都哇汗死后的察合台汗位之争，在当地史书记载上多少有些扑朔迷离，不过其惨烈程度自然不能和蒙元皇帝的竞争相提并论。在打败了篡位的塔鲁忽以及妄图东山再起的窝阔台系后裔察巴尔以后，都哇汗幼子怯别的汗位基本稳定了。但是，怯别更多是因为带有被迫起兵剿灭威胁本系利益者的性质，因而只是短暂地管理了一段时间。在一次比较严肃的小型忽里勒台会议后，察合台诸王们还是选择由曾经在黄金家族征服阿富汗中间立过战功，后来又在北京与蒙元朝廷有一定联系的也先不花为汗，也先不花是怯别的弟弟。
在14世纪初期即1310年—1320年左右，察合台汗国在也先不花汗的领导下，似乎恢复了他们的远祖铁木真时代的征服“习惯”，以东征西讨为生活和生命的重要部分。
不过，很有意思的是，察合台汗国的后代们，似乎留存下来了他们这一系开创者察合台的典型的特点，比如在窝阔台系海都在世时，依然保留传统的两系之间的友谊，来共同反对享有帝国宗主大权的拖雷系，并且更多表现为一个非常专注、非常“敬业”也非常“专业”的助手的角色，一如当年察合台协助窝阔台系争夺黄金家族的控制权一样。
在海都死后，曾经“逆来顺受”的都哇汗发挥了很高的斗争艺术和合纵连横的能力，迅速与蒙元统治者达成了默契，并联手北京方面消灭了比邻而居的窝阔台系领地，逼迫海都之子察巴尔仓惶携带至亲和家眷逃亡北京避难。
固然，蒙元军力的强大和经济实力的雄厚以及拖雷系业已形成的帝国最高权威，是察合台汗国不得不向东（大都北京）称臣的主要原因，而窝阔台系对拖雷系的“世仇”，则带有深刻的历史、文化和心理的因素。比如，窝阔台系一直对整个帝国被拖雷系夺去而耿耿于怀，加之当年灭亡汉地的西夏、金朝也是在窝阔台在任期间完成的，所以窝阔台系始终既有拥有黄金家族最高统治权利的难以遏制的欲望，同时也深知拥有了汉地和蒙古本部，才是真正拥有了蒙古帝国，才是真正获得了黄金家族的最大财富，因而无论海都还是察巴尔，都孜孜不倦、屡败屡战地与拖雷系控制的蒙元中央政府进行不断的战争，就像西西弗斯一样，明知不可为，却仍然要做最大的努力。
相比之下，察合台系的眼光与其说不如窝阔台系长远，不如讲他们更加注重现实。当年，察合台随父亲和兄弟们一起开始征服世界，但是他更多地是追随父亲进行西征，即使后来他屡次帮助窝阔台汗及其寡妻、贵由汗及其寡妻在哈拉和林临朝称制，但自己往往一旦处理完相关事宜，便依然回到父亲铁木真在世时封给他的地盘——中亚中南部一带生活，他的后代诸王也没有像窝阔台系那样随着几代人在哈拉和林身居高位而遍布于帝国各处。
所以，察合台系的人们后来主要居住于中亚，也不具有窝阔台系诸王的全局眼光。更重要的是，他们更加习惯于生活在水草丰美的中亚，那里既有能够提供无限奢侈品的发达的城市，也有肥沃的农耕土地所提供的取之不竭的粮食，还有与蒙古本土地望相近的广阔的草原、戈壁和沙漠。察合台系非常喜爱中亚这块地方，他们的策略比较现实和务实，那就是长久地占据这里，这也是为什么他们一旦有了合适的时机，便毫不客气地把原先雄心勃勃的窝阔台系诸王们“清理”出去的原因所在。
都哇汗和察合台汗国的后任汗王们，在蒙元朝廷的“配合”下，通过对窝阔台系的不断打击和压迫，终于迫使窝阔台系在中亚统治的彻底崩溃和终结，但是这样一来也给蒙元帝国带来了很多烦恼，如1308年（元武宗至大元年），大批窝阔台系人听说察巴尔归降朝廷后，便纷纷离开阿尔泰山和天山牧场而涌入蒙古高原、今中国新疆东部和甘肃西部等蒙元朝廷直辖地区，归降者达数十余万人，给本来就因连年战火而比较贫瘠的蒙古高原带来了巨大的压力，大量人口和牲畜的突然涌入，使当地土地和牧场的承载力达到了极限，以致于蒙元帝国不得不紧急从山西、河南、陕西等地紧急调运大批粮食，以安排这些窝阔台系部众。
当然，拖雷系剪除了窝阔台系的后患，从而使多年以来来自中亚的威胁得以消除，在战略上依然为蒙元朝廷所暗自窃喜。
在窝阔台系灭亡后，察合台汗国获得了大部分的窝阔台系领地，如塔尔巴哈台山、巴尔喀什湖以及伊犁河流域一部及锡尔河、楚河流域等地，而元朝因为窝阔台系后期灭亡时过于迅速，只占有了阿尔泰山和杭爱山之间以及今中国新疆西部的地区。这样，察合台汗国在窝阔台系领地被瓜分以后，向北与术赤系钦察汗国相接，向东接壤蒙元朝廷直辖地域，向西则通过呼罗珊与伊儿汗国接壤。
基本控制了整个中亚、大局初定的察合台汗国并没有欣喜若狂，“左邻右舍”竟然让察合台汗国的领袖们寝食难安，这是因为，汗国无论向北、向东、向西都是很难对付“自家人”，即使自己的军事势力足够强大，但似乎永远面对着被包围的态势。
察合台汗国虽然成功消灭了窝阔台系，控制了中亚这个极端重要的战略要地，但是其生存空间依然暴露在众多虎视眈眈的黄金家族兄弟们面前。
