普京在总务局的主要工作，其实还是和他的克格勃背景有关，特别是在德累斯顿时期的工作有关。他以自己的法律知识和在克格勃工作的实务，负责清理苏联在国外的资产。因为俄罗斯继承了苏联在国外的债务，但是也继承了苏联和苏共在国外的财产，这笔资产数额不小，共有数十亿美元。
1997年3月，普京又被调入了总统办公厅，任副主任并兼任监督总局局长。办公厅和总务局当然完全不同。总务局管的是"物"，是房子或跟房子有关的事务，办公厅却是为总统服务的。至此，普京开始进入叶利钦的视线。在这里，普京和叶利钦的家族开始建立关系，特别是和办公厅主任瓦连京·尤马舍夫。叶利钦和尤马舍夫情同父子，因为叶利钦膝下无子，而尤马舍夫的平民青年知识分子形象很讨他的欢心。而且尤马舍夫和权势日盛的"第一女儿"塔季雅娜关系也很好。据称，尤马舍夫的赏识是普京得以进入叶利钦身边的关键。
普京在总统办公厅主要是负责监督总局的工作。这个局是专门代表总统和俄罗斯各个联邦主体〔21个共和国、6个边疆区、49个州、2个联邦直辖市（莫斯科和圣彼得堡）、1个自治州和10个民族自治区〕打交道的。俄罗斯联邦各主体由于各自不同的原因，和中央政府有这样或那样的矛盾，普京的工作就是检查总统政令在各联邦主体贯彻执行的情况、处理各主体的投诉和要求以及协调相互的关系。
到了莫斯科之后，普京在很短的时间内就进入了角色。和在圣彼得堡时一样，他在工作中干练务实，同时能够很好地处理与上级和左右的关系。监督总局局长这个职位对普京后来的逐步晋升很有好处。
1998年5月25日，普京又一次被叶利钦提升。此次普京被任命为总统办公厅第一副主任，主管中央与地方关系事务。第一副主任之职本已撤销，但当时的俄罗斯强权人物叶利钦又为普京恢复了这一职务。这充分说明普京在总统办公厅的地位越来越巩固。同时，在叶利钦的授意下，普京仍然兼任总统办公厅监察总局局长的职务。叶利饮已经意识到自己的政敌开始打"联邦解体"牌的危险性，而普京是特工出身，可以利用他的经验和果敢把地方牢牢地抓在手中，从而保持俄罗斯联邦的稳定。
看上去普京是得到了提升，但这次普京可不轻松，因为这一次普京可以称得上是临危受命。就在此前不到一个月，俄罗斯刚刚爆发了史无前例的"钢轨战争"，而此时俄地方分离主义发展正处在空前高涨的时期。
俄地方分离主义发展经过了两个高潮阶段：
早在俄罗斯宣布独立后不久俄地方分离主义倾向就已抬头。苏联解体后，俄联邦中央政府一度陷入空前的混乱状态，其对各地区间联系的协调职能基本丧失殆尽。为了维护自身的利益，俄各联邦主体纷纷掀起"主权进军"运动，许多州和边疆区都提出了"建立共和国"和"享有独立主权"要求。俄地方分离主义发展进入了第一个高潮阶段。
进入1996年后，俄罗斯地方分离主义发展越来越严重，很快进入了第二个高潮阶段。由于俄各地方行政长官相继改为由选民直接选举产生，联邦政府不再拥有任免行政长官的权限，加之中央财政持续紧张，难以保障按时足额发放对地方的财政拨款，导致俄中央对地方实施调控的政治、经济杠杆相继失去作用，俄地方分离势力进一步发展。
不断做大的地方势力无视中央权威，甚至公开与联邦中央分庭抗礼。他们不断向联邦中央发起挑战，相继制造了驱逐中央驻联邦主体的全权代表、越权插手对外政策、拒绝按规定交纳税赋等事件。
地方分离主义的发展势头，因为"钢轨战争"而加剧了。
进入1998年后，俄国内政治、经济形势持续恶化，拖欠危机进一步加深，俄居民要求改善生活状况的要求空前高涨。5月初，俄北部地区和西伯利亚等地的煤矿工人率先发起了声势浩大的罢工浪潮。这股浪潮很快蔓延到俄几乎所有的产煤地区。他们高呼要求偿还工资、叶利钦下台、改变现行经济政策等口号，切断了俄主要的铁路、公路交通线--这就是著名的"钢轨战争"。
这次"钢轨战争"造成了交通瘫痪，导致一些地区出现燃料供应紧张，一些对联邦中央早已心怀不满的联邦主体开始趁火打劫：一些地区威胁要实施紧急状态，斯塔夫罗波尔边疆区也发出禁止将本地区粮食运输到外地的禁令，卡尔梅克共和国总统伊柳姆日诺夫后来还提出了建立独立国家的要求。眼看着俄联邦政府面临着全面失去对地方控制的危险，叶利钦想到了普京，而普京也没有让他失望，很快控制了局势。
纷繁复杂的局势给刚刚登上总统办公厅第一副主任宝座的普京带来严峻的考验，他清醒地认识到，如果不能及时制止分裂主义势力进一步发展的势头，不仅俄国内形势稳定将有可能因此出现新的动荡，而且俄联邦的完整和统一也将面临空前的挑战。因此，他上任后立即使出自己的浑身解数，使用强硬手段对地方行政长官谋求独立的任何企图进行了全力遏制。
由于普京手段强硬，俄国内不少对其政策持批评态度的人开始大骂其为"帝国主义者"。但普京不为任何人所动，继续坚持用"猛药"医治顽疾，从而迅速整顿了中央与地方的关系。
在担任总统办公厅第一副主任期间，他依靠铁腕政策，重新树立克里姆林宫的绝对权威，其铁腕政策虽然得罪了不少蠢蠢欲动的地方首脑，但在叶利钦面前却屡得高分。而普京最令叶利钦及其家人欣赏的地方，就是他一贯地保持着谦虚、忠诚的本色。
在总统办公厅工作期间，普京时时保持着低调态度。他很少接受记者的采访，不在电视上露面，更不发表任何文章。而对叶利钦总统，他又处处维护其政治形象，积极为其出谋划策，自己却从没有任何的政治野心。就这样，"放心干部"普京很快得到了叶利钦及其家人的高度信任，从而成了叶利钦总统办公厅人气最旺的"红人"，为今后的火箭式升迁埋下了伏笔。
叶利钦很快就注意到了普京在监督总局的表现，但他同时也没有忘记普京的克格勃出身。叶利钦知道，虽然在苏联时期克格勃往往凌驾于其他部门之上，甚至凌驾于法律之上，不过总的来说，克格勃只是工具，别人可以用，他也可以用，而且必须用。同时，作为一个具有悠久历史和庞大组织的情报机构，克格勃不可能在一个晚上就消失，它遭到了巨浪的冲击，不过并没有土崩瓦解，而是改革和重组了。1992年1月，叶利钦签署命令，成立俄罗斯国家安全部取代中央情报局。但是由于俄罗斯国家安全部的很多人介入了议会反对叶利钦的斗争，使叶利钦十分恼火，在"炮打白宫"事件之后，他取消了俄罗斯国家安全部，代之以反间谍局，这个局后来又重组为俄罗斯联邦安全局。目前的俄罗斯情报系统由联邦安全局和对外情报局组成。从某种意义上来说，这两个机构都是克格勃的继承者，不过已然脱胎换骨。
对于这样重要的机构，叶利钦当然需要一个能干而又可靠的人来负责。他环顾左右，选中了普京。1998年7月25日，叶利钦签署命令，任命预备役中校普京为俄罗斯联邦安全局局长。本来，叶利钦打算提升普京为将军，但是普京没有接受，他知道，由一个中校提升为将军，即使是少将，也并不合适。普京也知道，以一个预备役中校而主管联邦安全局，会使很多人不服气，但他不在乎，关键是看当了局长之后的工作成绩和实效。据说，上任那一天，普京来到俄罗斯联邦安全局总部大楼，也就是过去的克格勃总部大楼，他的第一句话是："我回家了。"
克格勃是普京少年时代为之神往、后来又为之贡献了自己青年和中年时代的情报机构，现在普京成了这个机构的主人。普京执掌安全局之后，首先建立了自己的班底。他的第二个大动作是精兵简政。安全局总部有6000名工作人员，普京大刀阔斧地精简为4000人，整整裁去了三分之一。这些被精简掉的人员，或调往各地充实当地的安全机关，或改行。
普京是这样评价克格勃的：这是一个为极权主义服务的机构，但是具有非常专业的人员和组织。换言之，这只是一个工具，关键是为谁服务。可以为极权主义服务，但是也可以为民主政治服务。
"美人计"为叶利钦解围
1998年9月，普里马科夫出任总理后，左派几员大将进入政府，成为核心人物。普里马科夫本人也对左派有好感，试图在政府工作中寻求左派控制的议会的支持，采取实际措施，提高人民的生活水平，遏制经济下滑。一时间，其声望大增，叶利钦的权力受到严重挑战。
事实上，自从1998年3月叶利钦突然解散切尔诺梅尔金政府后，俄共等反对派就开始征集弹劾叶利钦总统的签名。此后，由于俄社会经济形势继续恶化等诸多原因，俄国内倒叶运动愈演愈烈。一些联邦主体领导人也纷纷发表要求叶利钦辞职的声明，245名杜马议员也在要求弹劾总统的倡议书上签了名。
进入1999年后，弹劾总统问题不断升温。当年2月，杜马弹劾委员会组织了多次听证会，通过了对叶的5项指控（瓦解苏联、炮打白宫、车臣战争、搞垮军队和军工企业、对俄罗斯人民实行种族灭绝），并提交杜马理事会审议。3月16日，杜马理事会通过决议，于4月15日的杜马全体会议上就弹劾总统问题进行正式表决。而按有关法律的规定，这5项指控只要有1项得以通过，叶利钦就将被免除总统职务。在此之前，叶利钦已4次受到弹劾威胁，但毫无疑问，这将是他最有可能被弹劾的一次。
而这时候，普京没有离开似乎"大势已去"的叶利钦，再一次显示出了他对上级的忠诚。
此时的叶利钦已经十分"疲倦"，加上健康状况恶化，明显有些力不从心，从这时起，他开始考虑接班人的问题了，而普京就在他考虑的人选之列。
普京到莫斯科后，无论担任何种职务，他都依旧保持着自己严谨的工作作风，与政界各党派团体保持距离，忠心耿耿地做好自己分内的事情。凭借自己独特的处事办法和工作作风，普京在首都的地位得到了巩固，同时也受到总统叶利钦的赏识。尤其是处理完"斯库拉托夫事件"后，普京已完全成为叶利钦心目中无人能替代的角色。
1999年初，俄罗斯总检察长斯库拉托夫指控叶利钦的亲信别列佐夫斯基和女儿塔季雅娜涉嫌经济犯罪，下令展开调查。叶利钦决定解除斯库拉托夫的职务，但是他的决定在俄罗斯议会上院联邦委员会未被通过。一时间，叶利钦及其家人陷入了极其尴尬的境地。
就在这个时候，事情出现了转机。3月16日，俄一家电视台突然播出了一段"色情录像"，录像显示，一个身材和长相酷似斯库拉托夫的男子，正与两名年轻妓女大玩性爱游戏。尽管斯库拉托夫既未承认也未否认这一事实，并曾暗示那个男子可能是替身，但还是因为此事丢掉了职位。
很显然，这件事情的曝光与联邦安全局脱不了干系。斯库拉托夫本人也辩解道："一些官员对我正在进行的调查感到非常惊慌，他们为了让我离开总检察长之职，就想出了这一高招。"
在俄罗斯，类似的"性丑闻"早已不是新鲜事，而以这种方式"倒在石榴裙下"的高官也有不少，此次普京又立下了奇功一件，在叶利钦面前又增加了印象分。
而叶利钦的回报则是对他加官晋爵，委以重任。1999年3月29日，叶利钦把俄罗斯联邦安全会议秘书这一重要职位交给了普京。
联邦安全委员会秘书由总统任命并且直属于总统，在国安会及相关的活动中拥有广泛的权力。一人兼两要职，既可以大大加强联邦安全局的工作，又在某种程度上扩大了安全委员会落实其内部决策的可能性。这时普京实际上已经成为叶利钦总统的主要盾牌。
当时，车臣第一次战争刚刚结束，叶利钦的任期只有1年多时间了，叶利钦长期以来身体欠佳，媒体又经常报道他酗酒失态。同时，俄国的经济和社会问题丛生，政坛斗争激烈。在国外，北约绕过联合国，对南斯拉夫和科索沃发动了78天的远距离空中打击，南斯拉夫被迫从科索沃撤军。美英试图一举将俄罗斯从该区彻底排挤出局。
普京刚一上任，就显露出了强硬手腕。他极力拥护叶利钦的决策，主张以特殊方式解决科索沃问题。早在北约干预波黑内战时，俄罗斯的领导人叶利钦就识破北约的军事行动是"项庄舞剑"，目的是将俄罗斯永远赶出巴尔干。所以，叶利钦坚决地宣布，巴尔干是俄罗斯的"政治势力范围"。
然而狂傲的美国人却毫不理会，欲先下手为强，利用军队已经集结和交通之便，抢先控制整个科索沃。当北约军队兴高采烈准备进驻科索沃首府普里什蒂纳的时候，一支俄军伞兵小分队却在英军之前，在普里什蒂纳机场如神兵天降，抢占了机场。消息传出，北约震惊。北约盟军总司令美国上将克拉克命令英军夺回机场，但是英军司令杰克逊拒绝了，他说："将军，我不能为您而发动第三次世界大战。"有理由相信，在协调这一行动的时候，普京作为联邦安全委员秘书，也发挥了他的作用。
然而，普京在这个岗位上只干了不足5个月，尚未来得及有更大的作为，便又履新职。这一次，等待他的是什么职位呢？
