日驻俄大使本野一郎与俄外交大臣沙查诺夫在圣彼得堡签订第三次协定和第四次密约。协定共两条：（一）两国相互保证将不加入对抗俄国（或日本国）之任何措置或政治联合；（二）缔约国一方在远东的领土权利或特殊利益，如另一缔约国所承认者，若发生危害时，两国将协商办法，相互协作或合作，以保卫彼此的权利与利益。双方签订密约六条，认为“意义更为重要”，主要内容为：两国相互承认双方重要利益须中国不落在任何第三国之政治势力之下，如遇第三国危及两国任何一方在中国之“重要利益”时，双方须开诚交换意见，并协定办法，以阻止此种情势之发生；缔约国之一须与上条所指之第三国宣战时，则另一缔约国一经请求，即须援助，且不得单独媾和。密约自签字之日起发生效力，直至1921年7月14日。与前三项日俄密约相比，此项密约将双方重要利益范围，由东三省及内外蒙古扩展到整个中国。
居正、吴大洲各派代表至济南与张怀芝议决停战
（7月4日）
山东将军张怀芝奉袁世凯之命督理山东军务后.率军进攻革命军。黎元洪继任大总统后，山东战事未息，张怀芝屡违停战令。6月12日，中华革命军东北军总司令居正电责张怀芝违令作战，称张部“进袭临朐，复窥安丘，显与黎大总统静待大局解决之电不符”，要求其“退驻原防，毋启战端”。15日，居正电又请黎元洪严电约束张怀芝部，称张“违命作乱，掠我临朐，继陷安丘，屠戮二百余人”。17日，居正再电济南张怀芝，请归还临朐、安丘，以维大局。21日，张怀芝部炮袭诸城，居正再电责张置停战令于不顾。27日，居正致电张怀芝，诘责所部劫掠昌乐，请“严行查办”。7月3日，居正电责张怀芝所部在临朐肆行抢劫，杀戮无辜。经北京政府电令，孙中山电劝息兵，山东士绅居间调停，是日，双方议决停战条件：（一）双方军队确守会议前原驻地点，不相侵越；（二）护国军急需军饷，先由张商同绅商学各界担任，每月补助银元三万元；（三）会议后假冒名义妨害治安者，双方均认为是土匪，尽力剿捕。居正再电张怀芝，请“复地移师，以去争端”。同时，居正下令将原临时部队整编训练，使成劲旅，以为国用，将第一支队及第五、六支队合编为东北军第一师，5日又令第三支队改编为东北军第二师，11日任命吕子人为第二师师长，13日任命朱霁青为第一师师长。10日，居正电请黎元洪饬张怀芝“返地退师”，并将奉令停止军事行动后，各地迭遭张部侵袭，以及地方糜烂情况电达孙中山、黄兴、唐绍仪，以俟公论。称“中央之法令不行，国宪议会难免危险”，“欲以武力保证和平”。居正屡电中央，要求约束张怀芝部，未获结果，而张反以国务院电令明示居正，内有“居、吴等迭次反复，立予剿除”等语。14日，居正再电黎元洪，表明心志。31日，居正自潍县赴北京商洽善后事宜，赴京后总司令由许崇智代理，并以蒋介石为参谋长。8月4日，孙中山再电居正收缩军事，并告戒“偕日人赴京有碍，切勿偕行”。5日，居正、吴大洲至济南与张怀芝代表商定，中华革命军东北军与山东护国军接受政府改编。9日，国务院委任陆军中将曲同丰赴山东办理军事善后。26日，周村民军步兵两团因解散造成军中不稳，吴大洲将两团长杀毙，试图用武力强迫解散引起哗变，双方在周村发生激战，被解散之军队战败，携械遁逃。31日，孙中山致函中华革命军东北军陈中孚、朱霁青等人，指示鲁军应当遵照通告，和平解决，尤应服从居正主张，急办收束，不得固执己见。9月1日，山东督军、省长派遣代表与居正、吴大洲等人，及省议会正副议长、当地士绅在济南商埠会商善后，达成结束山东军事协议，东北军、民军改编，由会办军务曲同丰协同督军、省长等赴潍县、周村点验，点验完毕之日照陆军定章起饷。山东讨袁战事至此结束。中华革命军东北军在山东潍县、高密、昌乐等县部队，先后编遣就绪。12月14日，居正通告取消东北军名义。但吴大洲为张怀芝所忌，怂恿段祺瑞借总统电召诱吴人京，旋以被人告发，1917年1月28日将吴逮捕，5月26日判处无期徒刑。2月16日，山东潍县民军王贯忱团被张怀芝缴械，王被捕，所部2000余人于19日遣散回籍。
汤芗铭离开长沙。在陆荣廷桂军和湘军程潜部的夹击下，是日晚，湖南都督汤芗铭退出长沙，转至岳州。经省议会决定，由湖南第一军总司令曾继梧代理都督。6日，程潜率军进入长沙，因程、曾互争都督，7日又改举与湘桂军均有关系的地方绅士刘人熙代理都督。16日，黎元洪特任刘人熙代理湖南督军。
京师警察厅停止检查邮件
（7月5日）
京师警察厅总监吴炳湘详报内务部，称自1914年12月办理检查邮局信件，曾派员驻北京一等邮局，逐日检查。现在已无检查之必要，故自停止检查，撤回检查员。
7月6日黎元洪下令废止一批袁记法令及划一各省军民长官职称
命令以《颁爵条例》、《惩办国贼条例》、《附乱自首特赦令》和《纠弹法》均为袁世凯阴谋帝制，实行窃国的工具，一律予以废止。申令划一各省军民长官名称，将各省督理军务长官改称督军，民政长改称省长，所有组织及职权暂仍其旧。分别特任朱家宝为直隶省长兼署督军；张作霖为奉天督军兼署省长；孟恩远为吉林督军，郭宗熙署省长；毕桂芳为黑龙江省长兼署督军；张怀芝为山东督军，孙发绪署省长；赵倜为河南督军，田文烈为省长；阎锡山为山西督军，沈铭昌为省长；冯国璋为江苏督军，齐耀琳为省长；张勋为安徽督军，倪嗣冲为省长；李纯为江西督军，戚扬为省长；李厚基为福建督军，胡瑞霖署省长；吕公望为浙江督军兼署省长；王占元为湖北督军，范守佑为省长；陈宦为湖南督军兼署省长；陈树藩为陕西督军兼署省长；张广建为甘肃省长兼署督军；杨增新为新疆省长兼署督军；蔡锷为四川督军兼署省长；陆荣廷为广东督军，朱庆澜为省长；陈炳馄为广西督军，罗佩金为省长；唐继尧为云南督军，任可澄为省长；刘显世为贵州督军，戴戡为省长。特派龙济光督办两广矿务。8日，因新任湖南督军兼省长陈宦一时不能履新，特任均由陆荣廷暂行署理，在陆未到粤前，由龙济光暂署广东督军。黎元洪下令废止《文官官秩令》。12日，黎元洪申令释放政治犯，称“所有本年七月十二日以前，因政治犯罪被拘禁者，应即一律释放，其通缉各案，亦一律撤销，但触犯刑事罪名者，不在此限”。所谓政治犯多系反对袁世凯帝制者。13日，因福建省长胡瑞霖短期间难以到任，黎元洪特任李厚基暂行兼署。16日，黎元洪申令废止《报纸条例》，以便体现约法规定人民有言论、著作、刊行之自由。18日，黎元洪再申令废止一批袁世凯当政时期法令，计有：《官吏犯罪特别管辖令》、《官吏犯赃治罪法执行令》、《徒刑改遣条例及施行细则》、《清查地亩诉讼变通办法》、《简任法官预保办法》、《道署暂设上诉机关易笞条例》，以为这些法令或抵触法律，或窒碍难行，特予一律废止。
黎元洪特派汤芗铭赴广东查办冲突。滇桂军与粤军冲突，月余未决。6月21日，黎元洪特任龙济光兼署广东巡按使。26日，孙中山电请黎元洪收回龙济光使粤成命，称“唐绍仪等请除龙济光电，实为天下公言。龙在粤三年，无恶不作，粤人恶龙，甚于洪水猛兽，此人不去，粤无噍类”。岑春煊、龙济光亦电请中央派员查办。是日，北京政府派汤芗铭前往广东，同时特任陆荣廷为广东督军，龙济光督办两广矿务，令授李烈钧勋二位陆军中将加上将衔，并人京听用，试图调解。
北京政府成立文官甄用委员会，用以慎选人才，郑重吏治，以国务总理段棋瑞兼任委员长，郭则坛任副委员长。
内务部通咨各省区解禁前被查禁各报
（7月8日）
袁世凯执政时期，多种报刊遭统率办事处、政事堂，以及地方军事长官知照或函请内务部查禁。袁病逝后，上海日报公会曾电请解禁，内务部以时局进展，正宜宣达民意，提携舆论，通咨各省前查禁各报，一律准予自由行销。解禁各报计有：上海《时事新报》、《民国日报》、《中华新报》、《民信日报》、《民意报》、《共和新报》、《五七报》、《公论报》、《甲寅》杂志、《正谊》杂志、《爱国报》、《爱国晚报》、《救亡报》、《中国白话报》、《中华革新报》，旧金山《中华民国公报》、《民国杂志》、《少年晨报》，仰光《觉民日报》，日本《民国月报》，香港《观象日报》、《泰东日报》、广东《兢业日报》，四川《醒群报》，贵州《铎报》，云南《国是报》、《共和滇报》等，驻沪法总领事释放《爱国报》总理徐建侯。
黄兴出席留沪国会议员欢迎大会
（7月10日）
黄兴自日本门司启程回国，6日抵上海。时逢留沪国会议员准备北上复会，乃分省公推代表80余人，在大马路汇中饭店宴请黄兴，邀请唐绍仪、温宗尧、王宠惠、柏文蔚、于右任、胡汉民、钮永建等作陪。孙洪伊代表全体议员致欢迎词，强调黄为民党之实行家，手造民国之先觉。黄在谢词中勖勉留沪议员北上之后，应以伸张民权、扫荡官邪为己任，不可以党为界限。13日，黄兴在汇中饭店设宴欢送驻沪议员北上，孙中山、章太炎、唐绍仪、温宗尧、王宠惠、柏文蔚、于右任、钮永建等应邀作陪，莅席议员200余人。黄兴致词阐述议员对于共和国家之责任，孙中山即席演说，重申“共和政体”，“主权在民”，勉励北上议员“无所畏避”。16日，黄兴又在送别两院议员北上会中演讲，主张提倡国民教育与军事的国民教育。此外，7月上旬，黄兴曾在沪对《民意报》记者徐朗西谈称：“北京当局是否与吾民相见以诚，尚属疑问”；“武力准备，实为不可缺少者”。22日，黄兴在上海报界欢送国会议员北上茶话会上发表演说，呼吁“舍私见而谋国政”。
黎元洪令裁撤全国经界局
（7月11日）
该局成立于1914年，袁世凯任蔡锷为督办，以便将蔡羁縻于京。蔡任内曾先后撰成《中国经界纪要》、《各国经界纪要》两书，蔡称病离京后，又以龚心湛为督办。裁撒前，已经以财政拮据为名，停办了该局及附属机关、学校，裁撤后未竟事宜归并内务部筹计办理。
军务院宣告撤销
（7月14日）
约法、国会次第恢复后，梁启超即力促唐继尧撤销军务院，结束南北分裂局面，避免军务院为人所用，并向段祺瑞示好，但军务院内部认识并不一致。6月27日，梁启超致电陆荣廷、陈炳馄，主张速撤军务院，称“其时机当在约法既复、国务总理既任命之时，请联各抚军一致主张。现闻有人假军院名义作种种阴谋，虽未得确据，然此机关久存，终恐为人利用，贻祸无穷”。28日，梁启超通电独立各省，再称“军务院宜亟图撒废”。7月1日梁启超致电唐继尧、岑春煊等称：“复约法，召国会，任段芝泉组新阁，我辈要求已达，军院宜立即宣言撤废。”2日，浙江都督吕公望通电响应，主张“请即由唐抚军长用军务院全体抚军署名，宣告撤销军务院”。3日，章太炎致电岑春煊称：“近闻道路传言，有取消军务院计划，斯事若行，则民气挫折，而奸回得志，元首等于赘旒，国会受其蹂藉。”表达不同的意见。6日，军务院派代表高尔登、方声涛进京谒黎元洪，陈述军院拥护政府，希望肃清帝制余孽；内阁良莠不齐，应摒去不肖分子。蔡锷电告梁启超，同意提前撤废军务院。7日，唐继尧复电梁启超，重申军务院俟国务院正式成立始得撤销。8日，陆荣廷致电独立各省，同意速撤军务院。10日，梁启超致电独立各省，以新内阁可能难产，反对俟国务院成立始撤军务院，称：“现危机四伏，似不宜久留此空名，以资口实。”11日，陆荣廷、陈炳联电唐继尧等，请“领衔联名通电京省，将军务院刻日撤销，使国权统一，恢复和平”。12日，唐继尧电岑春煊、陆荣廷，仍反对速撤军务院。13日，梁启超复陈炳、陆荣廷电称：“军院闻滇忽主缓撤，不解何故。中央举措虽多不满人意处，然各方面利用军院名义，行种种罪恶者，实大有人在。望两公更以己意警告萁公（唐继尧）勿代人受过。”主张速撤者以统一、和平、信用相标榜，主张缓撤者则以为仍可用来向北京政府提出要求，实则军务院内部矛盾尖锐，已无多少实力。是日，唐继尧、岑春煊、梁启超、刘显世、陆荣廷、陈炳馄、吕公望、蔡锷、李烈钧、戴戡、李鼎新、罗佩金、刘存厚联名通电全国，谓“今约法、国会次第恢复，大总统依法继任，与独立各省最初之宣言，适相符合”，“本军务院为力求统一起见，谨于本日宣告撤销，其抚军及政务委员长、外交专使、军事代表，均一并解除，国家一切政务，静听元首、政府、国会主持。”15日，唐继尧等将此事通知北京公使团。16日，陆荣廷、陈炳馄通电全国称：“嗣后桂省军政民政，均一体服从中央命令，协心翊赞，共矢忠诚。”19日，黎元洪特任陈炳馄兼署广西省长。21日，黎元洪申令嘉许军务院撤销，以为对维系统一局面，关系至巨，又称“大局虽宁，殷忧未艾，宜如何栽培元气，收拾残余，永绝乱源，导成法治，补苴罅漏，经纬万端，来日之难，倍于往昔”。勉内外各官同心协力，以成未竟之功。
黎元洪申令拿办帝制祸首。自云南独立讨袁始，就曾通电请杀杨度等13人以谢天下。待袁世凯撤销帝制，要求惩办帝制祸首的文电络绎不绝。袁死后，各方更是要求严惩祸首。是日，黎元洪始下令拿办杨度等八人，令将“杨度、孙毓筠、顾鳌、梁土诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可，均拿交法庭，详确审鞫，严行惩办，为后世戒，其余一概宽免”。但杨度等早在命令发表之前逃之天天，仅顾鳌一人乘车离京时在车站被捕。
湘省议会及各界人士力请黄兴督湘。程潜、曾继梧、陈复初等联名致电黎元洪、段祺瑞请由黄兴督湘，省议会及各界亦集会公举黄兴为都督，以为“今日救湘，非我公莫属”。黄以有志从事实业与教育，无意仕途，未予答复。27日，黄兴在答《民国日报》记者问时指出：“吾国今后教育为立国第一要者”，“其次则为实业。”
孙中山在上海演说”中华民国之意义”
（7月15日）
驻沪粤籍议员假尚贤堂茶会欢迎孙中山，演讲首谈权利，次谈改革，再谈建设，最后说明中华民国何以不称中华共和国，而称中华民国之意义。指出：“权利为人类同具之概念，仆不能外于人类，何能独忘乎权利。”强调中华民国之意义在于人民充分享有创制权、废止权、退官权的“直接民权”；又称此种民权“不宜以广漠之省境施行之，故当以县为单位，地方财政完全由地方处理之，而分任中央之政费，其余各种实业则归诸中央。如此数年，中国的共和政体，必然大为精进。故求民国巩固，当求诸全国国民之心中。”今能使国民遍获尊严地位，国民才能更重视民权的意义。故“中华民国”的意义远大于“中华共和国”。
