高昌就只剩下首都，这是一座孤城。不过麴智盛有后台，西突厥已经答应派兵援助，只要他撑过这段时间，就可以等到援军的到来。
为了缓和局势，麴智盛给侯君集写信：“得罪天子的是我爸，跟智盛没有关系，现在他已经遭了报应。智盛刚刚即位，希望尚书可怜一下。”
侯君集回信：“改了就是好孩子，如果真的肯改过自新，你就带着百官，空手来到城门前边，以示诚意。”
麴智盛没了动静，是日，唐军对高昌发动了总攻。高昌防御妥当，城外的护城河也可以挡住唐军进攻的步伐。
侯君集不跟护城河较劲，让几千人扛着早就准备好的工具，连挖带掘，顷刻便把护城河给填死了。高昌守军被吓得半死，他们看到，从那一大滩泥土上，碾过无数高达十几米的长头怪物。
这东西类似于竹竿上挂鸟巢，士兵站在鸟巢上，直接可以看见城内的动静。如此变态的发明，让高昌守军很惊讶。惊讶就惊讶吧，唐军就是这个样子。城内的状况汇集在了牙帐下，侯君集下令，不跟他们扯淡，直接运用更变态的武器。就这样，从前军仪仗中推出许多个头虽小，但体型庞大的家伙。这是抛石机，专门对付不开门的守军。
伸头查看的守将首先遭殃，当大石纷纷扬扬落下的时候，他们有的命好，被砸成了脑震荡；有的命差，直接去见麴文泰了。
据记载，如雨的飞石不是像我们想想中的那样，只有拳头大。这些石头小的重达几十斤，大的几百斤，被巨型抛石机抛向天空，动能转换成势能，势能再转换成动能。值得注意的是，抛石机一头是巨石，另一头是由二百名士兵拉扯的粗绳，额，的确有点变态。真是苦了这帮守将，即便能量不守恒，石头到了城墙没有速度，单凭那几百斤的重量，也能把人压个半死。
苦守了几天，麴智盛终于等来了西突厥的援军。
西突厥按照原计划实行营救，远远屯兵浮图城，与麴智盛“遥相呼应”。看起来，西突厥的可汗对事态的发展早已是胸有成竹。不过，此人为人幽默，他答应麴文泰派出援兵，也的确派了兵，可等侯君集领着大军渡过戈壁滩，屯兵高昌都城之下攻城的时候，西突厥人纷纷开始退场。
他们表示，没见到唐军，以为很好对付，这回远远见到了，我们也该走了。
再见，智盛！可汗卷着老婆、孩子，一溜烟儿往西狂逃而去，足足逃了一千多里地。
沙钵罗叶护可汗跑了，浮图城的声援也没了。
……
这不是坑爹么！其实也没有那么坑爹，可汗虽然跑了，但他留下了大将欲谷设，让欲谷设假模假样地待上一阵。
不知道欲谷设心里是怎么想的，反正他觉得自己挺委屈。等可汗跑得没影，便拱手将浮图城让给了唐军。
虽然如此，高昌都城依旧坚守，大有不到黄河不死心的气魄。侯君集让抛石机继续，其余人马兵分几路，攻打其他不肯投降的城池。高昌本来城就稀少，一口气下来，二十二座都被打了下来，有八千多户，将近两万人被俘。
麴智盛彻底崩溃，开门投降。贞观十四年（公元640年）九月，俘虏着麴智盛和高昌的百官，侯君集凯旋而归。李世民搞了三天宴会，犒劳了有功的人。
自此，大唐国土，东到大海，西到焉耆（新疆），北到大漠（俄罗斯），南到林邑（越南），分别设置了州县。安西都护府应运而生。李世民以高昌为西州，以浮图城为庭州，又将交河城设置成为这个垂名青史的地方，并留兵镇守。
唐灭高昌之战，使得西域和中原连为一体，同时有效地镇住了西边喜欢闹事的西突厥，可谓功德无量。有功必赏，有过必罚。
令人称奇的是，这回最有功劳的人，除去侯君集和薛万均，受到李世民亲口表扬的还有一个园林建筑师、园林设计师、武器制造专家，姜行本。
姜行本应该是本人专业的祖师爷级人物，用来避暑休假的九成宫、洛阳宫就是他的杰作。
姜行本不拘泥专业，他设计的结构奇特、庞大而又精巧的武器被广泛用在了战争中。
大军抵达伊州的时候，在山坡上，就有无数工匠开始砍伐树木，制成了包括云梯、撞车、抛石机、巢车等极其先进的武器。可以毫不客气地说，那个时代，科学是第一生产力已经被李世民认可了。李世民不拘一格赏人才，为了表彰姜行本的贡献，他下诏说：
对于战争来说，装备至关重要，将士再勇猛，也不如撼天动地的巨弩厉害。将士们靠器械打败敌人，对敌人产生了极大的威慑。姜行本亲自指导攻城器械的制造，才让他们得以创下如此好的战绩，万里江山也因此得以安宁平定。
朕真的很欣赏这样的能人，自古以来，鲜有可比的！麴文泰的观察没错，错就错在他不知道攻城的器械都是现造的。
不懂技术真可怕！
【高昌妇女真好看】
重赏姜行本的同时，侯君集、薛万均也该受赏。
但有人站出来发对，并揭发了他俩的罪行，说他们在高昌都干过见不得人的事儿。
后来，李世民弄清楚了。原来是侯君集统军不严，高昌宫廷里头被收上来的财物被士兵偷走了一大半。
从这件事上来看，侯君集的确挺冤枉，他不冤枉的地方在于，等将士怕挨罚，给他送钱的时候，他想也没想就收下了。大理寺盘问知情人，知情人透露，也不是将士非要偷，是因为有几个将军瞧着侯君集明目张胆地私取财宝，大家才放开胆子抢战利品的。
事情已经很清楚了，侯君集身为一军统帅，不能严格要求自己，以身作则，言传身教，把整个军队搞得乌烟瘴气，罪不容赦。
李世民下诏，将侯君集等人一并关押入狱，听候发落。和侯君集不同，副帅薛万均的罪过看起来并不大，他被李世民封为潞国公。但好景不长，有人揭发薛万均战后也干过不要脸的事儿，并说有足够的证据可以证明自己的观点。
证据是一个高昌女人，长得别有风情，十分性感，是男人看了就头晕的那种。这女人被大军当做俘虏带回来后，薛万均看她长得有风情，便拉过来嘿咻。薛万均乐此不疲，这几天都没打住。
告发者说得有鼻子有眼，把薛万均被气了个半死。
高昌女人也表示自己从来没有和潞国公干过那等偷鸡摸狗的事情，一定是有人想对她做不好的事情，不得手就诬告了她。为了证明自己的清白，她和薛万均相约到大理寺与告发者对质。事儿闹大了，被魏征知道，魏征严厉指责，他上谏：
第一，人家的私事，放到公堂对簿，说出去不是个笑话吗？
第二，君使臣以礼，臣事君以忠。
第三，此事如果确有其事，因为这样的你爱我我爱你的私事，有功之臣都有罪，以后谁还肯为国效力？
第四，如果查无此事，陛下这么兴师动众地查这样的案子，岂不寒了将士们的心？
第五，当年，秦穆公饮盗马之士，楚庄王赦绝缨之臣，高昌妇女的事，到了比尧、舜还要贤明，比秦穆公和楚庄王还要高明不知道多少倍的陛下身上，臣真是太兴奋了，陛下一定会给与我们一个满意的答复的，臣拭目以待！马屁拍得震天响，话说得铿锵有力、抑扬顿挫、有礼有节、忧国忧民……如此上谏，李世民哈哈大笑。他下令撤销对薛万均的指控，不再追究此事。
而魏征，因为拍马屁拍到了最高境界，所以也受到了表扬。至于侯君集，因为是铁证如山的必判之罪，极少有人替他求情，但口才帝、中书侍郎岑文本上疏反对这种判决：
陛下关押罪臣没有错，但您这么做，怕会让四海之人以为陛下只盯着别人的错误看，却对人家的功劳视而不见。想想汉朝的李广利、陈汤，再想想晋朝的王浚，隋朝的韩擒虎，他们取胜的时候也都有罪，人主却认为他们有功，全都给予封赏。
人就是这样，廉洁奉公的少，贪婪奢求的多。所以，黄石公（张良的老师）在《军势》上说：“使智，使勇，使贪，使愚，故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者急趋其利，愚者不计其死。”有令人产生欲望的东西，人们才会有闯劲儿。
臣以为，侯君集就是有欲望的人，臣希望陛下能将功劳看得更重，将大错看得更轻，让君集等人重新入朝。当然，罪责也一定要有，但也不至于弄成现在这个样子。他们虽然不是清贞之臣，却也是贪愚之将。有为了自己的私利而朝着目标奋勇前进的大将，总胜过只有被关押起来，有功但心怀怨恨的匹夫。陛下如果真的能这么做，虽然说是委屈了法令，却能彰显道德。
侯君集等人虽未受重罚，但他们的错误却会愈发地成为人们的焦点，不由得他不注意。览罢，李世民下令，放出侯君集等人，小小惩戒。
【人人状态】
薛万均：女人在受到男人调戏时，总会说“怎么男人都这样的”，这是为什么？
侯君集：我认为是这样的，一方面，这样可以维护她们的淑女形象；另一方面，这样她们就可以心安理得的接受调戏了。
