她是一个胆小但是很善良的女生，不怎么爱说话。平时在高中就经常被欺凌，同班女生的话她都不敢反抗，被打、被骂、被侮辱。她不敢反抗，是因为她害怕反抗后，会招致更可怕的报复。
高中快毕业时，收到了来自一所世界级名校的录取通知，大家都不敢相信，也对她开始刮目相看了。最后的一段高中生活因此相对过的好一点，而且她也暗自决定，等上了大学，要好好表现自己，不能在这样一直被欺压了。
这所大学很特殊，而且离家很远。起初，家里人百般劝阻，就是不放心她一个人去陌生的地方生活，但她已经暗下决心，执意要去，家里人也就没有再多说什么了，反而开始支持她。
终于到了入校的日子，她在码头与家人告别，独自带着行李，登上了学校的船。那时候的她没有同家人一样流泪，而是很坚定的，望着前方。
学校里，并没有人欺负她，也很快的，她认识了一个同宿舍的朋友。她朋友身材比她还瘦小，但是却和胆小怕事的她完全不同，体内仿佛有无尽的能量，她也没想通为什么性格几乎相反的两人能成为最好的朋友。
学校风景很美，她们也无话不谈，一起看日出日落，一起闻鸟语花香；白天一起学习，晚上一起生活。要不是学校规定一舍一人，她俩早就是闺蜜了。
只是，好景不长，学校每年会选出极少数人进入学校内部研究基地，被选中的人，不允许与外面的学生有任何接触。很不幸，她的朋友被选中，而她没有。分别前一晚，两人都没有哭，跟平常一样，看着日落，看着月升，看着星烁，只是不知道说什么来到别。
当时没有哭，不代表她很坚强。被窝里，蒙着头，才算是开始，天边鱼肚白，恍惚听到门外有脚步声，她开门，发现她的朋友正要悄悄离去，两人相视，一愣，相拥。
又因为学校选拔没有任何参考，好像是完全随机的，她除了更认真的学习，希望学校能因为她有好成绩，能把她也安排进里院。可第二年她已经是全年级第一，名单里仍然没有她的名字。她几乎都要崩溃了。
她拿着自己的成绩单、以及各种奖状，准备去找学校理事长评理。然后，说是缘分吧，却又是一切不幸的开端——走廊上，她遇到了她一年没见的的朋友。
“莉莉丝！”她激动地叫着，可她却除了回头看了一眼，没有任何反应。她抱了上去，“莉莉丝好久不见！我好想你啊！你怎么在这里？我……”她已经开始呜咽，但是莉莉丝一把把她推开，转身就走，一个字也没说，甚至都没看她一眼。
这么一推，再加上震惊，如果没人恰好把她扶住，她都倒在地上了。她抬头一看，是一个很高很瘦眼神很深邃的老人。“你，认识她？”老人的声音直击灵魂，“很不幸，你的朋友已经不存在了。如果你来是因为她，那你已经可以走了，最好忘掉她。”老人说完，离开了。
她愣了愣，然后追了上去，“告诉我发生了什么！求求你了！”
“她身上的实验，失败了。现在她只是一个没有人格的、只会听命令的机器人。”老人摇了摇头，“我一直在阻止他的实验，但他还是悄悄做了。”
“他……是谁？”
“理。”
她叩开了理的门。
“您好，我是……”她怀着复杂的心情，追求真相的心情，但是看来开门的，是个和蔼可亲的、胖胖的老人，突然不知道说些什么了。
“进来坐着说吧。”这个胖胖的老人好像明白了一切。
后来，在老人的劝说之下，她觉得，自己的朋友都变成那样了，自己也参与实验变成那样，又能和她在一起了吧。老人当然也求之不得，开始着手准备实验了。
实验很成功，植入芯片并观察了一段时间后，她并没有出现什么问题，于是实验执行到第二阶段——主机移植。她大脑里的芯片，是当前最新的一代，其运算速度完全超过了世界上仅有的两台超级计算机。而学校主机是掌控着学校里所有设备运行的中央系统，近些年来因数据增多，常常负荷接近满载，校方不得不用新技术来升级主机——这才是计划的真正面目。
第二阶段下，需要进行人格封存，就是让当前人格休眠一段时间，让大脑百分之百的运算集中在主机数据存取上面。整个过程也很顺利，主机成功移植到她的大脑里了，现在起，她就是学校的中央处理器。
但是，这是芯片的第一次成功植入人体，还是这种长期的计划，意料之外的事情悄然发生——主机通过读取她的记忆，实现了人格觉醒——就是说，她的大脑里，开始有了第二个人格，被称为学校主机的人格，她给自己起了名，叫“安”。
因为学校的数据量太大，她在处理数据时，因为大脑还未适应、即使之前已经做过类似的训练了，但真的面对强制执行的命令时，她异常痛苦，而且经常休克。
同时，也因为一次次的实验，她的大脑开始适应，以前的满负荷运算，现在对她来说已经是游刃有余，但仍然有不小的痛苦。另一方面，她人格开始模糊，很多时候自己睡着了，安会读取她的记忆，悄悄做点事情，起初只是起来走两步，活动一下，一旦主人格清醒了，安就会退让。后来，就是白天，主人格活动，晚上就轮到安来支配身体，安甚至有时在晚上直接封存了主人格，而主人格完全不知道这些事。
有一次实验，她实在是无法忍受那种痛苦，便趁着守卫疏忽，从实验室里逃了出来。不巧，在实验室外的林间，遇到了一个同级男生，那个男生恰好暗恋她，而这次又是刚好因为她失踪了很久、他无意间路过这里听到了她的声音，进来看看。他带着她躲了起来，因为学校监控是先经由主机再到中央电脑的，所以她完全可以屏蔽掉对她不利的监控。他听了她的故事之后，决定要带她逃离这里，可他俩都不知道怎么逃。
“也许可以毁掉这里，我知道北方有个小岛上面的一种藤蔓植物，能够钻进混凝土结构里，直到彻底破坏其结构。只是，我没办法去把种子带过来。”男生提议道。
“这我有办法，我能解析一些动物的脑波，通过信号发射装置影响它们的行为。但因为所剩的空闲运算量不多，顶多也就一只小鸟。”“足够了，让小鸟去找种子，叼过来就行了，那种植物的种子很好找。”
最后他们选择了一只鱼鹰。
种子效果并不是很好，这座岛没有藤蔓原来的那种环境，再加上岛上还有以那种藤蔓为食的寄生藓类，根本无法达到最初设想的那种效果。但仍然足够把整个实验楼吞没。
校方察觉到事情不对劲，于是暗中调查，那个男生被发现然后抓起来了，进行记忆消除。可校方又发现，这个男生大脑并不怎么受记忆消除的影响，好几次清理完记忆后，他又重新回到了那片树林，问他，他就说梦中有人在这里等他。
于是，校方决定用置入芯片来强制清除这段记忆。最开始是成功了，不仅没什么副作用，还让他更聪明了，于是校方把他纳为了实验助理。有一次他参与的实验，是关于她的。
实验中，在她痛苦的哀嚎里，他的芯片读出来了一串代码，一种针对生物芯片的代码，它能让芯片对主人人格的压制暂时失控，而且主人能在一段时间内完全运用。毫无疑问，就是她发送的，或者说是安发送的，当时，她主人格已经休克了。
而安的目的，是让他的人格再次苏醒，看到这一切。
他在解析通过声音传来的代码时，芯片就已经失控了。他的人格出现，看到她被捆在试验台上痛苦着，决心要终止这个毫无人性的实验。从大脑里，他检索出了另一种病毒，可以彻底摧毁生物芯片，于是他将这个病毒，趁着其他实验员不注意，悄悄输入了她的大脑里。
可他没想到，他脑子里这个病毒，是安通过声音代码发送过去的，其实他的芯片没有这个知识。而输入她大脑里的，其实也不是毁灭芯片的病毒，而是一种通过抹消主人格、让芯片得到绝对控制权的病毒。
后来，就像安计划中的那样，她夺得了对身体的绝对控制权——霓的人格被彻底压制。他被实验方打上了“叛徒”的名号，并一再被排挤。学校内部本来就有两方势力，他被一方势力排挤，另一方自然也就盯上他了。可原来这一边不愿意把他交出去，于是强制启动了芯片的清除程序，把他的主人格，也就是原来那个开朗外向的安格斯·奥格，彻底清除掉了，只剩下一具没有灵魂的躯壳，由芯片控制着行动。
一年的平静时光，安在她躯体里、曾经主人格的记忆中，读到了被欺凌的记忆、担惊受怕的记忆、痛苦绝望的记忆，安开始，对人类这种不理性的生物，产生憎恶。但由于学校主机任务在身，自己不被允许，也不可能离开学校，更别说怎么去清理掉这些肮脏的东西了。
某一天，她得知校方研发出了一种更优秀的、更强大的芯片，而且是校方的绝唱了。很快就会被一个新的、更强大的主机代替，那么也就可以解放了。安开始计划着，如果能出去，要如何毁灭整个人类。
不经意的，她通过监控发现这一届的新生当中，有个面熟的孩子，“弟弟？”安脱口而出，她知道那只是她这身体里主人格的弟弟，她品了那么多年的幸福回忆，也自然知道这种情感，是可以利用的。
她想见他，她也知道他更想见她。于是，安排了那只鱼鹰，创造了一起“事故”。虽然中间出现了点意外，而且也惊讶的发现记忆清除对他也没用，但总体来说，计划是成功的。她见到了他。
之前安就知道了，学校方会在新主机出现后，销毁自己，于是决定，在他们出手销毁自己之前，自己就必须销毁对方。一旦新的主机“唯”被破坏，或者被她控制，那么学校也就没了销毁她的理由。
能利用的一个强大变数，就是这个“弟弟”。
从记忆中读取到的感情，结合现实加工处理，形成一个类似主人格的性格，呈现在弟弟的面前，弟弟初来乍到，对这么个完全陌生又特殊的学校，什么都不知道，除了相信作为姐姐所说的话，还能怎么做呢？
于是，利用弟弟，通过给他一些假情报，让他自己去发现学校的问题，让他自己产生保护姐姐、让她从这里逃走的念头。
只是不巧的，这个弟弟把“唯”也给带上了。唯本身的存在，就是对安的否定。安的运算逻辑，象征着绝对理性，而唯，象征着绝对感性。有必要的，她必须抹杀掉唯。
在弟弟与奥格争斗的时候，其实奥格的主控芯片已经失效了，最后的挣扎，完全是由安控制的，不然怎么可能那么精准的，挥刀刺向弟弟的动脉。主体死亡，那在其大脑里的生物芯片，自然也就会被消灭。
……
“这个故事其实还有一条线。”霓回头看了看已经离得很远的岛，并没有人追上来，“校内的两大势力也在都得你死我活，是因为观念不一样。表面上，理仁慈祥和，其实背地里做的全是让人痛苦的、剥夺人们权利的；玄虽然表面上看起来孤傲死板，但做的实验都是给人幸福的、赐予机器灵魂的。你还记得米尔吗？那就是玄的初做，也是最后之作。她，已经完完全全是个人了，即使灵魂还被困在钢铁躯壳里。”
青闭着眼睛静静地听着，一动也不动。
“但是更深一层，理只是醉心于自己的研究罢了——即使那会给少部分人带来痛苦，可一旦实验结束后，给全人类带来的将是莫大的希望。反观玄，因为他早年时的作品，那些本来是为了创造希望的机器，被人们当做了战争的理由、战争的工具。玄，本质上是厌恶人类的，他的目标不是给人类希望，而是彻底毁灭人类。这也是他最后让米尔送我们离开的原因——准确的说，是让我离开，他知道我对人类同样抱有憎恨，我出去，会完成他的目标的。”
“好了，青，唯，故事就这么多了，谢谢你这一路上帮我这么多。”
“不过也真的很可笑不是吗，为了毁灭人类的东西，救了人类；为了拯救人类创造的东西，最后却拿来毁灭人类。”
霓，看着天边的晚霞，脸上仍旧挂着幸福而又单纯的笑容。
