首先，李贽认为，凡能生者，皆为二不为一，天下万物皆生于二，不生于一。因此，阴阳二气即为世界本根，在它之上不能更有能生者，如夫妻即是人之始者。故老子所谓“道生一，一生二”、朱熹所谓“理生气”、《易传》所谓“太极生两仪”，皆是错误的，他说：
夫厥初生人，惟是阴阳二气，男女二命，初无所谓一与理也，而何太极之有。（《夫妇论》，《焚书》第90页）
他论证说，如果二生于一，一又何由生。若究诘其极，必走入道家“虚能生气”之说。如有所谓一，一与二为二，生与被生者为二。上溯生之生者，必至无穷，皆为二。因此，绝没有不与二对待的“一”。不能言生气之理，生二仪之太极，阳阳二气即为最后本根。李贽此说，有极强的实证论色彩。虽二也是一种抽象，但此抽象是能见的万物的抽象，以事实为根据，而“一”则出自形上思辨。从实证的角度看，形上学是不能成立的。李贽的“厥初生人，惟是阳阳二气，男女二命”与“天地人物，共造端于夫妇之间，于焉食息，于焉语语”（《夫妇论》，《焚书》第90页），皆可看出排除形上学的意思。
山河大地，皆生于阴阳二气。但山河大地与佛教所谓清静本原又是体与用、本原与表现的关系。李贽世奉******教，从其临终所嘱葬式看，他并未放弃******教信仰。由于自小受家庭熏陶，李贽不喜佛教和道教，他曾自述：“余自幼倔强难化，不信学，不信道，不信仙释。
故见道人则恶，见僧则恶，见道学先生则尤恶。”（《王阳明先生道学钞》）后尊信王阳明，尤服膺王龙溪，逐留意释典。在姚安，曾入鸡足山阅藏经不出。至麻城，居龙潭湖畔芝佛院二十余年，参究佛书。所以后来李贽深信佛教，实证论立场逐渐变为思辨之学，故他又承认佛教所谓清净本原。他论万有与本的关系说：
若无山河大地，不成清净本原矣，故谓山河大地即清净本原可也。若无山河大地，则清净本原为顽空无用之物，为断灭空不能生化之物，非万物之母矣。可值半文钱乎？然则无时无处不是山河大地之生者，岂可以山河大地为作障碍而欲去之也？（《观音问》，《焚书》第171页）
李贽以清净本原为万物的根据。这里“本原”一词与上文“本根”不同，本根指构成事物的原初质料，在李贽为阴阳二气。本原则是一个形上学概念，即万物的真实本性。李贽认为，山河大地同时即清净本原，非在山河大地之外之后有一清净本原。清净本原是一种思辨的有，而非实有其地，实有其时。此清净本原与万有为体用关系，有山河大地，所以知有清净本原，清净本原就在山河大地中，如颜料与调配颜料之胶青，你中有我，我中有你，不可截然分离。清净本原非“断灭空”，非实有一物，本原与现象一而不二。现象不为虚，本原不为实。无山河大地则无清净本原。清净本原实际上是一个形上学的思辨预设。
李贽由于信佛教渐深，接受了佛教的根本思想，这就是，万象为妄色，心象为妄想，真心为本原，他从这里得出“大河大地皆吾妙明真心中一点物相”的结论。这里所谓妙明真心，非人色身内之心，而是“清净本原”。他反对心在色身之内，他说：
既以妄色妄想相交杂而为身，于是攀缘摇动之妄心日夕屯聚于身内，望尘奔逸之妄相日夕奔趣于身外，如冲波逐浪，无有停止，其为昏扰相，殆不容以言语形状之矣。是谓心相，非真心也。而以相为心可欤？是自迷也。既迷为心，则必决定以为心在色身之内，必须空却诸扰扰相，而为空之念复起矣。（《解经文》，《焚书》第136页）
“真心”即世界万有本原，此真心非肉身内之心，肉身内之心是识。视肉心为真心，是迷妄。这种迷妄认为人之心为虚空，本无相可得，而人取外界影像为各种相，想为各种意，意相交杂于心，所以不空。必使诸意相空，然后恢复心的本来面目。这是迷妄之见。即使能做到空却诸扰扰相，本原处已差。况且以心之本体为空而求夫诸扰扰相，求空亦为一念，于是辗转相生，无有真空之时。在李贽看来，首先须知真心非色身内之心，真心是清净本原，山河大地及色身内之心皆形下具体之物，皆“真心”本原的现象。故心相不能空，亦不必空。本原是海水，诸相是浮沤，这是“真心”与现象的正确关系。这就是他说的：“吾之色身洎外而山河，遍而大地，并所见之太虚空等，皆是吾妙明真心中一点物相耳。是皆心相自然，谁能空之耶？心相既总是真心中所见物，真心岂果在色身之内耶？”（《解经文》，《焚书》第136页）
山河大地与清净本原之说出自《观音问》，真心与心相之说出自《解经文》，若加以对比，《解经文》中的思想与《观音问》中的思想着重点有不同。《观音问》重在体用一源，不能现象之外觅本体，《解经文》则是由本体之真显现象之虚。二者着重点不同，但思想前后一贯。
“山河大地为妙明真心中一点物相”是他最根本的思想。
李贽个性倔强，不喜与世俗交接，惟好读书。自黄安徙麻城龙潭湖畔芝佛院，日以读书为事，所读之书甚为驳杂。他的儒学得自王阳明和王龙溪。他所排击者，为俗儒、陋儒、鄙儒、腐儒及“阳为道学，阴为富贵”的伪儒。对儒中豪杰如王阳明、王艮、王龙溪、罗汝芳等，则心
仪之。晚年又喜治《易》，“从治《易》者读《易》三年，竭昼夜力，复有六十四卦《易因》锓刻行世”（《圣教小引》，《续焚书》第66页）。又由慕古之隐者如庄子、严光、陶渊明、邵雍等进而喜读道家书，老子《道德经》、关尹《文始真经》、谭峭《化书》，居则置案头，行则随身携带，以便讽诵。他还为《庄子》内七篇及老子《道德经》作注，他尝赞道家说：
夫道家以老君为祖，孔夫子所尝问礼者。观其告吾夫子教语，学者可以一时而不佩服于身，一息而不铭刻于心耶？若一息不铭刻，则骄气作，态色著，淫志生，祸至无日矣！（《道教抄小引》，《续焚书》第66页）
他又有《子由解老序》，其中说：
食之于饱，一也。南人食稻而甘，北人食黍而甘，此一南一北者未始相羡也。然使两人者易地而食焉，则又未始相弃也。道之与孔老，犹稻黍之于南北也，足乎此者，虽无羡于彼，而顾可弃之哉！何也，至饱者各足，而真饥者无择也。……使余之于道若今之望食，则孔老暇择乎！自此专治《老子》。而时获子由《老子解》读之。（《焚书》第110页）
在李贽这里，道家思想可以止息儒家学者的骄奢之气，可以规治官场贪污奔竞，士人追逐名利。李贽实际上主张三教融合。他向往的人格，是真为性命之人，抒写真性情之人，三教皆取，而又不滞任何一处。李贽晚年的生活，就是他这一主张的实践。他寄身庵院，但非受戒僧侣，不受寺院拘管，也不做僧人日课。他入世，但不交接俗人。他屏绝俗务，包括远离家庭。他自由地抨击他认为虚假的一切。恨他者恨入骨髓，喜他者喜之若狂。他以他的文章，他的生活，向世人宣示了他的人格：一个保持了“童心”因而难为世所容的文人。
四李贽身后的影响
李贽一生愤世嫉俗，与周围的世界落落难合。其不灭息者，惟有孤寂之心中澎湃激荡的自由思想。他曾感喟说：“余惟以不受管束之故，受尽磨难，一生坎坷，将大地为墨，难尽写也。”（《感慨平生》，《焚书》第187页）自中举出仕后，几任官上，无不与上司同僚抵触。弃官
走黄安、麻城，又与当地名士、儒徒抵触，数次被逐。子女中多人夭死，远妻室，住佛寺，终以笔舌系囚，自杀狱中。
李贽死后，他的著作屡次遭到禁毁，但名愈高书愈售，以至伪托以射利的赝书充斥坊间。他的思想流传广泛，在明末思想界发生了很大影响。
李贽身后，对他的评价截然相反。据守正统儒家营垒者，多诋訾污蔑；而具有自由精神的学者，则奉李贽为圣人，如张鼐《读卓吾老子书述》，对李贽给予高度评价：
卓吾死而其书重。卓吾之书重而真书、赝书并传于天下。……卓吾疾末世为人之儒，假义理，设墙壁，种种章句解说，俱逐耳目之流，不认性命之源。遂以脱落世法之踪，破人间涂面登
场之习，事可怪而心则真，迹若奇而肠则热。且不直人世毁誉，生死不关其胸中，即千岁以前，千岁以后，笔削是非，亦不能越其权度。总之，要人绝尽支蔓，直见本心，为臣死忠，为子死孝，明友死交，武夫死战而已。此惟世上第一机人能信受之，五浊世中哪得有奇男子善读卓吾书，别其非是者！今俗子僭其奇诞以自淫放，而甘心于小人之无忌惮，动辄甲乙笔墨，乱其手泽，而托言卓吾老子之遗书。夫一古人之书耳，有根本者下笔鉴定，则为画龙点睛；无根本者妄意标指，则为刻舟记剑。嗟乎，我安得具眼之人读卓吾氏之书哉！（《续焚书》第2页）
袁中道之《李温陵传》亦有相同的看法：
至于今，接响传声，其观场逐队之见，已入人之骨髓而不可破。于是上下数千年之间，别出手眼，凡古所称为大君子者，有时攻其所短；而所称为小人不足齿者，有时不没其所长。其意大抵在于黜虚文，求实用；舍皮毛，见神骨；去浮理，揣人情。即矫枉之过，不无偏有重轻。而舍其批驳谑笑之语，细心读之，其破的中窾之处，大有补于世道人心。而人遂以为得罪于名教，比之毁圣叛道，则已过矣。（《焚书》第5页）
卢世榷之《尊水园集》谓李贽：
其人出世逃禅，使性负气，似乎于物阔远，乃最能体人情，切事务，决不肯作一门面语。发为文章，著之纸墨，光怪淋漓，终归简要。可以救时，可以传世。善读者六通四辟，心平气和；不善读者只增其决裂而已。于是卓老遂为世所诟病。嗟乎，世岂足以诟卓老哉！……当胸腔愊窒，意绪荒芜时，朗诵一过，如佳茗解渴，名酒破闷也，人生乐事无逾此者。（《李卓吾杂著》，《尊水园集》卷七）汤显祖至有“听李百泉（李贽）之杰，寻其吐属，如获美剑”之语（《答管东溟》，《汤显祖集》卷四十四）。
此数人皆明后期文学家，汤显祖之浪漫主义唯情论文学主张，受李贽“童心说”影响极大。袁宏道、袁中道兄弟与李贽交游，其文学宗旨“独抒性灵”，及反对前七子复古摹古，“拾他人残唾”，亦得于李贽童心说。
正统派儒者，特别是尊信程朱之学者，多不喜李贽，以李贽《藏书》中对古人的评论为“是非颇谬于圣人”，以李贽《焚书》中的许多激愤语为招祸杀身之由。如明末东林党的领袖顾宪成说：
李卓吾讲心学于白门，全以当下自然指点后学，说人都是现现成成的圣人，才学便多了。闻有忠节孝义之人，却云都是做出来的，大体原无此忠节孝义。学人喜其便利，趋之若狂，不知误了多少人。（《当下绎》，《顾端文公遗书》卷十四）
他又有《与高攀龙书》说：
李卓吾大抵是人之非，非人之是，又以成败为是非而已。学术到此，真成涂炭，惟有仰屋窃叹而已，如何如何！（《泾皋藏稿》卷五）
王夫之在其《读通鉴论》、《尚书引义》、《读四书大全说》、《老子衍》、《搔首问》、《俟解》中屡次批评李贽，他在《读通鉴论》中说：
若近世李贽、钟惺之流，导天下于邪淫，以酿中夏衣冠之祸，岂非逾于洪水烈于猛兽者乎！（《读通鉴论》卷末，《叙论三》）又评李贽《藏书》说：
李宏甫踵而为《藏书》，益以阿私之好。妄人也，尤不足齿也。（《明纪野获序》）
方以智亦说：
愤世无不为口、为名，而无可讳口、讳名者，故不禁出声耳。每叹李卓吾自负尖快小才，纵其偏见，欲一手抹天下，作第一人。而官不称意，遂发愤噀血，助以穿魔之杖，益颠倒其说以快意。一切不顾，以为诡骇天下则得名更速，故专骂好名者。其称则天、冯道之类，遂为坏名教、乱天下之渠魁。得罪天地，故世以异端诋之。然岂知彼益得计乎？彼知如此毒辣破败，既足以慰后进贪奇喜新之人情，又足惹天下谤我，则我名愈烈。逆知后世虽有正人斥我，终不胜尖快小才之外怜而内护之。此所以得计其无忌惮也。（《东西均·名教》）
《四库全书》对李贽的著作皆极力丑诋，视如洪水猛兽：
贽书皆狂悖乖谬，非圣无法。惟《藏书》排击孔子，别立褒贬，凡千古相传之善恶，无不颠倒易位，尤为罪不容诛。其书可毁，其名亦不足以污简牍。（《四库全书总目提要·藏书》）
这些截然相反的评价反映了在明代后期市民阶层兴起，社会意识形态发生变革，传统观念、旧有价值体系遭到撼动时，文化上不同立场的斗争情况。李贽被目为异端之尤，遭到当权者甚至当时第一流知识分子的贬斥，这说明一种新的、超越一般人观念的思想尚不为社会所认识。赞扬他的主要是一些文学上、美学上的激进派，抨击他的多是王学的反对者，皆对王学尤其是泰州龙溪一派有意无意地逸出当时占统治地位的社会意识形态缺乏同情的理解，对于自由思想，对于突破千百年来拘受儒学旧观的反传统思想尚不能适应。东林学派当明末鼎革之前的“山雨欲来风满楼”之时，敢于讽议朝政，裁量人物，独不能容一李贽。黄宗羲写出了《明夷待访录》这样大胆的著作，亦斥李贽为“鱼馁肉烂”。这说明，敢于在经济、政治方面批判旧体制的人，未必敢在突破正统观念体系上冒天下之大不韪。这是以正统自居的思想家短视和懦弱的方面。
