关内之民，自元氏失政以来，不胜其弊。及吾平定天下，又有转输之劳。西至于凉州，北至于宁夏，南至于河州，民未休息，予甚悯焉。今尔之国，若宫室已完，其余不急之役，宜悉缓之，勿重劳民也。
给晋王的玺书写道：
大原之民困於元氏弊政久矣。又尝出力悦馕以供我师。勤劳憔悴，吾未尝不于怜之。尔？之国，务爱养生息，勿复以不急之役扰之，其体吾意。
这两道玺书，不过讲了些要体恤民情、爱惜民力的话。其实，在朱元璋看来，西安、太原两地十分重要，不仅这里与故元势力近在咫尺，而且，朱元璋认为这里是天下形势所在，特别是西安作为历代的都城，朱元璋一直有意迁都于此。所以他对秦晋二王实在是深有寄重。大概那些寄重的话早已说过至此已无须重复了吧！不过，真令人怀疑，这两段话中是否有什么材料故意被人删除而隐瞒了 。
就在命令秦王、晋王就藩的同时，朱元璋命令燕王、周王、楚王、齐王再次还驻凤阳。这次到凤阳去，距上次回还恰恰是一年半整。秦晋二王就藩之后，在凤阳的诸王就以燕王为最年长了。朱元璋又教训他们说：
昔有道之君，皆身勤政事，心存生民，所以能保守天下。至其子孙，废业厥德，色荒于内，禽荒于外，政教不修，礼乐崩弛，则天弃於上，民离于下，遂失其天下国家，为吾子孙者，当取法於古之圣帝哲王，兢兢业业，日慎一日，鉴彼荒淫，勿蹈其辙，则可以长享富贵矣。
每逢新春正旦，皇帝都要在奉天殿受群臣的朝贺，然后是大宴群臣，与此同时，在京的命妇，也要给皇后拜年，并受到在坤宁宫赐宴的殊荣。洪武十二年正月初三，燕王带领周王、楚王、齐王自凤阳来到京师，朝见父皇。诸王和他们的从官卫士都得到了钞币的赏赐。这次燕王来朝之后，大约再也没回过凤阳。这次回京虽不曰“还”，曰“来朝”，但，十一年五月乙酉，齐王榑也曾自凤阳来朝，而实录六月辛丑则又记“命齐王榑复之凤阳”。而此次燕王等来朝后，是否再返凤阳，实录竟无载。揣度之，燕王当未再赴凤阳也。这是他在朱元璋身边的最后一段时间了。这期间他仍得亲聆朱元璋的教诲。第二年二月，朱元璋遣官祭祀历代帝王，再次教给太子和诸王以帝王之道。他现身说法，要求子孙都要学他的榜样。他说：
吾持身谨行，汝辈所亲见，吾平日无优伶近之狎，无酣歌夜饮之误。正宫无自纵之权，妃嫔无宠幸之昵。或有浮词之妇，察其言非，即加诘责，故各自修饬，无有妬忌。至若朝廷政事，稽于众论，参决可否，惟善是从。或燕闲之际，一人之言，尤加审察。故言无偏听，政无阿私。每旦星存而出，日入而休。虑患防微，如履渊冰。苟非有疾，不敢怠惰。以此自持，犹恐不及，故与尔等言之，使之持守之道 。
朱棣他们不仅可以从朱元璋这里得到教诲，还从朱元璋同辈人那里受到类似的影响。朱元璋有个姐姐，嫁给了临濠东乡的李贞。李贞家虽不像朱家这样贫穷，但也不过是个普遍农家，元末动乱中，他听说朱元璋已经起事，便携带幼子李文忠于至正十四年冬来到滁阳投奔朱元璋。这时李文忠已经十六岁，沉勇机智，俨然是一个男子汉了。朱元璋一见便十分喜欢。这时朱元璋还没有儿子，他说：“吾甥犹吾子也。”便对李文忠悉心教养，令其随军征讨。后来李文忠被授以兵柄。朱元璋做皇帝后，将他姐姐封为孝亲公主，李贞也便做了驸马都尉右柱国曹国公。按辈分，李贞便是朱元璋姐夫，但他们贵为皇亲，地位崇优，却没完全泯灭曾经作为普通农民的气质。
李文忠南征北战也确不负所望，立了不少功勋。朱李两家过从甚密。朱元璋常常要到李家走动，太子及诸王也都常与李家来往。李贞对骤然而来的富贵，常不自安。他说：“一旦富贵而忘贫贱，君子不为也。”平时他穿衣服仅求适体，不求华丽，所食饭菜唯取适口，不求奢侈。朱元璋常常送给他衣服，但他穿坏了的一定要缝补好再穿。他还经常向子孙恳切地叙说那些他还是一个普通农民时的情况。在朱元璋的亲属中，李贞年最长，他认为应该给子孙们做个榜样。他说：“今上方以勤俭化天下，吾为戚里之长，苟为奢靡，何以劝率家人！”当时去开国不远，朱棣的父辈都身经动乱，受过苦难的磨励，上下还有一种崇尚质朴的气氛。它潜移默化，在朱棣后来的生活中，常常可以看到它的痕迹。
洪武十三年(1380)三月十一日，燕王朱棣带领两护卫将士五千七百七十人，离开南京前往他的封地北平 (今北京)。这年朱棣整整二十一岁。
这年正月，发生了一件举国震动的大事。左丞相胡惟庸被诛杀，罪名是“私构群小，夤缘为奸，或枉法以惠民，或挠政以诬贤” ，如果像诏书中所说是中书省“任非其人”，那么再选择一个称职的人接替胡惟庸便可以了。结果并不如此，朱元璋就此废除了中书省，并将大都督府改为五军都督府。显然这是谋划已久的一次铲除权臣、集权于皇帝的措施。朱元璋所宣布的胡惟庸的罪名，不过是采取这一行动的借口。朱元璋铲除权臣和分封亲王都是为了同一个目的，即维持朱姓皇室的独尊地位。随着亲王的成长和逐渐就藩，朱元璋越来越觉得可以无所顾忌地对威胁皇帝的权臣采取措施。反过来，胡惟庸这样的治国能臣被诛杀后，朱棣和各位藩王身上的担子便更为沉重了。
朱棣背负着“慎固边防、羽翼皇室”的重任，来到北方重镇北平。这里曾经是大元帝国的首都，被称为大都。蒙古骑兵的铁蹄一度无敌于天下，所到之处莫不降服，成吉思汗、忽必烈和他的子孙们就从这里出发，统治着广袤的疆土。蒙古人、汉人、色目人汇集在这里，东方人、西方人汇集在这里，不同的肤色、不同的语言、不同的服装、不同的风俗，这里曾是一个真正的世界性的城市。如今那鲜衣怒马的蒙古人哪里去了？那黄发碧睛的色目人哪里去了？连勾栏瓦舍中的百戏杂剧也失去了原来的喧阗红火 。只有那冷落的皇城宫殿依然显示出昂处挺身的雄姿，那太液池边的春柳依然娇媚地拂抚着水面。十三年过去了，这蜿蜒的红墙里终于迎来了它新的主人。
这里虽然已不是全国统治中心了，但军事、政治上仍然占有重要地位。蒙古人要东山再起，这里是首先要觊觎的目标。元朝近百年来的统治在这里还留有很深的影响，怀恋故国的势力盘根错节，表面上俯首屏息，而暗中仍心怀不满。不是洪武初年在西直门瓮城门洞的墙壁上还有人在表达他故国之思吗 ？朱元璋改“大都”为“北平”，就是要镇压这里的“王气”。
早在元顺帝放弃大都，北退塞外时，就派驻守在太原的扩廓帖木儿率军北上，经保安(今涿鹿)反攻大都，结果明大将军徐达乘虚攻克太原，又击破扩廓回援之军。洪武二年二月，元丞相也速率军攻通州，扎营白河，再窥大都，为明守军击溃。六月也速乘明师进攻陕西之际，再攻通州，被常遇春回师击败。明师乘机进攻开平，元顺帝再北走，明军大胜，生擒其亲王庆生、平章鼎住，得将士万人、车万辆、马三万匹、牛五万头，蓟北悉平。明军挺进西北，偏将军李文忠率军行抵太原，正值元将脱列伯、孔兴奉元顺帝之命进攻大同，情势甚急。李文忠引军北上救援大同，大败元军。脱列被俘，其众万余人投降，孔兴遁走陕西，被部将所杀。这是元朝妄图恢复的最早两次企图，虽然都被明军击败，但元军所拥有的实力并未被消灭。
明军于洪武二年八月攻克庆阳，十二月扩廓帖木儿乘徐达还师，自甘肃袭击兰州 ，明军苦战，虽免于陷落，但西北已呈危急之势。同时，北方边塞要地朔州(今河北蔚县)、武州(今宣化)、云州(今大同)地区、野狐岭(今万全北)、大兴(今栾平北)等仍为元军所盘踞。在这种形势下，朱元璋派明军进行了一次又一次的北征：
洪武三年，以徐达为征虏大将军，李文忠、冯胜、邓愈、汤和等为副将军分道北征。徐达败扩廓帖木儿，擒无郯王、济王及国公平章以下文武所属一千八百六十五人，将校士卒八万四十五百余人，获马一万五千二百八十余匹，扩廓携其妻子从者数个北遁奔和林，李文忠乘元顺帝之丧，攻克应昌，俘获元宗室嫡子买的里八腊及后妃、宫人、诸王、将相等数百人，元嗣君爱猷识理达腊率数十骑遁去。李文忠回师途中又俘获元国公汪文清等，降其兵民五万余人，这次北征使元朝近塞势力遭到沉重打击。
一年多以后，元朝势力在近塞再趋活跃。明军在平定四川之后，于洪武五年，派徐达、李文忠、冯胜率师十五万，分三路再次北伐。这次北征，明军受挫，出师不利。中路徐达军为元所败，死者数万人，东路军李文忠杀伤相当，不得已旋师，仅西路冯胜略获小胜。
此后七年中，朱元璋敛兵自守，不再轻易北征，而元朝势力却屡有南侵，元主爱猷识理达腊任国政以扩廓帖木儿，图谋恢复，数为边患。洪武六年寇武、朔州(今句注山北)及宁夏河州(今甘肃临夏)等地。七年寇白登(今大同东)、兰州；八年寇兰东；九年以后，连年骚扰陕北，又西连吐番为边地之患。十一年，爱猷识理达腊死，其子脱古斯帖木儿继位，为患仍然不已。面对这种局势，明朝加紧练兵，严守边关，并送还洪武六年在应昌被李文忠所俘获的爱猷识理达腊之子买的里八腊，始北元降人以官爵卫士赏赐，加以拢络。这时明与北元之间差不多是相持的态势，北元虽南下为患，但无法造成对明的重大威胁，明师虽偶有出击，但也难于给北元造成致命的打击。
这就是朱棣就国时的北方边境的形势。
大概是朱元璋认为朱棣不够成熟吧，并没有让他立刻参加直接的军事行动。就在他就藩的这一年和第二年，朱元璋又发动了两次北征。第一次洪武十三年二月，朱元璋得知北元国公脱火赤、枢密知院爱足率众万余屯兵和林，恐为边患，便派西平侯沐英前往征讨，沐英至灵州(今宁夏灵武)，侦知脱火赤等已进兵亦集乃，便率兵渡黄河，经贺兰山，穿过沙漠，西进亦集乃，明军兵分四路合围脱火赤营帐，尽俘其部曲以归 。沐英又练兵西凉、进袭元柳城王，俘获柳城王及人口一千三百余，马匹三千余 。十四年正月，元平章乃儿不花入寇永平(河北卢龙），朱元璋再命徐达及左右副将汤和、傅友德北征，同时命沐英出古北口以为应援。明军出塞，袭灰山，明军再北上，元军北遁，傅友德追击，俘获平章别里不花、太史文通等，沐英出古北口，略公主山长塞，尽获全宁四部而还 。从这以后，明军每年春出冬归，对北元采取了以攻为守的策略。
其后，洪武二十年正月，朱元璋命宋国公冯胜为大将军，颍国公傅友德、永昌侯蓝玉为左右副将军率师二十万征北元纳哈出。纳哈出据有辽河流域，拥有部众十余万，是北元最后的重要军事力量之一。在明军的强大压力下，纳哈出被迫投降。北元失去了辽东，与朝鲜的联系也被割断，力量更加衰弱。洪武二十一年，朱元璋以永昌侯蓝玉为大将军，延平侯唐胜宗、武定侯郭英为左右副将军，率兵十五万“肃清沙漠”。明军至捕鱼儿海，袭元主脱古思帖木儿大营，杀其太尉蛮子，降其众，脱古斯帖木儿等仅以数十骑遁走。明军获其子地保奴等六十四人，故太子必里秃妃等五十九人，吴王朵儿只等两千九百九十四人。车士男女七万七千三十七口，得宝玺图书金印及驼马牛羊车辆无数。明军大胜而还。次年，脱古斯帖木儿被也速帖木儿所杀，坤帖木儿被立为元主，从此元室“部属奔散，元裔日微” ，不能复振。
朱棣正式登上军事舞台一显身手，是在洪武二十三年。朱元璋为肃清沙漠，准备再次进行北征。为此他做了充分的准备。
