因为雍正年间查而不禁，乾隆三十三年（1768）清廷决定再次查禁罗教。就如何查禁，作为事发地的父母官，浙江巡抚觉罗永德奏请仍然沿用雍正年间的成例。但是他的奏章受到了乾隆的驳斥，乾隆的态度显然要比他的父皇来得果决。他认为：“从前虽经李卫查毁经像，而房屋尚存，以致故态复萌，各庵内仍藏罗经、罗像，是其恶习难返，非彻底毁禁，不能禁绝根株。如果沿用前法，则数年之后，查禁稍疏，伊等势必又将公所变为庵堂。至于回空水手栖息一事，则不必官为筹办，由水手们自行解决。遂把罗教和大乘教庵堂彻底摧毁，拆下之木料与地基，估价后留充地方公用。”
按照乾隆皇帝的意思，要将庵堂全部拆除，不得留存，永绝后患。
既然皇帝下了旨意，地方官府衙门自然不敢怠慢，一举捣毁浙江庵堂22座、江苏庵堂11座。漕运水手精神栖息之地被连根拔除，不光庵堂被全部拆除，就连苏州罗教首领朱文显、性海等人也被抓获，拟斩监候（死缓），杭州守护庵堂的二十二人或发往新疆为奴、或发往云贵两广“极边烟瘴充军”，庵堂容留水手也处以杖责徒刑，就连那些年过六旬的人犯也严惩不贷。
水手罗教在江浙一带刚出现的时候，庵堂确实起到了维系水手群体的作用，并且增强了漕运水手之间的凝聚力。庵堂被毁后，在水手行帮形成的初期，罗教所起到的互助功能进一步加强。当有水手遇上困难时，均有同伴前来照应；当与漕运弁丁及其他人发生冲突时，必有同伴挺身相助；当本帮利益受到他帮威胁时，帮中成员也会群起攻之。
当时罗教的帮会章程中也强调，“道友”们之间应该“帮丧助婚，济困扶危”。由罗教发展而成的青帮的帮会歌谣中也同样唱道：“出门在外挨了打，露露家理沾沾光。若是断了盘费钱，凑上几吊你还乡。或者摊上小官司，众人拨钱你上堂。阴雨连天困住你，十天八天住不妨。天下大雪挨了冻，众人拿钱制衣裳。”
但是行帮权力体系的不断强化，使得早期形成的帮与帮之间，水手与水手之间的互助功能也受到了限制。因为这时候的水手行帮已经不满足于内部之间的互动，帮会的首领人物从个人利益和帮会整体利益出发，他们开始琢磨着向外扩张地盘，以获取更大的利益回报。在行帮权力中心的控制下，帮会内部成员也将斗争的矛头指向了更大的区域空间。
在当时，帮会对外斗争的主要对象是漕运线上那些盘剥他们的大小官吏们。
漕帮如果仅靠水手运粮所得根本就无法正常运转，更别说发展壮大了。为了实现利益的最大化，各帮派让水手在漕运时顺带干些贩私的活。利用漕运走私早在明朝就已经出现，到了清朝更是屡见不鲜。但官方不会坐视不管，因为贩私在一定程度上会扰乱漕运秩序。对此，清廷采取的是堵疏结合的办法。朝廷准许漕运人员可以随船携带一定数量的沿途“土宜（土特产）”，但国家严禁的物品是不允许走私的，比如说盐、烟土等。朝廷这种管而不严的做法，助长了漕运水手贩私的嚣张气焰。在当时的交通条件下，运河是南北交通的要道，每逢漕运之时，漕运水手总是不放过任何一个贩私的机会。
随着贩私活动的猖獗，官府加大了漕运的稽查力度。为了逃避和抗拒稽查，行帮水手就会联合起来，共同来对抗官府。
促使水手联合成帮的另外一个重要原因就是讨要工钱。漕运水手的工钱十分低廉，又不断受到各级官吏的层层盘剥，致使水手常常捉襟见肘，入不敷出。正因为如此，水手们就会利用集体的力量，“索加身工，纠众殴官，司以为常，恬不为怪”。在讨要工钱的斗争中，行帮起到了重要的组织作用。此外，在竞争就业及与其他帮派的斗争中，行帮也成为保障水手利益的后盾。
虽然漕帮与各权力集团的博弈有其局限性，但却并不妨碍其组织内部的发展。当社会政治形态发生变化时，江湖帮派便会迅速转化成强大的社会力量，向漕运以外的其他领域不断渗透。
朝廷出台的一系列措施对罗教来说是一次重大的打击，这样的打击，让水手罗教走到了生存的十字路口。对于一个社会性的组织来说，当遭遇到正式权力的打压。为了能够保存实力，他们往往会选择走一条转型之路。
水手罗教的活动形式也由地面转为地下，既然庵堂被推倒，那就转移到老堂船。那取代庵堂的老堂船又是个什么地方呢？当时的每个帮会都设有一老堂船，堂船上悬挂着罗祖画像，委派一人专管香火，并管理全帮水手的收支账目，此即当家，亦称老管，一般由数人轮流当值。他们制定帮规、仪式等，掌握着对帮中水手的生杀予夺大权。每个帮会内部，俨然就是秘密的独立王国。在帮会的传统“家法”中，有乾隆御赐“盘龙棍”，上有八个大字：不遵帮规打死勿论。虽然我们无法从青帮帮规中找到关于处死的条文，但是家法八百是足以致人死地的酷刑。
在这种转化的背后，一个新的民间权力体系正在悄然建立，一种既脱胎于水手罗教，又有别于水手罗教的社会民间组织也应运而生。那就是中国古代两大帮派——青帮和洪帮。
以乾隆为首的官家集团之所以会对罗教痛下杀手，还是出于内心对于民间集会组织的恐慌。官家集团以为只要严禁水手习教结社，将他们集会的地方拆除，就可以完全破坏这一民间组织。但随着活动形式和活动地点的变化，罗教逐渐适应了新的形势，其转型之路并没有遇到任何障碍。
