隆庆六年（公元1572年）六月，神宗召见新任首辅张居正。居正向神宗表示，当今国家要务，在于遵守祖宗的旧制，不必纷纷更改。作为一个锐意进取的改革家，这是张居正和王安石的不同之处。王安石声称要改革，要创制，因此而大张旗鼓；而张居正只是在祖宗的旧制下动些小手术，虽然不是大气磅礴，但是行之有效，颇有点打“太极拳”的效果。张居正不想把事情搞得太张扬，天翻地覆的革故鼎新固然伟大，但前进的速度越快，遇到的阻力也越大，新生事物往往因此而夭折。在这方面，张居正显得比王安石要老到、明智许多。
政由人出，政治的废弛与混乱在于纪纲的不振。所以张居正上任后的第一个改革举措便是整饬纪纲。张居正澄清吏治、整肃纪纲的武器是京察和大计。按明制，京官每六年考察一次，叫“京察”，地方官每三年考察一次，叫做“大计”。但在吏治腐败、法令不行的条件下，这些制度不能有效实施。隆庆六年（公元1572年）七月，张居正奏请举行京察。五品以下的由吏部、都察院会同考察；四品以上的官员责令自陈。此次察典，居正着实去除了几个“以言干政”的人。“芝兰当路，不得不锄”。他要实现自己的报国理想，顾不得一些小节，但他在官员的进退上仍然很有分寸，“天生一世之才，自足一世之用”，不轻易去一人。他的用人标准是“能办国家事，有礼于君者”。即使有这样的为国之心，但张居正仍不能为一些人所体谅。
京察只是张居正整顿吏治的前奏，好戏是考成法。在张居正谨慎持重的政治事业中，考成法可算是他的一件创举。万历元年（公元1573年）六月，张居正上疏请行考成法。考成法的主要特点是“立限考事”，“以事责人”。办法其实很简单，他只要各衙分置三本账簿。一本记载一切发文、收文、章程、计划，作为底本。再同样造成两本账簿：一本送给各科备注，实行一事，注销一事，如若没有按期完成，必须由该科如实申报，否则以违制罪论处；一本送内阁查考，内阁根据账簿登记，对各科的工作进行检查。这样就形成六科稽查六部，内阁监督六科，层层监控的政治系统，使内阁成为名实相副的政治中枢。
考成法推出之后，有人攻击张居正借考成法集权于内阁，揽权自重。张居正的改革是从上层发动的改良运动，这首先要求集权上层，做到事权统一，如果没有强有力的集权措施，加强朝廷对各级机构的控制，改革就是一纸空文。张居正清醒地认识到这一点，因此而提出“尊主权”，并认为这是关键的一点。张居正以此来提高朝廷和诏令的权威，用考成法集权于内阁，加强了中央政府的权力，使改革得到强有力的组织保障。
张居正是一个现实的改革家。他认识到“天下之事，不难于法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效”。所以他不主张增加新的政治机构，也不主张提出新的法令、章程，他只要各级官员们对自己的事务有个清白的交代，而考成法即是简捷明快、切实可行的考察兑现手段。
办法已有了，实施则必须严格。对未按期限完成分内事务的官员，稽查和处罚都极为严厉。万历三年（公元1575年）正月，查出各省未完成事件273件，渎职官员54人。凤阳巡抚王宗沐、巡按张更化，广东巡按张守约，浙江巡按肖廪，都因未完成的事务太多而被停俸三月。如此一来，行政效率明显提高了。通过立限考成，每个官员都有了明确的职责，一批不管事而白吃皇粮的冗官被驱除。万历八年（公元1580年），张居正下令撤销了苏松地区擅自添设的管粮参政，并责成吏部检查各省添设官员人数，核实上报。万历九年（公元1581年），一次性裁汰冗官169名。无用的人撤下去之后，有用的人才被提拔上来。张居正大力提倡破除论资排辈的传统偏见，才德出众者即使屈居下僚，也可以越级提拔。他起用行伍出身的李成梁作为镇守边关的大将；破格提拔其貌丑陋而又瞎了一只眼的嘉兴小吏黄清为淮安府、太仆卿高级官员；重新起用罢官的潘季驯治理黄河。万历五年（公元1577年），正当改革推向高潮时，张居正颁令，特许府、州、县学的学生直接投考京师国子监，择优录取贡生，把各地人才搜罗到中央。官僚队伍的阵容大为改观，衙门办事作风也焕然一新。
张居正改革的最终目标是富国强兵。他引经据典说：“孔子论政，开口便说‘足食’，‘足兵’。”然而一些王公大臣们对此不以为然，他们公然说：“我们以为张公在朝，当行帝王之道。现在听他的议论，不过是富国强兵，仅仅这样，真真使人失望。”这一帮人大谈尧舜、周孔之道，要行所谓的“王政”，他们有时也谈到宋朝周、程、朱、张的主张，张居正便不客气地认为这是“老儒臭腐之余谈”。他不想作一些高深的理论，他只要切实办几件实事。在他看来，只要他们不碍事，大可不必和他们计较，办自己的事要紧。
富国强兵二者不可分离。要强兵首先得富国，没有经济实力，谈何强兵？正因如此，张居正将他的考成法和富国有机联系起来。他确定以理财作为考成法的首要标准。国库主要收入是田赋，他把征收税粮情况作为对地方官员考成的主要内容，规定地方官征赋不足额的，一律严惩。当时官场通行的是增加赋税，向百姓头上搜刮，不敢提出督缴正赋田税的主张，因为隐田瞒税的都是不法权贵，追缴欠税是在太岁头上动土。张居正毅然提出对官员以赋税为考成主要内容的主张，凡是追缴欠税不足十分之九的官员都要受到批评、调离甚至撤职。万历四年（公元1576年）十二月，据户科给事中奏报，地方官征赋不足九成而受到降级处分的官员有：山东17名，河南2名；受革职处分的有：山东2名，河南9名。张居正运用考成法来整顿赋税，迅速改变了拖欠税粮的状况，做到了民不加赋而上用足。
张居正还利用考成法增加岁入，打击地主，同时减轻贫民的负担。改革前，明朝对于江南和浙西征税特别重，反而造成土地集中的情势，使一部分农民生活贫困不支，不得已将田地卖给富家，自身降为佃农，富家因而坐食田租收入。地主富家因地位优越，可以获减免的特惠。因此，一切的利益都归于大地主，一切的负担都归于贫农。这时，大地主的利益和国家利益日益发生冲突。张居正通过考成法，采取政治手段，增加岁入，打击大地主，稳定了贫民阶层，同时也保证了国家收入。
万历九年四月，张居正说：“近年以来，正赋不亏，府库充实，皆以考成法行，征解如期之故。”这是考成法所起的富国效果，也是张居正的改革功劳。
如果说考成法理财是开源的话，张居正还设法节流。隆庆二年至三年间的预算，每年国家收入折银250余万两，而支出达400余万两。隆庆六年张居正辅国以后，在节流上大做文章，可谓做到了“锱铢必较”。神宗开馆纂修《穆宗实录》，居正上疏，请求免掉赐宴的旧例。他说：“一宴之费，动至数百金，省此一事，亦未必非节财之道。”万历元年十月，张居正进谏，谈到宋仁宗不爱珠饰时，神宗插言说：“贤臣才是宝贝，珠玉有什么用处？”张居正说：“是呀！明君贵五谷而贱珠玉，五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”神宗说：“宫人们喜欢珠玉，但是朕在岁赐上没有一次不减省。”这年内承运库太监崔敏上疏请采买金珠，居正立即驳回，不予同意。居正对付鞑靼，也随时考虑到国家的财政负担，隆庆五六年的抚赏费不过万余两，节省了百余万两银子。光禄寺的采办费也由原来每年的17万降至14万两。
明代经过嘉靖、隆庆两朝的虚耗以后，从神宗即位直至万历十年，国家最称富庶，张居正的富国之策取得了显著成效。
国家富了，张居正要强兵。所谓强兵，这里主要指北部的边防问题。这是张居正多年以来最为关注、最为忧虑的问题之一。那时，国防松弛，军队疲弱，北方的蒙古始终给南部的大明王朝构成严重的威胁。早在隆庆朝时，张居正就已开始承办和主持北方边务。徐阶去职后，首辅李春芳不愿过问边事，在内阁中主持整顿蓟、辽、宣、大边防的重任实际落到了张居正身上。
张居正整饬边防，有他的一套办法。他首先重用智勇双全的将领。对他们表示信任，委以重任。因此，“一时才臣，无不乐为之用，用必尽其才”。
当时，名将谭纶、戚继光在北边战守重心——蓟州主持防务，张居正给予他们大力支持。戚继光在整饬边防过程中遇到困难时，张居正都及时为其排除。在他镇守蓟州16年间，边防安定无事。谭纶请求建筑敌台，张居正欣然答应，谭、戚二人便在山海关至居庸关之间共筑敌台3千，控制要害之地。在辽东，张居正任用李成梁镇守。李成梁虽出身寒微，但有大将之才，从隆庆元年（公元1567年）起，李成梁镇守辽东达二十二年，屡败蒙古土蛮入侵，先后取得十次大捷，其武功之盛，为二百年来所未有。在宣、大方面，张居正起用王崇古、方逢时镇守，他们修边墙，开屯田，加紧练兵，防御力量大大加强。
在改善边防、加强防御力量的同时，张居正谋求改善同蒙古的关系。他让边将利用有利时机发展同蒙古的友好往来。隆庆四年，蒙古俺答的孙子汉那吉因某种原因前来投奔王崇古。张居正抓住这一机会，让王崇古派人护送汉那吉平安返蒙。俺答见其孙子平安归来，立即下令退兵，并上表称谢，表示今后永不再犯。蒙汉关系改善后，张居正又以开放的姿态积极主张对俺答实行“封贡通市”，即明朝封俺答以一定的官爵，双方定期朝贡、互市，和睦相处。这一主张顿时在朝中掀起轩然大波，很多人认为，讲和示弱，互市启衅，封贡通市后患无穷。为了实行“封贡通市”，张居正向穆宗详细陈述了这一措施的好处。在他的努力下，“封贡通市”于公元1571年终于得以实行。“封贡通市”促进了蒙汉双方社会经济的发展，推动了两族人民的友好往来和交流。
在张居正的不懈努力下，北部边疆终于安定下来。但张居正内心很清楚，这只是暂时的安定而已，而非永久的和平。他决不因为双方“封贡通市”而丝毫放松警惕。他坚持“外示羁縻，内修战守”的主张，对蒙古鞑靼的方略是：“犬摇尾乞怜，固可投之以骨，如其狂噬，则大杖加焉”。对于北方鞑靼族，张居正尽量使他们分裂为无数小的部分，单位越增多，其力量就越减小。这样一来，北边的敌人只是散漫的部落，而不是整个的集体，使鞑靼没有联合进攻的能力，无形中减轻了北方的威胁。对内，张居正则坚持充实边防，训练军队，准备随时出击。
明中叶以来，随着土地兼并的发展和吏治的腐败，民间的土地和户口逐渐集中到贵族、官僚和大地主手中。他们倚仗特权，隐占人口，瞒田偷税，逃避差役，至万历前夕法定的征粮土地比明初减少一半，户口减少三分之一强，大批的田地和户口流进私家，使国家财源枯竭。考成法只能解决一部分欠税的问题，至于大量的隐田漏税和逃役问题，还需从赋役制度上加以整顿。这样，清丈田亩，改革赋役就成为理财安民的首要问题，这时改革从政治领域推进到了经济领域。
万历五年（公元1577年）十一月，张居正疏请调查户口、田地，凡庄田、民田、职田、荡地、牧地，一概从实丈量，限三年完成，从而拉开了清丈田亩、改革赋税的序幕。张居正令户部尚书张学颜亲自主持清丈事务。所丈量的土地，除皇帝赐田外，一律“办纳粮差”，不准优免。户部还颁布了统一的《清丈条例》，规定了各级官员的职责及完成期限。清丈田亩不可避免地要触及官僚、贵族、豪强地主的利益，从而遭到他们的强烈抵制和反对。有些地方官员办事不得力，有的甚至公开袒护豪强，迟迟打不开清丈局面。张居正早已料到会有这样的困难，他表示：“只要对国家有利，不怕个人安危。”他运用考成法，严厉督责各级官员认真清丈，对阻挠清丈的宗室、豪强严加惩治。他下令：“只要有违抗阻挠的，不分宗室、官宦、军民，都要依法重处。”他语重心长地告诫各级官员，“清丈之事，实为百年旷举”，诸位不要“草草了事”，务必“详审精核”。这样，清丈工作终于冲破重重阻力，在全国范围内推广开来。
万历十年（公元1582年），全国土地丈量工作基本完成。这次清丈查出隐占的田地300万顷，达到了预期的成功。虽然执行丈量的官吏有的改用小弓丈量以求田多，有的地方豪强也千方百计进行抵制，致使这一数字不很准确，但毕竟把大地主隐瞒的土地清查出一部分，对他们起了一定的抑制作用。
万历九年（公元1581年），张居正在清丈土地的基础上，在全国范围内实行赋役改革，推行著名的一条鞭法。早在嘉靖年间，潘季驯、海瑞等人就在广东、江南等地推行过一条鞭法，但把一条鞭法推向全国，并使其在中国历史上产生重大影响的却是张居正。
一条鞭法，即是将赋役中的各项名目如杂役、均徭、力差、银差等合为一种，一律征收银两，并以田赋分担徭役钱，二者有一定比例，或“丁四粮六”（即将徭役钱的十分之六摊人田赋征收），或“丁粮各半”。同时简化征收手续，由地方官直接征收赋役银。
推行一条鞭法时，张居正采取了循序渐进的策略。他在嘉靖、隆庆年间局部地区推行一条鞭法的基础上，于万历四年（公元1576年）先把一条鞭法推行到湖广。当时有人提到一条鞭法的不利，甚至有人说一条鞭法便于官而不便于民。张居正只是说：“法令贵在利民……所以近来拟旨说，如果有利于民，则听任推行，如果不利于民，就不必强行实施。”经过一年的推行，情况有了好转，说一条鞭法不利于民的人只有十之一二了。张居正对一条鞭法更加感到有兴趣，他说：“一条鞭法如果真能适宜于人民，何须分什么南方与北方呢？”于是他下令将一条鞭法向更广阔的地域推广，至万历九年正月，再用诏令通行全国，一条鞭法逐渐成为通行的制度。
一条鞭法取消了传统的徭役征派，征银雇人服徭役，使农民有更多的自由支配的时间，人身自由也较以前优越。田赋和徭役一律征收银两，是当时商品经济发展的要求，反过来又进一步促进了商品经济的发展。总之，一条鞭法是我国古代具有重大历史意义的一种赋役制度。
