光绪帝继位以后，仍然是两宫垂帘体制。慈安见大臣，“呐呐如无语者，每有奏牍，必西宫诵而讲之，或竟月不决一事。……迩年以来，太后益谦让未遑，事无巨细，必待西宫裁决，或委枢府主持。”但是，慈安愈是谦让，却愈是能得人心。慈禧对两宫同时垂帘的状况总是感到不是滋味，尤其是慈安宽厚仁让，深得军机大臣的欢心，甚至连自己的亲生子同治帝在立后这样重大的事情上总是倾向于慈安，所有这些现象都使慈禧感到：慈安的存在就是对自己权力的威胁。慈禧的这种顾虑是由来已久的。光绪七年（1881年）四月八日，年仅四十五岁、比慈禧还小两岁的慈安太后突然暴毙宫中。清廷的垂帘听政由两宫并列一下子变成了慈禧一人独裁。对慈安太后的突然死亡，在当时与后来都有种种怀疑与猜测，成为二百多年清宫史上的又一疑案。归纳起来，主要有下列几种说法：
第一种说法是清朝官方的“正常病死说”。在朱寿朋的《光绪朝东华录》里载有慈安的遗诏，说她在“（1881年农历三月）初九日偶染微疴，初十日病势陡重，延至戌时，神思渐散，遂至弥留”。但是这种“因病致死”是那样的快速而又突然，连当时的当事者也大为怀疑。据《清稗类钞》载，在慈安初感身体不适时，御医为她诊脉，认为“微疾不须服药”，没想到当晚就听说“东后上宾，已传吉祥板（棺木）”，大为诧异，还以外间谬传。后来噩耗证实，御医大戚曰：“天地间竟有此事，吾尚可在此？”还是不信慈安是因病致死。另一位见证人是左宗棠，当时任军机大臣，突然听说慈安得病身亡，顿足大声说：“昨早对时，上边（指慈安）清朗周密，何尝似有病者？即去暴疾，亦何至若是之速耶？”
第二种说法是因慈禧与慈安交恶，慈安被迫自杀说。据《清稗类钞》另一种记载，慈安与慈禧共同垂帘听政，慈禧权欲极重，慈安却倦怠少闻处事，并不与之争权，因此倒也相安无事。但到了1881年初，慈禧患血崩剧疾，不能视事，慈安有一段时间独视朝政，致使慈禧大为不悦，“诬以贿卖嘱托，干预朝政，语颇激”，以致慈安气愤异常，又木讷不能与之辩，恼恨之下，“吞鼻烟壶自尽。”
第三种说法是慈禧进药毒死说，此一说史料最多，如下：
《慈禧外纪》载：当年咸丰临终时，曾秘密留下了一个遗诏给慈安，要她监督慈禧，若慈禧“安分守己则已，否则汝可出此诏，命廷臣传遗命除之。”但老实的慈安将此事告诉了慈禧。阴险毒辣的慈禧听了，表面对慈安感泣不已，实际上已起杀机，遂借向慈安进献饵之机，暗下毒药，加以谋杀。
恽毓鼎的《崇陵传信录》中也说：垂帘听政的两太后一天闲谈起咸丰末年旧事，慈安对慈禧说：“我有一件事，一直想跟你说。请你看一件东西。”慈安从小箱子里取出一张咸丰留下的遗诏给慈禧看。内容是他对慈禧其人很不放心，如慈安果然发觉慈禧有什么不安分守法的事，可以在众大臣面前宣读此诏，除掉慈禧。慈安笑道：“我们两姐妹相处久了，处得很好，何必留下它呢？”当场把遗诏烧了。慈禧脸都红了，谢过慈安，怏怏而去。光绪七年三月十一日，慈安在庭院中看金鱼休闲，慈禧那边来了一位太监，送来一盒点心说：“这种点心，西佛爷觉得好吃，不肯独用，送一点给东佛爷尝尝。”慈安高高兴兴地当场尝了一块。于是，当天慈安忽然得病，很快就死了。
《闻尘偶记》却认为慈禧是因与人私通怀孕，事为慈安察觉，准备废掉慈禧太后称号，慈禧闻之，先下手为强，设计毒死了慈安。
《云海楼随笔》中说，光绪当皇帝后，虽说是东西两太后同训朝政，实际上慈安不大管事，在宫中吃斋念经，一切都是慈禧说了算。于是，慈禧得以为所欲为。当时有名伶杨月楼，被召进宫演戏。慈禧看上了他，经常召他进宫，甚至留他在宫中过夜。一天，慈安有事找慈禧，慈禧不在，只见杨月楼睡在慈禧床上。慈安大惊而退。慈禧知道后，大惧。马上让杨月楼吃下一碗杏酪后出宫。杨回家后就死了。慈安并不打算追究此事，但慈禧一直忐忑不安。一次，朝廷讨论表彰某大臣家人节烈的时候，慈安借这个机会好言好语地规劝慈禧。慈禧不安，心里更不是滋味。过了几天，慈禧让宫婢给慈安送去点心，慈安吃过后便暴殂，连太医都来不及叫。作者说，这是当年在宫里一位宫监告诉他的。王无生《述庵秘录》所记与此说相同，但有小异。书中记载同慈禧来往的名伶姓金。慈安发现他们二人睡在一起，痛责之，于是引起慈禧的杀机。此外还说，当时慈禧正产后血崩得重病，靠四枝吉林人参救活。
宫廷内幕，千古之谜。上述几种说法都出自传闻与野史笔记，究竟真相如何，虽有待进一步的考证，但这也正反映了民间甚至宫廷内对慈安暴死与慈禧有关的整体取向。
光绪七年（1881年）四月八日，慈安逝于宫中，丧仪极为简单，葬于普祥峪，称定东陵。二十七日后一律除孝，慈禧竟不穿孝服。国母之丧如此简陋，亘古未有。《清史稿》中有一句：“六年，西太后不豫，上命诸督抚荐医治疾。八年，疾愈。孝贞皇后既崩，西太后独当国。”古人做史往往笔削春秋，微言大义，“西太后独当国”这几个字或许暗含有不可言说的意味。
