可以说，阿拉伯科学的兴盛与衰落，都与伊斯兰教有着密切的关系，真是成也伊斯兰教，拜也伊斯兰教。在伊斯兰教兴起后的一段时期内，它需要科学、需要医学的发展，为它的统治者服务。阿拉伯社会受益于科学、医学发展的同时，理性思维一样获得同步发展。
理性思维发展的结果，不可避免地会冲击宗教的信条。这是统治者不愿看到的。
经济基础决定上层建筑，当科学失去统治者的赞助和支持后，也就开始衰落了。当宗教对科学和科学家持相反的态度时，科学的发展就受到限制或遏制。
其一，９世纪下半叶以来，伊斯兰世界内部已呈现出衰落的趋势（王室的腐败和争权、哈里发的继承制度、奴隶---近卫军势力和权力的扩张、地方小王朝的出现和争夺等），使得伊斯兰世界的科学再也没有以前的那种优越的社会环境了。
当然，科学的发展有它的相对独立性，在帝国衰落时期也会继续得到发展，甚至有的小王朝以鼓励学术、庇护科学家来掩饰自身的不义的统治，但这已无法与以前相比了。
在不断受到内外打击的情况下，加上１１世纪末十字军东征，特别是蒙古人西侵对伊斯兰世界的沉重打击，最终也就默默无闻了。
其二，从政治上对理性的扼杀到宗教上一统思想的确立，是科学衰落的又一原因。如前述，科学和理性的发展与哈里发的赞助和支持是分不开的。
随着９世纪下半叶哈里发对强调理性的穆尔太齐赖派的镇压，出现了宗教上的反动。政局的演变，使得伊斯兰世界以前的那种宽容、乐意吸纳外界优秀文化成果的大门也就完全关闭了。
加上伊斯兰教权威安萨里的活动，特别是对法拉比、伊本西那等哲学家的批判，在9、10世纪那些受到古希腊亚里士多德思想影响的哲学家，为世俗科学发展争得的地盘也逐渐丧失殆尽。
在这种思想指导下，科学和理性的发展越来越受到限制，进而在无形中扼杀了科学和理性。
其三，宗教世界观的影响。在哈里发赞助和支持科学时，最初，宗教界极其敌视理性。可是，宗教的发展又离不开理性。
随着越来越多的宗教学者（乌里玛，教义学家、教法学家）接受了理性，甚至以理性为信仰论证和辩护，而具有自由思想的学者或世俗哲学家受到打击后，原来为科学服务的理性，这时却成为信仰的工具。
特别是伊斯兰教关于真主的启示是一切知识源泉的思想，随后在阿拉伯世界越来越占主导地位。科学知识部门越来越萎缩，宗教学科成为人们认为的唯一的知识部门。这样，一度极其繁荣的科学也就无声无息了。
其四，西方近现代科学的发展。由于欧洲学者受到阿拉伯科学的影响后，继文艺复兴、宗教改革运动、以至于近代科学的发展，在16、17世纪还影响、支配着欧洲社会的阿拉伯科学和医学，逐渐为欧洲这时兴起的科学和医学所替代，阿拉伯世界的科学和医学最终在世界上的地位消失。
目前，人们仅仅能够在某些地方还能看到它的踪迹，但已大不如前了。
自公元7世纪起至其后的一、二百年间，阿拉伯人初步建立起一个西起西班牙比利牛斯山脉，东至大唐西部边境与印度信德地区的横跨亚、非、欧的世界性帝国--阿拉伯帝国。
这一帝国的文明达到很高的水平，其科学、技术及文化成就，即使在帝国之后相当长一段时期内，仍然保持领先地位，直至文艺复兴，世界科学中心才由那里转往欧洲。阿拉伯帝国的科学成就对人类社会的发展产生不可磨灭的印记，它在人类文明史上占有重要的篇章。
