投机观望屡战屡败
1926年8月，北伐军进到湖南，湖北危急。吴佩孚约孙共同抵御北伐军。孙于此时声言保境安民，不肯应援。蒋介石亦派人到孙处洽商合作条件。孙企图于吴佩孚失败后，由他来打退蒋介石，恢复武汉，以扩大自己的势力范围。当他看到北伐军在汀泗桥大胜，刘玉春被围武昌，才知道北伐军势不可侮。北伐军9月上旬占领武汉，又将兵力转到江西。当孙慌忙调兵遣将应援江西时，在铜鼓、修水一役，谢鸿勋伤亡，卢香亭败退，邓如琢逃跑……孙知大势不好。接着便是福建周荫人溃败退出福建，陈调元投降了蒋介石，北伐军一部进入浙江，陈仪、周凤歧、夏超等部在浙江都倒了戈，孙传芳才慌忙请援于张作霖。12月张自称安国军总司令，孙传芳为副司令。张作霖派直鲁联军张宗昌、褚玉璞等部到江苏，张宗昌部毕庶澄的直鲁联军第八军部队到了上海。1927年初孙将津浦正面交给张宗昌，五省联军撤退到长江以北沿江布防，孙的总部设在清江浦。3月21日上海工人第三次武装起义成功，将毕庶澄部队大部分缴械，后来毕逃山东被张宗昌以丧师辱众罪名枪决。3月下旬北伐军占领南京。5月中旬张宗昌在津浦正面失利败退到徐州，孙军亦随之败退，6月退入山东境内。由于闽军周荫人脱离了军队，该部由陈以燊率领，在高密胶州投降了冯玉祥，悬挂上青天白日旗。日本帝国主义军队遂借护侨为名出兵济南。
北伐军由于宁汉分裂，没有继续北上。孙传芳部经过两个月的整顿又乘机反攻，在徐州击溃了王天培部，王逃南京被蒋介石枪决，孙军乘胜直抵长江北岸。当时传说，张作霖电告孙传芳可在长江以北伺机观变，蒋介石内部必起变化，孙部将领亦多不同意立即反攻南京。但孙传芳刚愎自用，遂即布置部队向南京反攻：东路由刘士林指挥，于8月21日由南京以东的大河口强渡长江；中路李宝章指挥的部队一部强渡长江占据了幕府山，以后援不及又复退回；后路王乐善部未能渡江。孙在反攻之前以吊民伐罪的口吻张贴布告，说到过去即不主张内战，有“敌至赣边犹持缓进，兵临城下尚尔言和”之语。
孙军开始反攻，南京蒋军非常恐慌，许多高级职员眷属均逃散，国民政府正在翻修的马路都停了工。嗣后以李宗仁、白崇禧、何应钦等坚决抵抗，孙的前敌总指挥刘士林指挥失当，渡江船舶陈旧，长江海军兵舰参加北伐军方面向孙军不断开炮，孙部阵亡官兵弃尸稻田中，腐烂腥臭，令人窒息，士兵见状大为沮丧。在龙潭车站附近尸横遍野，田水为赤，被机关枪扫射掉的柳树条满堤皆是。这次孙军实际渡江的部队有刘士林、上官云相、崔锦溎、段承泽、马宝珩、陆殿臣等师。最初王乐善指挥的司可庄旅在江浦乘黑夜渡江时，适遇陈调元乘小轮船从南京开会回芜湖经过那里，发现渡江船只遂令护卫士兵开枪射击，司旅的一连人沉江，其余部队也受到相当的损失，遂又退回北岸。
在东线方面，最后陆殿臣之第十三师于黑夜到达大河口时，孙传芳的参谋长孟星奎在村内临街一间小房子里见到第二十五旅旅长韩凤池时说：“联帅命令你们赶快过江，如果误了时机，就要宰你们呐！”当韩问到他江南战况如何时，他很不耐烦地说：“你们过江就知道了。”陆师趁夜上了木船向着南岸划去。十三师渡过江以后天色将明时，一个小勤务兵提着一盒饭菜很懊丧地说：他一天一夜都没有找到他的师长上官云相。实际这时全线都已陷于混乱，官兵皆各不相顾了。本来闽军的战斗力还不坏，只以孙传芳歧视这一部分，把两师两旅分割建制使用，以致士气不振，陆殿臣部还没有全部展开即被缴械。当敌人向前逼近时，许多部队都在沿江的大堤上聚集，营以上的指挥官都跑掉了，光是兵和小官，有的人就大嚷大叫：“难道说我们北洋军队就这样的吗？我们这么多的人向南京冲吧！”……有一个满面胡须的下级军官当被敌人围拢时，手持炸弹冲进敌群里，和十几个敌方官兵同归于尽。这时部队已完全失掉了掌握乱成一团，只有缴械一途了。这一次战役之惨烈为空前所未有，浮尸沿江而下不知道有多少。
孙传芳兵败退到蚌埠，实力损失大半。孙以遭到惨败需要整顿，把他嫡系部队调到黄河以北，一部分退到山东境内，孙把主力放在济宁一带。此后，孙在济南和张宗昌混在了一起。
再度挣扎复遭溃败
1928年初，冯玉祥和蒋介石的部队已在陇海线上会合。孙军得到一些补充之后又联合张宗昌部和河南民军袁家骥部反攻徐州。孙部从鲁西向陇海线上冯玉祥部．进攻。开始进展很顺利，从金乡、鱼台进占丰县，迫近徐州。闽军第十三师陆殿臣部先开到青岛的四方车站，拟乘兵舰从海州登陆抄袭敌人，后又改变计划仍开到津浦线上。十二师苏桂荣部原驻济宁，于3月初奉第三军军长李宝章命令，开到鲁西南金乡之线向陇海线上敌军警戒，嗣后又调到巨野布防仍对菏泽方面的冯军警戒。李宝章的军部亦进到嘉祥，并将唐庆珊、徐松林两个混成旅交归苏桂荣指挥。十二师在中路，唐旅在左翼独山集之线，徐旅在右翼。进入战斗后，即与来攻之冯军展开激战，持续两天双方都没有什么进展。第三天晨一时许，李宝章的参谋长齐胤携带孙传芳给李宝章的电令，命李所指挥的部队星夜撤离战场开往鱼台集中，并说孙另有计划。苏桂荣即在电话中命令前线部队乘黑夜撤退，在拂晓以前摆脱敌人。当苏师于中午撤到嘉祥城西时，李宝章派人在路上又拦住队伍不令后退。苏到军部见李宝章时，李只急得乱跺脚，连说：“都怨联帅……都怨联帅……”据说孙又来电改变昨天的命令，仍着固守原防。这时城西南方向忽然枪声大作，冯军骑兵已迫近嘉祥城，部队已失掉掌握，陷于完全被动的形势。李宝章即退往济宁，徐松林旅到济宁即与冯军展开城郊战。孙传芳亦从鱼台方面退到济宁附近。孙、冯两军在济宁以南展开激战相持数日，双方死亡均重，仅能打成平手。后以张宗昌的直鲁联军在津浦线上败退，孙军亦被牵动。孙于仓皇败退时，其五省联军的印也被冯军缴获，河南民军总指挥袁家骥被击毙。冯军吕秀文部于4月中旬进占郓城，孙良诚部18日进占鱼台，21日孙军撤出济宁。原来孙传芳电令李宝章所指挥的部队撤退时，是与冯玉祥已商洽好合作关系，议定孙军从津浦线向南打蒋介石，冯军向北打张宗昌、张作霖。至于因为什么中途忽又变卦则不清楚。可是这样动摇不定，实为加速失败的关键。
北伐军于4月30日进入济南。在此之前日本帝国主义即增兵青岛和济南，遂于5月3日演成了济南惨案。孙军撤退黄河以北，在河间、任邱之线驻了将近10天，没有经过大的战斗。左翼陆殿臣第十三师四十九团于一个拂晓向陈调元部谈师阵地反攻，一举攻占了东光县以北的灯明寺。由于左右邻部队没有配合反攻，虽然打退了敌人，因前进过于突出，以致将该团代理团长俘去。陈部谈师长以失守阵地被撤了职。陈调元、范熙续、阮肇昌等接见该团长时颇加优礼。陈部左右公开谈到北洋系统军队应设法图存。由陈调元写信给郑俊彦(五省联军副司令)，请其约定时间地点商谈合作问题。
张作霖于退往东北时在皇姑屯被炸身死，北方军阀已纷纷解体。孙传芳虽然在大城、杨村召集了两次独立旅旅长以上的军官会议，意欲随同奉军退到长城沿线。各师旅长以下军官和士兵多不愿意依附奉军，对于孙的意见虽不公开反对，已经是各打自己的主意了。后孙部由马宝珩、李宝章等与阎锡山代表南桂馨接洽后，先将部队集中宝坻，晋军曾派商震到宝坻接洽改编事项，随后又开往南口以北各县驻扎。孙传芳出关以后虽几次派人携带大批委任状和款项到部队里活动，但已无济于事。煊赫一时的浙、闽、苏、皖、赣五省联军便从此完结。
闽赣两省败退之前后种种
福建、江西两省是北伐军首当其冲的目标，闽赣关系到五省联军的成败，尤其孙军在江西的成败更为关键。
闽军总司令周荫人与孙传芳同时入闽，他是唯一敢与孙争执的，孙对之亦畏惧三分。孙阴险残忍，好用权诈，周则骄傲贪婪，偏激易怒。他们虽然在学校时是结拜兄弟，但在个人利害冲突时则互相诋毁。福建的失败最初是福建陆军第三师中两个旅长——曹万顺、杜起云在前线倒戈；紧接着便是周荫人的嫡系部队、福建省防司令、福宁镇守使兼陆军第十二师二十三旅旅长李生春在福州的倒戈。这两起事件，对于周荫人固然是一个沉重的打击，更导致了五省联军的崩溃。
福建陆军第三师师长李凤翔是一个庸碌无能之辈，原与周荫人有过一段渊源。该师原来的师长王献臣因为内部利害冲突将旅长刘汉祥枪杀，王本人亦不见容于该部，李凤翔便由该师旅长被调任命为师长，以曹万顺、杜起云为旅长。这个师共有步兵两旅、骑兵一团(亦为步兵编制)、两个独立营和一些直属部队。曹万顺是前福建督军李厚基的干女婿(李之婢女与曹结婚)，有人以“丫姑爷”称之，与周荫人向无关系，一向对周荫人部以正统自居心怀不满，在北伐军出动以前即与何应钦部秘密信使往还，李凤翔竟毫无觉察。起初曹等还在徘徊观望，但周荫人在龙岩召集师长独立旅长会议时对李凤翔说：“听说你的两个旅长不大听话……不服从命令就枪毙他们……。”这席话很快便传到曹、杜耳朵里，促成他们决心反周。当周正在永安城指挥作战之际，曹、杜已在上杭举事，所有周荫人方面的军事布置作战计划全被何应钦知道了。周的嫡系部队第二十四旅刘俊所部已进到松口之线，曹、杜倒戈，后方便被敌人截断，遂至全线溃败。刘俊的鸦片烟瘾很大，体力极坏，轿马遗失以后走路都很艰难，勉强逃到永安县所属的桔溪，黑夜为乱兵枪杀(一说自戕)。二十四旅残部退到上杭的也被曹、杜两旅缴械。曹万顺被何应钦任为第十七军军长，两个旅扩编为师。
周荫人总部在永定起初只有一个手枪营，另一个辎重营在沿途担任运输补给任务，新兵团多为徒手运输队毫无战斗力。后急调孙云峰团一个营到永定，营长曹振边指挥无能，动作迟缓，到永定后还要请周荫人给部队训话打打气。就在这个紧急关头，永定城南一处制高点被何应钦部迅速占领，乘夜围攻永定城。周仅带少数人员缒城逃走至延平，其余所有指挥部人员悉数被俘。
周荫人、李生春之交恶早已有之。当陈光远任江西督军时，陈始终自兼十二师师长。陈是只知敛财、不学无术之徒。他常对高级军官们说：“我已经弄得够多了，所以还要干下去，就是为了让你们好弄些钱……”有人讥讽他的文化程度，把“邮寄”念成“垂奇”，但他却是一个旧官场中的老滑头。周荫人是陈当第四镇统制时的炮兵团长，后任陈的江西督军署参谋长。十二师二十三旅旅长张之杰调充赣南镇守使，二十三旅旅长出缺，李生春任四十五团团长驻防吉安，颇觊觎这个旅长职位，便给陈打电报要求到南昌去见他。陈知其意，去电阻止，嗣即发表周荫人为二十三旅旅长。李乃对周深怀忌妒。周升任十二师师长，李生春继周为旅长。周以李生春作战勇敢，对李颇重视，常到李的旅部去闲聊，有时还陪着李抽大烟以拉拢感情。在入闽之际，李任前锋，周将十二师三分之二的部队都拨给李指挥，李遂对周前嫌尽释。但由于在十二师入闽之前领到一批相当大数字的民夫款为周所独吞，李又重新对周不满。周荫人当了福建军务善后督办时，李生春满以为论功行赏该轮到自己当师长了。可是周仅给李一些空头衔，把住十二师师长不放，李就更加对周不满。以后周、李之间在提拔军官等问题上时常发生矛盾。及周在永安失败逃回延平时，李左右之人乘机为李出谋划策，主张与北伐军通款反周，李即派营长赵章甫找关系与何应钦接洽。赵通过海军陆战队司令林寿国之弟林寿昌和何应钦的代表接上了头。何应钦到马江时，李生春又派福宁镇守使署参谋马承三往见何表示输诚。李倒周以后被委为十七军副军长，李以位在曹万顺以下意颇怏怏。改编后团长王成芳升任十七军第三师师长，赵章甫为副师长，但实际只是原来二十三旅两个团的兵力。
由于李的倒戈，致使福建陆军第一师张毅所部亦为海军截击于乌龙江南岸，全部被缴械，张毅被俘后遭枪决。张部官兵多北方人，颇有战斗力，因周荫人的内部叛乱，为何应钦扫清了障碍，何轻易地占领了福建。
1926年9月初，北伐军占领武汉后即分兵进攻江西。五省联军赣军总司令邓如琢见来势甚猛，急电孙传芳请援。孙以卢香亭为援赣军总司令，以谢鸿勋之第四师、杨振东之第七混成旅用轮船输送到九江，继向铜鼓修水之线推进。谢鸿勋师部驻箬溪。嗣后卢香亭之第二师、郑俊彦之第十师、彭德铨之第六混成旅，上官云相、杨赓两个旅，马登瀛、梁洪志之两个独立团等部亦到达南浔铁路沿线之马回岭、德安、涂家埠、乐化、牛行各站。卢香亭的指挥部设于涂家埠。谢鸿勋部之第八旅赵国荫部和第七混成旅杨振东部进攻铜鼓、修水时，轻易将两城占领。实际北伐军仍在附近埋伏，城里还潜伏了便衣队，当夜便里应外合攻入城内。两旅疏于警戒，损失甚重，残部退至箬溪和师总预备队会合一处，与北伐军激战两昼夜，复遭溃败。谢鸿勋负重伤后在稻田畔躺了一夜才被救护下来，旅长庞广荫涉水时被淹死。当箬溪方面吃紧谢向卢告急时，卢淡然置之，说谢夸大敌情(实际卢对谢有私怨，因卢为日本士官派领袖，谢是行伍出身派领袖，李宝章为保定军官派领袖，各怀成见)，以致谢师、杨旅均损失惨重溃不成军。此后五省联军与北伐军在南浔线上展开拉锯战，尤以牛行、德安、乐化等处更为激烈。邓如琢与朱培德军亦在新喻之线激战十数日，屡有胜负。郑俊彦部参加作战后，南昌曾失而复得，两军相持达数月之久。
江西战事开始，孙传芳乘兵舰在九江指挥，起初还一心想收复武汉，至第一方面军邓如琢、第二方面军卢香亭、第三方面军郑俊彦等部节节失败，才感到前景不妙。邓如琢见大势已去坚辞赣军总司令职，临行之际将部队交给师长岳思寅、唐福山等。以后岳、唐两师长和兵站总监张凤歧等均被朱培德部俘获，捆绑督署门前示众，受尽虐待侮辱以后被枪决。当邓在新喻作战时，左右以卢、郑等军援应不力，劝邓向蒋介石输诚。邓谓北洋团体不能自我破坏，宁可不干。郑俊彦虽然就任赣军总司令，为时不久亦退出江西。孙军一路由吴城、鄱阳过湖向南京方面撤退，这时军官们都说：联帅在南京弄什么“投壶”礼，现在我们真是“投湖”了。另一路由南昌经常山、衢州向浙江撤退。江西遂为蒋介石占领。
