谈起严复，就不能不说到北京大学。严复和这所名校可谓有着不解之缘。其因缘关系，可溯至北京大学的初创年代。京师大学堂成立于1898年戊戌变法期间，是光绪皇帝“废八股、兴西学”的重要举措之一。而在此一年前，严复出于对维新新政事业的热心，大力协助友人张元济在京师设立通艺学堂，不仅为学堂命名，还积极为学堂引荐师资，他的侄儿严若潜是该学堂的常驻教员，他自己也在学堂作“西学门径功用”的专题讲座。百日维新失败后，张元济被革职离京，通艺学堂被并入新成立的京师大学堂。1902年，应当时京师大学堂的管学大臣张百熙之邀，严复出任京师大学堂译书局总办。1912年，严复被正式任命为京师大学堂总监督，接管大学堂事务。5月，京师大学堂改名为北京大学，严复自然而然就成为北京大学历史上第一位校长。虽然严复真正掌管北大的时间很短，仅8个月之久，但在北大的百年史中，这几个月的意义却事关生死存亡甚为关键，严复为北大的生存和发展做出了不可磨灭的贡献。
严复刚接手京师大学堂时，正处在清政府统治危机的浪尖上：校舍先被义和团改为神坛，后为八国联军占领，学校关闭，师生流离，图书仪器荡然无存，存款仅有万金，处境艰难，大学堂名存实瘫。严复曾在家书中说：“大学堂每月至省须二万金，即不开学，亦须万五。刻存款用罄，度支部、学部一文不给，岂能为无米之炊？”无奈此时民国政府新立，国库一贫如洗，严复尽所能自筹，从华俄道胜银行，借得7万两款项。
可是这7万两仅仅是杯水车薪。当时的中国，正处于袁世凯独裁统治的水深火热之中。袁世凯加紧搜刮民脂民膏，缩减其他部委经费，全力支持其军队建设，扩大其亲信部队的力量，以此来巩固他并不牢靠的统治基础。因此，教育经费成了第一个牺牲品。1912年6月，财务部发布通令，宣布京外各衙门及学校职教员月薪在六十以下者，一律照旧支付，而在六十元上者，一律暂支六十元。这一通令引起了社会各界的强烈不满。北京大学已有数月领不到经费，办学情况岌岌可危。
除去缺少办学经费外，由于民国初期的政治派别斗争异常纷乱，接着便是有人在报纸上造谣攻击，再加各种运动差事，严复感到难以自全，极难对付。他一方面采取了归并科目，精简机构等措施来缩减开支，并通过再次借款，来保证日常的教学工作；另一方面，他上书议会，反对财务部为了解决财政危机而紧缩办学经费。他提议，“为今之际，除校长一人准月支六十元，以示服从命令外，其余职教各员，在事一日，应准照额全支。”
孰料，7月7日，教育部下达结束北京大学的命令，称“大学校自开办至清末，凡历十余载。中间更经丧乱，因陋敷陈”，“学生之班次虽增，陶植之成绩未著”，“政体既变，各方对大学咸有不满之意”。同时，教育部还颁行“北京大学结束办法”（九条），决定学生提前毕业，不授予学位，一律不招新生。
教育事关国运，不可不办。在英国留学的数年，严复已经认识到，欧洲坚船利炮背后，是一整套完善的社会制度，正是这样的一种社会契约，保护了资本主义自由竞争以及社会其他各项事业，使之有利于促进社会改革。而教育，正是为了服务于社会，为了传递有效信息，为了提高整个社会生产力，为了创造出一种生机勃勃的更为先进的社会文化。
于是，严复写下《论北京大学校不可停办说帖》直呈当局并向社会吁请支持北京大学办学。他认为：北京大学自创办以来，集中了当时的最好人才与最大物力，经过十年的艰苦经营，才获得了全国最高学府的地位。“一旦轻心调之，前此所糜百万帑金，悉同虚掷，十分可惜”，办大学既为造就人才，也为“保存一切高尚之学术，以崇国家之文化”。至于办学程度的问题，世界上文明国家各有著名大学十几所，乃至几十所，我国仅此一所尚不克保存，岂不令人痛心！而北大设立的各种学科，“是则为吾国保存新旧诸学者起见”，“既有造就之盛心，必不患无学者”。与此同时，严复还写了《分科大学改良办法说帖》呈给教育部，详细阐明创办新式北京大学的指导思想与改革措施，提出“兼收并蓄，广纳众流，以成其大”的办学思想，要使北京大学成为“一国学业之中心点”。
严复为寻求北大生存与发展所作努力，得到社会各界和广大师生的同情与支持。北大文、法、工、农四科的学生代表，联名提出说帖或请愿书，抗议停办北京大学，支持严复意见，有的甚至提出北大脱离教育部自行办学的意见。在北大师生的强烈反对下，7月10日，由蔡元培主持“全国临时教育会”撤销了拟将北京大学停办的原决议，并参照严复的意见，提出九条解决办法。为了解决财政的困窘局面，严复又一次为筹款奔波，终于从华北银行借得20万两银子，使北大再次渡过难关。由于严复的学问和声望在海内外有相当影响，同年7月29日，英国教育会议宣布承认北京大学及其附设的译学馆均为大学；伦敦大学也宣布承认北京大学的学历。北大在国际上的学术地位由此奠定。
在严复的主持和领导下，北大的办学和改革一时颇有起色。然而，因为派系斗争等种种原因，严复于1912年10月，被迫辞去北大校长之职，离开了北京。在同年11月，严复为预科学生所撰写的《大学预科＜同学录＞序》中，似乎可以看出严复当时的无奈心情：“天下之理，非年时之学所能尽；一国之事，非一哄之众可得专也，敬告吾党慎之而已。”
从北京大学卸任后的严复，渐渐淡出了中国的教育舞台，转向了政治舞台。1914年，他任袁世凯政府参政院参政、总统府外交顾问。似乎与中国近代其他思想家如康有为、林纾等一样，严复晚年的思想趋于保守，从资产阶级改良派变成保守派。而他遗言的第一条也强调了这一点：中国必不灭，旧法可损益，而必不可叛。但是他的爱国之情和忧患意识始终未变。1916年，严复写给好友熊纯如的信中提及了这种感情：此番英使朱尔典返国，仆往送之，与为半日晤谈，抚今感昔，不觉老泪如绠。朱见慰曰：“严君，中国四千余年蒂固根深之教化，不至归于无效，未必非所以玉成也，君其勿悲。”复闻其言，稍为破涕也。
