同样，他也反对程颢“论性不论气不备，论气不论性不明，二之则不是”之说。虽然在理学诸家中，吴廷翰对程颢批评最少，且对其“生之谓性”一语甚为赞赏，但对程颢这个观点中所表现的二元论，则直斥为“未达之论”。吴廷翰认为，性即是气，论性即是论气，气即是性，论气即是论性。程颢此语之失，在于以性为理，性与气为绝然相反之二物。他指出，孟子性善之旨，其关键在“乃若其情，则可以为善”，而“其情”，正是气的作用。孟子性善，在于探讨性的来源，其落脚点在气。而告子的“生之谓性”，若善加理解，则其落脚点亦在气，而且与孔子“性相近”之说可以会通。这里吴廷翰对孔子、孟子与告子的性论，皆以气会通。虽然他的解说与儒家正统相距甚远，仍不失为一种较为融通的观点，他的观点与后来气上说性的哲学家颇多相合之处。
不仅如此，吴廷翰对于以气论著称的张载的《西铭》也提出批评。他指出，《西铭》中“天地之塞吾其体，天地之帅吾其性”二句意思未尽善。“天地之塞”指气，“天地之帅”指志，也即天心、天理。承认人之形体为气，而同时承认天心天理为人之性，则有差。吴廷翰提出，天地生人，一气而已，此气即人性的根源。“内焉则为人之心，外焉则为人之体，体者气之充，而心者气之灵，岂有二乎哉？”（《吴廷翰集》第39页）《西铭》以天心天理（天地之帅）为性，是昧于心性之辨。吴廷翰对于心性，辨之甚精，他常说：“心性之辨何如？曰性者，生乎心而根于心者也。人之初生，得气以为生之之本，纯粹精一，其名曰性，性为之本，而外焉者形，内焉者心，皆从此生。是形与心皆以性生。”（《吴廷翰集》第23页）
此处性“生乎心”是说，人之有心而后有性之名，心为性所生并所居之地。而从根源上说，性最为根本，因为性是人之所以为人的根据，人的形体、精神皆是气，人的形体精神之气皆因性而生。所以吴廷翰又说：“心之初生，由性而有；及其既成，性乃在焉。”（《吴廷翰集》第23页）若以朝廷与人君为喻，则可说心为朝廷，性为人君，朝廷是政教号令所自出，喻人心为情感所发之地。但人君主宰朝廷，喻人心由性主宰。朝廷是人君所建立而又居住之地，喻心为性所建立而性居于心中。
通观吴廷翰对于太极、阴阳、道、理、性、心诸概念的解释，可以看出，吴廷翰是气一元论者，他以气为其哲学的根本出发点，一切皆统一于气。甚至孟子之性善，《中庸》之“天命之谓性”，宋儒之“德性之知”这些伦理意味极浓的范畴命题，皆婉转以气解释，并对离气言性，性气二元并立等说法进行批评。他的气一元论是很彻底的。
但是吴廷翰以气言性，亦有明显的不足，他对人的行为的善恶，也用气禀清浊厚薄来解释。气的清浊美恶决定人的仁义之多寡厚薄。仁义之多而厚，即性之善，薄而少即性之不善。这样解释，排除了从后天的修养说善恶，将伦理完全归因于自然，减弱了他的理论的一贯性
与完整性。
二对心学的批评
吴廷翰本其气一元论，对宋明理学家程颢、程颐、朱熹、陆九渊、杨简、王阳明都提出了批评。他对二程、朱熹的批评集中在性理的本质上，他说：“所论与先儒不同处，只是以气即理，以性即气，此其大者。”（《吴廷翰集》第33页）对陆九渊、王阳明的批评，全在“以心为性”四字。吴廷翰对陆王之学贬斥尤甚。他说：
自陆子之学，有“先立乎其大者”与“求放心”云云，若独指心而言，已有独任本心之失。至其徒杨敬仲一误，遂至以心为性。而曰“道心”，谓心即道也；“心之精神谓之圣”，谓心即圣也。夫以心为道为圣，而一切由之，以为言下有悟，言心下自省，便即是道，便即是圣人。此非释氏明心见性成佛之旨而何？今之人好异自高，遂窃其说而张大之，曰“致良知”。而其徒从旁窃听，以为妙道精义；且指其一种虚闻虚见者即妙解神悟，学不知性而专任心，其流之弊一至于此。然则心性之间，其儒释之辨欤？（《吴廷翰集》第34页）
吴廷翰这里，对从陆九渊到杨简，再到王阳明、王门后学的心性学说都提出了批评。陆九渊之独任本心，朱熹在鹅湖之辩时即已指出，朱熹批评陆九渊专事尊德性，遗却道问学，以心为理，以心为性。吴廷翰对陆九渊的批评也沿着这一方向，认为只以“先立其大”为学，于考究物理之道问学上终有欠缺：“陆子之学但求本心，于思字尚欠一格。”（《吴廷翰集》第59页）又指责陆九渊只讲求心，遗缺性：“陆子论学，独于性上不甚发明。”（《吴廷翰集》第61页）陆九渊的学生杨简将心推至极端，其《己易》以心与易道同其广大。又援引“心之精神之谓圣”之说，以心为道，以心为圣，而一切由之。功夫惟在悟，惟在内省，当下一悟，便是圣人。吴廷翰认为，此与禅宗所谓明心见性相同。这里，吴廷翰是以心性皆气，心性并重批评陆九渊师徒任心遗性之弊。
吴廷翰批评陆九渊和杨简的地方，在他的著作中还不甚多，而批评王阳明的地方，则有多处。对王阳明批评最多的，是“以心为性”。他的心性论，首辨心性为二：“心、性字，似一而二，今人知其一不知其二，所以为学易差。”（《吴廷翰集》第35页）《传习录》中比较浑融的地方，都被吴廷翰拿来作为混淆心性的例证，如“性一而已，自其形体谓之天，主宰谓之帝，流行谓之命，赋于人谓之性，主于身谓之心。心之发也，遇父便谓之孝，遇君便谓之忠，自此以往名至于无穷，只一性而已”一段，吴廷翰认为，这一段性、天、帝、命、心、忠、孝不分，是抹杀心性之别。他指责王阳明：“以心为性，乃此老根本之误。”（《吴廷翰集》第35页）下面这一段更是被吴廷翰斥为“知觉作用为性”的佛论：“知是理之灵处，就其主宰处说便谓之心，就其禀赋处便谓之性，孩提之童无不知爱其亲，无不知敬其兄，只是这个灵。”（《吴廷翰集》第35页）吴廷翰认为，王阳明之失在以心为性，以为心中流出者即性，所以其功夫在推致良知，能致得良知，便无适而非道。吴廷翰指出，心生于性，而性的根源是气。心中有生于形气之恶。发于性者，可谓道心，而心中潜伏之恶，亦乘间而出。若恃任心之发，以为心之发者就是良知，就是道，则有认贼作子之患。吴廷翰提出，心中流出者，须察识辨别，孰为性之所发，孰为非性之所感，否则将流为猖狂自恣。
吴廷翰不仅批评王阳明以心为性，而且认为，王阳明的为学宗旨致良知理论上有漏洞，他说：
凡言知者必是心之已发，若未发之知，浑然之良，何从而致？然已发之知则有良不良，人何由而知之？又何从致之乎？若曰良知自知，殊非圣人能之。……故圣人之学，必须格物以致知。如《书》所谓“学于古训”，《易》所谓“学聚问辨”与“多识前言往行”，孔子所谓博文、学文、明善，孟子所谓博学、详说。验以吾心，获于古人，才于理之是非、念之善恶晓然分明，而后其知庶几可得而致。不然，则中人之资，心体未莹，知之所发，善恶纷如，何以考据证验？一切念虑，皆非实体。其不至于独守自心，抱空妄想，认昏昧以为虚灵，呼****以为至理，猖狂自恣，无所忌惮，而卒为佛老之归、小人之党者，几希矣！（《吴廷翰集》第64页）
吴廷翰这里指出的，确实是王阳明之学一个关键性问题，也是王学之外的学者最难契会因而致诘最多的地方。在朱子学中，已发未发是斩截的。已发是情，未发是性，性为形而上，情为形而下，形而上之性不可推致于外。并且对已发的照察是形而下的活动，是心作为校验官对已发进行的察识与判别。吴廷翰也沿袭了这一见解，故对王阳明致良知之学隔膜不通。吴廷翰提出用以代替王阳明之学的是传统的朱子学的方法。吴廷翰认为，能够推致于外的必是已发，必是形而下的心的活动的产物。未发则不能推致，心的发散流出与对此发散流出之价
值判断者为同一人。在未有格物功夫之前，在良知判断是非的功能被锻炼之前，人怎能判断善恶是非？能保证所推致者皆善，这只有圣人。
所以，必须改致良知为格物致知；必须有学问思辨，博学详说，明善诚身诸功夫，才能对善恶是非有敏说的识别力、判断力。这样推致的才是经过过滤、筛选、调节的知。无有此等功夫，心之所发必至善恶杂夹，必至“认昏昧以为虚灵，呼****以为至理”，为一无忌惮之人。这里，吴廷翰是站在传统的朱子学的立场对王阳明提出诘难的。阳明之学对于拘守传统的人来说，确实如徐爱初闻王阳明之教：“始闻而骇，既而疑”。但若站在王学立场，则吴廷翰所提出的问题，皆不足为阳明病。如前所述，王阳明良知之学是在遵循朱熹格物说去做而扞格不通，经龙场之悟转到心学上，又经一系列大考验大事变，通过实践中的体悟和理论上的提炼而得到的。阳明良知之学中，形而上之性和形而下之心是打通的，这个打通基于他在长期道德实践中对于私欲的克治，对于智慧的凝聚，对于境界的提升。理论上的根据是孟子的“良知良能”的自然发用。他的弟子王龙溪对于他最后境界的概括是“开口即得本心，更无假借凑泊”，就是说，心中流出的是本心，本心即性。所以王阳明说“良知即天理”、“良知即性”。并且王阳明的致良知，致字即是行字，良知推致之处，就是私欲克治之处，天理流行之处。所以致良知同时即是“格物”，即是“正其不正以归于正”。王阳明明确把良知规定为“所性之觉”，即良知天理的时时发露，时时呈现，时时为心觉知。良知又在推致的过程中锻炼了善恶是非判断能力。其晚年化境至如黄宗羲所谓“如赤日当空而万象毕照”。吴廷翰批评王阳明，而对其良知之学的精髓实未能知。他的批评多由己学出发，显得隔膜、肤廓。
吴廷翰对阳明格物说、知行说也提出了责难：
今人为格物之说者，谓“物理在心，不当求之于外；求之于外，为析心与理为二，是支离也”。此说谬矣。夫物理在心，物犹在外，物之理即心之理，心之物即物之物也。（《吴廷翰集》第45页）
吴廷翰又说：
“致知在格物”，格物只是至物为当。……分明使致知者一一都于物上见得理，才方是实。盖知已是心，致知只求于心，则是虚见虚闻，故必验之于物而得之于心，乃为真知。此正圣贤之学，所以内外物理合一处。（《吴廷翰集》第45页）
这里吴廷翰承认心中有理，此理与外物之理同一。心中之理只有与外物之理验证吻合，才是可以运用之实理。所以，他认为格物就是至物，至物是就外在事物上知其理然后与心中之理验证。这就是他说的“必验之以物而得之于心”，也就是他所谓“内外物理合一处”。只于外物上求理与只于心中求理都是片面的。只求于心，所得为“虚见虚闻”，必须在外物之理上验证。王阳明的“物理在心，不当求之于外”，是是内而非外，陷于一偏。他的根本观点在求理于物而与心中之理验合。
