠遂为谢所占领。
时张宗昌率其白俄军沿津浦路急进，白俄军烧杀奸淫，无恶不作，而张却纵容之。
孙军之李俊义旅马葆珩团因一路胜利，轻敌前行，与白俄军相遇，其尖兵50余人皆为白俄所杀，而白俄军极为残忍，对孙军士兵挖眼割鼻耳，取心肝以取乐。卢香亭大队人马到后，与白俄军激战，白俄军赤膊相迎、极为勇悍，马葆珩团官兵伤亡惨重，后马团全团用机关枪集中扫射，打死白军800多名，白俄军才弃枪而逃。
时施从滨在蚌埠北坐铁甲车督战，谢鸿勋师之上官云相团绕到固镇桥北，把铁轨拆掉，当马葆珩团杀败白俄军后，乘胜追击，施见腹背受击，又闻白俄军大败，感到孤军被围，形势紧急，下令铁甲车向北驶，行到固镇桥时，施见长达一里的铁桥面上，挤满北窜人马。生死关头，施急令铁甲车开足马力，从人马中冲过，顿时桥上千余人化为肉酱，血肉横飞，惊呼惨叫之声无法形容。施过桥后，因铁轨已被拆掉，铁甲车倾倒路旁，施和随从人员全部被俘。时施已是须发皆白的70高龄老人。当谢鸿勋派人将其送到蚌埠总司令部时，施见孙后行了军礼，孙在烟床上动也没动，笑道：“施老，你好，你不是来当安徽督办吗？你马上去上任吧！”遂命人将施拖出去杀了。
张宗昌在徐州闻施被俘，顿足长叹，急赴前线督战，并檄调孙宗先、方永昌两军，加入南路。
之后，奉鲁军人马与孙之联军再战于夹沟之符离集。然奉鲁军军心已散。尽管张宗昌每晚均赴前线巡视督战，然亦不能扭转形势。因力穷势蹙，遂于11月7日早率司令部文武馆员及第三军军长程国瑞、铜山县知事贾月璧，退出徐州，自返济南。夹沟方面之奉鲁军闻败讯四散。鲁军东路许琨、姚霁两部退日照，方振武率部退沂州。邢士廉师绕道北旋，途中为陈调元截击，损失严重，后邢与姚宝巷、倪占魁由海道乘船逃青岛，丁喜春师幸喜全归。奉鲁溃兵沿途抢劫，使百姓苦不堪言。
孙传芳占徐州后，无力北侵，奉鲁军亦不敢南下，双方战事结束。
孙传芳大败奉鲁军后，便自任五省联军总司令兼江苏总司令，委任周荫人为福建总司令，卢香亭为浙江总司令，陈调元为安徽总司令，邓如琢为江西总司令。将5省军队整编为15个师，8个混成旅，一个独立炮兵旅。其第一师师长陈仪兼任徐州警备司令，第二师师长由浙总卢香亭兼任，第三师师长周凤岐兼任南京卫戍司令，第四师师长谢鸿勋兼任上海警备司令，第五师师长马玉仁兼任淮扬镇守使，第六师师长由陈调元兼任，第七师师长白宝山兼任海州镇守使，第八师师长孟昭月，第九师师长李宝璋，第十师师长郑俊彦，第十一师师长刘士林，第十二师师长由周荫人兼任，第十三师师长李俊义，第十四师师长冯绍敏，第十五师师长由赣总邓如琢兼任，总兵力达20万人。这还不算各省保安队、盐务缉私部队，一时间，孙成为首屈一指的大军阀。
到了1928年，国民革命军二次北伐，北洋军大败。孙传芳无可奈何地下了台，在天津作了寓公。
孙传芳由于受到惨败的极度创伤，而看破了“红尘”，要出家做和尚。
当时，他对曾任其侍从副官的黄政说过这样一段话：“我幼年时，害寒热病，一人睡在炕上，在身体烧得昏昏沉沉的时候，蓦见一白衣人站在我面前，我惊讶地问他是什么人？答曰：观音菩萨！我想菩萨是神仙，我说：菩萨是神仙，你能腾空吗？菩萨立即盘坐腾空。我说：你下来再腾空一次，我才信你是菩萨。果然菩萨落地又腾空，忽地不见了。我经过这次惊吓，疾病也好了。这是我自幼敬佛的原因。”孙传芳为了领悟到佛教真谛，上北京拜某寺院长老为师，而请禅法。他回天津办了一所佛堂，每天身披袈裟，在佛堂里讲经说法，当时颇有些听众来听他的。
孙传芳被刺前拍的照片
在固镇车站被孙传芳枪决的施从滨女儿施剑翘要替父报仇，据闻她事先去见她伯父施从云的盟弟冯玉祥，讲明要替父报仇，打死孙传芳。冯氏答应支持她的行动。一天，施剑翘乔装听众混进佛堂，孙传芳正在讲经。施剑翘坐在孙传芳背后，掏出手枪将孙传芳打死。施剑翘当场被警察逮捕，但时未过夜，施剑翘被冯玉祥要走，这件轰动一时的大案子，后来由于种种幕后活动就无形了结了。
孙传芳死后葬在北京西山(今北京植物园一带)。其墓园坐北朝南，门楼全用砖雕，古朴典雅精致，上刻着“泰安孙馨远先生之墓”九个隶字。门楼内侧，刻有一副挽联，右联是“往事等浮云，再休谭岱麓枌榆，遑问江东故垒”。左联是“敛神皈净土，且收起武子家法，来听释氏梵音”。横幅是“寿安永奠”。
墓门的正前方便是孙传芳之墓。孙墓在双层石台之上，墓体是覆钵式石塔。前有石供桌，石阶中央镶着一块双龙戏珠龙陛，周围雕栏呈“凸”字形拱卫，石栏外台阶右侧是赑屃（传说中的一种动物，像龟)托雕龙墓志碑。塔身上镶着一块半椭圆形雪白的石刻，上面用小楷刻着“恪威上将军孙公讳传芳字馨远暨元配张夫人之墓”。
孙墓东部为墓区，西部为祠堂。祠堂为二进院落，占地1204平方米。孙传芳虽是历史罪人，但其墓无论在建筑艺术还是在历史文化上都有价值。现今当地政府已对该墓进行了整修。（刘秉荣）
孙传芳龙潭大败
投靠张作霖
1926年，五省联军与北伐军接触之后，节节败退，又因内变影响，连续失去了闽、赣两省。浙江省长夏超叛变虽平，而形势仍岌岌可危，仅剩沪、宁一隅，亦处于四面包围之中。11月18日，孙传芳为形势所逼，不得已商之亲信将领卢香亭、孟昭月、宋梅村等，拟暂时投靠奉张，徐图再举。卢、孟等多不同意，并说：“此种行动，一定得不到国人的谅解，甚至于骂我们是认贼作父。并且几年来与奉军几次交战，已成了你死我活的仇人，今势穷去投，恐遭不测。到那时身败名裂，追悔何及。请联帅三思而行。如果联帅意决我们也不敢深谏，但是我们决不投奉。”孙即答：“人各有志，决不相强。至于我个人的安危，更无关系，何况我已经与张汉卿(张学良)、张效坤(张宗昌)联系，虽尚未见复，大约还不成问题，这一点请你们放心。”孙传芳于当天夜间，密令津浦铁路司令孙铭吾，假充其母有病赴津就医，备妥专车直开天津，晋见张作霖。张待以上宾之礼，接受了孙传芳的请求，慨允饷械接济，让五省联军全部撤回江北待命，令褚玉璞部进驻南京，抵制革命军北伐。褚部略与北伐军接触，即行溃败，残部退回江北。北伐军乘胜尾随渡江，占领了扬州、浦口、全椒、巢县等处，停军不进，出现了暂时性的对峙状态。
江北大战前后
1926年12月1日，张作霖在天津就任安国军总司令后，即以总司令身份，饬令各军向北伐军反扑，肃清江北，意在造成偏安局面。其战斗的部署如下：以张学良、杨宇霆所率之全部奉军，沿京汉铁路南进，扫清鄂北之敌，直捣武汉；以张宗昌、褚玉璞所率之直鲁联军，沿津浦路南进，扫清皖北之敌；以孙传芳所率联军沿运河两岸南进，扫清苏北之敌。部署已定，即下令开始全线进攻。而孙传芳军大部集结于运河东岸之高邮、泰兴一带，本拟渡过运河，占领扬州。当时运河西岸之北伐军早已布置重兵，顽强抵抗。孙军前敌总指挥郑俊彦急令各师挑选能凫水的官兵一面征集渡河器材，实行强渡，一面利用夜袭向革命军攻击。结果孙军损失惨重，不得已乃向后撤退。北伐军利用运河天堑，与孙军形成对峙之势。孙偕同秘书长万鸿图(字仞千，河南卢氏县人)、参议田宝銮(字韵清，河北深县人)到六闸前敌指挥部视察。孙大斥郑俊彦之无能。田宝銮当即建议挑选精锐部队，乘船经邵伯湖西岸登陆后，分两路前进，一是侧击运河对岸之敌，掩护联军渡河，一是直捣扬州，使敌人根本动摇，可能一举成功。可惜此地无船，远方调拨又恐缓不济急。万鸿图鼓掌称善。孙传芳说这也是没有办法的办法，当即打电话令后方兵站粮船马上卸载，开来备用，并派第八师王友和旅整装待命，以田宝銮为临时指挥官，即时出发。不到三个小时，已抵庙头镇，登陆时天色已晚，除派兵临时戒严遇有可疑行人予以检查外，据探悉扬州道上与运河西岸敌人左后方并无戒备，田宝銮随即挑选精锐两营，令杨团长率领侧击运河西岸之敌，掩护联军过河。其余部队即向扬州搜索前进，并设右侧递步哨，同杨团长保持联系。部署已毕，即开始行动。于子夜前，杨团长已完成任务，并报告段承泽、马葆珩、李松山各师旅和大部队已陆续过河。任务既已完成，乃令杨团归复建制，当夜在一个镇上饱餐一顿，拂晓前即进攻扬州。北伐军杜起云部仓猝应战，一触即溃，一部立时投降，军长曹万顺几被生擒，同张国威等分头逃走，军需物资、机密文件，抛弃遍地。孙军次第把江北肃清，收复了仪征、六合、泰兴各县，与占领浦口的直鲁联军取得联系。此次战役按区域来讲，可以说是个江北大战。后在扬州召开的军事会议上，孙对田宝銮特别嘉奖。
胶东事变
1927年5月初，北伐军大举渡江北进，京汉、津浦两铁路之安国军节节失利，张作霖电令全军退保直鲁，孙军全部退集于鲁东胶济铁路线上休养整顿，所遗防务交给张宗昌部负责。5月中旬，孙军第八师崔锦溎部在六合一带，以掩护全军后撤，与由浦镇过江的北伐军贺耀组部接触，两军激战甚烈。孙军于达成任务后，经仪征、扬州、清江、宿迁，向海州转进，进抵宿迁境之落马湖一带地区待命。
