唐太宗刚执政时，形势十分复杂，问题堆积如山，由于他采取了正确的政策策略，稳定了政局，为“贞观之治”的实现奠定了坚实的基础。
首先，妥善处理了政变后的遗留问题。6月4日以后，东宫、齐府余党纷纷逃亡。对于东宫和齐府的敌对势力，李世民开始是实行高压政策的。建成的五个儿子和元吉的五个儿子，株连被杀，绝其属籍，似亦太过分了。当时，“诸将欲尽诛建成、元吉左右百余人，籍没其家。”唯独尉迟敬德坚决不赞成，争辩说：“罪在二凶，既伏其诛；若及支党，非所以求安也！”不扩大打击面，确实是安定政局的重要策略。李世民同意了，“下诏赦天下。凶逆之罪，止于建成、元吉，自余党与，一无所问。”可是，一些地方并没有认真执行上述规定，“太子建成、齐王元吉之党散亡在民间，虽更赦令，犹不自安，徼幸者争告捕以邀赏”。针对这种情况，李世民根据谏议大夫王珪的建议，于七月下令重申：“6月4日以前，事连东宫及齐王，十七日前连李瑗者，并不得相告言，违者反坐。”采取这些宽大政策，消除了敌对情绪，争取了多数，稳定了人心。
唐太宗还对东宫府属中杰出人才大胆地加以信任与拔用。建成曾收罗了一批骁勇的武将，这些人出身事主，往往很讲义气。如将领薛万彻，带兵攻玄武门和秦王府，失败后与数十骑逃亡于终南山。唐太宗派人请他回来，“以其忠于所事，不之罪也。”又如东宫翊卫车骑将军冯立，6月4日建成被杀后，他叹曰：“岂有生受其恩而死逃其难！”率兵攻玄武门，杀死屯营将军敬君弘，又声称“微以报太子矣！”足以说明此人是建成的“心膂”。6月5日，他前来请罪，李世民斥责说：“汝在东宫，潜为间构，阻我骨肉，汝罪一也。昨日复出兵来战，杀伤我将士，汝罪二也。”但是，一旦冯立表示悔改，李世民就“慰勉之”，授以左屯卫中郎将。冯立激动地说：“逢莫大之恩，幸而获济，终当以死奉答。”李世民的政策有效地促进了东宫党羽的转化。
对于东宫府属中的能臣，李世民同样加以重用，甚至引为知己。例如，召回流放于（崔乃）州的东宫官属王珪、韦挺，授以谏议大夫之职，留做身边的顾问。原太子洗马魏征的例子尤其突出。玄武门之变不久，太子党人士纷纷逃亡，魏征却依然故我。有一天，李世民严厉责问：你为什么要离间我们兄弟关系呢？在场官员个个危惧不已。魏征慷慨自若，从容对答：“皇太子若从臣言，必无今日之祸。”李世民一听，转怒为喜，倍加器重，封他为詹事主簿，后改任谏议大夫，步步高升。贞观六年，在九成宫丹霄楼的赏月夜宴上，唐太宗满怀喜悦的心情说：“魏征往者实我所雠，但其尽心所事，有足嘉者。朕能抉而用之，何惭古烈？”这是何等的“弃怨用才”的雄豪气度。
为了消除玄武门之变在封建伦理道德方面的不良影响，唐太宗特地追封建成为息王，谥曰：“隐”；元吉为海陵王，谥曰：“剌”。按照《谥法》，“隐拂不成曰隐。不思忘爱曰剌；暴戾无亲曰剌。”这样做法，既可以申明玄武门之变的正义性，又能表白唐太宗的仁爱之心。所以，以礼改葬那一天，唐太宗在千秋殿西边宜秋门痛哭致哀，并以皇子赵王李福为建成后嗣。
礼葬建成前夕，魏征从山东返回京城，迁尚书右丞兼谏议大夫；王珪也升为黄门侍郎。他们联名“上表”说：“臣等昔受命太上，委质东宫，出入龙楼，垂将一纪。前宫结衅宗社，得罪人神，臣等不能死亡，甘从夷戮，负其罪戾，刊录周行，徒竭生涯，将何上报？陛下德光四海，道冠前王，陟冈有感，追怀棠棣，明社稷之大义，申骨肉之深思，卜葬二王，远期有日。臣等永惟畴昔，忝曰旧臣，丧君有君，虽展事君之礼；宿草将列，未申送往之哀。瞻望九原，义深凡百，望于葬日，送至墓所。”这是一篇感情真切而富于策略的奏章。首先肯定建成“结衅宗社，得罪人神”，他的被杀是理所当然的。同时颂扬唐太宗“明社稷之大义，申骨肉之深恩”，以礼改葬二王。接着，从封建礼仪上陈述了送葬的道理。很清楚，这里丝毫没有煽动东宫旧属的怨恨情绪，反而从道义上弥补了骨肉相残所留下的伤痕。因此，唐太宗乐而答应，命令原东宫、齐府僚属统统前往送葬。通过隆重的礼葬活动，原来十分激烈的秦府与东宫、齐府之间的矛盾，基本上消除了。
其次，采取措施安定山东地区的局势。李世民与李建成为了争夺皇位，各自都推行结纳山东豪杰的方针。建成开始得早，收效也大些。平定刘黑闼第二次起兵时，根据魏征的建议，“获俘皆抚遣之，百姓欣悦。”对比一下李世民平定黑闼第一次起兵时的残酷镇压，人们自然对建成有所好感。此后，建成利用自己在河北地区的威望，积极地培植地方势力，建成与元吉被杀的消息传来，在山东豪杰中，试图趁唐廷内讧，兴兵作乱的，大有人在。还有一些分裂势力进行谋叛活动，如贞观元年九月幽州都督王君廓叛乱。再加上太子党羽逃至关东，倘若互相勾结，势必构成严重的隐患。
面对这种情况，唐太宗先派有相当影响的大将屈突通为陕东道行台左仆射，“驰镇洛阳”。这显然是估计到关东地区的形势而作出的紧急部署，以防止可能发生的叛乱。
随后又及时地选派魏征宣慰山东。魏征本来是山东人，周静帝大象二年生于襄国郡巨鹿县。家境孤贫，通晓书术。“隋乱，诡为道士。”汹涌澎湃的农民起义怒涛，把这位属意纵横之士卷了进去。正如魏征在《述怀》诗中所说：“中原初逐鹿，投笔事戎轩。”他在李密的瓦岗军里典掌过书记，十次向李密献计，表现了他的“奇谋深策”。后随李密降唐，“至京师，久不见知，自请安辑山东”；致书徐世（责力）归附。不久被窦建德河北义军所俘虏，被拜为起居舍人。建德失败，魏征投奔于李建成，很受器重，曾提出“结纳山东豪杰”的方针。可见，魏征和山东、河北地区各种社会势力有着密切的联系。玄武门之变后一个月，即武德九年七月，唐太宗封魏征为谏议大夫，“使安辑河北，许以便宜从事”。当魏征到达磁州时，恰好遇着州县官把前东宫、齐府官属李志安、李思行“锢送诣京师”。原来，建成与元吉的亲信已经逃往河北了。魏征跟副使商量说：“东宫、齐府左右，皆令赦原不问。今复送思行，此外谁不自疑？徒遣使往，彼必不信，此乃差之毫厘，失之千里……今若释遣思行，不问其罪，则信义所感，无远不臻”。接着，就自行把思行等释放了。这个措施，不仅是体现了唐太宗的宽大政策，有利于消除逃亡者的疑虑，更重要的是使唐太宗在河北地区树立起“信义”来，以争取山东豪杰的广泛支持。所以，唐太宗知道后，十分高兴，对魏征更加信任。
武德九年八月，唐太宗诏免关东赋税一年。“老幼相欢，或歌且舞。”不久又变卦，重新颁布敕令，说“已役已纳，并遣输纳，明年总为准折。”关东地区百姓们大失所望。这时，正在宣慰山东的魏征立即上书，强调指出：“今陛下初膺大宝，亿兆观德。始发大号，便有二言。生八表之疑心，失四时之大信。纵国家有倒悬之急，犹必不可。况以泰山之安，而辄行此事！为陛下为此计者，于财利小益，于德义大损。臣诚智识浅短，窃为陛下惜之。”魏征的慷慨陈词，显然是要唐太宗注意自己的政策在关东地区的影响，切不可贪图小利，重新惹起山东人对李唐王朝的嫌忌与不信任。由于魏征的积极“宣慰”，妥善处理各处关系问题，山东、河北局势逐渐地平静下来。
李唐皇室出于关陇地主集团，而要实现全国范围的统治，不能不任用山东人士。广大的山东地区既是人才荟萃之地，又是当时财政命脉所在。武德六年初，秦王李世民敏锐地注意到：山东人物之所，河北蚕绵之乡，而天府委输，待以成绩。可见，山东、河北地位是何等的重要。玄武门之变后，唐太宗一直留心物色山东人，用来稳定山东局势，魏征与崔仁师就是其中杰出的代表。
然而，唐太宗有时囿于地域的偏见，未能公平地对待关中与山东人士。魏征宣慰山东前夕，曾向太宗指出：“不示至公，祸不可解”。也就是说，如果失之“至公”，山东人就会产生怨恨，甚至结群思乱，天下就难以太平。对此，唐太宗是心领神会的，因此立即请魏征“安喻河北”。贞观元年，“太宗尝言及山东、关中人，意有同异”，殿中侍御史张行成跪奏说：“臣闻天子以四海为家，不当以东西为限；若如是，则示人以隘。”这话深深地打动了太宗的心弦。张行成是定州义丰人，少师事著名经学家刘炫，后在王世充那里当过度支尚书，与山东各种势力联系广泛。唐太宗说过：“观古今用人，必因媒介，若行成者，朕自举之，无先容也。”为什么如此器重，让他预议大政呢？原因就在于张行成的意见反映了山东豪杰的愿望。
值得注意的是，唐太宗所拔擢的山东人士，往往不是士族高门，而是普通的微族寒门。例如，魏征是小族之家，境况孤贫；崔仁师似系高门中的破落户；张行成的先世无名望，当为卑微寒族。此外，受唐太宗重用的还有：张亮以农为业，家境寒贱；戴胄出身低微；马周是个寒士，等等。因为这些人大多经历隋末战乱，跟关东普通地主联系密切，熟悉民间的情况，所以，唐太宗利用他们，迅速地稳定了山东、河北地区的政治局势。
再次，审慎地调整最高决策集团。唐高祖时先后有十二位宰相，几乎都是皇亲元勋或者是贵族、士族。其中最受重用的，首推裴寂。裴寂是蒲州桑泉人，与李渊友谊颇深，参与起兵密谋，拥有“佐命之勋”，故在武德之朝崇贵无比。可是，李世民却和他历来有矛盾。在皇位的激烈争夺中，裴寂公开袒护李建成。因此，唐太宗曾当面斥责他说：“武德之时，政刑纰缪，官方弛紊，职公之由。”
唐太宗处理裴寂问题是很讲究策略的。从形式上看，裴寂还是受到尊重的，贞观元年，食封一千五百户，比所有的功臣都多，居位第一，实际上被剥夺了预议政事的实权。贞观三年，发生沙门法雅案件。据侦查，裴寂和那个心怀“怨望”的法雅有牵连，就被免官，削食邑之半，放归本乡。“寂表乞住京师，久而不去。太宗大怒。长安令王文楷坐不发遣令，笞三十。”不久，有人扬言“裴公有天分”。裴寂惶惧，竟然唆使他人杀人灭口。唐太宗知道后，愤怒地宣布裴寂的四大罪状：第一条，“位为三公而与妖人法雅亲密”。第二条，“负气愤怒，称国家有天下，是我所谋”。第三条，“妖人言其有天分，匿而不奏”。第四条，“阴行杀戮以灭口”。最后说：“我杀之非无辞矣。议者多言流配，朕其从众乎。”于是贬流于静州。
武德时宰相中也有支持李世民的，如陈叔达、萧瑀和宇文士及等。这三位分别出身于陈朝皇族、梁朝皇族及北周宗室，思想上比较守旧，缺乏进取精神。唐太宗即位后，就逐渐地把他们从宰相的职位上调换下来，另作妥善的安置。武德九年七月，罢免出身于隋朝宗室的中书令杨恭仁，由宇文士及接替。同时任萧瑀为尚书左仆射，封德彝为尚书右仆射。十月，萧瑀和封德彝发生矛盾，愤愤不平。接着又跟陈叔达在殿廷上争吵，声色俱厉。“瑀、叔达皆坐不敬，免官。”贞观元年六月，封德彝去世，又以太子少师萧瑀为左仆射。九月，中书令宇文士及罢为殿中监。十二月，“左仆射萧瑀坐事免。”总之，萧瑀等重臣已经不能适应新形势的需要，很难胜任宰相的职务了。“与宰臣参议朝政，瑀多辞辩，每有评议，玄龄等不能抗，然心知其是，不用其言，瑀弥怏怏。玄龄、魏征、温彦博尝有微过，瑀劾之，而罪竟不问，因此自失。”
唐太宗虽然罢免了陈叔达、萧瑀等相职，但仍旧把他们当作德高望重的名臣，以礼待之。例如，时常慰劳叔达，重温旧谊。“后坐闺庭不理，为宪司所劾，朝廷惜其名臣，不欲彰其罪，听以散秩归第。”宇文士及“疾笃，太宗亲问，抚之流涕”，死后陪葬昭陵。至于萧瑀，唐太宗称赞他“守道耿介”，后来图形于凌烟阁，拜为太子太保。总之，这些处置，有利于封建统治集团内部的一致。
唐太宗整顿决策集团的关键，在于把秦王府旧属和亲信包括从东宫争取过来的杰出人才，提拔到最重要的岗位上，并鼓励他们积极地去治理国事。
武德九年六月，李世民刚立为皇太子，就以宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。这样就组成了以太子李世民为首的决策机构。除宇文士及外，无忌和士廉是亲戚，其他都是秦府武将或者“十八学士”；而且大多在玄武门事变中做出过贡献。
同年七月，以高士廉为侍中，宇文士及为中书令，萧瑀为左仆射，封德彝为右仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。这就为李世民正式即位作了组织上的必要准备。贞观元年，封德彝死后，由长孙无忌补为右仆射。贞观二年正月，无忌自动辞职。杜如晦检校侍中，摄吏部尚书。李靖检校中书令。同年二十月，又把原东宫旧属王珪提拔到相位上来，守侍中。贞观三年二月，以房玄龄为尚书左仆射，杜如晦为尚书右仆射，李靖为兵部尚书，魏征守秘书监，参预朝政。经过几年的调整，至此，唐太宗完成了最高决策集团的重建工作。左仆射房玄龄明达政事，右仆射杜如晦引拔士类。“至于合阁规模，皆二人所定……盖玄龄善谋，如晦能断故也。二人深相得，同心徇国，故唐世称贤相，推房、杜焉。”房、杜为相，共掌朝政，为实现“贞观之治”做出了杰出的贡献。
