一、新居延龄巷
杨仁山全家从1868年从安庆迁往南京，到现在已经有三十余年了，全都是租赁别人的房子居住，先在常府街周馥的老宅，后在花牌楼，直到现在，才在延龄巷购买一块地皮，建造了一座完全属于自己产权的房子。
这座新居，占地面积有6亩多，大大小小的房屋有60多间。宅院大门朝东，面对延龄巷，门头上刻有“金陵刻经处”5个大字，右边挂竖牌书“池州杨寓”4个字。从这个布局上可以看出，这里首先是刻经处，然后才是杨家的家庭居所。杨仁山建这所新宅的目的，就是为了让刻经处有一个正式的挂牌场所。从此以后，刻经处的校经、雕版、印刷、装订及业务往来都集中固定于这一大宅之中。
1897年6月，大宅建成。当时，杨仁山的老母亲孙夫人已经98岁了，病重在床。多年以来，她的心愿就是要住进一座属于自家的房子，所以房子还没有油漆，她就于农历的六月初四日搬了进去。房子如果油漆，气味难闻，年老病重的杨老太太是承受不了的。家人让老太太半坐半躺在藤椅上，抬着她在院内每一处观摩一番，以满足她长期以来的心愿。
杨仁山自己的住室在院内西头，共三间，东间是卧房，中间是会客厅，西间是书房。住室前面有池塘，四周植柳，客厅命名为“深柳读书堂”，简称“深柳堂”。唐朝诗人刘大眘有阙题一首：“道由白云尽，春与青溪长，时有落花至，远随流水香。闲门向山路，深柳读书堂。幽映每白日，清辉照衣裳。”“深柳读书堂”的名字取自这首诗中。谭嗣同所赠的一套红木家具就摆放在深柳堂中。
杨仁山传第九章乔迁延龄巷历年所刻的经版和整个印刷作坊都搬进了新居，单是贮藏在木架上的经版，就占满了西边后进的一排十间房子。这所新居后被编为延龄巷49号（整个建筑见所附简图），而它的南面躬稼巷，后来变成了直通新街口的大马路，现在则是淮海路，现在金陵刻经处的大门改在了南边，为淮海路35号。
全家搬进新居后仅十日，农历六月十四日，98岁的孙夫人即驾鹤西去，接着这所新居里便开始了长达数月的丧事活动。孙夫人一生慈祥温和，寿近百岁，享有五世同堂的高福，历经嘉庆、道光、咸丰、同治、光绪五朝。延龄巷刻经处简图在那个年代，如此高寿，实属罕见，丧事也不能不隆重举行。杨仁山的朋友多，前来吊唁的人络绎不绝。七七四十九天中，全家人披麻戴孝，和尚日夜念经，客人前来吊唁，家人则在灵柩前举哀哭谢。在那两三个月中，杨仁山把精力全投于丧事而不能处理其他事务。
到了年底，服丧完毕，杨仁山召集儿子自新、自超、福严，开了一个简单的家庭会议，向他们三人表示了分家的意愿。他对三个儿子说：“我自二十八得闻佛法，已誓愿出家，而衰白在堂，鞠育之恩未报，未获如愿。今老母寿终，自身衰迈，不复能持出家律仪矣！汝等均已壮年，生齿日繁，应各自谋生计，分炊度日，所置房屋，作为十方公产，以后勿以世事累我也。”
杨仁山的这段话是向儿辈们清楚地表明，他建造这幢房屋，不是为了造福子孙，而是为了刻经处有一个永久的处所。这次简短的家庭会议只是表明意愿，让他们早有准备和打算，四年之后，才正式分家，订立“分家笔据”。
杨仁山一生生活俭朴，在60岁以后，才能积资建造一座属于自己的房屋。因为是为刻经今日刻经处远观处所建，规模较大，耗费资金也很多。从此以后，他将安居乐道，更加专注于刻经和研究佛法。他虽已年老，但老骥伏枥，志在千里。他在生命的最后十年里，对佛教事业可谓是日无暇晷，用他自己的话说，就是：“我在世一分时，当于佛学尽一分之力。”
金陵刻经处经历一百多年的风雨，如今依然保存在南京市最繁华的中心地带——新街口边上的淮海路35号。刻经处饱经沧桑，几度被毁，几度修复。1937年12月13日，日本侵略军占领南京，刻经处的职工避难逃亡，刻经处无人看守。第二天，深柳堂及谭嗣同所赠送的红木家具尽被日军焚之一炬。此事后来招致日本佛教界有识之士的抗议和责难，迫于舆论压力，日本驻汪伪大使重光葵乃与汪伪外交部长褚民谊商量，拨款重建。重建工程于1943年3月完工。重建后的深柳堂既无原屋高大，且用材低劣，已非旧观。
1954年夏，南京市政府拨款重修深柳堂。重修后的深柳堂面貌焕然一新。堂中悬挂着时任中国佛教协会副会长赵朴初题写的“深柳堂”匾额。匾的左侧有他的题记：“堂前故有池，四周皆柳，仁山居士以此名其堂。今夏市政府既重修刻经处堂舍，同人复于旧时池址补植柳焉，后之登此堂见此树者，其有灵山未散之思焉！一九五四年十月赵朴初。”
现在的深柳堂正中悬挂着杨仁山先生的坐像。堂内陈列一套红木家具（仿制谭嗣同的赠品），放置16只大书橱和16只玻璃陈列柜，内藏杨仁山当年从日本寻回的中国古代大德著述，还陈列有杨仁山协助日本藏经书院编纂的《续藏经》及生前使用过的日本《弘教藏》。此外，还陈列有明《嘉兴藏》、《频伽藏》、影印本《碛砂藏》、《玄奘法师译撰全集》、《藏要》及1914年鲁迅先生为祝母寿捐资刻印的《百喻经》等。
经修复的今日刻经处藏经室大门民国年间，欧阳竟无为金陵刻经处经版房撰门联一幅：“流通功德藏，接续人天师”，并为之注释：“如来藏、法藏、功德藏，为三藏；结集流通、译事流通、编刻流通，为三功德；宋、元、明私家刻经多梵本式，用书本式，武林、径山外有金陵刻经处，为三书本刻经；佛度人天曰圆满师、菩萨二乘随分化生曰分证师、大心凡夫能使正法不坠曰接续师，为三师。以此因缘至斯者，谁能忘情于深柳大师耶。人往风微，怆然纪之。中华民国二十二重识。”
孙夫人逝世后，杨仁山的长女圆音法师认为自己再没有住在家中的必要了，就迁出延龄巷，到天印庵修行去了。
二、与日本僧人辨正佛法
1895年，日本真宗僧人北方上人在南京设立本愿寺。
日本佛教最大宗派为净土真宗，是日本佛教十三家之一，在日本东京设立本愿寺总部，分东西二寺，东本愿寺为真宗大谷派所居之所，西本愿寺为真宗本愿寺派的住地。设立于南京的本愿寺是真宗大谷派的分支机构。平常，杨仁山与在中国的日本僧人来往较多。日本僧人在南京设立本愿寺也得到了杨仁山的支持，并多为照料。本愿寺在南京设立之后，北方上人欲将大谷派真宗的传教书籍《选择本愿念佛集》在金陵刻经处刻印流通。杨仁山平时与本愿寺的僧人交往中，并不明了他们的宗旨所在，遂取本书细加游览。杨仁山一看之下，发现书中违背佛经义理之语甚多，就又将大谷派的《真宗教旨》取来认真研究，发现篡改经义很多。这一发现使他不能保持缄默，对于弘法之人，护持佛教的正法，应当看作比自己的生命还重要，对于错解法义的行为不可轻易容忍。杨仁山立即著文反驳。他一连写下了《阐教刍言》、《评真宗教旨》、《评选择本愿念佛集》三文，于此揭开了杨仁山与日本真宗僧人关于法义之争的序幕。
杨仁山将三篇长文送交北方上人，请他转致同仁，商榷弥补的办法。
此时的杨仁山又想到老朋友南条文雄当年的诗中有“断章取义大师眼，三经之要二三策”等句，才明白，他素来敬仰的老朋友是深知真宗教旨的，而且也是按照教旨去做的。在杨仁山看来，自己虽与南条有多年的友谊，但也应有错必纠。于是他致信南条，并寄去三篇文章，信中说：“鄙人护持正法，过于生命，故不避忌讳，冒昧陈言……深悉阁下智周四海，学贯古今，想能剖破藩篱，虚心采纳，故敢以直言奉献也。”
南条文雄接到杨仁山的信和文章后，转交到《真宗教旨》的编著者小栗栖手里。小栗栖看过杨仁山的三篇文章后，立即作《念佛圆通》和《阳驳阴资》两文，寄给杨仁山，进行辩论。杨仁山因之又作《评小栗栖“阳驳阴资”辩》、《评小栗栖念佛圆通》二文，逐条加以驳斥。并在与南条文雄的信中说明自己：“既为释迦遗教弟子，不得不尔也。”
随后，日本多位真宗大谷派的僧人参与辩论。后藤葆真作《应予杨公驳而呈卑见》寄给杨仁山。龙舟作《“阳驳阴资”辩续貂》和《念佛圆通续貂》也寄给了杨仁山。杨仁山接到这些与他辩论的文章后，都要往返作答，避繁就简，称性而出。他在致后藤葆真的信中说：“弥勒、马鸣、龙树、天亲等诸大菩萨，造论弘经，何等严谨，处处以佛语为宗，故能作万古法式也。鄙人禀尊其意，与人谈论，未敢稍呈己见，偶失片言，立即纠正；见人肆口妄谈，坏佛正法，如三百锥刺心，千万杖打拍其身，等无有异。”杨仁山还发誓说：“前此辩论之言，十方三世诸佛菩萨实其鉴临，倘违悖佛意，愿令此身碎如微尘。”至此，杨仁山与日本真宗的法义之争达到了最高潮。
