案件上报大理寺，大理寺将此案梳理一遍后判定阿云婚事无效，不必问斩，但其谋杀已伤，按律当绞。许遵不服，上书表示抗议。宋神宗对案件大致了解后决定支持大理寺的判决，但本着皇帝宽厚的宗旨，特下旨免其死罪。
不料许遵仍继续上书，表示抗议，因为阿云免死不是因为他说的自首免罪，而是来自于皇帝的宽容，这是对他多年审案能力的质疑，他无法接受。于是案件转到刑部、审刑院进行商议，刑部、审刑院均支持大理寺的判决，认定阿云当处绞刑。
就在案件争论不休的时候，许遵碰巧被任命到大理寺就职。此案还未最终宣判，侍御史怕许遵来到大理寺对此案有所干扰，于是上书要求暂停许遵大理寺之职的任命。
许遵针对刑部和审刑院的意见再度上书抗议。宋神宗只得召集翰林院、中书门下、枢密院共同商议此事。宰相、枢密使，翰林学士、知制诰等大大小小的官员针对此事各抒己见。至此，大理寺、刑部、审刑院、翰林院、中书门下、枢密院五个部门以及一些相关部门的所有官员全部参与到此案中来，规模之大前所未有，一时间轰动朝野上下。
文彦博、吕公弼、司马光、唐介等人认为阿云被抓捕后才承认，不能算自首，按律当绞。王安石、陈升之、韩绛等人认为阿云算自首，应判流放。到底应被判绞刑还是流放，一生一死千差万别，大家争得面红耳赤也没争出个结果。于是，登州阿云案从案发的治平四年一直拖到熙宁元年七月。
一天，宋神宗传召分别代表两派不同意见的王安石、司马光前来商议此案，希望尽早将其平息。
两人行礼后，宋神宗开门见山地说道：“阿云案持续了一年，悬而未决，两位卿家觉得应当如何判决？”
司马光道：“臣以为阿云谋杀已伤，应判绞刑。”
王安石看了眼司马光，道：“阿云按问即承，应免所因之罪，按伤害论，判流放。”
司马光当即驳斥道：“她已经被抓捕到衙门才坦白，岂能算自首？”
王安石道：“还未升堂审案，她便承认就是自首。”
司马光冷笑一声，道：“县尉先行盘问，与是否升堂审案有区别吗？她若真想自首，早就自首了，何必非等到衙役将其抓捕才自首，明明是怕被用刑才不得已招供，你这分明是混淆视听！”
王安石生气道：“我哪有混淆视听！”
两人说着说着便吵了起来。宋神宗见状急忙劝说道：“两位卿家说的都有道理，朕以为……”刚说到此处，司马光、王安石不约而同地安静下来，望向宋神宗。宋神宗停顿片刻，道，“朕以为阿云也并非罪大恶极，不如就免其一死，判流放算了。”
司马光当即反驳道：“官家不可！”
“为何不可？”宋神宗问道。
司马光拱手道：“如果阿云因为韦阿大有恶逆之罪而杀她，那还能容忍，但如今她仅因为夫君相貌丑陋而欲谋杀之，有悖于礼！官家若是宽容了她，这不是助长不良风气么！”
王安石道：“君实此言过矣，不过是一个小小的案子，何来风气之说？”（司马光，字君实）
司马光直视王安石，反问道：“这是一个小小的案子吗？此案经过数月审议，中书门下、枢密院、翰林、刑部、大理寺、审刑院等大大小小的官员都牵扯其中，人数之多前所未有。官家的判决早已不是简简单单的一个案件，而是涉及我大宋律法。之所以有死刑，就是为了让那些十恶不赦之人有所忌惮。一旦此案开了先例，杀人不用偿命，后人皆效仿之，怎么办？”说着对宋神宗道，“官家宽厚，对于犯妇难免心生恻隐，若是登州刚将此案上报朝廷，并未惊动四方，官家皇恩浩荡，赦免于她，臣无异议，但此事牵扯甚广，必须秉公执法，以正纲纪，还望官家三思！”
宋神宗思忖许久，难以决断。
王安石启奏道：“臣以为既然此事牵扯甚广，官家更应该树立仁君的形象。阿云自首得以免除死刑，不正是向天下之人推崇犯了事要勇于自首从而改过自新吗？”
司马光怒目而视，驳斥道：“她若犯案后直接去自首，那自当算其悔过。现在是杀人未遂不得已招供，你还算她自首，那岂不是告知天下人杀人不用偿命，只要杀了人隐瞒得好便可一世逍遥，就算有一天东窗事发，大不了被抓后坦白全部，然后说自己是自首就能免于一死，岂不荒谬！”
王安石对一直在思考的宋神宗道：“到底该如何判决，还望官家明示！”
宋神宗思虑许久，道：“朕以为王卿所言极是，就判流放吧。”
司马光愕然，当即跪拜道：“还望官家收回成命！”
宋神宗年轻气盛，对于认定的事大多无转圜余地，看了眼匍匐于地的司马光，道：“司马卿平身吧，这事就这么定了，无须再议！你们跪安吧。”说着转身离开。
王安石跪拜后，起身对仍做叩头状的司马光道：“君实，官家已经走了，起来吧。”
司马光抬头见屋内已无宋神宗的身影，叹了口气，站起身来，对王安石呵斥道：“你这是助长不正之风！”
王安石耸耸肩，淡然道：“我大宋如今延续百年，各类政策法规早已出现问题，我与官家意欲改变现状，此次阿云案就当是其中的一个小小的环节吧，君实切莫过于守旧。”说完便离开了，留下司马光一人愣在原地。
几日后，宋神宗下诏：阿云谋杀已伤，按问欲举，自首，从谋杀减二等论。阿云被判流放，此案似乎画上了一个句号。然后，诏书一出，满朝哗然，众多官员纷纷上书，希望宋神宗收回成命，改判绞刑。宋神宗随即表示此事无须再议，让各位官员不必再就此事上书了。
此时王安石的新法虽未正式开展，但也显露出端倪。朝中之人因为反对王安石推行新法而上书，不少人造到贬谪。针对此案，当初反对流放的官员们大多数选择三缄其口，反正事不关己，没必要得罪宋神宗和王安石。
然而也有特例，参知政事唐介素来刚正不阿、敢于直谏，连续上书对此案以及新法之事表示反对，甚至多次与王安石争论不休。一日，唐介与王安石吵得不可开交，忽感胸口疼痛，浑身不适，当晚回家便病倒了。家人多方寻医，怎奈唐介心中郁结难消，背部生疮，最终不治而亡。
