7月5日。段祺瑞发动讨逆战事。4日，段芝贵东路讨逆军第八师自马厂出发，经天津转赴北仓，进驻落垡、廊坊一带。5日晨，在万庄击退张勋军，追至黄村以北。曹锟西路讨逆军自保定北上进驻涿州、良乡，占领卢沟桥一带。是日，段祺瑞自马厂移驻天津，通电就任国务总理，暂以直隶省公署为国务院办事处，并称已电请冯国璋迅即“宣布代行大总统职权日期，早日莅津视事”，正式发起讨逆战事。段祺瑞致电王士珍、江朝宗、吴炳湘，以攻城在即，嘱“所有京城地方秩序，使馆界内外之外人暨清室之安宁，均请执事竭力担任维持”。同日，浙江督军杨善德通电宣布“已由本省第一、二、四各师抽编混成一旅队，组织完备，听候河间（冯国璋）、合肥（段祺瑞）会师致讨”。冯玉祥通电宣布“誓以铁血拥护民国”，拥段为讨逆军总司令，“誓师讨贼”。驻北京北苑及通州之陆军第一师、近畿陆军第一旅发布讨张勋宣言，“所有一切，均听段总司令指挥”。北京南苑航空学校校长秦国镛致电段祺瑞，表示愿“率飞行队与讨逆各军取一致行动”。7日，航校飞机投弹轰击清官。讨逆军东路进攻丰台，西路各队及新加入之第十二师陈光远部、倒戈之近畿第二旅吴长植部，从后夹击。张勋军向西北方面溃窜，讨逆军遂占丰台。8日，陕西讨逆军总司令张钫通电出师潼关，“遵令讨逆”。经徐世昌调解，段祺瑞派讨逆军交涉处长刘崇杰入京与各国公使接洽，提出实行停战四条件：取消复辟；保全清室优待条件；在京定武军立即解除武装；保全张勋生命。张勋不从，谈判破裂。9日，各国公使推荷兰公使为代表，将讨逆军条件转达“外交部”，并要求解除张勋所部武装，并由段祺瑞宣言担负保护张勋及其所属安全之责任。讨逆军在丰台车站逮捕张镇芳、雷震春；在天津新车站捕获冯德麟。10日，第十一师张永成部参加讨逆，与十二师合组讨逆军中路，由陈光远任司令。段祺瑞随后任命陈光远为讨逆军中路司令。徐世昌致电张勋，指出事机日迫，应“速图脱卸”，将军队交王士珍、江朝宗、吴炳湘，“解除武装，移驻城外”，“执事不操兵柄，自可不负责任”，并告经与段祺瑞商明，对其室家财产“力为保护”。段祺瑞通告对清室惟求撤除帝号，优待条件继续有效。11日，由于张勋拒不接受解除武装，段祺瑞派汪大燮往晤荷兰公使，请其转告外交团，讨逆军将采取军事行动解决，但设法限制战斗区域，不致危及外人。12日晨，讨逆军迫抵都门，分三路攻城。张军屯聚天坛，密布炮位于天安门、景山、东西华门各处顽守。旅长冯玉祥、吴佩孚、张纪祥率部攻天坛，激战两小时，张军不支，提出以发给三月军饷为投降条件，段祺瑞允之，即向日本正金银行借款支付，上午7时，天坛张军投降。中路陈光远十二师、张永成十一师占领朝阳门。旅长商震率步炮各团营堵截西直门、阜成门；旅长王承斌所部占领宣武门，炮击天安门及南河沿张勋私宅。张勋由德人保护逃人荷兰使馆，其余各处张军相继投降，讨逆军收复京师。26日，冯国璋令裁撤讨逆军总司令部。
旅沪、旅津议员通告滞留各地议员择地正式开会。3日，前参议院议长张继由津抵沪，对来访者发表谈话指出：段此次讨贼，假名窃义，完全是欺人之举。是日，旅沪议员通告各地议员速来上海，以便召开正式会议，根据法律讨伐叛逆，解决时局。7日，旅津国会议员吴景濂等65人通电，提出拥护约法，择地自行集会，请副总统继位，依法组织政府，组织神圣共和军，议定宪法，否认解散国会令，取消清室优待条件，惩办逆党，遣散非法军队等九项兴师讨贼条件。旅津国会议员吕志伊等237人亦通电，主张“今日救亡大计，必当根据约法解决一切问题”。10日，旅津国会议员在天津设通讯处，择地开会一时难以认同。11日，旅沪国会议员通电，重申解散国会命令无效及决定自行集会等五项护法主张。
张勋通电各省谈复辟始末。张勋声言“孤忠耿耿，天日可表，虽为群小所卖，而此心至死不懈”。并谓冯国璋、段祺瑞、徐世昌等参与策划复辟活动，“数年以来，密谋进行，全仗众力。去岁徐州历次会议，冯段徐梁诸公及各省督军，无不有代表在场；即勋此次到津，徐东海（世昌）、朱省长（家宝）均极端赞助”；“芝老（段祺瑞）虽面未表示，亦未拒绝。勋到京后，复派代表来商，谓祗须推倒总统，复辟一事，自可商量”。“现既实行，不但冯段通电反对，并朝夕共谋之陈光远、王士珍，首先赞成之曹锟、段芝贵等，亦居然抗颜反阕，直逼京畿，翻云覆雨，出于俄倾，人心如此，实堪浩叹。”
川黔军在四川成都展开混战。自4月间川滇军冲突后，戴勘控制四川，与刘存厚关系紧张。张勋复辟，曾以伪谕任刘为四川巡抚，刘未予答复。3日，戴戡在督署召集军事会议，请刘存厚出席，并要其表明态度。刘派代表出席，要求先撤去电报局检查员，然后表态。戴以刘态度暧昧，准备用兵，刘则于4日发出讨伐张勋、拥护共和通电，并做战争准备。是日夜，黔军至北校场袭击川军哨所，川军开枪射击，战争爆发。川军因势孤，退守西门待援。6日，刘存厚增派部队进入成都，川黔军于成都巷战。7日晨，川军占领东西两校场，黔军焚毁民房六七千户，移人皇城固守。贵州督军刘显世通电声讨刘存厚，宣布派遣黔军三梯团，分赴川境，增援驻川黔军。9日，原退守川南的罗佩金通电宣布“即日西上”，调解川黔军队冲突，并分电戴戡、刘存厚“严束所部，立即停战”。川军师长周道刚、熊克武通电报告川黔军冲突情形，提出川滇军诸师长兼程赴成都，共谋解决川黔两军冲突，川中事务仍由戴戡主持，请唐继尧、刘显世令滇黔军队停止前进。刘存厚亦致电冯国璋、段祺瑞，表示愿静候中央解决。黔军因不见援军，伤亡严重，弹药匮乏，旋在省议会和英、法领事调停下，戴戡表示愿意退出成都，将督军、省长、会办印信交省议会。13日，川军放开南门让黔军退出，但黔军疑惑埋伏，抢掠粮食后，又退回皇城。16日，川军攻破成都皇城，黔军求和，双方达成黔军撤出成都四项协议，戴戡将督军、省长、会办三方印绶交省议会。同日，唐继尧以声援黔军为名，宣布“刻即躬率三军，吊民伐罪”。17日，戴戡率黔军残部退出成都，刘存厚率川军人城，通电宣布“仍以军长名义暂维秩序”。18日，冯国璋以川黔两军冲突，令戴戡、刘存厚“各约束所部”，“静候中央处理”。20日，唐继尧通电躬率靖国军由滇自行人川，先平“川乱”。21日，黔军行至仁寿县秦皇寺时遭川军袭击，戴戡被击毙，熊其勋为川军俘获后斩首，黔军余部溃散。23日，云南靖国军第三混成旅司令李友勋率队启程赴川。滇军分路进攻资阳、井研、仁寿、嘉定、犍为等县，21日占寿阳、眉山两县，26日占嘉定，7月下旬相继攻破犍、井、资等县。24日，冯国璋特任川军第一师师长周道刚暂代四川督军，并派长江上游巡阅使吴光新为四川查办使，率北军进入四川。27日，冯国璋以刘存厚拒不遵命罢兵，令周道刚率师进解成都之围。29日，刘存厚通电，决心联合川中各师抵抗滇黔军，并“请中央迅颁挞伐，力遏横流”。8月1日，滇军自嘉定进袭眉山张家坎，川军二师由夹江乘虚占嘉城。同日，川军三师复占资阳。2日，经一周激战，进攻眉山之滇军伤亡惨重，川军乘胜进逼青神。3日，川军反攻再占仁寿。6日，川军师长周道刚、熊克武再电川滇两军将领，吁请停战。驻川汉军统弁杨骁骑率部复占犍为县，滇军退叙府（今宜宾市）、屏山县。7日，罗佩金复电川军周、熊二师长，接受调停。8日，钟体道、张澜亦电告听候调处。同日，国务院开会讨论四川问题，由蒋百里报告川事经过及戴戡死亡情状，梁启超主张严惩刘存厚，段祺瑞不允，结果由冯国璋令刘存厚、罗佩金即日来京，所有部队交周道刚统辖，“其滇黔现调赴川军队，并应即行撤退”，并令财政部拨银20万元赈成都兵灾。10日，周道刚在重庆就职。13日，川军占青神，滇军退走井研县。滇军攻川基本告终。
驻广东阳山县滇军第六团第三营兵士因索饷哗变，先抢劫县属青莲墟，后试图往县城抢劫，经城中军警抵御而窜散。
7月6日。张勋通电辞职。张勋见大势已去，辞去“内阁议政大臣”等职，主张由徐世昌组织完全内阁，在徐来京之前，所有阁务统交王士珍暂代执行。并再次供称徐世昌、冯国璋对于复辟主张“尤深赞许，信使往返，俱有可证”，同时请各国公使出面调停。7日，康有为致函徐世昌，力请维护复辟残局，谓：若公不能力争，致撤销复辟，则咎有攸归，情同附逆。8日，溥仪发布“谕旨”，开去张勋“内阁议政大臣暨直隶总督兼北洋大臣”职务，内阁政务暂由王士珍等办理，并俟徐世昌来京会同筹商善后。
冯国璋在南京就任代理大总统。冯国璋见时机成熟，宣布就任代理大总统，并特任段祺瑞为国务总理，任倪嗣冲为“讨逆军南路总司令”，以收束张勋部属，规定所有沪、杭、赣各师旅统归倪嗣冲节制。同日，李纯下令动员誓师北伐，宣布自任赣省北伐军总司令，编组一、二两军，先遣队相继出发。浙江督军杨善德、省长齐耀珊通电拥护冯国璋继任大总统，请段祺瑞统师北伐；并于督署开军事会议，议决编组混成支队出师讨逆，支队开抵上海转赴南京，编人南路北伐军，受倪嗣冲节制。
7月7日冯国璋发布命令惩办祸首6日，段祺瑞发布惩办祸首令，着传知前敌各军严拿务获张勋，尽法惩治。是日，冯国璋令褫去安徽督军张勋本职并军职、勋章、勋位，特任倪嗣冲兼署安徽督军，齐耀琳暂兼代江苏督军；着免直隶省长朱家宝本职，以曹锟兼署。冯国璋并以讨逆军荡平张勋逆军之期即在指日，令所有各省军队，除业经调遣外，均应各驻原防，维持地方秩序，谕禁所在军民人等勿得借端号召，致滋纷扰。15日，冯国璋以张镇芳、雷震春、》马德麟背叛共和，逆迹昭著，令褫夺官职、勋位、勋章，分交法庭依法惩办。9月26日，大理院判处复辟罪犯张镇芳无期徒刑。11月5日，判处复辟案中之雷震春无期徒刑，冯德麟无罪。
社会各界揭露冯国璋野心并要求严惩祸首。旅沪安徽公民阚钧等通电，反对冯国璋就任代理大总统，略谓冯怀抱野心，欲利用时机推翻总统，其罪不在张（勋）、倪（嗣冲）诸逆之下，请各省洞烛阴谋，一致反对。外交总长伍廷芳抵沪，宣布照常行使外交总长职权，电告驻京各国公使及中国驻外使馆，否认伪外部，声明所有外交事件，仍由其直接办理，然9日冯国璋便令免伍廷芳外交总长职。8日，留日中国学生1000余人在东京召开讨逆大会，戴季陶演说称前清“遗孽一日不除尽，中华民国国基一日不能巩固”。何香凝疾呼“国家兴亡，匹夫有责”，号召青年“尽国民一分子之责任”。神户华侨亦在中华会馆举行反对张勋复辟大会。9日，旅沪国会议员召开欢迎伍廷芳、程璧光大会，伍演说主张重办复辟，“斩草除根，以绝后患”，谭人凤称“调停为自杀政策，海军有护法精神，应以炮火扫除妖氛”。曹亚伯通电指斥冯国璋、段祺瑞之阴谋，称“张勋叛国，发源于冯国璋之总统梦。徐州每次会议，冯必派代表参加”；“张勋不过有阳恶之名，冯段有阴恶之实”，吁请“全国父兄子弟，——致共讨之，切勿为所欺”。10日，伍廷芳等致电冯国璋、段祺瑞，称“今清帝僭位，优待条件当然无效”，“无论何人，不能遽以保全优待条件，宣布天下”；主张严惩复辟祸首，“然首祸者决不止张勋一人”，“为贼谋主，勾结共事者，岂能以胁从自解”。11日吴景濂等致电冯玉祥，指出“此时扬言反对（张勋）之人，多属始与阴谋之辈”，请于“戮张逆之后，并正倪（嗣冲）罪”。
7月10日。章宗祥晤寺内正毅盼日支持段祺瑞。驻日公使章宗祥即电段祺瑞，谓日本首相寺内对“公重出山，使中国时局，早日解决，至为欣慰。深冀速组巩固之内阁，对于两国关系问题，渠必加以善意考虑”。12日，讨逆军东路司令段芝贵通过日驻华公使林权助，以盐税担保，向北京日本正金银行借款银元八万元，用于收买驻天坛张勋部队。直隶财政厅汪士元以所有滦州煤矿股票及公积存款折担保，向天津日本三菱银行借款100万日元，名义用于补助直隶金融，实为支持段祺瑞讨逆军费。20日，日，本通过对华政策，宣称“帝国政府认为，给予段政府以相当友好援助，以期中国时局的稳定，同时设法解决日中两国间的若干悬案，方为得策”。
中东铁路管理局局长霍尔瓦特下令关闭中东铁路沿线各酒厂，不准制造、贩卖酒品，致使740余家中国酒厂损失严重。
7月11日。山东曹县毛思忠所部“忠义军”千余人攻占县城，当由镇守使方玉善派兵镇剿，旋离城而去。后在丰县等处被官军击败，加之单、曹一带水灾，失去根据地。10月8日，毛思忠向四省剿匪司令张敬尧投降，即被遣散。
7月12日。张勋所部连续发动兵变。9日，冯国璋令倪嗣冲节制张勋在徐军队，但倪无法控制局面。是日，徐州张勋辫兵两营不受节制哗变，被劫者百数十家，遭火者20余家，死10余人，财产损失数十万元。13日，驻徐海一带张勋辫兵统领张文生部不受倪嗣冲招抚，约同哗变。18日，江苏沭阳县驻军第十六营哗变，捣毁邮电局，抢劫商民200余家，与商民巷战八小时，后不支乘夜纵火逃遁。不得已冯国璋令张勋所部徐州镇守使张文生、海州镇守使白宝山照旧供职。9月2日，驻徐州城外定武军第五十四营士兵两哨，夜间忽又哗变，肆意抢劫，旋被张文生派兵击散。同日，安庆安武军第八路第三、五两营夜间突发兵变，统领李良臣被杀，并肆意抢掠，天明时方散。7日夜，驻安徽当涂县城内定武军第四、六两营哗变，肆行抢掠，经竭力镇压，旋被平定。
7月13日。台湾遭受台风袭击。台风最大风速每秒33米，低气压969，8毫巴，受灾严重的台东一带死19人，伤18人，房屋全倒者1325家，半倒者1030家。
7月14日。黎元洪通电去职。段祺瑞由津入京，复任国务总理，黎元洪通电去职，宣告以后息影家园，不问政治。冯国璋任命张志潭为国务院秘书长，原任张国淦免职。15日，冯国璋令准免陆军总长王士珍本职，以段祺瑞兼任；特任汪大燮为外交总长，刘冠雄为海军总长，萨镇冰为海疆巡阅使。17日，冯国璋任命段祺瑞内阁各部总长：内务汤化龙，财政梁启超，司法林长民，农商张国淦，交通曹汝霖。同时免去范源濂、李经羲、江庸、李盛铎、龙建章等人内务、财政、司法、农商、交通各总长职，并令嘉奖段祺瑞及讨逆军前敌将士。
