古今中外，晚辈对于自己最依恋的年长之人的感情很大一部分体现在对其健康状况的极大关注上，玄烨也是如此。随着孝庄年事不断增高，他无时无刻不在牵挂祖母的身体。祖母稍有不适，他会不由自主地陷入担忧与恐惧；祖母一旦安康，他便如释重负，心喜若狂。为使祖母康健，去除病灾，玄烨还采取了一些具体措施，比如他曾分别于畅春园和南苑，建造思佑寺和永墓寺，以给祖母祈求福佑；康熙二十一年（1682年）二月，他亲自居景山斋戒祭星，为祖母祈福，并派遣近御侍卫关保，偕同太监牛之奇、乾清官首领太监顾文兴，“祭星三年”。然而，人的生老病死乃客观规律，玄烨的愿望与所做的一切，并不能扭转孝庄身体日渐衰弱的趋势。
康熙二十三年（1684年），孝庄七十二岁后，身体开始明显走下坡路，本已有的脑血管硬化、高血压等病症，进一步严重起来。从保留至今的孝庄画像看，她晚年比较胖，当是诱发这些疾病的重要因素。
康熙二十四年（1685年）六月，玄烨身体欠安，孝庄体恤爱孙“命往口外避暑静掇”。玄烨遂遵旨，协同是太子、皇长子巡幸塞外。不料玄烨返京前，八月二十八日深夜，孝庄突然中风，右肢麻木，言语不清。孝庄的近侍太监崔邦吉立刻告知请太医共同诊视、商议，又增加几味药，开下药方，很快配制煎好，给孝庄服用。几位太医禀告闻信赶来的裕亲王福全、内务府总管图巴等人：太皇太后“脉尚好，断无大妨”。服药后，孝庄的病情迅速缓解。八月二十九日黎明，她吩咐一直在身边守候的福全传旨：“著蒙古喇嘛奈宁呼图克图看视。”奈宁呼图克图诊视后，认为“太皇太后中风乃因不洁食物入口而致”，并建议由包括他本人在内的共四百名喇嘛，当日起即在慈宁宫花园诵经。孝庄同意了这一做法。
九月初一日，玄烨接到图巴等人关于孝庄突然发病的奏报，心急如焚，在折子上做了简短朱批：“知道。朕从速返回。”他星夜兼程，初二日正午抵京后，直奔慈宁宫祖母榻前。当玄烨看到祖母“慈体已安，尚在服药”，才稍稍松口气。他为祖母“亲侍进药，侍奉至夜半”。此后数日内，玄烨每天两三次去祖母宫中问安探望。
由于医治及时，对症下药，孝庄的身体逐步恢复。为感谢神明的“助佑”，她下旨“修葺庙宇”，特命玄烨于康熙二十四年（1685年）九月十八日“吉日”，前往白塔寺（位于今北京阜城门内）进香礼拜。十八日当天，玄烨正准备从宫中动身时，突然电闪雷鸣，下起瓢泼大雨。近侍担心雨大路滑，泥泞难行，请求玄烨稍停片刻，等雨停后再去。玄烨没有同意，他说：“近固莹祖母偶尔违和，朕心忧虑。今日痊愈，甚为庆幸，伺惮此往。”说完毅然冒雨祈祉。玄烨为了满足祖母的心愿，为使祖母能上保安康，可谓不惜任何代价，冒雨而行，对他来讲又算得了什么呢？
事实证明，在孝庄宫中专设御医，昼夜值守的措施，对于她此次中风后得到妥善救治，起到决定性作用。翌年五月，玄烨谕令吏部嘉奖两位有功的御医：“昨年太皇太后圣体偶有违和，命太医院御医李玉白、张世良殚心诊视，恭酌方药，今已万安，朕心欢悦。伊等克尽殿职，尔等可量加议叙。”可见孝庄自康熙二十四年秋发病，经正确的医治大大缓解后，又过了半年多时间，才完全康复。
孝庄初愈不久，康熙二十五年（1686年）二月，迎来她的七十四岁生日。玄烨特“上太皇太后万寿表”，上面写道：“臣幼荷深思，长资明训，孝养难酬，罔极尊祟，聊展承欢，伏愿景命弥新，纯禧益茂，东朝永范，亿万年而成算，祖母常来。”在此前后，玄烨还特意为祖母铸造了一尊高七十三厘米的黄铜镀金四臂观音像，其莲座下沿刻有满、蒙、汉、藏四种文字写成的铭文：“大清昭圣慈寿恭简安懿章庆敦惠温庄康和仁宜弘靖太皇太后，虞奉三宝，福庇万灵，自于康熙二十五年，岁次丙寅，恭奉圣谕，不日告成。永念圣祖母仁慈，垂佑众生，更耪菩萨感应，圣寿无疆云尔。”这尊佛像后来一直被供奉在慈宁宫大佛堂。
万寿表和四臂观音像，是玄烨献给祖母七十四岁生日的两件珍贵礼物，反映出他感戴祖母，企盼祖母健康长寿的真切心愿，也是祖孙深情的千秋见证。
康熙二十六年（1687年）冬天，是玄烨—生永难忘怀，感情历程中最痛苦的日子。正是在此时，他平日最为担心，不愿想也不敢想的事，终于发生了。
是年十一月二十一日，七十五岁高龄的孝庄“旧症复发”，“疹患骤作”，病势凶猛，不同以往。从这一天起，玄烨处理完政务，便立即趋至慈宁官侍疾。他守候在祖母的床边，“衣不解带，寝食俱废”，为祖母“亲调药饵”。孝庄入睡时，他“隔幔静候，席地危坐，一闻太皇太后声息，即趋至榻前，凡有所需，手奉以进。”孝庄心疼孙儿，多次让他回宫休息一下，但玄烨执意不肯稍离。他“惟恐圣祖母有所欲用而不能备，故凡坐卧所须以及饮食肴馔，无不备具”，就连米粥也准备了三十多种，以供祖母所求。孝庄因“病势渐增，实不思食，有时故意索未备之晶，不意随所欲用，一呼即至。”见康熙如此殷切周到，正受病痛煎熬的孝庄也不禁老泪纵横，她抚摸着玄烨的肩背感叹道：“因我老病，汝日夜焦劳，竭尽心思，诸凡服用以及饮食之类，无所不备。我实不思食，适所欲用，不过借此支吾，安慰汝心，谁知汝皆先令备在彼，如此竭诚体贴，孝之至也。惟愿天下后世，人人法皇帝如此大孝可也。”
为挽救祖母的生命，玄烨“在宫中五日竭诚默祷”。十一月二十七日，他下诏刑部，除十恶死罪等重犯外，其余一概减等发落，希望能以此好生之德，感动上苍，保佑祖母转危为安。然而，孝庄的病情仍在加重，“一旬之内，渐觉沉驾，旦夕可虑”。万般无奈之下，玄烨不顾众臣反对，断然采取了一项前所末有的举措。
十二月初一日凌晨，寒风刺骨。玄烨率王公大臣从乾清官出发，步行前往天坛致祭。事前他亲自撰就的祭文中说：伏恳苍天佑助，“悯念笃诚，立垂昭鉴，俾沉疴迅起，遐算长延。若大数或穷，愿减臣龄，冀增太皇太后数年之寿”。玄烨跪在坛前，滴泪成冰，在场王公大臣无不感泣。三十四岁的玄烨竟然乞求上苍，以减少他本人的寿命为交换，尽可能地延长孝庄的生命，足见他对祖母感情之深，依恋之至。
可是，玄烨的赤诚并没有感动上苍，这次不同寻常的天坛之行，未能取得他期望的效果。由于为祖母延长寿命的愿望未能实现，玄烨自此以后放弃亲诣天坛求雨的做法，这从一个方面，反映出祖母之死对他所产生的巨大影响。
康熙二十六年（1687年）十二月二十五日，孝庄与世长辞。弥留之际，她嘱咐玄烨：“太宗文皇帝梓官安奉已久，不可为我轻动，况我心恋汝皇父及汝，不忍远去。务于孝陵近地，择吉安厝，则我心无憾矣。”她知道孙儿对她的感情，担心孙儿过度悲伤，特在遗诏中指出：“惟是皇帝大孝性成，超越千古，恐过于悲痛，宜勉自节哀，以万机为重。”“其丧制，悉遵典礼，成服后三日，皇帝即行听政。”又叮嘱身为皇太后的儿媳：“我病若不起，皇帝断勿割辫。”
尽管玄烨已有精神准备，但事情真的到来时，仍然难以承受。孝庄逝世后一连十余日，玄烨水浆不入口，以至吐血昏迷。他违反清朝后丧皇帝例不割辫的祖制，不遵祖母遗旨，不听皇太后劝告，毅然割辫；又拒绝臣子关于“我朝向日所行，年内丧事不令踰年”的奏告，决定将孝庄梓宫安放在慈宁宫内，直到翌年正月十一日发引。
康熙二十七年（1688年）新春佳节，玄烨坚持在慈宁宫为祖母守丧。他“每念教育深恩，哀痛实难自禁”，恸哭不止如前。正月十一日，孝庄的梓宫被迁往朝阳门外殡宫，发引时，玄烨“割断轿绳”，坚持步行；途中每次更换抬梓宫的扛夫时，也“必跪于道左痛哭，以至奉安处，刻不停声。”玄烨执意为祖母持服守丧二十七个月，后经百官士民再三劝奏，才勉强同意依照祖母的遗嘱，“以日易月，二十七日而除”。
连续六十天“不宽衣解带，犹未盥洗”的侍疾、守丧生活与巨大悲痛，几乎摧毁了玄烨的身体，他“足疾虽痊，旧病丛生”。直到正月下旬，“力疾御门理事”时，还得令人扶着出入。玄烨晚年的高血压及心脏病等病症，很可能就是此时落下的病根。
康熙二十七年四月，玄烨亲自护送祖母的梓宫，前往遵化孝陵以南刚刚建成的暂安奉殿。孝庄去世后，玄烨谕令礼部并传谕诸王、大臣：“太皇太后祭物，俱照世祖皇帝往例。”表明祭祀孝庄的规格，完全同皇帝相同。“清代皇帝多孝子”，此话不虚，后面要提到的风流皇帝乾隆也可谓“至孝之子”。
