1948年11月4日，审判长韦伯对25名甲级战犯宣读了最终判决。长达1 231页的判决书详细列举了各战犯的罪状，韦伯宣读了8天。11月12日，韦伯宣判：所有日本被告，有罪！
远东军事法庭于1946年5月3日至1948年11月12日对日本军国主义战犯进行了国际审判，因法庭设在东京，故称“东京审判”。
这次审判历时共2年零7个月，开庭818次，受理证据4 300余件，先后有419人出庭作证，有779人书面作证，判决书长达1 231页。当时除了印度法官帕尔为这些战犯辩护之外，其他国家的法官均赞成根据国际法规和确凿的事实，严厉追究日本战犯的罪责。
1945年8月15日，日本宣布无条件投降。1946年1月19日，同盟国授权驻日盟军最高统帅麦克阿瑟正式颁布了《特别通告》和《远东国际军事法庭宪章》，惩处日本战犯的序幕正式拉开。
1946年2月，同盟国任命澳大利亚的 W. F. 韦伯为首席法官，美国律师约瑟夫·季南为首席检察官，由中国、美国、苏联、英国、澳大利亚、加拿大、法国、荷兰、新西兰、菲律宾和印度等11国的法官组成了远东军事法庭。
法庭建立了，首批起诉受审的日本战犯的人数到底确定为多少呢？要知道，当时在押的日本甲级战犯有100多名，总不能把这100多名战犯都包括在一个案件中去起诉受审吧？经过侦讯、录取口供和对法庭档案室里堆积的大量日本政府档案，以及盟国各方送来的许多文件的挖掘和整理，远东军事法庭以纽伦堡受审的人数（22人）为标准，最终确定首批受审的日本战犯为28人。
那么，被告们的犯罪年代又应该从什么时候算起，又到什么时候为止呢？对于后一个问题，法官们都无异议，一致认为日本宣布投降的1945年为最终时间，但对于前一个问题，大家意见不同，争论得很厉害。有人认为应起于1941年12月7日日军偷袭美国的珍珠港；有人主张日军在卢沟桥发动全面侵华战争的1937年7月7日应被认为是犯罪日期的起点；有人指出1931年9月18日日军侵占沈阳时中日战争便已开始；还有人主张是1928年4月，日军在皇姑屯炸死张作霖，由此侵占全中国的企图便已显露无遗，而中日实际敌对状态在那时便已发生。最后，法庭经过郑重考虑和辩论之后，决定日本战犯们的犯罪时间应从1928年（“皇姑屯事件”）算起至1945年（日本投降）为止，总共约17年。
这些日本战犯在战争中犯下累累罪行，给被侵略国家带来难以弥补的伤痛，可以说是恶贯满盈，但这些人却在战后千方百计地试图逃过审判。
1945年9月10日，军事法庭首先公布了第一批应逮捕的38名战犯嫌疑人名单。9月11日，当美国宪兵奉命逮捕东条英机时，东条英机自知罪大恶极，意图自杀，他让私人医生用笔在自己的心脏部位画了一个酒杯大小的圆圈，用当年希特勒赠送给他的自动手枪自杀，但他自杀未遂，最终没有逃过远东军事法庭的审判。但日军总参谋总长杉山元、前东条内阁厚生大臣小泉亲彦、近卫内阁文部省大臣乔田邦彦、天皇侍卫长本庄繁等相继自杀，以此逃脱了法庭对他们的审判。
首席检察官约瑟夫·季南对战犯们宣读了长达42页的起诉书，在总计55条罪状中，第27项罪状是对中国实行的侵略罪。
由于在东京审判中法庭采用的是英美诉讼程序，因此对中国法官来说，要给战犯们定罪，最困难的一件事就是取证。如果没有充分的证据、证人和证言，这些双手沾满中国人鲜血的罪犯就有可能得不到应有的惩罚。为此，中国法官及代表团人员千方百计搜寻材料，废寝忘食，日夜奋战，查阅日本内阁、军部和外务省有关材料，其中包括御前会议、五相会议、关东军报告、汪伪政府和“满洲国”档案，等等。
证人中，最引起众人瞩目的当属清朝的末代皇帝溥仪。为了证明日本的侵华行为，1946年8月10日，溥仪在苏联军方的陪同下出庭作证，他身穿一套蓝色西装，戴一条褐色领带，一出场就引起了全场关注。溥仪神情激动，在庭上控诉了日本人毒死他的妻子谭玉玲、板垣征四郎派人胁迫他在东北成立伪满洲国、土肥原贤二挟持他离开天津到伪满洲国当皇帝等罪行。溥仪的证言轰动了法庭，也轰动了整个东京，引起了世界各国媒体的关注，日本《中日新闻》称这是东京审判中一个划时代的日子。
一个国家的前皇帝居然在军事审判中出庭作证，这在世界审判史上是前所未有的。这个曾经被日本人封为“康德皇帝”的儿皇帝创造了整个东京审判中历时最长的作证纪录，整整8天。溥仪的作证直接证明了日本在中国东北的进驻上是非法的，是一种侵略行为。
将溥仪找来作证人不是件容易的事，而如何证明南京大屠杀这一惨绝人寰的事件并将罪魁祸首松井石根绳之以法，则更加是一件困难的事。
当时，日本国内的老百姓，对于日军残酷屠杀中国战俘和平民的行为并不太清楚，甚至大部分人都不相信南京大屠杀。这是因为日本实行严酷的战时新闻管制，并严令日军官兵与家人通讯时不得提起战争期间的犯罪和不道德行为。国际上很多国家的人民也不清楚这一事件。因此，经中国法官梅汝璈提议，军事法庭同意将南京大屠杀作为一个独立单元进行审理。但南京大屠杀的审判刚开始，面对法官的质询，原日本华中派遣军总司令、南京大屠杀的制造者松井石根就极力狡辩、抵赖、推卸和否认。为此，经法庭同意，检察官助手裘劭恒带了两名美国人专门回国调查取证，获得了大量的证据，并带来了大屠杀中的幸存者伍长德和许传鲁。现场目击者金陵大学的美籍教授贝斯蒂、传教士史密斯、英国人罗伦斯、牧师约·梅奇等人向法庭提供了确切无疑的证词。同时，中国法官还找到一份由德国驻南京大使馆发给德国外交部的秘密电报，内容正是关于日军侵占南京后的暴行。这份电报描述了日军在南京杀人放火、强奸抢劫的情况，结尾这样说：犯罪的不是这个日本人或者那个日本人，而是整个日本皇军——它是一部正在开动的野兽的机器。因纳粹德国当时是日本的盟国，而这份材料作为证据，无疑是真实可信的。
受害者与目击者真实的血泪控诉，触目惊心的证据材料引起了法官们的极大重视，终于使当年不可一世的松井石根在法庭上惊慌失色，被法庭宪兵拖出法庭。
最后，远东国际法庭对于在中国发生的南京大屠杀做出了如下判定：在侵华日军占领南京的最初6个星期内，被屠杀的平民和俘虏总数达20万以上。这已是远东军事法庭最慎重、最保守的估计。而据后来中国方面公布的数据，在南京遭到侵华日军屠杀的军民就达30多万。
随着南京大屠杀案件审理的结束，整个审判也开始进入了被告战犯的个人辩护阶段。1948年11月4日，审判长韦伯对25名甲级战犯宣读了最终判决。长达1 231页的判决书详细列举了各战犯的罪状，韦伯宣读了8天。11月12日，韦伯宣判：所有日本被告，有罪！判处东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、松井石根、武藤章、木村兵太郎7名战犯绞刑，其他战犯被判为有期徒刑和无期徒刑不等。
被判无期徒刑的战犯有16名：荒木贞夫（陆军大将，日本前文部大臣），梅津美治郎（陆军大将，日本前陆军参谋总长、前关东军司令），大岛浩（日本前驻德国大使），冈敬纯（海军大将，日本前海军省军务局局长、海军次官），贺屋兴宣（日本前大藏大臣），木户幸一（侯爵，日本前内大臣、前文部大臣），小矶国昭（陆军大将，前朝鲜总督，日本前首相），佐藤贤了（陆军大将，日本前陆军省军务局长），田繁太郎（海军大将，日本前海军大臣、前海军军令部总长），白鸟敏夫（日本前驻意大利大使、外务省顾问官），铃木贞一（陆军中将，日本前内阁企划院总裁兼无任所国务大臣），南次郎（陆军大将，日本前关东军司令、前朝鲜总督），桥本欣五郎（陆军大将，中日战争的煽动者、日本翼赞政治会总裁），俊六（陆军大将，日本前华中派遣军总司令），平沼骐一郎（男爵，日本前国务大臣），星野直树（日本前书记官长兼国务大臣）。
被判为有期徒刑的战犯有2名：重光葵（7年），日本前内阁外务大臣 ，假释后于鸠山一郎内阁服务。东乡茂德（20年），日本前内阁外务大臣，判决前病死。
其他战犯的情况是：永野修身，海军元帅，日本前海军部总长（1947年1月15日病死），杭冈泽在，日本前内阁外务大臣（1946年6月27日病死），免予起诉。大川周明，日本法西斯理论的主要倡导者，受审后即患精神病而停止审讯。
