这位皇长子，按祖制是为太子无疑，但是他却迟迟得不到册封。不仅如此，还年纪老大了却不被允许出阁读书。这一切的缘由，尽在他的父王万历希望册封自己喜爱的宠妃郑贵妃的孩子为皇位继承人的缘故。而这个郑贵妃，是何许人呢？
郑氏的父亲叫郑承宪，官至都督同知。初入宫时，郑氏位在淑嫔。她容貌艳丽出众，并且机智聪敏，爱读书、有谋略，更善于逢迎。因此，郑氏不久即得到神宗的宠爱，并在万历十一年（1583）超晋加封为贵妃，地位甚至跃居已生有皇长子的王恭妃之上。由于郑贵妃对神宗十分关心，鼓励他亲政，被神宗视为相见恨晚的知音。于是，无论于情于理，神宗对郑贵妃的宠爱和倚重便都是无以复加了。
万历初年，李太后为神宗娶的原配妻子是京师名门之女王氏。王皇后为人端谨知礼，伺奉太后用心周到，对神宗百依百顺。但是神宗并不喜爱她，加上她也没有给神宗生下一子，所以她对神宗寻花问柳之事并不介意，只求相安无事。
万历九年（1581年）的一天，神宗到太后处请安，发现服侍太后的宫女中有一个面容清秀的女孩，当时就临幸了这位姓王的宫女。不久，这位王氏宫女生下一子，即皇长子朱常洛（后来的光宗）。遵照李太后的旨意，神宗无奈只封了王氏宫女一个恭妃的名号。按礼，母以子为贵，已生有皇长子的王恭妃，地位仅可略次于皇后，除皇后之外，没有一个有资格可以位居其上的；而郑贵妃一入宫即受神宗宠幸，册封为贵妃，位于皇后之下、诸嫔妃之上，显然是于礼有违的。这是早已习惯封建正统礼法的朝廷百官们所不能接受的，于是为此闹得举国上下议论纷纷，奏章更是像雪片一样往京城宫中铺天盖地袭来，搞得神宗十分气恼，坐立不安，不知如何是好。此时郑贵妃却从旁说了句：何不把这些奏章一概留中，看看这些乡巴佬还能怎样？神宗一听转忧为喜，便采纳了郑贵妃的建议。
在册封郑贵妃的当天，户科给事姜应麟即上疏，给正热血沸腾的万历心中泼了一瓢冷水。姜应麟在疏中用的言辞极为尖锐沉重，他无非是希望万历能收回成命，名义上说先封王恭妃，而实际则是要万历封皇长子为太子。结果使得姜应麟及后来为姜说情的吏部员外郎沈、刑部主事孙如法一并获罪。接着又有南北两京数十人上疏申救，万历对此虽置之不理，我行我素，但心中却极其恼火。近400年后，明史研究学者黄仁宇先生在论述万历这一时期的生活和政见时，曾有过独特的见地：万历皇帝对于自己的“私生活”被人干预感到难以忍受，他觉得这如同把金银首饰、玉器古玩赏赐给一个自己喜欢的人，别人无权干涉。
而此时的臣僚对万历皇帝越来越“出格”的作为同样感到困惑：贵为天子，怎好如常人那样感情用事、为所欲为呢？像历朝大臣一样，他们总是把希望寄托在一个好皇帝身上，而最要紧的就是那个“好皇帝”是他们辅佐之人。这样，他们获得赏赐时，不管是官阶或者财物，都会随着皇帝的声望而提高欣赏之物的价值。张居正改革社会的试验和培养皇帝的努力，虽然以身败名裂而告终，但大臣中仍不乏继续奋斗者，他们尤其不愿看到万历被一个女人“勾引”而误国误民。
自从册封郑贵妃为皇贵妃引起群臣几乎一致的反对以来，万历对临朝听政十分厌恶。这时候，慈圣太后已经在慈宁宫中安度晚年，五更时分不再到万历住所呼喊“帝起”并携之登辇上朝了，张居正已死，冯保被贬，那位被称为“和事佬”的当权者首辅申时行，抱着万历有朝一日自会觉悟的幻想，对皇帝一再迁就。这样，万历皇帝在那些国色天香、销魂荡魄的六宫佳丽与板着面孔吹毛求疵的大臣之间，选择了前者。只有置身其中，他才能感到片刻宁静与欢乐。尤其是在那位体态娇柔、情投意合的郑贵妃面前，他才感到作为一个人的真实存在。
既然大臣敢放胆抨击万历隐私，那么皇帝身边的宦官也就不再为向外廷传递一些秘闻而感到忐忑不安。
万历皇帝日常生活放纵的消息不断传出，加上皇帝不时以“头眩”为由不举行早朝，那些虎视眈眈纠偏的大臣又发起新的一轮“攻击”。万历被激怒了，上疏干涉皇帝“私生活”的礼部尚书洪乃春被拖到午门外廷杖60，然后削职为民，以致最后愤郁而死。这以后廷杖几乎成了万历对付那些对他和郑贵妃之间的关系敢于置喙的大臣们最主要的手段了。大臣们被杖之后，立即以敢于廷争面折而声名天下，并且名垂史册。
一波稍平，一波又起。转眼间郑贵妃已有身孕，万历十四年（1586）生下一子，这就是三皇子朱常洵。母以子贵，随之郑贵妃又晋升为皇贵妃。皇贵妃是仅次于皇后的封号，在名分上高出皇长子母亲恭妃两级。这样郑贵妃在宫中地位更加稳固，其野心和私欲也就逐渐膨胀起来。在封建宫廷中，一个女子的最高愿望无非是争得皇帝的宠幸，当上皇后，从而光宗耀祖，显达门庭。郑贵妃明白，为了达到这一目的，首先要把自己的儿子推上太子之位，然后母以子贵，自己再做皇后；而此时最大的障碍就是皇长子朱常洛。
当时，那些坚持封建正统“有嫡立嫡，无嫡立长”的朝中官员们，早已把皇长子朱常洛看作是未来的皇帝。郑贵妃一心想立自己的儿子为太子，时常鼓动神宗立其子为太子；神宗也一向偏爱郑贵妃和朱常洵，不喜欢朱常洛，又有立朱常洵为太子之意。但是因立其子不合礼仪，势必要遭到众人的反对，所以，神宗只好对立太子之事一拖再拖，以待时机，事见《明史-神宗本纪》：“储位久不定，廷臣交章固请，皆不听。”这也正符合郑贵妃的心计。
然而，郑贵妃与神宗这种计谋瞒不过朝中大臣们。这一年，给事中姜应麟上书皇帝，提出立皇长子朱常洛为太子，以避免朝廷中的流言飞语。神宗看过姜应麟的奏章后，顿时大怒，在郑贵妃的唆使下立举圣旨，降谕道：“立储自有长幼之分，姜应麟怀疑君主，显摆耿直，应该降级到边远地区任杂职。”御旨一下，姜应麟即被贬往大同境内，但旨中有“立储自有长幼”一语，这句话实际上等于肯定了皇长子的地位。
神宗起初没有察觉有此一失，待诸大臣要求皇上实现诺言，按照“立储自有长幼”原则赶快立储时，方才感到竟然如此地失策。但因此时圣旨既下，已无法挽回，经过与郑贵妃的又一番密谋，决定还是使用惯常伎俩，拖拖看。于是神宗出面对群臣推说，皇长子方才6岁，年纪尚幼，这时候谈立储，实非所宜。神宗原以为，这么一说就能蒙混过去了，可反驳的奏章反而因此有增无减。这是因为神宗本人就是在6岁的时候被立为皇太子的，人们自然要以此为由来辩驳。此时，人多口众，神宗如何能抵挡得了。拖了两三年实在熬不过去了，最后神宗只好自己定出期限，让首辅传谕诸大臣，说立储一事应到万历二十年（1592）议行，要诸臣安心等待，不要再为此惊扰圣上。“如果大家能遵守，我后年即行册立太子；若再有人生事的话，就等皇长子长到15岁的时候再行大礼。”
此时皇长子已经11岁了，本来也等不了几年；但因此前神宗本人屡次失信于人，所以这次自定限期，仍有廷臣放心不下，惟恐他会忘记或者是装聋作哑。因此，就在限期“后年”临近的时候，工部主事张有德忍耐不住，便变了个法子进行试探，上疏请求把册立太子的仪注先行订出。没有此疏还罢，此疏一出，神宗果然抓住了把柄，怒道：“我早已有话在先，如若渎扰，便要延期。现在又来渎扰，只有延期，以向天下昭示大信。如再渎扰，还要再延。”此时立太子之事虽然又延了期，但郑贵妃眼看形势对自己不利，于是左思右想，又想出一个“待嫡”之说，要神宗加以宣谕。
万历二十一年（1593年），神宗在给朝臣的诏书中说他“想待嫡子”。因为抬出了嫡子，则其他所有的皇子便都成了平头弟兄，都不是嫡子，也都没有什么当立为储的特权。但因礼法上所谓“有嫡立嫡，无嫡立长”，皇长子之所以不同于诸子，正是由于他是符合于“无嫡立长”这一条的。所以这一说还没等公议，就被廷臣们推翻了。郑贵妃见此计不成，转眼又想出了一招，请求神宗来个“三王并封”。
所谓“三王并封”，就是在建储之前，先把皇长子朱常洛、皇三子朱常洵和另一个皇子朱常浩三人都封王，只要三人同时封王，彼此就都别无二致。郑贵妃让神宗交与阁臣拟旨，大臣们仔细一研究，认为这又是郑贵妃为抑制皇长子布下的一个陷阱，是郑贵妃为自己的下一步所做的铺垫，这道谕旨当然也就不了了之。而且在这之后，朝臣又坚持让皇长子朱常洛预教。万历二十二年（1594），神宗为朱常洛举行了预教典礼。
就这样彼此你来我往互相较量了无数个回合，皇长子朱常洛在这场马拉松赛中长到了20岁。神宗此时已被这场斗争搞得精疲力竭，终于在万历二十九年（1601）册立皇长子朱常洛为皇太子，并于第二年给他完了婚。至此，前后闹腾了十几年之久的立太子风波，才算告一段落。郑贵妃在这一重大回合中终于惨败了下来。
郑贵妃不仅野心勃勃，一心想当皇后，而且对金银财宝等财物也贪得无厌，达到了登峰造极的地步。万历二十四年（1596年）以后，神宗派出大批矿监税吏，赋予种种特权，到各处去搜刮金银财宝。
一方面，这些臭名昭着的矿监税吏如陈奉、马堂、梁永等都是郑贵妃的心腹宦官，他们知道郑贵妃受宠幸，无不极力巴结她。他们把从各地搜刮来的金钱和各地进贡的税银，进贡神宗与郑贵妃大肆挥霍。仅供郑贵妃和其他嫔妃使用的胭脂费，每年就支用白银10万两，而万历初年全国的田赋收入每年才400万两。
另一方面，这些宦官称郑贵妃为“内主”，他们倚仗着这个后台在各地搜刮掠夺，杀人抢劫，无恶不作。虽然各地百姓群起反抗，一些正直的地方官员也纷纷上疏要求惩办这些宦官，但是神宗与郑贵妃都极力为他们开脱，使他们逍遥法外。
万历二十九年（1601年）朱常洛立为太子后，朱常洵随之被封为福王。按规制，福王朱常洵受封藩王后应该立刻到藩国就任，但他却迟迟不肯前往。直至万历四十年（1612年），在群臣的一再呼吁和坚持下，郑贵妃知道无法让福王留在北京了，便以此为借口，提出了种种条件，想大捞一把。
郑贵妃提出要为福王在洛阳修建好藩邸方才就任。神宗一看大势所趋，这次福王是非去不可了，只好命朝廷拨款28万巨资在洛阳为朱常洵修建福王藩邸。然而，全部完工后，在郑贵妃的纵容下，福王坚决不到洛阳就任。借此，郑贵妃又要求划给福王庄田4万顷。按照明初规定，藩王明太祖朱元璋在加强专制主义中央集权政治的同时，还把他的24个儿子和一个重孙分封为王，称为藩王。他们一部分授以兵权，另一部分则驻于内地各省。在诸王中，以北方诸王势力最大。除岁禄外，划给的草地牧场多不过千顷，而郑贵妃要求给福王的土地大大超过了此数。后来因群臣的坚决反对，神宗不得已只好减半。
至此，郑贵妃还是不满足，又开始为儿子准备去洛阳的挥霍。如索要大学士张居正被籍没的财产及四川盐税和茶税，并要朝廷给淮盐300引，让福王在洛阳开店卖盐，并垄断洛阳的卖盐权。神宗不仅答应了这些要求，又在福王临行之时，把历年来税吏、矿吏所进献的珍宝，大都交给福王带走。福王到洛阳后，横征暴敛，胡作非为，造成黄河南北、齐楚河淮骚动，河南数年大荒，人民相食。而福王藩库有金钱百万，竟然超过了大内仓储。
