然而，摆在万元吉眼前的形势十分险恶。他手下虽然有三万余明军，但都是原本大明的长败军，将无战心，兵无斗志，根本就不可能对付得了来势汹汹的清军。其实，李岩已经预感到了这个结局，如果没有自己或者大顺、大西军的精锐，凭借那烂泥扶不上墙的明军是不可能对付得了清军的。
然而，李岩自身也是分身乏术。由于兵力不足的缘故，甚至连死守广州斗有些兵力紧张，怎么可能再派兵赣州？至于李过部为代表的湖广战场，经过精简，兵力其实也并不充足，一旦支援江西战场，很可能导致湖广战场的翻盘。
思量再三，李岩其实已经放弃了赣州。结果也果然如同李岩所料。虽然后世有许多人觉得此时的赣州城有不少明军，趁敌人立足未稳发动进攻似乎还有胜算。可是，他们都忽略了明军那孱弱的战斗力。面对满清的军队，他们的实力对比不比孩童与成年人的差距更小。
此时，明军终于等来了招抚的海盗罗明受，似乎水陆并进就能克敌制胜。可惜，清军趁着罗明受部不备，乘夜在章江发动了突袭，罗明受的八十余艘大船被付之一炬，罗明受不得已带着残兵逃回广东，却极大的震骇了赣州城内外的守军。由于赣州城池不大，大多明朝援军阵列在城外。清军采取各个击破的策略，先后击败了广州，云南来援明军，其他各路援军纷纷撤退，导致赣州城内只有万元吉等人率领的六千余明军。
清军在占领了赣州城附近的南康、上犹等赣州附近的城市后，集中兵力攻打赣州。相持十余日后，清军大举攻城，激战两天一夜，于八月中旬终于占领了赣州这一战略要地，万元吉投水而死，遇难的文官为数不少，是南明史上难得的一场忠烈之战。朱慈烺为此也不吝对死难者加以封赏。
然而，无论如何却不能避免战略形势的急剧恶化。
此时，多尔衮也是脑壳疼，原因就是自己太相信清军甚至三顺王这样的狗腿子的战斗力，而低估了大明的实力，竟然导致四路出击，三路受阻。
仔细思量后，多尔衮觉得，最有效的办法，还是集中兵力，首先打掉郑成功的主力，去除掉这一南下的最大障碍，并打击这些地带的义军，保证满清对江浙闽一带的有效控制，给清军向南用兵创造条件。
于是，满清主力南下，由在江南的博洛统领。博洛再一次披挂上阵，率领满八旗、汉八旗、甚至蒙八旗还有大量的绿营共约九万人南下闽粤，其中满八旗八千余人，算得上是这些年以来满洲兵最大规模的出动了。
这一次，博洛大军有几个重点打击目标，首先就是在江浙一带四处游击的鲁王率领的军队。这支军队人数并不多，只有六七万人，但大多都要在舟山屯田，能够战斗的精兵就少了，只有一两万。对于满清来说，虽然有威胁，但是还没到能够威胁清军所据城市的程度。最让清军不爽的，却是舟山距离大陆还比较远，岛屿密布，鲁王的军队主力又在舟山，且有强大的水师，不是旱鸭子为主的清军所能轻易对付的。博洛虽然不爽，还是放过了这支明军。
事实也是如此。面对来势汹汹的清军，即使是鲁王为首的江浙一带义军也是拿他们毫无办法，所做的无非就是侵扰清军的运输线，减缓他们的行军速度。不过，由于清军占领了江浙大大小小的县城、府城什么的，物资也大多集中在城市，侵扰战对清军的影响已经微乎其微，最多算是挠痒痒，随后，博洛率军再次抵达厦门。
这一次，清军就没理由轻易放过郑成功、吴胜兆等人了。
不仅是因为郑成功屯驻厦门岛对自己的威胁，还有就是对于吴胜兆这个叛徒的痛恨。正是因为吴胜兆的反叛，才会导致满清局面的极度不利。而且，虽然郑成功的大军位于厦门岛上，看似利于郑成功的水师发挥威力。但是，别忘了，厦门岛距离大陆最近的距离不过2公里，若在算上中间的小岛，距离就更近了。清军上次不愿意进攻，不过是不愿意增加伤亡罢了，但若是下定决心，想要穿越这个窄窄的海峡，似乎也难度不大。
在休整了三天后，清军乘夜渡过海峡，进抵厦门岛。
郑军虽然早有准备，但毕竟不能在厦门岛处处巡逻，更何况，巡逻也没用，即使发现敌军，也要驱赶吧，驱赶就要动用武力。但若是讨论武力，这对于明军来说无疑是个大难题，完全是可以拒绝回答的。
于是，仅仅数千初通水性的清罗登岛，就让人多势不众的郑军一片大乱，放弃了作战，一路向东南方向撤退，最后退到了更靠近外海的金门岛上。
这个结果却让博洛更加难受。他的原意是消灭掉郑军的主力，为南下扫清障碍。可是面对逃如脱兔的郑军，战斗力强悍的清军竟然老鼠拉龟—无从下手。
“难道要继续攻击金门岛？”这似乎是唯一的选项。因为，如果不解决掉郑军的主力，此战就毫无意义了。如果继续南下，放任郑军在此地盘亘，对于清军来说就是一个大毒瘤。有时候博洛都在想，“我大清面对此起彼伏的叛乱，到底能否平叛呢，摄政王是否低估了明人的战斗力？”
虽然这么想，但是博洛却依然要强打精神，以面对眼前的形势。对于郑军，博洛必须要解决掉。
博洛曾经试图用分化拉拢的手段对付郑军。然而，郑军战斗力虽然不堪，但郑成功的思想教育还不错，对郑军也进行了一番大整顿，让博洛无功而返。
随后，博洛试图以假装撤退，来引诱郑军主动离开金门岛进攻自己。可是，他低估了郑军的胆小，即使清军假装退了，他们也不敢探出头来查看一二。
