海都的雄心壮志，对他的东方向来说，必然与忽必烈发生交锋，对他的西方向而言，会遇到察合台系领地的障碍。
窝阔台系和察合台系，自黄金家族建立蒙古大帝国以来，一直是坚固的联盟，两方从祖上的窝阔台被察合台力拥上台，到后来支持窝阔台之子贵由接班，察合台立下了汗马功劳。但是，世间没有永恒的友谊，只有永远的利益取舍，什么死党、手足之情、海誓山盟、“同志加兄弟”等等，在巨大的利益面前都会灰飞烟灭。
对于黄金家族来说，“富不过三代”的箴言失去了意义，但“亲不过三代”，却在13-14世纪的中亚体现得淋漓尽致。
海都在理顺了窝阔台系的关系、顺利成为本系领袖后，首先对实力相对较弱的察合台系动手了。前面说过，蒙哥离世后，阿里不哥率先在哈拉和林称汗，为控制察合台系和获取中亚军事、经济支持，他分封对自己拥戴有功的察合台嫡孙阿鲁忽为汗王，结果阿鲁忽回到中亚后，主要办了两件事：一个就是很快表示归顺忽必烈，与阿里不哥一刀两断；另一个就是和时为监国的嫂子斡尔哈纳一见钟情，从而顺利成为察合台汗国的汗王。
阿鲁忽1266年去世后，哈剌旭烈兀和斡尔哈纳之子木八剌（沙）即位，木八剌（沙）是黄金家族中第一位穆斯林汗王。此时，察合台汗国已经成为阿里不哥失败后，以忽必烈为代表的帝国中央政府和以海都为代表的窝阔台系共同聚焦的中心，也是双方极力要控制的战略要地和财富中心。
于是，在得知阿鲁忽去世、木八剌（沙）即位的消息后，忽必烈以汗王年幼无知为名，派出在汉地生活多年的哈剌旭烈兀的另一个儿子八剌回归中亚，名为辅政，实为监控。
除了盟友关系，在领地方面也“唇齿相依”的海都，一刻也没有放松掌控察合台汗国的努力，结果据传说，在海都和木八剌（沙）一次蒙古人传统的狩猎活动中，后者竟然莫名其妙被海都惊吓而亡。
忽必烈顺势加封辅政的八剌为察合台汗王，并给予他实际控制汗国的权力，意在争取战略优势，制约海都和窝阔台系的势力。“上任”伊始的八剌，比较坚决地贯彻了忽必烈的旨意，利用海都与术赤系后王争夺草原牧场的机会，屡屡进袭海都的部下并多次得手。
但到了1267年—1269年间的时候，海都连忙向钦察汗忙哥铁木尔求和，然后合兵共同攻击八剌，击败了察合台系领袖八剌，海都连忙向钦察汗忙哥铁木尔求和，然后合兵共同攻击八剌，并且将其打败。后来，在窝阔台系、察合台系诸王的调停下，双方握手言和，共同承诺恢复传统的盟友关系，一起对付忽必烈。
这位八剌汗，要论亲缘关系，是海都的堂侄，八剌的父亲哈剌旭烈兀，是察合台第三子贝达克的儿子，所以八剌是察合台的曾孙。八剌后来又去进攻西边伊儿汗国的呼罗珊地区，结果被旭烈兀长子阿巴斯汗打败并身亡，这是后话。
让我们再次回到1268年（元世祖至元五年、南宋度宗咸淳四年）。看到中亚形势危急的忽必烈派军首次正面迎战海都的军队，二者在今天中国新疆西北部展开了数月的大战，以海都失败并西逃2000多里而结束。海都失败后，迅速收拢人马，很快又集结了一支训练有素、擅于战斗的6万人的军队。自感兵强马壮的海都联合八剌，在中亚召开了一次有十余位窝阔台系、察合台系领袖参加的忽里勒台大会，公开宣布了忽必烈的“罪状”，他们还共同宣誓，要维护蒙古人传统的游牧风俗、生活习惯和社会制度，反对忽必烈。
1275年（元世祖至元十二年、南宋恭帝德佑元年），在八剌汗进攻伊儿汗国呼罗珊地区被阿巴斯汗击败身亡后，海都命自己儿子察巴尔辅立八剌之子都哇继任察合台汗。此后一段时间里，察合台汗的继承人选都由海都决定。窝阔台系实际控制了大部分原来属于察合台系的领地，只把乌浒河（今阿姆河）外地留给了察合台汗室。
同年，忽必烈感受到海都的咄咄逼人，他决定进行第二次征伐，从汉地派出了以自己的第四子那木罕王子为首的军队，在阿力麻里附近与海都展开了激战。大战正酣时，私下里同样觊觎帝国大汗的蒙哥汗之子昔里吉王子和脱脱木尔王子，居然劫持了统帅那木罕，然后宣布拥护海都，并和钦察汗忙哥铁木尔等人一起，联兵一处，进军哈拉和林，途中，钦察汗忙哥铁木尔还操纵把昔里吉立为大汗。但有意思的是，海都在昔里吉称汗后，坚决不予支持。
也不能怪海都不支持他们，毕竟人家海都忙活了半天，是为了自己窝阔台系取得汗位的，可昔里吉终究还是拖雷系的啊。其实我们也知道的，术赤系的钦察汗国一直对拖雷系是支持的，只是这次他们支持的是拖雷系的蒙哥一支而已。
忽必烈急了，连忙委派留守北京的大将军李庭带军迅速向北方哈拉和林方向展开。缺乏了海都大军支持的昔里吉不堪一击，1278年（元世祖至元十五年、南宋卫王祥兴元年），他原先的拥护者、察合台系的撒尔班王子临阵叛变，抓住了昔里吉，并交给了忽必烈处置。看到没什么大便宜可占，钦察汗国也于1284年（元世祖至元二十一年）向元朝称臣，并归还了早先扣留的忽必烈第四子那木罕。
这次危机让正忙于进攻南宋的忽必烈吃惊不小，毕竟，在黄金家族内，作为和拖雷系有着难解之怨的窝阔台系，在海都的整合下似乎焕发了生机，使得目光本来专注于灭亡南中国的忽必烈有芒刺在背之感。
还没有下最后决心经略中亚的忽必烈，暂时没有和海都“算总账”。海都在13世纪末期，依然是整个中亚的主人。经历了几次失利的海都，开始联络具有同样价值观、希望保留蒙古人传统生活方式的黄金家族其他成员，1287年（元世祖至元二十四年），他和他曾祖父铁木真兄弟们的后裔，通过在中亚召开忽里勒台大会的形式，结成了更大的反忽必烈联盟。
1279年（元世祖至元十六年、南宋卫王祥兴二年），陆秀夫背负九岁的小皇帝赵昺跳海而亡，标志着南宋彻底归入历史。忽必烈此时已经拥有了几乎全部汉地的财富，他指挥大批军事物资源源不断地从南中国向北、向西、向东运送，蒙、汉步骑兵配合默契，配合大量先进的武器装备，让忽必烈对海都的作战很有底气。
大将伯颜果然不负忽必烈的重托，携灭亡南宋的余威，率军一一击败了海都本部军队和他的同盟军队，哈拉和林及中亚北部杭爱山脉一线重新回到了忽必烈的控制之下。1289年（元世祖至元二十六年），海都又一次主动进攻负责杭爱山一带守备任务的忽必烈孙子甘麻剌（忽必烈早夭的太子真金的长子，未即位，被追封元显宗），结果忽必烈被迫不顾自己年迈，对海都进行了亲征并大败之，只是海都本人侥幸逃脱了。
忽必烈1294年去世时，仍然没有最后看到海都被征服，那时，屡战屡败、屡败屡战的窝阔台系还是中亚的主人翁。这时，忽必烈的孙子、原皇储真金之子元成宗铁木尔即位后，继续和窝阔台系进行战争。
1297年—1298年间，即位时间不长但深知中亚重要性的铁木尔，派出他的女婿、汪古部落领袖阔里吉斯（基督教徒，现代译为乔治）率军西进中亚，不想被海都的附庸、察合台都哇汗偷袭后抓获，并被处死。
海都年事已高，但他还执著地坚持着自己的目标。1301年（元成宗大德五年），他率领窝阔台系、察合台系的联军，从中亚出发，向朝思暮想的哈拉和林进军，在鄂尔浑河流域，他们遭到了以逸待劳多时的元军的痛击，被铁木尔的侄子、未来的元武宗海山击败，海都这次还是跑掉了，只是运气没有前几次那么好——在撤退途中病逝。
海都的儿子察巴尔继承了窝阔台系的家产，他同样是积极的反对蒙元帝国中央政府的领袖，只是他完全不具备他父亲海都的水平，很快，他被察合台汗都哇说服了，1303年，两家一起派使臣到北京，向元成宗铁木尔表示了臣服。
故事到这里似乎结束了。
但是，很快中亚又发生了变故，都哇因为领地问题与察巴尔产生了纠纷，前者抓获了后者，并暂时抢占了窝阔台系的部分土地。在都哇汗1307年死后，察巴尔以为有机可乘，于是带兵攻打察合台汗国，却反被都哇之子怯别汗击败，无奈之下，察巴尔孤身一人，仓皇逃亡到北京避难。
黄金家族长达49年的中亚混战，从1260年窝阔台系海都、察合台系参与忽必烈和阿里不哥为争夺汗（皇）位而起的战端，到1309年窝阔台系察巴尔和察合台系怯伯汗先后向元成宗铁木尔上表臣服而告终，共历时49年。
这场中亚鏖兵，时间漫长、战争惨烈、意义深远：忽必烈和铁木尔虽然成功地巩固了拖雷系的帝国汗（皇）位传承权力，迫使钦察、窝阔台、察合台三系承认自己的宗主权，但是，元太祖铁木真成吉思汗所建立的帝国，尽管面积依然空前巨大，但已经实质上分裂了。
黄金家族这场内战的另一个结果，就是窝阔台系在中亚的领地从1269年—1309年，仅仅存在了40年就消失在历史的长河中——海都死后，其后人完全丧失了海都的霸气、勇气和智慧，反被察合台系所控制，连海都之子察巴尔居然在中亚都没有立足之地，只能狼狈地逃往大都北京避难。
就这样，窝阔台系的领地被帝国中央政府和察合台汗国共同瓜分了，从此以后，察合台系成为中亚新的主人。
