与幸德秋水、堺利彦、张继、刘师培等一道讲习“社会主义”，使章太炎的思想在一系列重大问题上接受了或接近了他们的观点。幸德秋水说过，“亡命的革命党中多数青年，对于以往所进行的驱逐鞑虏、恢复中华、实行宪政、创立共和政权等运动，已不满足，因而进一步提倡民生主义即社会主义，其中最进步的人则热心倡导共产的无政府主义或个人的无政府主义”，这些革命党人“对于当前的国会、选举、商业、经济，都根本不信任，他们对当前的政治组织和社会组织都表示绝望，而要另外谋求人民幸福之途”。这一段话，几乎完全适用于这一时期的章太炎。《民报》第十四至十七号发表的《官制索隐》、《中华民国解》、《五无论》、《国家论》、《政闻社大会破坏状》等文，以及他为张继翻译的《无政府主义》一书所写的序言，就集中地表现了章太炎这一时期的思想特色。
章太炎的上述这一组文章，所着重探讨的是革命面临的一个根本问题，即国家政权问题。
同盟会的奋斗目标之一，就是创立资产阶级共和国。资产阶级的共和制度在欧美各国早就建立了，结果究竟如何呢？章太炎说，“世人矜美、法二国以为美谈，今法之政治以贿赂成，而美人亦多以苞苴致贵显。……藉令死者有知，当操金椎以趣冢墓，下见拿破仑、华盛顿，则敲其头矣。”代议制度，本被看做维护民主权利的有力工具，可是，这些国家实际的情况，却是：“议院者，受贿之奸府……选充议士者，大氐出于豪家；名为代表人民，其实依附政党，与官吏相朋比，挟持门户之见。则所计不在民生利病，惟便于私党之为。”因此，他断言：“议院者，国家所以诱惑愚民而钳制其口者也。”他坚持必须使议员真正处于平民监督之下，充分代表民众利益，否则，“有议院而无平民鞭箠于后，得实行其解散废黜之权，则设议院者，不过分官吏之赃以与豪民而已”。章太炎的这些言论，同幸德秋水、堺利彦、山川均等人当时抨击第二国际议会主义、改良主义的言论如出一辙。
章太炎在无政府主义特别是施蒂纳无政府个人主义国家理论的影响下，提出了自己的国家学说。其要点有三：“一、国家之自性是假有者，非实有者；二、国家之作用，是势不得已而设之者，非理所当然而设之者；三、国家之事业是最鄙贱者，非最神圣者。”
章太炎的国家学说与当时梁启超所鼓吹的伯伦知理的“国家至上”论、“国家为主体，人民为客体”论尖锐对立。他多处反复强调，唯有所有具体的个人，方才是真正的主体。他写道：“嗟乎！莽瀁平原，入其域而视之，始见土地，次见人民，乌睹所谓国家者？国家者，如机关木人，有作用而无自性；如蛇毛马角，有名言而非实存。”他以为，举凡村落、军旅、国家、法律、制度，它们都是由人创造的，只有各人方才“实有自性”，“要之，个体为真，团体为幻，一切皆然”。他反诘“国家主体”论者：“何得言离人以外别有主体”？章太炎的主张，从思想渊源说，主要来自欧美资产阶级启蒙思想家和一些无政府主义者。他们确认个人拥有不可剥夺的自然权利，应是国家主权的享有者。他们认为，政府和国家的出现本身就是一种罪恶，但是这种制度的出现又是不可避免的，补救的办法，就是必须坚持主权来自人民，政府必须对人民负责，必须接受人民的控制和监督。章太炎同样将国家视为罪恶的渊薮，因此他说：“承天下之下流者，莫政府与官吏、议士若。行谊不修，贿赂公行，斯为官吏、议士，而总其维纲者为政府。政府之可鄙厌，宁独****？虽民主立宪犹将拔而去之。”然而，他又承认政府的存在毕竟不可避免，因为这是生民的需要。正是基于这一点，他又不同意无政府主义者立即消灭国家的主张，所以，他说：“尝论政府之于生民，其犹乾矢鸟粪之孳殖百谷耶？百谷无乾矢鸟粪，不得孳殖，然其秽恶固自若。求无政府而自治者，犹去乾矢鸟粪而望百谷之自长。以生民之待政府而颂美之者，犹见百谷之孽殖而并以乾矢鸟粪为馨香也。” 尽管章太炎不懂得国家本来就是阶级压迫的工具，在讲到主权归于人民时，所强调的又只是各个社会成员的个人自然权利，然而，矛头所向还是很清楚的，他所抨击的正是“豪右”对国家政权的垄断，正是统治者凭借国家政权的力量对民众加以压迫与欺凌。因此，他在比较各种政体的优劣时，强调说：“凡政体稍优者，特能拥护吏民，为之兴利，愈于****所为耳。”
与此相应，在解释国家的作用或职能时，章太炎认为，国家只有在防御外敌入侵时方才表现出它的历史合理性与必要性。他说：“国家初设，本以御外为期。……无外患，亦安用国家为？”“今之建国，由他国之外铄我耳。他国一日不解散，则吾国不得不牵帅以自存。”力图将国家的作用限制在对付外敌上，反映了章太炎和他的同志们在还没有建成自己的政权时，已经多么关心不使这一政权蜕变为人民的统治者。他们认为，为了对付帝国主义侵略的危险，有必要保留国家这一机器，但更为重要的是要使这个国家真正成为一个不是高踞于人民之上、而是人民“仆役”的新型国家。
正因为如此，章太炎大声疾呼，必须使国家之事业“还致于各各人民”，必须坚决反对将国家之责任、功业、荣誉统统归之于国家元首或少数将相。他说：“至于国家之事业……其为种族革命欤，政治革命欤，社会革命欤，必非以一人赴汤蹈刃而能成就。我倡其始，而随我以赴汤蹈刃者尚亿万人。……余以为众力集成之事，直无一可宝贵者，非独莅官行政为然，虽改造社会亦然。尧、舜云，亚历山德云，成吉思汗云，华盛顿云，拿坡仑云，俾士麻云，于近世巴枯宁、苦鲁泡特金辈，虽公私念殊，义利事异，然其事皆为众力集成，则与炊薪作饭相若。……夫灶下执爨之业，其利于烝民者至多，然而未有视为神圣者。彼国家之事业，亦奚以异是耶？尸之元首则颇，归之团体则妄，若还致于各各人民间，则无过家人鄙事而已。”这就是说，莅官行政，以至改造社会，作为一种工作来说，它们都不比其他工作更神圣或更高贵一些，从事于这些工作者，没有任何理由自踞于别人之上。由于国家事业总是集合群众的力量方能成就，任何领袖人物便都没有任何理由居天下之功为己有。章太炎还更直截地斥责窃据集合众人而成就的功业为一己之力者“则甚于穿窬发匮者”。他以产品制造为喻，说明凡要制成一件产品，一要质料，二要作具，三要人力，“若夫国家之事业者，其质料与作具，本非自元首持之而至，亦非自团体持之而至，还即各各人民之所自有。然其功名率归元首，不然则献诸团体之中……斯则甚于穿窬发匮者矣”。
正是这种鲜明的革命民主主义精神，使章太炎对于幸德秋水、堺利彦、张继、刘师培等鼓吹的无政府主义，在许多重要问题上产生了强烈的共鸣。张继将意大利著名的无政府主义者马拉跌士达所著《无政府主义》一书译成中文，章太炎为它写了序，称赞这部著作“批捣政家，锄犁驵侩，振泰风以播尘埃，鼓雷霆以破积坚，堕高堙卑，丘夷渊实，荡复满盈之器，大庇无告之民”，断言“岂弟首途，必自兹始”。然而，他对中国的社会现实了解得毕竟要比刘师培、张继多一些、深一些、广一些，他并不认为中国很快就可以实行无政府主义。他指出：“若夫民族必有国家，国家必有政府，而共和政体于祸害为差轻，固不得已而取之矣。”共和政体并非理想境界，但是，比起其他政体来，毕竟为害要少一些。有鉴于欧美等国“爵位废而兼并行”的教训，章太炎又提出，在建立共和政体之后，“当置四法以节制之：一曰均配土田，使耕者不为佃奴；二曰官立工场，使佣人得分赢利；三曰限制相续，使富厚不传子孙；四曰公散议员(凡议员有贪污事，平民得解散之，议院本由民间选举，自当还付民间解散……)，使政党不敢纳贿”。他斩钉截铁地说：“斯四者行，则豪民庶几日微，而编户齐人得以平等。……虽然，是四制者，特初级苟偷之法，足以补苴衅隙而已。欲求尽善，必当高蹈太虚。然非有共和伪政及其所属四制以为之基，宁有翔蹑虚无之道？”
国家问题，是决定革命的性质、进程和结局的根本问题。它一直是革命派注意的一个中心问题，是《民报》同《新民丛报》论战的焦点。梁启超狂热地鼓吹过“君主为国家统治之主体，而领土及臣民为国家统治之客体”的国家论，汪精卫、胡汉民等人曾有力地驳斥了梁启超的理论，他们对于欧美共和制及代议制曾热烈地讴歌过，甚至以为那一套制度可以完美无缺地集合民意，保障民权。章太炎先前就对代议制能否反映民意有怀疑与保留，但是，在走上革命道路时，他对建立共和还是无条件地赞成过。现在，生活实践使他的观点又发生了变化。幸德秋水、堺利彦等人的影响，使他对资产阶级现代国家黑暗与丑恶的一面有了比较清醒的认识。他希望在革命胜利之后，不再重蹈西方资本主义国家的覆辙。他看到，欧美那一套政治制度，说到底，无非是一些豪右专权，远不是完美无缺；但也了解，刘师培所主张的“于满洲政府颠覆后即行无政府”而不再“另立新政府”，事实上行不通。他指出，共和制度是必不可免的一个过渡阶段，但是，必须通过平分土地、工厂国营、限制遗产继承等办法，改变那种听任资本统治一切的财产关系，通过民众充分有效地监督议员的办法，改变那种不是使议员成为民众的仆役，而是使议员成为民众的主人的政治结构，这种共和制度方才可取。在这里，闪闪发光的，实际上仍然是战斗的民主主义。
然而，即便是这样一种战斗的民主主义，章太炎也觉得并无足够的把握保证它能够给人们带来真正的幸福。来到东京不久，他就发表了《俱分进化论》，对于欧洲各国新的阶级分化表示震惊。他写道：
如欧洲各国，自斯巴达、雅典时代以至今日，贵族平民之阶级，君臣男女之崇卑，日渐铲削，则人人皆有平等之观，此诚社会、道德之进善者。然以物质文明之故，人所尊崇，不在爵位，而在货殖，富商大贾之与贫民，不共席而坐，共车而出；诸佣雇者之事其主人，竭忠尽瘁，犹必以佞媚济之，虽无稽首折腰之礼，而其佞媚有甚于是者……此非其进于恶耶？
欧洲各国与日本的现实，使章太炎深深感到，资本主义制度的建立，固然是社会的进步，但是，新的矛盾、新的罪恶也将不可避免地随之而产生。因此，他得出一个相当悲观的结论：
进化之所以为进化者，非由一方直进，而必由双方并 进。……若以道德言，则善亦进化，恶亦进化；若以生计言，则乐亦进化，苦亦进化。双方并进，如景之随形，如罔两之逐景。……果以进化为最幸耶？其抑以进化为最不幸耶？进化之实不可非，而进化之用无所取。
在此之先，幸德秋水早就揭露过，在生产资料私有制下，“学术越进步而道德越败坏，生产越发展而人民越穷困，教育越发达而犯罪越增多”。然而，幸德秋水相信，只要废除生产资料私有制，使其归社会公有，实现财富的公平分配，这种状况就可改变，“近世物质文明的宏伟壮丽”就能够“符合于真理、正义、人道”。章太炎则不然，他虽然承认社会主义制度比资本主义制度更加平等，但对它是否就真正能够使近世物质文明符合于善良、正义，却抱着强烈的怀疑。所以，他说：“随顺进化者，必不可以为鬼为魅为期望。于进化诸事类中，亦惟择其最合者而倡行之，此则社会主义，其法近于平等。亦不得已而思其次也。”
经过一年多的思考，他思想中的矛盾非但没有消除，反而格外加深了。他无法找到解决这些矛盾的力量。从怀疑主义，最后走到了虚无主义，于是，1907年9月他写出了《五无论》，说，将来尽管建立了共和制度，国界既存，政府仍在，便免不了还会继续产生争斗；私有财产未灭，便免不了会继续发生争夺，重新导致阶级产生；军备武器没有销毁，便免不了会照旧成为杀掠的工具；家庭未曾废绝，便免不了会照旧产生各种隔阂“间介”。为此，他认为，在建立共和制度之后，期以百年，应当令政权堕尽，以共产为生，熔解铳炮，废绝家庭。然而，这时，矛盾也没有最终解决。那时，既然人类仍然分为不同的聚落，“合旅相争，其势仍不能已”，为了铲除这一根源，那就必须做到“无聚落”——“农为游农，工为游工，女为游女，苦寒地人与温润地人，每岁爰土易室而居，迭相迁移，庶不以执著而生陵夺”。
章太炎在《五无论》中进而指出，以上所说的无政府、无聚落，还只是试图解脱无穷无尽的社会矛盾的第一步，种种社会矛盾事实上也不会就此完全消灭。现今的社会，现今的国家，都是人类从原人进化之后自己造成的，而原人则又是从微生物逐步进化而成的。“要使一物尚存，则人类必不能断绝。新生之种，渐为原人，久更浸淫，而今之社会、今之国家，又且复见。”怎样才能彻底消除这些矛盾呢？章太炎以为，在实现了无政府、无聚落以后，下一步就应当实现无人类、无众生。然而，这样还没有彻底从矛盾中解脱。既然宇宙存在，就仍然有可能从星云之中形成星球，形成地球，从无机物演变为有机物，因此，最后的解脱当是“无世界”。
